Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  5  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1352621--1352661
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20
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0
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24
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2.7
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4.1
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1
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1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
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1.50
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0
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1.54
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1.9
19
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20
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53
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0
0
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10
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0
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
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Percent
Indels
Score
A
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Entropy
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19
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71
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1.84
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1
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1.11
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132
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27
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24
0
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4.6
7
96
4
55
16
0
9
74
1.07
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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4.3
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19
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35
1.96
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2.4
37
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34
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2.1
29
83
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76
53
0
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1.09
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2
0
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1.14
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17
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51
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2
51
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30
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11
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24
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59
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0
0
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0
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186
23
24
29
22
1.99
1497823--1498005
40
4.6
39
75
7
138
26
23
27
22
1.99
1497862--1498050
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
1500318--1501180
429
2.0
429
91
2
1414
35
12
24
27
1.92
1502407--1502590
40
4.6
39
75
6
138
26
23
27
22
2.00
1502447--1502635
80
2.4
81
77
4
186
23
24
29
22
1.99
1510521--1510704
40
4.6
39
74
9
131
26
23
27
22
2.00
1510566--1510713
80
1.9
80
81
2
181
22
24
30
22
1.99
1523094--1523147
27
2.0
27
88
0
81
27
29
25
16
1.97
1531089--1531189
28
3.5
28
86
6
114
29
26
13
29
1.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1534664--1534719
27
2.1
27
100
0
112
7
21
3
67
1.30
1534664--1534708
15
3.2
15
69
18
51
8
24
4
62
1.43
1548248--1548280
2
16.5
2
100
0
66
51
0
0
48
1.00
1548842--1548874
7
4.7
7
100
0
66
0
15
0
84
0.61
1549331--1549377
24
2.0
24
100
0
94
34
17
17
31
1.92
1553368--1553412
23
2.0
23
90
0
72
31
2
0
66
1.04
1553487--1553530
20
2.3
19
84
11
54
22
0
6
70
1.11
1553502--1553559
25
2.4
24
81
13
66
27
0
5
67
1.12
1557755--1557791
18
2.1
17
90
5
56
40
0
0
59
0.97
1559328--1559362
2
18.0
2
94
5
63
51
0
0
48
1.00
1560227--1560363
59
2.3
58
77
3
132
31
15
10
43
1.80
1564315--1564361
20
2.3
20
81
3
58
40
10
2
46
1.50
1572106--1572156
22
2.3
22
96
0
93
7
17
49
25
1.74
1573765--1573803
14
2.8
14
84
0
51
56
0
5
38
1.22
1573832--1573885
26
2.1
26
100
0
108
37
7
3
51
1.48
1575659--1575720
10
6.7
10
73
17
53
61
0
3
35
1.12
1575668--1575723
18
3.2
18
76
2
60
62
0
3
33
1.12
1575659--1575723
27
2.4
27
84
7
87
63
0
3
33
1.10
1575932--1576014
26
3.2
26
70
18
66
31
0
3
65
1.10
1575942--1576026
28
3.1
28
76
12
81
30
0
2
67
1.04
1575943--1576026
18
4.6
18
75
7
80
29
0
2
67
1.03
1577970--1578008
13
3.1
13
85
7
53
64
0
0
35
0.94
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1578528--1578586
21
2.8
22
82
7
61
25
1
5
67
1.20
1578557--1578615
25
2.5
24
84
13
77
32
0
1
66
1.02
1578845--1578894
25
2.0
25
100
0
100
32
4
0
64
1.12
1589045--1589103
32
1.9
30
86
6
82
44
0
5
50
1.24
1592204--1592272
34
2.0
34
97
0
129
15
20
40
23
1.91
1593289--1593334
23
2.0
23
87
4
67
69
2
2
26
1.11
1593396--1593449
20
2.7
19
71
5
54
51
3
0
44
1.19
1597048--1597102
15
3.9
15
74
13
62
29
5
9
56
1.53
1597044--1597097
27
2.0
27
100
0
108
33
3
7
55
1.45
1597089--1597140
26
2.0
26
85
7
70
26
15
11
46
1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292