genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.99.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  99  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30316082--30316249	27	6.2	27	86	1	194	25	19	18	36	1.94
30316234--30316386	27	5.6	27	75	13	91	33	9	18	38	1.83
30316281--30316662	54	7.1	54	80	6	361	31	10	19	37	1.86
30316316--30316662	81	4.3	81	77	5	335	31	10	19	38	1.86
30316285--30316661	27	14.0	27	79	5	298	31	10	19	37	1.87
30321236--30321507	39	7.0	39	90	1	413	23	23	29	23	1.99
30321236--30321507	77	3.5	77	91	0	418	23	23	29	23	1.99
30321236--30321485	116	2.2	116	94	1	430	25	23	28	22	1.99
30326979--30327213	39	6.1	39	90	3	368	23	23	29	22	1.99
30335618--30335666	19	2.5	20	75	18	50	63	0	10	26	1.26
30340273--30340306	14	2.5	13	86	13	50	44	20	2	32	1.67
30342521--30342696	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
30342517--30342688	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
30350220--30350296	39	2.0	39	94	0	136	33	11	11	42	1.78
30354404--30354472	34	2.0	34	97	0	129	27	14	28	28	1.95
30355333--30355358	12	2.2	12	100	0	52	7	23	42	26	1.81
30355536--30355661	46	2.7	46	92	0	207	35	22	18	23	1.95
30358692--30358725	12	2.8	12	90	0	50	8	20	2	67	1.31
30360595--30360821	50	4.6	49	79	6	186	31	27	17	23	1.97
30362540--30362609	23	3.0	23	100	0	140	30	27	4	38	1.76
30365114--30365348	51	4.6	51	80	5	273	29	25	19	25	1.98
30365117--30365348	101	2.3	101	92	1	385	29	25	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30365115--30365348	50	4.6	51	80	5	262	29	25	18	25	1.98
30367061--30367090	15	2.0	15	100	0	60	46	33	6	13	1.69
30372453--30372682	50	4.6	48	81	6	246	29	26	19	25	1.98
30375459--30375582	50	2.4	52	78	6	146	37	12	14	34	1.85
30379339--30379418	37	2.2	37	93	2	135	43	10	0	46	1.37
30380206--30380265	31	1.9	31	86	6	86	43	8	3	45	1.50
30383899--30383967	35	2.0	35	86	8	97	39	1	20	39	1.61
30383948--30383983	18	2.0	18	94	0	63	44	2	16	36	1.63
30384023--30384099	35	2.2	36	84	11	99	41	1	15	41	1.55
30384205--30384710	126	4.0	127	87	2	711	38	16	17	27	1.91
30387216--30387432	39	5.5	39	86	2	267	27	27	23	20	1.99
30387233--30387432	77	2.6	78	84	4	262	28	27	23	21	1.99
30390054--30390111	2	29.0	2	100	0	116	50	50	0	0	1.00
30392321--30392423	29	3.6	29	80	2	91	25	33	17	24	1.96
30400027--30400099	29	2.5	29	100	0	146	27	28	15	28	1.96
30399961--30400072	58	1.9	58	83	3	145	25	31	16	27	1.96
30404026--30404214	39	4.8	39	83	6	161	29	25	23	21	1.99
30404198--30404259	31	2.0	31	96	0	115	27	25	11	35	1.90
30408681--30408741	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
30413029--30413089	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
30416908--30416959	20	2.5	21	84	3	61	21	23	17	38	1.93
30416917--30416959	21	2.1	20	86	4	59	20	18	18	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30426640--30426748	43	2.6	42	82	7	123	27	24	22	25	2.00
30426640--30426792	43	3.6	42	79	6	121	30	23	20	25	1.99
30431652--30431692	21	1.9	22	85	5	57	56	19	0	24	1.42
30431941--30431967	14	1.9	14	100	0	54	37	18	7	37	1.79
30436949--30437173	40	5.6	39	84	6	231	25	22	27	25	2.00
30436949--30437171	79	2.8	80	80	10	251	25	22	26	25	2.00
30436950--30437173	119	1.9	120	81	8	278	25	22	27	25	2.00
30438563--30438930	48	7.8	46	74	10	194	23	28	20	27	1.99
30438756--30438930	48	3.7	48	84	6	200	22	28	20	28	1.98
30442530--30442705	46	3.8	46	80	11	207	21	20	28	29	1.98
30442527--30442698	93	1.8	93	93	2	301	21	20	29	28	1.98
30446391--30446428	18	2.1	18	85	9	51	78	5	15	0	0.91
30447704--30447833	40	3.2	40	81	4	138	23	24	27	23	2.00
30452141--30452507	48	7.8	46	76	9	233	23	29	19	26	1.99
30455467--30455536	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
30459897--30459938	20	2.1	20	100	0	84	40	14	21	23	1.90
30465649--30465897	56	4.5	55	87	3	345	27	12	24	35	1.92
