genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3640431--3640500	3	24.0	3	81	11	83	32	4	0	62	1.14
3641862--3641946	26	3.3	25	85	6	116	35	5	21	37	1.78
3641887--3642007	61	2.0	61	96	0	224	38	5	20	35	1.77
3641912--3641981	35	2.0	35	91	0	113	40	5	18	35	1.75
3641862--3642027	87	1.9	87	91	2	271	34	6	21	36	1.80
3641948--3642030	26	3.2	26	94	0	139	33	7	22	36	1.82
3643815--3644101	137	2.1	137	95	0	511	25	18	24	32	1.97
3649099--3649261	26	6.2	25	83	13	211	33	6	23	36	1.81
3649099--3649261	56	3.1	51	87	11	238	33	6	23	36	1.81
3652313--3652478	35	4.6	35	82	8	172	31	10	24	33	1.90
3652313--3652483	75	2.4	75	85	7	221	31	11	23	33	1.90
3653695--3653980	136	2.1	137	94	0	493	25	18	23	32	1.97
3654896--3654983	32	2.6	35	82	12	130	77	12	6	3	1.09
3655250--3655292	13	3.4	13	74	6	52	0	11	6	81	0.87
3655745--3655780	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
3666818--3667020	42	4.7	42	69	20	130	28	21	24	25	1.99
3666809--3667177	132	2.8	132	94	0	648	28	21	23	27	1.99
3666818--3667211	43	8.9	44	72	12	229	28	20	24	26	1.99
3673791--3673885	12	8.1	13	67	25	52	34	24	2	38	1.67
3673808--3673860	18	3.0	17	86	5	70	33	22	1	41	1.65
3673802--3673885	34	2.5	34	83	11	102	33	23	2	40	1.68
3673802--3673883	17	4.8	17	81	10	87	34	23	2	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3674014--3674046	17	2.1	16	88	11	50	27	6	0	66	1.15
3675093--3675149	23	2.5	23	80	11	64	12	21	28	38	1.89
3679387--3679480	20	4.8	20	75	18	99	60	1	29	8	1.33
3679378--3679489	57	1.9	58	98	1	217	63	1	27	7	1.31
3682143--3682187	22	2.1	22	91	4	74	13	13	20	53	1.72
3687258--3687293	18	2.0	18	94	0	63	25	27	19	27	1.99
3692884--3692932	26	2.0	24	88	8	71	71	8	0	20	1.11
3694220--3694282	26	2.3	28	86	10	87	15	6	33	44	1.72
3699533--3699570	7	5.7	7	93	6	62	15	0	0	84	0.63
3699535--3699570	6	5.7	6	90	9	54	13	0	0	86	0.58
3699533--3699570	13	2.9	13	85	14	60	15	0	0	84	0.63
3701761--3701789	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
3707497--3707534	18	2.1	18	90	9	60	60	5	5	28	1.40
3715899--3715941	20	2.2	20	100	0	86	23	20	13	41	1.88
3722348--3722467	51	2.4	52	80	9	142	50	1	5	41	1.36
3723896--3723961	33	2.0	33	100	0	132	45	9	18	27	1.79
3726116--3726147	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
3730180--3730247	31	2.2	31	81	0	82	44	1	14	39	1.55
3730261--3730291	16	1.9	16	93	0	53	48	6	3	41	1.45
3730419--3730457	20	2.0	20	94	0	69	38	10	10	41	1.73
3730519--3730577	23	2.6	23	81	7	68	27	18	20	33	1.96
3737366--3737483	43	2.8	42	80	5	130	29	16	26	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3739888--3739950	29	2.2	29	91	2	101	53	19	6	20	1.66
3739895--3739952	29	2.0	29	100	0	116	48	20	6	24	1.74
3739897--3739960	29	2.2	29	91	2	103	50	21	4	23	1.68
3747593--3747621	8	3.8	8	90	9	51	89	0	0	10	0.48
3747593--3747621	15	1.9	15	100	0	58	89	0	0	10	0.48
3755978--3756008	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
3762090--3762160	36	2.0	36	97	0	133	33	14	21	30	1.92
3766256--3766317	30	2.1	30	100	0	124	25	29	16	29	1.96
3770628--3770678	19	2.7	19	78	6	50	3	21	0	74	0.98
3772675--3772708	13	2.6	13	90	0	50	58	11	20	8	1.59
3777573--3777613	2	20.0	2	85	5	55	51	2	2	43	1.28
3783193--3783222	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
3783362--3783614	18	13.6	18	70	14	165	37	15	12	34	1.85
3783744--3783830	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
3784179--3784234	15	3.7	15	87	2	85	51	12	0	35	1.40
3785492--3785526	5	7.0	5	100	0	70	60	0	0	40	0.97
