Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  79  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24222834--24222881
25
1.9
25
86
0
69
25
16
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24227897--24227945
21
2.3
22
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4
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1.60
24231546--24231638
25
3.6
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11
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24
21
22
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1.98
24234045--24234145
29
3.5
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80
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107
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31
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1.96
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4.7
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229
20
19
30
29
1.97
24248983--24249026
15
2.9
15
80
12
54
11
15
15
56
1.66
24248983--24249039
30
2.0
30
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6
91
10
15
15
57
1.64
24257688--24257735
25
1.9
25
86
0
69
33
25
16
25
1.96
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20
3.0
20
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0
104
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32
1.89
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24
6.0
24
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4
182
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20
21
27
1.98
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47
2.7
47
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3
177
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20
21
27
1.98
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71
2.0
72
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6
195
29
20
21
27
1.98
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2.1
31
90
0
101
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15
25
23
1.94
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2.8
49
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0
211
25
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16
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10
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12
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1.52
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49
2.8
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0
211
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5
110
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29
12
24
1.92
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2.5
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3
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15
25
1.95
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29
2.1
29
90
0
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30
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13
31
1.93
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8
5.5
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0
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1.82
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16
3.7
16
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16
23
13
46
1.82
24279070--24279129
29
2.1
29
93
0
102
30
26
11
31
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24279341--24279400
16
3.7
16
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6
59
13
18
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48
1.81
24279433--24279485
26
2.0
26
96
0
97
32
26
20
20
1.98
24281581--24281737
43
3.7
43
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5
140
31
28
19
20
1.97
24285873--24285931
27
2.3
26
82
5
66
22
22
20
35
1.96
24302151--24302210
29
2.1
29
93
0
102
23
31
8
36
1.84
24304056--24304082
9
3.0
9
100
0
54
33
11
0
55
1.35
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21
2.1
21
86
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61
11
33
11
42
1.78
24310304--24310422
40
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39
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21
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29
1.99
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40
4.0
40
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191
23
22
25
28
1.99
24310305--24310463
80
2.0
80
85
7
216
23
22
25
28
1.99
24331593--24331760
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3.1
53
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24
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36
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1.9
23
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61
69
0
2
28
1.01
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2
244
22
31
22
23
1.99
24337882--24337919
15
2.5
15
87
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51
50
5
2
42
1.39
24338129--24338183
17
3.3
17
92
2
85
9
27
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58
1.51
24342398--24342553
47
3.3
47
90
1
231
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8
30
28
1.87
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31
2.5
31
97
0
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26
25
18
29
1.98
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42
2.2
42
92
0
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1.93
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5.8
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95
0
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28
22
20
27
1.99
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27
2.4
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5
76
21
25
17
35
1.95
24347363--24347470
27
3.9
27
74
13
94
31
4
19
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1.71
24347425--24347548
27
4.7
26
84
5
149
28
6
21
43
1.77
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24347427--24347581
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206
28
9
20
41
1.83
24347447--24347588
27
5.3
26
74
11
101
28
10
21
38
1.87
24347584--24347667
27
3.1
27
84
3
107
44
8
20
27
1.80
24351596--24352990
700
2.0
700
95
