Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  193  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57645003--57645341
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183
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1.9
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26
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206
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1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
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Period
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Copy
Number
Consensus
Size
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Score
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20
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10
76
33
10
17
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1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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2.0
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5.2
28
88
5
166
35
22
23
18
1.95
57841747--57841822
26
2.8
26
88
4
98
30
11
22
35
1.90
57843262--57843371
26
4.2
26
95
0
166
37
23
5
33
1.78
57844435--57844462
10
2.8
10
100
0
56
35
32
0
32
1.58
57845372--57845415
22
2.0
22
86
8
63
50
0
4
45
1.22
57847997--57848030
2
17.0
2
100
0
68
0
0
50
50
1.00
57850624--57850666
6
7.2
6
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0
68
46
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4
32
1.67
57851234--57851267
16
2.1
16
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5
50
76
0
23
0
0.79
57851348--57851385
13
2.8
13
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4
58
23
5
5
65
1.34
57851985--57852050
29
2.2
30
89
7
100
24
19
16
39
1.92
57853455--57853496
21
2.0
21
95
0
75
30
9
7
52
1.61
57853968--57854104
60
2.3
58
80
8
134
25
17
13
43
1.85
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57854942--57855081
54
2.6
54
84
6
158
36
15
21
27
1.93
57855969--57856012
3
14.7
3
100
0
88
34
0
0
65
0.93
57855969--57856039
9
7.8
10
83
13
68
38
1
1
59
1.15
57856112--57856200
32
2.6
32
83
15
92
39
0
7
52
1.30
57857283--57857325
18
2.3
19
88
8
70
53
0
23
23
1.46
57857291--57857332
18
2.3
18
100
0
84
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0
26
23
1.50
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38
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7
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21
21
28
28
1.99
57858716--57858926
90
2.3
90
83
1
262
28
5
12
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1.61
57858945--57858978
16
2.1
17
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29
5
5
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1.45
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16
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0
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1.72
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2
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2
100
0
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0
0
48
1.00
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2.0
21
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32
0
2
65
1.06
57875664--57875715
26
2.0
26
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7
70
36
3
3
55
1.36
57875677--57875726
26
1.9
26
84
8
66
36
4
4
56
1.37
57879852--57879891
20
2.0
20
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0
53
45
2
10
42
1.51
57882540--57882567
11
2.5
11
100
0
56
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0
21
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1.36
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15
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16
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23
0
23
53
1.46
57886262--57886313
18
2.8
18
83
11
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80
3
1
13
0.93
57887936--57887999
22
2.9
22
80
2
65
60
3
3
32
1.28
57887992--57888077
3
28.7
3
100
0
172
67
0
0
32
0.91
57890077--57890193
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2.7
43
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6
166
29
23
14
31
1.94
57894297--57894328
7
4.6
7
96
0
55
15
50
0
34
1.45
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
57895626--57895658
13
2.5
13
90
9
50
0
15
0
84
0.61
57900289--57900359
29
2.6
29
91
6
112
22
1
25
50
1.57
57900530--57900827
63
4.7
63
79
5
300
25
16
27
30
1.97
57900526--57900828
125
2.4
125
80
4
333
25
17
28
29
1.97
57900658--57900872
64
3.4
63
79
8
208
26
19
25
29
1.98
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2.6
31
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78
39
0
4
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57907233--57907263
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16
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0
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2.0
26
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0
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20
20
5
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1.66
57920587--57920754
40
4.2
40
82
7
189
23
22
27
25
2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292