genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  70  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21254595--21254764	93	1.8	92	96	1	313	28	29	20	21	1.98
21254590--21254761	46	3.7	46	80	13	219	29	28	20	21	1.98
21278644--21278925	50	5.7	50	82	3	315	25	17	26	30	1.97
21278678--21278925	101	2.5	100	82	2	300	26	18	26	29	1.98
21294465--21294593	46	2.8	46	96	0	231	28	29	22	19	1.98
21296977--21297065	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
21296977--21297056	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
21296988--21297065	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
21300014--21300185	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
21300006--21300181	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
21302530--21302669	43	3.3	42	81	4	138	31	24	15	29	1.95
21310534--21310640	28	3.8	28	79	7	103	31	12	28	28	1.92
21315495--21315526	15	2.1	15	94	0	55	53	3	37	6	1.42
21318465--21318672	40	5.2	40	81	2	193	25	24	25	24	2.00
21318467--21318657	80	2.4	80	83	3	215	26	25	25	23	2.00
21321592--21321631	20	2.0	21	85	14	57	17	12	2	67	1.33
21325651--21325702	16	3.3	16	80	17	56	38	1	0	59	1.08
21327246--21327325	41	2.0	40	85	7	108	38	10	0	51	1.36
21328066--21328128	21	3.2	21	65	21	64	52	9	15	22	1.72
21328051--21328132	37	2.2	37	95	0	146	56	9	17	17	1.67
21334614--21334656	22	2.0	22	85	0	59	32	18	30	18	1.95
21335025--21335052	13	2.2	13	100	0	56	32	39	21	7	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21335314--21335377	33	1.9	33	96	0	119	28	18	20	32	1.96
21340257--21340372	43	2.7	43	78	1	117	22	14	28	34	1.94
21352219--21352250	15	2.1	15	94	0	55	40	6	15	37	1.73
21359110--21359156	24	2.0	24	83	8	60	23	19	21	36	1.95
21364863--21364985	22	5.3	22	65	24	74	31	13	30	25	1.93
21364840--21365076	47	5.1	47	93	2	383	32	11	29	26	1.92
21364959--21365034	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
21365035--21365181	50	3.0	50	93	3	244	37	8	24	29	1.84
21364855--21365131	141	2.0	138	82	7	326	33	11	28	26	1.91
21365330--21365437	37	3.0	36	91	2	173	23	19	29	27	1.98
21366707--21367088	39	9.8	39	88	5	549	24	21	27	25	1.99
21366707--21367088	79	4.9	79	90	4	562	24	21	27	25	1.99
21374023--21374331	46	6.7	46	94	0	492	39	15	23	22	1.92
21373936--21374331	138	3.0	135	88	5	548	38	15	23	22	1.93
21374938--21375057	47	2.6	47	86	2	172	32	12	30	25	1.92
21374940--21375015	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
21375016--21375162	50	3.0	50	90	3	226	38	7	24	29	1.83
21375312--21375420	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
21376587--21376617	15	2.1	15	100	0	62	12	19	32	35	1.90
21382110--21382184	30	2.4	31	78	10	73	40	5	4	50	1.44
21382246--21382284	19	2.1	19	100	0	78	35	5	15	43	1.69
21383570--21383637	34	2.0	34	100	0	136	44	14	5	35	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21384149--21384184	16	2.2	16	95	0	63	69	0	5	25	1.10
21386564--21386591	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21388631--21388669	14	2.6	15	80	12	53	0	5	12	82	0.83
21389148--21389266	58	2.1	58	90	0	184	28	10	25	36	1.88
21393939--21393972	15	2.3	15	89	0	50	11	2	41	44	1.56
21400426--21400601	46	3.8	45	79	12	196	19	20	30	29	1.97
21400423--21400594	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	28	1.98
21404601--21404776	40	4.5	40	90	4	245	23	23	28	24	2.00
21413116--21413345	40	5.8	40	93	3	351	23	22	28	26	1.99
21413116--21413371	40	6.5	39	92	4	342	23	22	27	25	2.00
21421184--21421474	40	7.4	40	90	5	402	24	22	27	26	2.00
21421184--21421474	79	3.7	79	89	6	398	24	22	27	26	2.00
21423964--21424148	40	4.6	40	95	1	318	23	23	27	25	2.00
21423960--21424181	80	2.8	79	87	6	315	25	22	27	24	2.00
21429090--21429198	42	2.6	42	75	7	112	25	18	24	31	1.98
21435996--21436143	40	3.7	39	79	9	95	22	25	23	27	2.00