3787951--3788003	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
3789487--3789596	26	4.2	26	95	0	193	37	24	4	33	1.76
3792710--3792962	18	13.6	18	70	14	165	37	15	12	34	1.85
3793092--3793178	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
3793527--3793582	15	3.7	15	87	2	85	51	12	0	35	1.40
3794844--3794883	5	8.0	5	100	0	80	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3797671--3797882	40	5.3	40	84	6	252	24	26	22	26	2.00
3804813--3804856	22	2.0	22	95	0	79	38	18	11	31	1.86
3805719--3805761	21	2.2	20	84	16	54	65	0	0	34	0.93
3806535--3806618	6	14.7	6	86	8	95	66	27	2	3	1.20
3806555--3806631	39	2.0	39	100	0	154	62	24	5	7	1.43
3806561--3806624	33	1.9	33	90	6	103	64	25	4	6	1.37
3807111--3807165	28	2.0	28	92	0	92	41	16	12	29	1.85
3807771--3807810	15	2.7	15	88	3	55	20	2	12	65	1.38
3812177--3812202	8	3.2	8	100	0	52	65	0	0	34	0.93
3814209--3814235	12	2.2	12	100	0	54	25	0	22	51	1.48
3816067--3816116	21	2.3	21	89	3	73	30	8	10	52	1.64
3816222--3816263	22	1.9	22	90	9	68	28	16	28	26	1.97
3816218--3816282	22	3.0	22	76	13	62	30	20	27	21	1.98
3821650--3821689	15	2.7	15	88	3	55	20	2	12	65	1.38
3826346--3826387	22	2.0	22	90	4	68	28	0	4	66	1.12
3828793--3828838	20	2.3	20	92	0	74	30	30	19	19	1.97
3830063--3830114	23	2.3	22	83	3	59	30	3	1	63	1.23
3830281--3830320	13	3.3	13	80	13	50	40	12	0	47	1.41
3830398--3830434	18	2.1	17	90	5	56	29	0	0	70	0.88
3834307--3834344	14	2.7	14	95	0	67	36	7	7	47	1.62
3838430--3838481	16	3.5	15	80	10	54	84	0	13	1	0.70
3839381--3839829	44	10.2	44	73	8	349	32	16	23	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3839381--3839827	132	3.4	132	94	0	768	32	16	23	27	1.96
3839831--3840230	206	1.9	206	90	1	640	31	18	22	28	1.97
3840734--3840790	20	2.8	20	94	0	96	29	28	21	21	1.98
3841964--3842136	24	6.8	25	68	24	71	32	6	1	58	1.34
3842017--3842088	23	3.1	23	80	4	83	31	4	1	62	1.23
3842028--3842110	33	2.5	31	78	16	80	30	4	2	62	1.28
3842245--3842284	13	3.3	13	80	13	50	40	12	0	47	1.41
3843636--3843724	44	2.0	44	100	0	178	26	17	34	20	1.95
3850060--3850116	25	2.3	25	81	9	71	21	24	15	38	1.92
3850071--3850153	25	3.3	25	84	0	94	22	22	22	31	1.99
3850099--3850157	25	2.4	25	94	0	100	20	23	23	32	1.98
3852748--3852772	12	2.1	12	100	0	50	28	32	16	24	1.96
3855711--3855836	43	3.0	41	79	4	126	23	17	25	33	1.96
3857829--3857936	26	4.2	26	95	0	189	30	6	25	37	1.81
3864620--3864726	35	2.9	36	88	6	137	38	13	9	39	1.76
3864632--3864755	17	6.8	18	80	5	135	37	14	11	37	1.82
3864632--3864747	35	3.2	35	87	3	160	37	13	12	37	1.82
3865146--3866272	207	5.5	207	93	0	1891	29	23	17	29	1.97
3866397--3866605	87	2.4	87	81	7	275	22	22	23	32	1.98
3867540--3867621	24	3.4	23	78	18	87	1	15	0	82	0.72
3867534--3867622	37	2.4	35	80	14	99	1	16	0	82	0.74
3867852--3867897	24	2.0	24	91	8	78	28	4	17	50	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3873374--3873497	17	6.8	18	82	5	144	37	15	9	37	1.80
3873374--3873489	35	3.2	35	90	3	169	37	14	10	37	1.81
3873374--3873494	18	6.7	18	78	14	65	38	14	9	37	1.80
3873686--3873864	84	2.1	84	89	0	268	46	9	11	32	1.72
3873916--3874289	87	4.3	86	80	7	328	42	10	13	34	1.77
3873903--3874291	174	2.2	174	80	6	423	42	10	13	33	1.78
3873968--3874291	88	3.7	87	82	4	350	41	10	14	34	1.79
3877491--3877555	13	5.1	13	81	3	78	38	21	6	33	1.78
3877491--3877555	26	2.5	26	85	2	87	38	21	6	33	1.78
3877776--3877826	13	3.9	13	78	0	66	27	7	27	37	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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