genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  111  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33871936--33872016	27	3.0	28	87	7	96	37	19	22	20	1.95
33872216--33872411	27	7.3	27	83	2	223	26	19	18	35	1.95
33872216--33872411	54	3.6	54	85	0	248	26	19	18	35	1.95
33872416--33872745	27	12.3	27	82	5	418	40	10	22	26	1.85
33872522--33872776	54	4.7	54	89	1	280	39	10	23	27	1.87
33874757--33874869	6	18.8	6	73	20	94	49	14	15	21	1.79
33874762--33874869	30	3.6	30	92	6	175	49	14	14	21	1.80
33874986--33875059	27	2.8	27	74	13	73	36	20	22	20	1.95
33875224--33875282	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
33875369--33875451	27	3.1	26	87	5	112	37	21	21	19	1.94
33875650--33875843	27	7.3	27	86	2	230	26	19	18	35	1.95
33875649--33875843	53	3.7	53	85	6	250	26	19	18	35	1.95
33875652--33875843	80	2.4	80	85	1	251	26	19	17	35	1.94
33875848--33876149	27	11.2	27	83	7	380	39	10	22	27	1.86
33878474--33878680	53	3.8	53	77	3	207	38	18	23	19	1.94
33884564--33884588	10	2.5	10	100	0	50	28	40	12	20	1.87
33887604--33887731	47	2.7	47	84	5	152	34	28	13	24	1.93
33889380--33889453	5	14.6	5	86	8	105	37	0	2	59	1.12
33889821--33889849	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
33889856--33889948	4	22.8	4	73	17	52	70	3	24	1	1.08
33889916--33889957	13	3.5	13	81	15	54	71	0	28	0	0.86
33890338--33890389	11	4.5	11	81	11	50	57	0	13	28	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33890343--33890383	12	3.5	11	90	6	55	56	0	17	26	1.41
33892411--33892595	40	4.6	40	81	5	189	22	27	24	25	2.00
33894289--33894378	44	2.0	43	81	8	101	22	17	22	37	1.94
33896480--33896515	16	2.2	17	90	5	56	13	41	25	19	1.88
33901650--33901703	5	10.6	5	80	11	65	38	0	1	59	1.08
33901641--33901702	10	6.6	10	76	14	51	41	1	1	54	1.19
33902073--33902113	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
33903279--33903395	31	3.5	35	87	11	126	22	23	16	37	1.93
33903302--33903395	31	3.1	31	96	1	172	23	22	14	39	1.91
33903587--33903729	24	6.0	24	91	4	209	26	22	22	28	1.99
33903587--33903728	47	3.0	48	90	5	207	26	22	22	28	1.99
33903586--33903729	71	2.0	72	89	4	220	26	22	22	29	1.99
33903779--33903838	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
33903881--33903928	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
33905087--33905151	27	2.4	27	82	5	78	20	23	20	36	1.95
33905205--33905260	27	2.1	26	83	9	69	39	12	10	37	1.78
33905267--33905353	27	3.2	27	78	10	88	27	5	24	42	1.77
33905330--33905731	27	14.9	27	85	3	488	39	8	23	28	1.84
33905655--33905957	27	11.3	27	85	3	249	32	8	20	37	1.84
33905779--33905957	53	3.3	52	87	6	216	31	7	20	41	1.79
33905807--33905974	53	3.2	53	90	3	241	31	7	19	41	1.78
33905808--33905974	27	6.3	26	87	2	181	31	7	19	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33906955--33906984	11	2.6	12	94	5	53	56	0	16	26	1.40
33908476--33908500	10	2.5	10	100	0	50	28	40	12	20	1.87
33911612--33911738	47	2.7	47	84	4	141	33	26	14	25	1.94
33913387--33913460	5	14.6	5	86	8	105	37	0	2	59	1.12
33913856--33913949	4	22.8	4	72	17	52	71	3	24	1	1.07
33913861--33913949	27	3.3	26	75	12	81	70	3	24	1	1.09
33913917--33913958	13	3.5	13	81	15	54	71	0	28	0	0.86
33914339--33914390	11	4.5	11	81	11	50	57	0	13	28	1.36
33914344--33914384	12	3.5	11	90	6	55	56	0	17	26	1.41
33915754--33915856	37	2.8	37	95	0	179	24	31	20	24	1.98
33916026--33916267	48	5.0	48	94	0	421	30	28	7	33	1.85
33916029--33916459	109	4.2	96	84	11	538	30	27	7	35	1.84
33916253--33916281	13	2.2	13	100	0	58	37	24	0	37	1.56
33916157--33916459	109	2.8	109	96	0	552	31	27	6	35	1.82
33916205--33916325	61	2.0	61	100	0	242	32	26	4	36	1.78
33916266--33916377	48	2.3	48	95	0	206	31	26	5	36	1.79
33916301--33916438	61	2.3	61	94	0	222	32	25	4	37	1.76
