genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17468760--17468905	53	2.7	53	83	2	184	25	19	18	36	1.94
17480007--17480174	40	4.2	40	78	3	178	26	20	26	26	1.99
17480007--17480174	80	2.1	80	82	3	196	26	20	26	26	1.99
17488226--17488396	40	4.3	40	79	3	186	26	21	26	26	1.99
17488226--17488396	79	2.2	79	82	4	202	26	21	26	26	1.99
17494243--17494360	42	2.8	41	76	2	119	27	17	23	30	1.97
17499109--17499198	38	2.4	38	85	7	112	35	4	27	32	1.77
17502245--17502278	16	2.1	16	100	0	68	50	0	29	20	1.49
17504803--17504866	31	2.1	31	90	0	101	23	21	15	39	1.92
17505074--17505131	23	2.4	24	85	5	82	27	22	18	31	1.97
17505180--17505240	20	3.0	20	90	0	104	32	19	13	34	1.90
17505751--17505778	8	3.5	8	100	0	56	14	21	21	42	1.88
17507039--17507127	42	2.1	42	85	4	117	33	11	19	35	1.87
17509160--17509197	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
17510263--17510355	25	3.6	25	81	8	91	22	29	24	23	1.99
17510288--17510359	25	2.9	25	89	0	108	23	27	23	25	2.00
17513390--17513519	47	2.8	47	86	2	181	21	17	29	31	1.96
17515774--17515850	27	2.9	27	88	3	111	24	14	20	40	1.90
17515774--17515860	27	3.2	27	82	9	88	27	13	20	37	1.91
17515866--17516022	27	5.8	27	87	0	224	34	19	17	29	1.94
17515866--17516022	81	1.9	81	90	2	253	34	19	17	29	1.94
17516154--17516189	18	2.0	18	100	0	72	27	22	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17516343--17516401	18	3.3	18	74	9	66	23	18	16	40	1.91
17522082--17522324	29	8.4	29	77	6	154	37	12	25	25	1.91
17522133--17522358	115	2.0	116	89	4	350	36	11	26	24	1.90
17522197--17522361	29	5.7	29	80	7	140	36	12	29	22	1.90
17522162--17522408	86	2.8	88	81	6	222	36	12	26	24	1.91
17522191--17522408	29	7.5	29	77	10	119	36	12	27	23	1.91
17524290--17524329	20	2.0	20	100	0	80	30	10	20	40	1.85
17526303--17526401	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
17529440--17529466	14	1.9	14	100	0	54	37	14	33	14	1.88
17530447--17530857	199	2.1	199	99	0	804	28	16	23	31	1.96
17531194--17531220	5	5.4	5	100	0	54	22	0	0	77	0.76
17536034--17536064	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
17543143--17543396	55	4.8	54	79	10	269	36	17	24	21	1.95
17543591--17543621	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
17549182--17549263	30	2.7	30	92	0	128	26	9	26	36	1.88
17549590--17549964	50	7.9	45	76	13	176	27	19	29	23	1.98
17549787--17549967	50	3.6	50	88	4	251	27	20	30	20	1.98
17549596--17549965	94	3.9	99	76	12	274	27	20	30	22	1.98
17557364--17557588	40	5.7	40	90	2	303	23	23	27	26	2.00
17565609--17565810	79	2.5	79	88	4	291	24	21	26	27	1.99
17565609--17565789	40	4.6	40	93	2	285	23	20	27	28	1.99
17565609--17565857	79	3.2	80	85	5	258	24	22	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17569294--17569482	95	2.0	94	86	5	265	25	28	19	27	1.98
17571076--17571123	24	2.2	23	85	14	66	60	2	4	33	1.27
17571225--17571271	21	2.2	22	92	3	78	53	17	10	19	1.72
17571803--17572006	96	2.1	97	83	8	265	39	1	16	41	1.60
17571982--17572011	15	2.0	15	93	0	51	16	0	36	46	1.47
17572094--17572379	125	2.3	126	91	1	459	31	18	22	28	1.97
17574568--17574949	116	3.3	116	95	0	667	47	8	3	40	1.51
17575335--17575372	18	2.1	18	95	0	67	42	13	26	18	1.87
17575433--17575491	30	2.0	30	83	6	75	6	16	45	30	1.74
17577112--17577142	15	2.1	15	93	0	53	70	0	6	22	1.09
17577169--17577220	11	4.9	11	83	9	72	42	0	28	28	1.56
17577169--17577219	20	2.5	20	90	6	75	41	0	29	29	1.57
17577169--17577232	31	2.1	31	85	5	85	42	0	26	31	1.56
17578739--17578792	16	3.4	16	80	10	65	51	1	29	16	1.55
17582275--17582503	112	2.0	112	85	9	302	28	15	9	45	1.78
17582402--17582599	102	2.0	100	91	3	326	29	12	9	48	1.71
17583535--17583575	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