30466117--30466152	18	1.9	19	88	5	56	47	0	16	36	1.47
30466314--30466362	25	2.0	25	83	0	62	30	0	18	51	1.47
30470226--30470289	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
30470504--30470623	23	5.1	23	91	1	168	25	21	23	29	1.99
30470677--30470720	20	2.2	20	100	0	88	34	18	11	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30473407--30473569	39	4.2	39	91	0	245	23	20	31	24	1.98
30477252--30477309	24	2.4	24	97	0	107	29	24	12	34	1.91
30480685--30480744	29	2.1	29	81	6	68	31	26	0	41	1.56
30483250--30483371	24	5.1	24	98	0	235	37	27	16	18	1.92
30490995--30491139	24	6.1	24	97	1	274	37	28	16	17	1.92
30490995--30491139	71	2.0	72	97	1	274	37	28	16	17	1.92
30504179--30504310	29	4.5	29	95	1	228	24	22	15	37	1.92
30504179--30504310	59	2.3	59	94	1	230	24	22	15	37	1.92
30505608--30505643	18	1.9	18	88	5	54	11	25	0	63	1.27
30506370--30506399	12	2.5	12	94	0	51	36	33	20	10	1.86
30508536--30508864	161	2.0	161	94	0	577	40	10	16	32	1.83
30515787--30516171	190	2.0	190	98	0	743	38	11	13	36	1.80
30517269--30517320	23	2.3	23	83	6	70	44	5	0	50	1.26
30523040--30523072	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
30526387--30526411	10	2.5	10	100	0	50	80	0	0	20	0.72
30526396--30526440	22	2.0	22	83	8	56	64	0	0	35	0.94
30527340--30527449	42	2.6	43	81	12	122	23	28	19	29	1.98
30527340--30527643	45	6.9	45	85	5	331	26	26	19	26	1.99
30528195--30528219	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
30528463--30528606	47	3.0	47	91	1	216	42	13	15	28	1.85
30535088--30535297	44	4.9	45	86	9	280	27	28	20	23	1.99
30535088--30535297	89	2.5	85	83	9	268	27	28	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30536107--30536211	45	2.3	46	88	6	153	45	13	12	28	1.79
30536183--30536242	30	2.0	29	96	3	111	43	16	11	28	1.83
30539029--30539167	50	2.8	49	82	6	145	33	26	15	25	1.95
30545035--30545213	40	4.4	40	85	2	198	22	26	24	27	2.00
30549823--30549866	21	2.1	21	100	0	88	38	22	4	34	1.75
30553920--30554267	27	12.9	27	81	5	202	37	22	6	33	1.79
30553941--30554256	54	5.9	54	78	4	244	37	23	6	33	1.80
30553952--30554149	81	2.4	81	82	0	261	34	24	6	35	1.80
30553919--30554323	54	7.5	54	75	7	189	38	21	6	33	1.80
30554278--30554329	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
30554370--30554446	27	2.9	27	73	7	77	38	19	19	22	1.93
30555171--30555240	25	2.8	25	93	0	113	27	25	22	24	2.00
30555170--30555265	25	3.9	24	81	9	95	28	23	22	25	2.00
30555171--30555265	50	1.9	50	80	8	113	28	24	23	24	2.00
30557888--30558017	40	3.3	39	83	4	163	23	28	25	23	1.99
30572541--30572812	27	10.1	27	88	1	348	21	18	20	39	1.92
30574721--30574794	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
30574778--30574853	29	2.6	29	76	0	80	21	21	35	22	1.96
30582597--30582670	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
30582654--30582729	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
30582597--30582729	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
30586681--30586759	38	2.1	38	95	0	140	34	26	15	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30587293--30587365	34	2.1	34	87	0	101	23	23	20	32	1.98
30589716--30589800	44	1.9	44	88	4	127	27	12	25	34	1.93
30594819--30594862	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
30599090--30599133	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
30602846--30602914	30	2.3	31	80	14	83	10	13	15	60	1.58
30604430--30604573	49	2.9	48	81	8	155	29	24	17	28	1.97
30608511--30608665	43	3.7	43	79	11	185	28	26	18	26	1.98
30616539--30616645	56	1.9	56	94	0	187	25	16	28	28	1.97
30618759--30618792	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
30621237--30621325	29	3.1	29	81	1	108	29	29	15	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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