0
2493
26
15
29
28
1.96
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32
2.0
32
83
0
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42
4
25
26
1.75
24359858--24359920
16
3.9
16
76
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42
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26
1.75
24360127--24360178
26
2.0
26
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44
7
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17
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1.97
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4.6
29
84
1
140
25
17
32
25
1.97
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29
4.6
29
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140
25
17
32
25
1.97
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2.3
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1.95
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2.0
25
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34
8
20
36
1.82
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3.1
27
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108
32
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11
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1.91
24429730--24429798
27
2.6
27
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113
28
14
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28
1.95
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27
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16
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1.96
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100
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15
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3
12
0
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18
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0
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1.44
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0
0
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1.8
122
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9
47
1.61
24445550--24445599
20
2.5
20
83
9
57
56
2
0
42
1.11
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24445549--24445602
21
2.7
20
82
11
65
53
1
0
44
1.11
24448068--24448145
39
2.0
39
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0
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2
24
30
1.68
24449550--24449580
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10
95
0
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58
0
0
41
0.98
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20
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1.98
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2.7
28
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0
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30
21
18
29
1.97
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28
3.7
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19
20
27
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2
305
25
24
28
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1.99
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168
1.8
168
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1
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4
5
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15
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14
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51
0
0
48
1.00
24476535--24476578
15
3.0
14
80
9
52
45
2
0
52
1.13
24476947--24476989
2
21.5
2
100
0
86
48
0
0
51
1.00
24477731--24477810
42
1.9
42
86
0
115
28
26
11
33
1.91
24478202--24478236
16
2.2
16
89
0
52
51
2
14
31
1.57
24480383--24480451
34
2.0
34
88
5
104
36
23
8
31
1.85
24480665--24480742
28
2.7
29
75
9
72
65
5
6
23
1.36
24481610--24481648
21
1.9
20
89
5
60
35
0
17
46
1.49
24485217--24485293
38
2.0
38
100
0
154
45
10
25
18
1.81
24493154--24493191
18
2.0
20
90
10
62
47
0
23
28
1.52
24496396--24496439
19
2.4
19
85
7
56
50
0
9
40
1.34
24500827--24500994
40
4.2
40
81
1
167
25
26
21
26
1.99
24500843--24500994
80
1.9
80
82
5
191
24
27
21
26
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24503973--24504096
61
2.0
61
100
0
248
24
9
20
45
1.80
24508059--24508095
5
7.6
5
82
17
51
43
0
0
56
0.99
24508062--24508102
19
2.2
19
100
0
82
41
0
0
58
0.98
24510683--24510849
43
3.9
43
77
9
171
33
25
13
27
1.94
24513379--24513408
14
2.1
15
93
6
53
56
13
10
20
1.65
24520606--24520765
29
5.5
30
88
8
213
33
14
25
26
1.94
24520606--24520765
59
2.8
57
88
4
214
33
14
25
26
1.94
24528471--24528630
29
5.5
30
88
8
213
33
14
25
26
1.94
24528471--24528630
59
2.8
57
88
4
214
33
14
25
26
1.94
24538032--24538185
40
3.8
40
80
1
157
25
26
21
26
1.99
24541231--24541294
31
2.1
31
90
0
101
23
25
15
35
1.94
24541486--24541604
24
5.0
24
89
5
170
26
22
21
28
1.99
24541486--24541604
47
2.5
48
89
5
170
26
22
21
28
1.99
24541654--24541714
20
3.0
20
92
0
104
32
21
11
34
1.89
24541757--24541804
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
24543045--24543362
27
11.8
27
86
3
390
40
8
22
28
1.83
24543313--24543563
27
9.3
27
80
4
188
31
7
21
39
1.82
24543358--24543563
81
2.5
80
82
3
209
30
7
21
41
1.80
24545413--24545445
6
5.5
6
96
0
57
81
0
3
15
0.80
24552939--24553000
26
2.4
26
86
10
83
37
11
16
35
1.84
24558738--24558959
40
5.6
40
92
1
349
26
23
27
22
1.99
24566834--24567050
40
5.5
40
89
4
316
25
23
28
22
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
24570379--24570448
25
2.8
25
91
0
113
25
21
25
27
1.99
24570496--24570543
20
2.3
21
92
3
80
35
18
10
35
1.85
24571754--24571794
22
1.9
22
85
14
59
56
17
12
14
1.68
24573815--24573927
6
18.3
6
71
18
81
47
15
18
18
1.82
24573829--24573924
25
3.8
25
81
9
99
46
15
19
17
1.84
24573857--24573927
31
2.3
31
97
0
133
47
15
16
19
1.82
24574329--24574577
27
9.3
27
91
0
383
23
22
20
34
1.97
24574532--24574687
27
5.8
27
79
1
125
28
10
21
39
1.87
24574559--24574686
54
2.4
54
81
2
150
28
8
21
40
1.83
24574589--24574728
54
2.6
54
82
2
147
29
7
22
40
1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
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          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292