genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  32  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8498058--8498098	21	2.0	21	100	0	82	39	2	14	43	1.59
8498744--8498835	39	2.4	39	94	1	159	23	22	30	22	1.99
8498744--8498854	39	2.8	39	87	2	125	23	25	29	21	1.99
8505935--8505975	21	2.0	21	100	0	82	39	2	14	43	1.59
8510429--8510468	21	1.9	21	85	10	55	17	5	0	77	0.94
8510421--8510474	21	2.6	19	75	18	54	16	3	0	79	0.87
8511564--8511762	99	2.0	99	86	1	274	28	12	24	34	1.92
8512187--8512220	17	1.9	18	88	5	52	52	5	17	23	1.66
8514745--8514792	20	2.4	20	82	0	60	33	4	6	56	1.44
8514930--8514994	11	5.9	11	76	7	69	41	0	35	23	1.55
8514917--8514994	22	3.6	22	75	10	72	41	1	34	23	1.63
8514917--8514994	33	2.5	31	74	4	75	41	1	34	23	1.63
8520410--8520445	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
8542435--8542482	18	2.7	18	78	18	55	20	2	4	72	1.11
8544895--8544937	20	2.2	20	95	0	77	25	13	11	48	1.77
8545540--8545574	17	2.1	17	100	0	70	40	11	25	22	1.88
8549380--8549419	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
8559429--8559514	40	2.2	40	89	0	136	43	20	5	30	1.76
8563418--8563682	46	5.7	46	73	16	242	29	27	20	23	1.99
8563469--8563633	47	3.5	47	75	14	178	29	26	19	24	1.98
8563423--8563686	93	2.8	93	94	0	447	29	27	20	22	1.99
8571105--8571378	46	6.0	46	89	0	370	40	14	24	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8571115--8571378	138	1.9	138	90	0	420	40	15	24	20	1.90
8572137--8572200	21	3.2	21	73	13	80	12	25	21	40	1.88
8572119--8572200	39	2.1	39	100	0	164	12	25	23	39	1.89
8572119--8572219	39	2.6	39	90	3	132	12	24	22	39	1.89
8575303--8575333	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
8576481--8576512	16	2.0	16	100	0	64	43	18	6	31	1.75
8597589--8597641	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
8599129--8599264	26	5.2	26	95	0	236	36	24	5	33	1.78
8600379--8600412	17	2.0	17	100	0	68	47	29	5	17	1.71
8600725--8600776	26	2.0	26	84	0	68	30	17	13	38	1.88
8603978--8604134	43	3.7	42	81	12	178	31	26	17	23	1.97
8607100--8607196	40	2.4	40	85	0	122	32	28	15	22	1.95
8620204--8620230	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
8633612--8634185	300	1.9	299	86	3	805	26	19	15	38	1.92
8648445--8648498	19	2.9	18	82	15	58	50	5	1	42	1.36
8656037--8656086	25	2.0	25	96	0	91	40	6	16	38	1.73
8658963--8658987	13	1.9	13	100	0	50	72	8	4	16	1.24
8661758--8661791	14	2.4	14	95	5	59	29	17	20	32	1.96
8670010--8670047	11	3.3	11	89	10	58	86	0	13	0	0.56
8670011--8670045	6	5.8	6	90	10	54	85	0	14	0	0.59
8674939--8675000	10	6.1	10	83	12	74	24	8	1	66	1.28
8679508--8679630	24	5.1	23	83	9	122	19	13	29	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8679520--8679630	48	2.3	48	90	0	168	18	13	28	38	1.89
8686928--8686966	2	19.0	2	89	5	60	48	2	2	46	1.29
8690044--8690068	10	2.5	10	100	0	50	12	0	16	72	1.13
8690311--8690340	15	2.0	15	93	0	51	0	23	33	43	1.54
8691679--8691740	10	6.1	10	75	9	54	24	4	1	69	1.17
8691696--8691738	20	2.2	20	87	8	61	23	4	2	69	1.18
8693185--8693313	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
8697100--8697147	24	2.0	24	100	0	96	25	8	20	45	1.79
8703029--8703067	20	2.0	20	89	0	60	23	15	30	30	1.95
8704191--8704228	20	1.9	20	94	0	67	36	28	10	23	1.88
8710950--8710980	5	6.0	5	96	3	53	58	0	0	41	0.98
8712350--8712387	20	1.9	20	88	0	58	18	0	23	57	1.40
8726134--8726273	27	5.2	27	84	11	189	35	24	23	17	1.95
8726134--8726273	54	2.6	54	94	2	246	35	24	23	17	1.95
8727886--8727993	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
8734215--8734351	53	2.6	54	88	7	212	35	24	21	17	1.95