17583931--17583965	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
17592292--17592358	33	2.0	33	100	0	134	34	8	14	41	1.78
17593351--17593409	28	2.1	27	81	9	66	62	5	6	25	1.41
17593779--17593811	17	1.9	17	88	11	50	48	12	3	36	1.56
17594485--17594546	31	2.0	31	90	0	97	37	6	30	25	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17595988--17596144	27	5.9	27	84	3	194	22	14	21	42	1.88
17595988--17596113	53	2.4	53	90	1	200	23	13	20	42	1.87
17595988--17596138	80	1.9	78	86	2	212	23	13	21	41	1.89
17598603--17598822	40	5.6	40	82	6	252	25	26	22	24	2.00
17606390--17606609	40	5.6	40	82	6	252	25	26	22	24	2.00
17618365--17618550	48	3.9	48	82	2	205	26	20	25	26	1.99
17618368--17618550	96	1.9	96	84	4	244	26	21	25	26	1.99
17619704--17619770	20	3.3	20	97	0	125	20	32	31	14	1.93
17635605--17635650	20	2.3	20	92	3	76	13	21	43	21	1.86
17637531--17637577	23	2.1	21	81	14	51	74	2	4	19	1.09
17645774--17645911	48	2.9	46	82	4	168	27	21	21	28	1.99
17652218--17652291	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
17652159--17652291	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
17660049--17660122	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
17659990--17660122	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
17663629--17663665	9	4.1	9	100	0	74	45	0	21	32	1.52
17663622--17663663	5	9.0	5	80	15	54	45	0	19	35	1.50
17678192--17678228	17	2.2	17	100	0	74	40	10	21	27	1.86
17680447--17680481	16	2.2	16	100	0	70	17	5	31	45	1.71
17682075--17682114	8	4.9	8	84	6	53	35	25	0	40	1.56
17705721--17706099	48	7.9	47	80	5	305	26	19	28	25	1.99
17705734--17706099	96	3.8	96	78	5	364	26	19	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17708526--17708577	28	2.0	28	81	11	65	34	9	7	48	1.65
17713372--17713413	12	3.2	12	90	10	57	35	0	2	61	1.09
17721181--17721319	70	2.0	70	90	1	217	49	3	9	37	1.52
17721186--17721344	69	2.3	70	86	1	212	49	3	8	38	1.52
17721739--17721789	22	2.5	20	79	14	59	35	1	7	54	1.40
17722922--17722952	12	2.7	11	90	9	53	29	0	0	70	0.87
17722933--17722993	31	2.0	31	87	3	88	29	3	9	57	1.47
17723114--17723147	11	3.0	11	86	4	50	67	0	2	29	1.05
17725542--17725626	27	3.1	27	79	0	89	29	27	12	30	1.93
17730476--17730627	40	3.8	40	80	5	155	26	23	26	23	2.00
17730514--17730643	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
17735259--17735470	46	4.5	46	80	12	193	28	19	30	22	1.98
17745189--17745214	12	2.2	12	100	0	52	30	42	11	15	1.82
17749949--17750018	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
17757866--17757935	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
17760476--17760660	39	4.7	40	88	0	205	23	30	21	23	1.99
17760507--17760668	39	4.1	38	91	4	225	24	30	20	24	1.98
17760507--17760657	78	1.9	79	94	1	268	23	30	21	24	1.99
17767259--17767290	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
17767501--17767880	50	7.5	50	78	5	354	32	25	16	26	1.96
17767551--17767884	101	3.3	101	87	1	427	31	25	16	26	1.97
17767499--17767880	151	2.5	150	80	5	403	32	25	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17768236--17768282	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
17768503--17768561	30	2.0	30	82	0	73	27	27	6	38	1.81
17774338--17774489	39	3.9	39	92	1	243	23	32	21	23	1.98
17782081--17782234	39	3.9	39	92	1	247	24	31	20	22	1.98
17784233--17784290	26	2.2	26	96	0	107	43	13	13	29	1.83
17784423--17784544	46	2.6	46	84	7	140	31	19	26	22	1.98
17785742--17785782	22	1.9	21	85	5	55	12	39	26	21	1.89
17795566--17795655	40	2.2	40	82	7	121	24	28	23	23	1.99
17797939--17797985	24	2.0	25	84	16	64	44	4	27	23	1.72
17798541--17798597	23	2.5	23	85	0	87	10	28	36	24	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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