genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  76  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23333278--23333461	40	4.6	40	83	3	210	18	30	15	34	1.92
23333294--23333359	20	3.3	20	68	8	62	15	34	16	33	1.90
23333314--23333419	20	5.3	20	63	8	54	19	33	15	32	1.93
23335233--23335510	27	10.3	27	80	5	186	37	21	7	33	1.81
23335246--23335375	54	2.4	54	90	0	206	31	24	6	36	1.82
23335336--23335566	54	4.2	55	74	11	163	41	19	7	32	1.79
23335201--23335510	81	3.8	81	73	4	241	37	21	7	33	1.81
23335327--23335573	27	9.1	26	74	14	110	40	19	7	31	1.80
23335503--23335573	29	2.5	29	81	4	83	47	14	8	29	1.73
23335627--23335680	27	2.0	27	82	7	65	38	25	20	14	1.91
23335635--23335726	27	3.4	27	80	3	96	36	18	23	20	1.94
23336530--23336678	52	2.9	52	95	2	266	26	24	23	26	2.00
23336530--23336678	26	5.8	26	90	0	230	26	24	23	26	2.00
23336823--23336914	42	2.2	42	88	3	132	29	13	22	34	1.92
23336938--23337016	31	2.5	31	93	0	131	30	17	24	27	1.97
23339310--23339597	27	10.7	27	80	4	206	38	21	7	32	1.83
23339430--23339682	27	9.3	27	78	8	174	39	20	8	30	1.83
23339712--23339772	27	2.3	26	85	2	86	39	18	24	18	1.92
23339712--23339776	26	2.4	27	87	2	96	38	18	24	18	1.93
23340575--23340723	52	2.9	52	94	2	266	26	23	22	26	2.00
23340575--23340723	26	5.8	26	89	0	230	26	23	22	26	2.00
23340868--23340959	42	2.2	42	88	3	132	29	13	22	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23340983--23341061	31	2.5	31	95	0	140	27	18	25	27	1.98
23342996--23343163	43	3.9	43	76	7	135	31	23	14	30	1.94
23348320--23348432	57	2.0	57	84	6	149	39	14	12	33	1.83
23351496--23351530	9	4.0	9	92	7	63	88	0	0	11	0.51
23351496--23351530	17	2.1	17	100	0	70	88	0	0	11	0.51
23357017--23357041	13	1.9	13	100	0	50	56	20	0	24	1.43
23358354--23358397	14	3.0	14	80	6	52	45	6	0	47	1.29
23361065--23361179	43	2.7	42	80	8	126	27	16	24	31	1.96
23362998--23363145	43	3.4	44	76	15	123	33	24	14	27	1.95
23369048--23369173	40	3.2	39	80	6	139	21	25	24	28	1.99
23368987--23369173	80	2.3	80	78	12	204	22	27	24	25	2.00
23373463--23373666	53	3.8	54	77	1	194	19	24	18	37	1.94
23373475--23373658	55	3.4	53	78	2	161	19	24	19	37	1.94
23377513--23377539	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
23382603--23382690	46	1.9	46	90	0	131	27	29	22	20	1.99
23385067--23385155	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
23385067--23385149	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
23385078--23385155	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
23388100--23388187	46	1.9	46	90	0	131	27	29	22	20	1.99
23394024--23394110	44	2.0	44	86	0	120	32	17	9	41	1.81
23394245--23394272	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
23395044--23395070	11	2.5	11	100	0	54	66	0	7	25	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23397854--23397894	19	2.2	19	90	0	64	65	2	0	31	1.05
23400825--23400948	45	2.8	45	83	0	149	26	20	9	43	1.82
23404945--23405008	31	2.1	31	93	0	110	29	10	21	37	1.88
23411066--23411447	157	2.4	157	86	2	525	20	22	26	29	1.99
23411068--23411407	39	8.7	39	86	1	455	20	23	27	28	1.99
23411066--23411447	118	3.2	118	89	0	541	20	22	26	29	1.99
23413623--23413901	48	5.8	48	87	0	362	24	16	30	28	1.96
23416261--23416431	46	3.7	46	78	13	172	22	29	20	28	1.98
23416223--23416434	94	2.3	90	84	10	261	23	29	19	26	1.98
23419264--23419330	33	2.0	33	94	0	116	29	16	29	23	1.96
23424065--23424332	48	5.6	48	86	1	376	24	16	29	29	1.96
23424065--23424332	144	1.9	144	89	0	419	24	16	29	29	1.96
23424074--23424388	96	3.3	94	80	7	339	25	15	29	29	1.96
23424074--23424388	144	2.2	142	83	3	380	25	15	29	29	1.96
23426412--23426468	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
23426410--23426480	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
