genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  265  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76256945--76257066	3	39.3	3	74	18	92	65	1	2	30	1.15
76256941--76257062	18	6.4	18	81	13	129	64	1	2	31	1.16
76256950--76257048	39	2.5	39	100	0	198	64	2	2	31	1.16
76257513--76257590	31	2.5	31	93	0	129	16	0	46	37	1.48
76257523--76257581	9	6.1	9	77	14	64	13	0	49	37	1.43
76257460--76257563	13	7.9	13	68	19	65	18	0	44	37	1.50
76257884--76258988	132	8.4	132	94	1	1851	25	24	18	31	1.97
76257841--76259001	44	26.4	44	75	9	915	25	24	18	31	1.97
76259013--76259461	206	2.2	205	91	1	702	28	21	18	30	1.97
76260633--76260783	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
76267352--76267398	19	2.5	20	89	6	71	42	8	21	27	1.81
76269781--76269836	21	2.7	21	75	22	64	71	1	1	25	1.05
76269781--76269833	22	2.4	22	75	15	56	71	1	1	24	1.06
76270000--76270057	3	18.0	3	86	10	55	62	5	0	32	1.18
76270132--76270206	3	24.3	3	72	20	50	64	1	4	30	1.20
76270130--76270206	12	5.8	12	76	20	57	63	1	3	31	1.20
76270606--76270715	13	8.7	13	70	24	76	15	0	49	35	1.45
76270612--76270678	35	1.9	35	96	0	125	11	0	49	38	1.40
76270630--76270724	22	4.3	22	76	7	95	16	0	47	35	1.47
76270621--76270715	44	2.1	47	88	7	142	15	0	47	36	1.46
76270665--76270746	31	2.6	32	90	5	132	18	0	45	36	1.50
76277411--76277451	16	2.6	15	85	11	55	53	0	4	41	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76278853--76278905	18	2.9	18	88	0	70	33	9	16	39	1.81
76278855--76278916	18	3.5	16	82	8	52	35	9	17	37	1.83
76285773--76285817	23	2.0	21	83	8	54	31	4	0	64	1.13
76286100--76286142	20	2.2	20	88	12	63	37	0	6	55	1.27
76286097--76286147	20	2.5	20	81	9	59	35	0	7	56	1.28
76296145--76296210	23	2.6	26	72	16	75	42	3	0	54	1.15
76297462--76297569	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
76304825--76304924	44	2.2	45	85	3	130	30	23	13	34	1.92
76304841--76304929	46	2.0	44	91	4	142	28	25	13	32	1.94
76315434--76315472	19	2.1	19	85	9	53	56	7	0	35	1.28
76322388--76322452	34	1.9	33	90	9	105	55	6	18	20	1.63
76322669--76322706	14	2.8	14	88	4	51	73	0	26	0	0.83
76323269--76324376	155	7.2	154	91	3	1736	58	7	5	27	1.49
76323534--76323609	30	2.8	25	76	17	80	68	2	3	25	1.20
76323269--76324376	311	3.6	308	93	4	1812	58	7	5	27	1.49
76323688--76323771	30	2.7	32	73	12	86	69	3	3	23	1.21
76324156--76324233	31	2.6	31	68	11	72	69	2	2	25	1.14
76335152--76335204	25	2.1	25	82	3	61	43	24	5	26	1.76
76335163--76335214	25	2.1	25	96	0	95	38	19	9	32	1.84
76343630--76343683	28	1.9	28	84	0	72	44	7	7	40	1.60
76354033--76354072	16	2.7	15	92	7	64	80	2	0	17	0.83
76354508--76354547	18	2.2	18	100	0	80	22	5	10	62	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76360152--76360651	250	2.0	250	98	0	964	36	19	13	31	1.90
76361205--76361240	18	1.9	18	88	5	54	69	2	0	27	1.02
76361726--76361762	3	12.0	3	94	5	65	67	0	0	32	0.91
76361725--76361762	16	2.4	16	95	4	69	68	0	0	31	0.90
76363868--76363927	31	1.9	31	83	6	77	5	26	1	66	1.21
76365215--76365261	20	2.3	20	85	3	58	61	6	2	29	1.32
76365230--76365269	20	2.0	20	85	4	55	57	7	2	32	1.40
76366859--76366891	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
76367016--76367073	30	1.9	30	89	0	89	56	10	5	27	1.54
76368256--76368291	4	8.8	4	93	6	63	22	0	0	77	0.76
76368254--76368291	13	3.0	13	96	3	69	23	0	0	76	0.79