8734215--8734351	26	5.2	27	83	11	153	35	24	21	17	1.95
8735962--8736069	26	4.2	26	96	0	198	36	25	7	31	1.83
8743180--8743222	22	2.0	22	86	9	61	51	6	11	30	1.65
8744374--8744401	3	9.3	3	100	0	56	64	0	35	0	0.94
8757718--8757784	31	2.2	30	86	7	91	49	8	14	26	1.73
8759693--8759902	10	22.2	9	65	18	63	33	4	1	60	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8759744--8759819	39	2.0	38	87	7	109	36	2	2	57	1.26
8759798--8759875	20	4.0	19	75	16	79	35	2	0	61	1.10
8761118--8761201	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
8764436--8764579	39	3.7	39	91	0	234	26	20	29	23	1.99
8764437--8764619	78	2.3	79	89	1	269	24	21	29	24	1.99
8771617--8771682	33	2.0	33	100	0	132	30	24	18	27	1.98
8773659--8773761	40	2.6	40	75	3	100	32	27	16	24	1.96
8775485--8775927	69	6.4	69	77	5	401	33	25	20	20	1.97
8775484--8775964	208	2.3	205	80	4	502	33	25	20	20	1.97
8775485--8775984	69	7.2	69	77	2	250	33	24	20	21	1.97
8779723--8779774	10	5.2	10	77	9	52	36	0	1	61	1.07
8779733--8779774	21	2.0	21	90	9	68	38	0	0	61	0.96
8780613--8780697	39	2.2	40	86	2	118	34	7	8	50	1.59
8784409--8784499	35	2.6	35	80	3	112	26	15	15	42	1.86
8786007--8786035	13	2.2	13	100	0	58	93	0	0	6	0.36
8790783--8790993	64	3.2	64	62	25	146	30	26	17	26	1.97
8790749--8791035	137	2.1	137	98	0	547	31	25	18	24	1.98
8791081--8791388	154	2.0	154	99	0	607	27	30	17	23	1.97
8791437--8791489	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
8793838--8794048	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
8793804--8794090	137	2.1	137	98	0	556	31	25	19	24	1.98
8794338--8794390	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8795876--8795985	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
8797245--8797354	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
8798348--8798456	26	4.2	26	96	1	184	36	24	4	33	1.76
8803658--8803690	17	1.9	17	88	11	50	57	0	0	42	0.98
8803826--8803860	18	1.9	18	94	0	61	42	0	5	51	1.25
8806582--8806796	40	5.3	40	87	3	272	25	26	23	25	2.00
8814688--8814900	39	5.4	40	82	5	213	25	26	21	26	2.00
8814747--8814899	79	1.9	80	85	4	211	25	28	20	25	1.99
8817084--8817118	16	2.2	16	100	0	70	25	22	25	25	2.00
8820257--8820319	8	8.0	8	72	15	51	4	12	3	79	1.01
8820257--8820309	24	2.2	24	96	3	99	3	13	3	79	1.01
8820272--8820312	15	2.7	15	84	0	55	2	12	2	82	0.86
8826802--8826839	19	2.0	19	85	10	51	60	2	0	36	1.11
8831038--8831062	12	2.1	12	100	0	50	68	0	8	24	1.16
8831694--8831750	29	2.0	28	83	10	71	29	5	3	61	1.35
8835814--8835843	12	2.4	13	94	5	53	50	0	0	50	1.00
8846069--8846112	22	2.0	22	100	0	88	27	22	13	36	1.92
8848155--8848246	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
8848394--8848463	25	2.8	25	89	4	97	22	24	27	25	2.00
8849441--8849546	27	3.9	26	77	6	88	31	7	20	40	1.80
8849370--8849546	54	3.2	54	76	10	160	33	9	16	40	1.81
8849583--8849696	27	4.2	27	79	2	104	37	7	23	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8850517--8850619	51	2.0	51	96	0	188	30	9	23	36	1.87
8855319--8855358	6	6.3	6	85	8	53	57	0	25	17	1.40
8855319--8855358	13	3.2	13	96	3	73	57	0	25	17	1.40
8859361--8859431	2	35.5	2	94	0	124	1	0	49	49	1.09
8861191--8861270	30	2.7	30	90	0	124	15	27	40	17	1.89
8872767--8872848	34	2.4	33	82	11	94	29	23	21	25	1.99
8874542--8874717	46	3.8	46	78	12	189	21	21	28	28	1.98
8874539--8874709	93	1.8	93	92	0	288	21	21	29	27	1.99
8877773--8877822	20	2.5	20	96	0	91	16	30	32	22	1.95
8878027--8878067	12	3.4	12	86	0	55	36	39	21	2	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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