23426421--23426475	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
23426526--23426691	24	7.0	24	90	6	250	28	22	21	28	1.99
23426525--23426691	47	3.5	47	88	6	239	28	22	20	28	1.99
23429406--23429572	40	4.2	40	82	3	185	23	26	22	26	2.00
23429422--23429531	39	2.8	39	87	4	141	23	29	23	23	1.99
23433280--23433380	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23441225--23441325	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
23449990--23450046	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
23449988--23450058	20	3.5	20	94	0	124	35	11	21	32	1.89
23449999--23450053	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
23450104--23450270	23	7.1	23	95	2	280	28	22	20	28	1.99
23450103--23450272	24	7.2	23	94	2	268	28	21	21	28	1.99
23450102--23450270	47	3.6	47	92	3	286	28	22	20	28	1.99
23453698--23453737	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
23453703--23453745	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
23455487--23455525	21	1.9	20	89	5	60	15	23	41	20	1.90
23456540--23456581	21	2.0	21	100	0	84	38	14	9	38	1.78
23469201--23469322	44	2.8	44	87	3	165	17	13	31	36	1.89
23470044--23470124	40	2.0	40	97	0	153	27	19	20	32	1.97
23475589--23475710	42	2.9	42	72	11	115	27	22	17	32	1.96
23484000--23484190	40	4.8	40	92	2	271	27	28	20	23	1.99
23490851--23491022	46	3.7	46	74	16	174	28	27	21	22	1.99
23490856--23491026	93	1.8	93	89	2	272	28	28	21	21	1.99
23491450--23491509	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
23492777--23492808	16	2.0	16	93	0	55	25	21	43	9	1.82
23493364--23493484	55	2.2	55	82	2	136	29	29	23	16	1.96
23493800--23493848	24	2.0	24	100	0	98	10	28	12	48	1.73
23502130--23502177	15	3.4	14	77	13	53	35	8	14	41	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23502119--23502177	28	2.1	29	87	3	84	33	6	15	44	1.73
23502119--23502177	29	2.1	28	87	3	82	33	6	15	44	1.73
23510215--23510397	79	2.3	80	81	8	221	26	27	20	25	1.99
23510196--23510399	40	5.1	40	84	5	220	25	26	21	25	1.99
23513199--23513305	27	3.9	27	78	9	110	36	20	25	17	1.94
23517446--23517630	40	4.7	39	86	6	205	24	21	27	26	1.99
23517446--23517624	79	2.3	79	81	8	211	25	22	27	25	2.00
23517480--23517663	79	2.3	78	78	12	196	27	21	25	25	1.99
23535229--23535257	9	3.3	9	95	4	51	0	24	0	75	0.80
23538630--23538667	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
23539754--23540006	67	3.8	65	78	10	212	24	29	16	29	1.97
23541699--23541864	40	4.2	40	94	0	280	25	27	23	22	2.00
23546931--23546963	11	3.2	11	87	12	52	54	0	12	33	1.37
23547416--23547490	38	2.0	38	86	5	107	17	16	24	42	1.88
23548276--23548301	12	2.2	12	100	0	52	23	30	30	15	1.95
23558817--23559190	30	12.6	30	76	10	290	23	24	13	39	1.90
23558817--23559186	119	3.1	119	86	3	462	23	24	12	38	1.90
23558817--23559183	89	4.1	88	81	5	357	23	25	13	38	1.90
23564398--23564470	18	4.1	18	91	1	103	38	16	23	21	1.93
23564805--23564861	27	2.1	27	83	0	69	35	14	24	26	1.93
23571198--23571275	29	2.7	29	83	0	102	21	33	17	26	1.96
23578711--23578842	29	4.6	29	71	12	103	22	34	17	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23580929--23581167	125	1.9	125	88	0	361	40	21	20	16	1.91
23583715--23583763	18	2.7	18	75	12	55	42	18	16	22	1.88
23584031--23584080	23	2.2	23	82	13	59	40	20	16	24	1.91
23584115--23584209	27	3.5	26	81	5	100	24	20	16	38	1.92
23584131--23584221	27	3.4	27	79	7	96	23	18	20	37	1.94
23584225--23584481	27	9.7	27	85	2	324	36	15	14	33	1.88
23584225--23584482	106	2.4	106	87	2	358	36	15	14	33	1.88
23587762--23587932	43	4.0	41	74	13	148	24	14	26	33	1.94
23593026--23593128	29	3.6	28	81	5	116	21	16	33	29	1.95
23595115--23595190	38	2.0	38	100	0	152	36	18	23	21	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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