genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  36  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9659074--9659151	40	2.0	40	92	0	129	33	35	14	16	1.89
9662656--9662696	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
9662916--9662948	11	2.9	11	95	4	57	69	0	0	30	0.88
9666945--9667022	40	2.0	40	89	0	120	33	32	14	20	1.92
9669660--9669776	62	1.9	59	87	5	171	49	4	5	41	1.44
9669787--9669857	37	1.9	37	85	5	99	57	2	1	38	1.22
9678858--9678882	12	2.1	12	100	0	50	24	0	0	76	0.80
9680628--9680671	22	1.9	24	86	9	65	43	2	11	43	1.53
9681561--9681589	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
9683645--9683746	28	3.5	28	68	19	82	27	19	28	24	1.99
9685785--9686017	46	4.9	47	80	10	240	21	24	15	38	1.92
9685838--9686025	100	1.9	100	92	2	315	23	25	14	36	1.93
9688985--9689050	26	2.4	29	80	14	70	31	1	1	65	1.11
9689115--9689177	9	6.7	9	76	8	54	15	4	3	76	1.09
9689127--9689177	18	2.8	19	85	11	63	15	3	3	76	1.08
9689093--9689167	9	8.3	9	74	11	55	18	4	2	74	1.09
9689109--9689177	19	3.6	19	76	20	56	17	4	2	75	1.09
9692578--9692636	31	1.9	31	89	3	93	47	18	3	30	1.65
9693111--9693139	15	1.9	15	100	0	58	44	6	27	20	1.77
9697425--9697577	35	4.3	35	94	2	252	37	14	11	37	1.82
9697978--9698900	207	4.5	207	93	1	1505	28	22	18	30	1.97
9697978--9698903	413	2.2	413	92	1	1534	28	23	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9699026--9699152	43	3.0	42	71	19	111	21	22	23	32	1.98
9700084--9700153	1	70.0	1	79	0	77	0	10	0	90	0.47
9700084--9700152	9	7.6	9	84	13	88	0	10	0	89	0.47
9700085--9700153	30	2.3	30	90	5	104	0	10	0	89	0.47
9705887--9706004	35	3.3	35	93	3	191	36	15	11	37	1.83
9712172--9712289	35	3.3	35	91	3	182	36	16	11	36	1.84
9714471--9714503	17	1.9	17	88	11	50	57	0	0	42	0.98
9714642--9714676	18	1.9	18	94	0	61	42	0	5	51	1.25
9717411--9717624	40	5.4	39	83	5	232	25	26	23	24	2.00
9728677--9728827	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
9728713--9728843	40	3.3	40	79	2	156	25	23	27	23	2.00
9732946--9733081	42	3.2	40	78	11	119	26	19	24	30	1.98
9732946--9733084	44	3.2	41	78	11	136	26	18	23	30	1.98
9745742--9745772	16	1.9	16	93	0	53	16	25	9	48	1.76
9749885--9750032	43	3.4	43	71	9	124	23	16	25	34	1.95
9770775--9770956	78	2.3	80	84	6	237	24	22	27	25	2.00
9770776--9770958	40	4.6	39	80	10	212	24	22	27	25	2.00
9776151--9776271	42	2.8	40	78	11	116	28	25	19	25	1.99
9776121--9776280	86	1.9	87	81	6	200	28	25	18	27	1.98
9786231--9786391	42	3.7	42	74	8	135	28	26	17	27	1.98
9791544--9791602	26	2.2	26	88	8	84	37	23	8	30	1.85
9791711--9791796	27	3.2	28	88	4	115	20	20	22	36	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9794035--9794089	28	2.0	28	100	0	110	43	7	9	40	1.64
9794462--9794502	22	1.9	22	85	5	57	53	7	0	39	1.29
9795164--9795188	11	2.3	11	100	0	50	76	0	0	24	0.80
9795165--9795199	16	2.1	17	89	5	54	71	0	2	25	1.00
9803058--9803148	5	18.2	5	74	16	66	20	3	2	73	1.08
9807412--9807529	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
9807380--9807543	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
9814979--9815096	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
9814947--9815110	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
9822126--9822255	29	4.6	29	78	1	138	24	30	16	28	1.96
9822231--9822268	19	2.0	19	85	10	51	31	26	10	31	1.90
9822336--9822373	19	2.1	19	85	5	51	18	31	18	31	1.95
9822488--9822518	8	3.9	8	95	0	53	12	25	22	38	1.90
9829920--9830043	29	4.4	28	72	13	110	25	31	13	29	1.94
9834269--9834298	15	2.0	15	100	0	60	53	6	26	13	1.64
9835366--9835405	6	6.7	6	97	0	71	85	2	0	12	0.71