33916347--33916390	13	3.4	13	83	0	52	38	22	0	38	1.55
33916362--33916459	48	2.0	48	92	0	160	31	25	6	36	1.81
33921173--33921390	40	5.5	40	90	2	325	24	23	27	25	2.00
33929282--33929499	40	5.5	40	91	2	325	23	22	27	25	2.00
33930931--33931109	27	6.6	27	79	7	141	40	22	8	27	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33931039--33931163	27	4.6	27	75	4	81	37	23	9	29	1.86
33931155--33931286	27	4.9	27	91	0	183	34	18	22	25	1.96
33933158--33933259	29	3.5	29	94	0	168	28	15	30	25	1.96
33933154--33933280	58	2.2	58	83	4	159	28	15	31	24	1.96
33945627--33945793	40	4.2	40	81	2	176	24	27	22	25	2.00
33945643--33945793	80	1.9	79	83	6	198	23	27	22	25	2.00
33946984--33947096	56	2.1	54	81	9	131	27	16	17	38	1.92
33950934--33951060	49	2.5	51	87	6	179	27	27	15	29	1.96
33953852--33953945	29	3.2	29	95	0	161	25	28	15	29	1.96
33953814--33953945	58	2.3	58	82	2	158	25	33	15	25	1.95
33955101--33955171	19	3.9	18	75	17	58	9	16	2	70	1.26
33955111--33955162	25	2.0	25	82	17	63	7	17	3	71	1.25
33960722--33960819	28	3.7	26	72	12	74	28	10	14	46	1.77
33960735--33960819	28	3.1	28	71	3	84	25	10	14	49	1.75
33960740--33960823	27	3.1	27	71	10	89	26	14	15	44	1.84
33963470--33964453	49	20.1	49	97	0	1680	32	11	29	27	1.91
33964522--33964608	37	2.3	36	94	5	147	20	18	33	27	1.96
33969133--33969191	28	2.1	28	100	0	118	16	11	25	45	1.82
33970819--33970856	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
33977260--33977307	21	2.3	21	85	0	60	25	31	10	33	1.89
33979113--33979254	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
33979152--33979280	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33988754--33988884	48	2.7	49	83	5	149	22	30	22	25	1.99
33988904--33989117	46	4.6	46	74	13	159	25	26	18	29	1.98
33988948--33989118	46	3.7	46	80	9	204	25	26	18	29	1.98
33988904--33989117	94	2.3	94	86	4	281	25	26	18	29	1.98
34011561--34011727	47	3.6	45	78	7	160	28	19	29	23	1.98
34018205--34018242	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
34018471--34018641	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
34018466--34018638	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
34026673--34026732	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
34027408--34027440	15	2.4	14	90	10	50	39	21	6	33	1.78
34027413--34027445	15	2.1	16	94	5	59	39	27	6	27	1.80
34029611--34029783	46	3.7	46	77	10	181	23	19	27	30	1.98
34029608--34029778	93	1.8	93	89	0	270	22	19	28	29	1.98
34037349--34037517	46	3.7	46	79	13	211	21	20	28	28	1.98
34037342--34037512	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.99
34043615--34043679	30	2.2	30	97	0	121	46	0	3	50	1.17
34043608--34043667	19	3.5	19	65	34	55	46	0	3	50	1.18
34043625--34043676	13	3.7	13	74	18	50	46	0	1	51	1.12
34044234--34044284	22	2.3	23	80	6	61	58	1	3	35	1.28
34044630--34044682	19	2.7	19	77	11	63	45	9	9	35	1.69
34047104--34047322	46	4.8	44	77	10	181	28	19	29	23	1.98
34049000--34049056	28	2.0	28	100	0	114	52	0	7	40	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34049166--34049196	9	3.4	9	90	0	53	41	22	3	32	1.70
34056426--34056554	46	2.8	46	95	0	222	18	22	30	28	1.97
34060044--34060248	46	4.5	44	81	11	207	24	31	18	26	1.97
34061534--34061669	52	2.7	49	82	7	130	41	13	14	30	1.85
34061551--34061669	50	2.3	52	91	2	188	37	14	15	31	1.88
34068841--34068880	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
34069637--34069698	30	2.1	30	82	11	74	51	0	17	30	1.46
34071941--34071995	27	2.0	27	100	0	110	14	29	0	56	1.39
34075839--34075878	20	2.0	21	85	5	55	62	2	0	35	1.09
34075981--34076067	31	2.9	30	91	3	147	54	2	9	34	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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