21436017--21436193	40	4.5	40	78	4	173	24	25	23	25	2.00
21436044--21436192	80	1.9	80	83	4	194	24	26	23	25	2.00
21444045--21444197	40	3.8	40	79	6	105	22	26	24	26	2.00
21444071--21444246	40	4.4	40	79	4	160	23	26	23	26	2.00
21444099--21444246	79	1.9	80	84	4	201	24	27	22	25	2.00
21446893--21446965	26	2.8	26	97	0	137	36	20	16	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21453376--21453529	42	3.6	42	78	1	164	27	14	24	32	1.95
21454692--21454745	20	2.7	20	91	0	90	20	37	29	12	1.90
21460050--21460240	39	4.8	40	87	0	199	24	31	21	22	1.98
21460086--21460248	39	4.2	39	89	0	245	24	31	20	23	1.98
21463230--21463263	17	1.9	18	94	5	61	76	20	2	0	0.92
21463307--21463346	19	2.0	21	90	9	66	62	10	22	5	1.46
21467151--21467317	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
21467151--21467317	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
21468144--21468189	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
21475129--21475294	40	4.2	39	81	3	172	24	27	22	25	2.00
21475145--21475294	79	1.9	79	84	5	205	24	27	22	26	2.00
21483113--21483279	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
21483113--21483279	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
21484105--21484150	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
21486300--21486519	40	5.6	40	84	4	268	25	26	23	24	2.00
21507151--21507194	22	2.0	22	86	8	63	2	15	20	61	1.45
21508380--21508436	9	5.8	10	78	15	57	36	10	17	35	1.84
21508398--21508453	20	2.8	20	91	0	94	37	10	17	33	1.85
21508503--21508636	26	5.3	26	86	6	172	29	18	21	29	1.97
21516533--21516590	11	5.6	11	72	15	61	37	12	18	31	1.88
21516535--21516590	20	2.8	20	97	0	103	37	10	19	32	1.86
21516640--21516746	26	4.4	25	82	10	116	28	17	24	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21516640--21516758	51	2.4	49	79	9	118	26	18	24	30	1.98
21523117--21523175	29	2.0	29	93	0	100	38	6	25	28	1.81
21526029--21526065	19	1.9	19	88	0	56	18	13	5	62	1.50
21529466--21529568	42	2.5	41	79	6	120	27	18	26	28	1.98
21531926--21531952	13	2.1	13	100	0	54	22	33	29	14	1.94
21544653--21545086	47	9.1	47	85	4	553	32	13	28	25	1.93
21544653--21545086	98	4.5	94	84	4	562	32	13	28	25	1.93
21544653--21545086	145	3.0	145	93	1	723	32	13	28	25	1.93
21545060--21545196	46	3.0	46	86	0	193	37	8	28	25	1.86
21546684--21546835	40	3.8	40	93	0	250	24	23	28	23	1.99
21551059--21551492	47	9.1	47	85	4	526	32	13	28	25	1.93
21551059--21551492	98	4.5	94	84	4	544	32	13	28	25	1.93
21551059--21551492	145	3.0	145	93	2	716	32	13	28	25	1.93
21551466--21551602	46	3.0	46	85	0	184	35	9	29	25	1.88
21555215--21555342	43	2.9	45	80	4	120	29	17	22	30	1.96
21560021--21560090	28	2.5	28	88	4	97	27	15	28	28	1.96
21563227--21563358	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
21571165--21571296	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
21577284--21577454	43	4.0	43	78	4	150	27	15	25	30	1.96
21581802--21582164	46	7.7	49	72	12	226	23	29	20	26	1.99
21581808--21581988	49	3.7	47	76	11	159	25	31	19	23	1.98
21581808--21581983	96	1.8	96	85	8	248	25	31	20	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21588107--21588167	29	2.1	30	81	3	70	18	24	13	44	1.85
21590821--21590896	30	2.6	30	87	2	109	26	28	9	35	1.87
21591177--21591206	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
21592471--21592597	41	3.1	42	82	3	150	36	23	16	23	1.94
21593065--21593124	28	2.1	27	82	11	68	25	16	5	53	1.63
21593814--21593888	31	2.5	31	89	6	109	24	22	10	42	1.85
21595575--21595613	20	2.0	20	89	0	60	46	20	0	33	1.51
21597070--21597112	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
21597096--21597196	49	2.0	50	94	3	177	44	15	4	34	1.69
21598184--21598279	50	1.9	50	84	0	129	40	18	9	31	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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