9841469--9841531	27	2.3	27	89	5	92	19	4	34	41	1.72
9848931--9848979	12	4.3	12	73	23	52	48	20	2	28	1.60
9856774--9856799	13	2.0	13	100	0	52	15	30	38	15	1.88
9861590--9861944	47	7.6	46	70	12	197	29	19	27	23	1.98
9861588--9861950	94	3.9	92	77	7	351	28	19	27	23	1.98
9867958--9868089	29	4.6	29	81	1	140	25	32	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9875171--9875302	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
9876161--9876357	40	5.2	39	85	9	264	24	28	22	23	1.99
9876161--9876357	77	2.6	73	84	9	245	24	28	22	23	1.99
9883202--9884520	732	1.8	732	81	2	1655	29	20	15	34	1.94
9885223--9885390	40	4.2	40	85	5	198	26	27	22	23	1.99
9885223--9885390	80	2.1	80	86	4	232	26	27	22	23	1.99
9893234--9893401	40	4.2	40	85	5	198	26	27	22	23	1.99
9893234--9893401	80	2.1	80	86	4	232	26	27	22	23	1.99
9895684--9895927	40	6.2	40	90	2	377	26	27	21	24	1.99
9911154--9911332	40	4.4	40	87	0	223	23	26	23	26	2.00
9917913--9917988	40	1.9	40	86	0	107	19	11	34	34	1.89
9922733--9922888	51	3.2	51	76	15	177	31	30	17	21	1.96
9922784--9922865	43	1.9	43	90	5	130	32	31	18	17	1.94
9925709--9925884	40	4.4	40	92	3	268	24	28	22	24	2.00
9928461--9928509	2	24.5	2	91	0	71	51	6	0	42	1.27
9928463--9928509	16	2.9	16	93	0	85	51	6	0	42	1.27
9929494--9929663	46	3.7	44	81	9	187	24	28	19	27	1.98
9929412--9929666	138	1.8	140	82	3	327	25	29	18	26	1.98
9929494--9929663	94	1.8	92	86	5	243	24	28	19	27	1.98
9932291--9932397	51	2.1	52	85	1	144	32	28	15	22	1.95
9932352--9932433	43	1.9	43	85	5	112	34	28	15	21	1.95
9937633--9937706	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9937690--9937765	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
9937633--9937765	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
9943771--9944061	155	1.9	153	81	4	352	30	20	18	29	1.97
9944008--9944108	41	2.5	42	79	11	111	29	20	20	28	1.98
9944788--9944839	25	2.1	24	82	3	59	38	3	3	53	1.37
9945054--9945083	14	2.1	14	100	0	60	20	0	23	56	1.42
9945108--9945182	7	10.4	7	80	11	89	20	0	41	38	1.52
9945112--9945184	15	5.1	14	79	11	76	20	0	42	36	1.52
9945018--9945321	162	1.9	162	99	0	599	25	0	32	40	1.61
9945216--9945245	14	2.1	14	100	0	60	20	0	23	56	1.42
9945270--9945312	7	5.9	7	78	10	50	20	0	41	37	1.53
9945419--9945477	21	2.8	21	78	0	64	15	1	38	44	1.56
9945737--9945774	14	2.7	14	91	0	58	10	0	42	47	1.38
9946695--9946740	24	1.9	24	100	0	92	17	15	8	58	1.61
9947462--9947521	24	2.5	23	81	10	66	40	3	6	50	1.45
9951234--9951399	23	7.1	23	93	2	278	28	20	22	28	1.98
9951234--9951399	47	3.6	46	93	2	278	28	20	22	28	1.98
9951234--9951401	70	2.4	70	95	0	300	28	20	22	28	1.98
9951458--9951514	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
9951446--9951516	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
9951451--9951505	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
9952815--9953071	27	9.6	27	83	3	277	40	7	21	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9952816--9953074	134	1.9	135	88	2	387	40	7	22	29	1.81
9952813--9953074	54	4.9	54	84	3	323	40	7	22	29	1.81
9954887--9954915	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74
9961249--9961296	21	2.3	21	92	0	78	20	18	58	2	1.49
9961588--9961702	43	2.7	42	85	5	142	25	20	22	32	1.98
9970637--9970669	15	2.3	15	89	5	50	30	0	3	66	1.06
9972750--9972817	34	2.0	34	100	0	136	17	14	23	44	1.86
9975697--9975775	35	2.3	35	86	0	113	32	25	22	18	1.97
9994273--9994334	23	2.6	24	75	12	65	56	0	1	41	1.09
9994293--9994328	16	2.3	15	95	4	63	52	0	0	47	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292