76368420--76368445	6	4.3	6	100	0	52	0	80	0	19	0.71
76369716--76369747	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
76376187--76376211	10	2.5	10	100	0	50	92	0	8	0	0.40
76386889--76386933	22	2.0	22	86	0	63	48	17	2	31	1.59
76393017--76393042	13	2.0	13	100	0	52	15	38	15	30	1.88
76406409--76406435	10	2.7	10	100	0	54	51	0	7	40	1.30
76416659--76416712	27	2.0	27	86	13	76	61	3	1	33	1.25
76419253--76419296	22	2.0	22	95	0	79	45	13	11	29	1.79
76426073--76426102	7	4.3	7	91	0	51	10	43	3	43	1.54
76426116--76426154	8	5.0	8	96	3	71	0	35	0	64	0.94
76430348--76430517	85	2.0	85	98	0	331	41	15	9	33	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76433142--76433175	16	2.1	16	94	0	59	41	0	2	55	1.15
76434449--76434500	27	1.9	27	100	0	104	48	23	0	28	1.51
76436377--76436425	18	2.6	17	84	12	53	46	0	0	53	1.00
76436354--76436424	26	2.7	26	82	4	79	49	0	1	49	1.09
76437064--76437089	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
76442010--76442035	12	2.2	12	100	0	52	0	0	42	57	0.98
76445992--76446252	46	5.7	46	93	0	398	39	15	23	21	1.91
76445992--76446252	91	2.8	92	91	1	400	39	15	23	21	1.91
76445942--76446252	137	2.3	129	87	5	424	38	15	23	22	1.92
76451327--76451588	46	5.7	46	93	0	407	39	15	23	21	1.91
76451277--76451588	138	2.3	130	87	4	426	39	15	23	21	1.92
76458745--76458772	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
76472554--76472596	20	2.1	21	86	4	61	41	0	0	58	0.98
76474003--76474153	58	2.6	58	96	0	275	20	21	17	39	1.92
76476994--76477091	30	3.3	30	72	4	90	27	26	16	29	1.97
76482503--76482554	25	2.0	28	85	11	74	50	5	19	25	1.69
76489205--76489479	48	5.8	48	83	4	297	26	17	28	26	1.98
76489205--76489479	95	2.9	96	84	4	324	26	17	28	26	1.98
76489205--76489466	143	1.8	143	83	4	350	26	17	27	27	1.98
76491123--76491151	14	2.1	14	100	0	58	10	13	13	62	1.55
76494101--76494143	23	1.9	22	90	4	68	27	4	0	67	1.10
76494098--76494193	40	2.4	40	78	11	99	27	9	0	63	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76498440--76498493	27	2.0	27	100	0	108	18	25	11	44	1.83
76506683--76506715	5	6.6	5	86	13	50	81	0	0	18	0.68
76509667--76509868	107	1.9	104	87	5	298	40	5	16	37	1.71
76521018--76521078	32	1.9	32	93	0	104	14	52	18	14	1.75
76546263--76546295	17	2.0	17	88	5	50	27	0	6	66	1.15
76546268--76546330	18	3.6	18	80	8	58	30	0	4	65	1.13
76556791--76556835	2	23.0	2	82	13	58	51	0	2	46	1.13
76561105--76561178	36	2.1	36	100	0	148	20	25	13	40	1.89
76567670--76567708	15	2.6	14	84	11	51	41	7	0	51	1.31
76576491--76576577	39	2.2	39	85	6	113	29	19	19	31	1.97
76576596--76576841	115	2.2	114	80	5	268	27	21	18	32	1.97
76576944--76577001	27	2.1	27	81	12	66	68	5	3	22	1.24
76577154--76577186	7	4.7	7	96	0	57	24	0	27	48	1.51
76577224--76577259	15	2.4	15	90	0	54	22	0	33	44	1.53
76577206--76577330	44	2.9	44	76	1	126	29	0	25	44	1.54
76577210--76577319	22	5.0	21	67	12	60	28	0	26	45	1.54
76577431--76577459	8	3.8	8	90	9	51	6	0	37	55	1.27
76577402--76577481	37	2.2	36	84	8	117	13	0	37	48	1.43
76577431--76577459	15	1.9	15	100	0	58	6	0	37	55	1.27
76579097--76579180	26	3.2	25	93	3	132	33	5	25	35	1.80
76580967--76581252	136	2.1	137	94	0	502	25	17	24	32	1.97
76582447--76582482	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76582447--76582498	10	5.2	10	90	0	59	46	3	1	48	1.31
76583866--76584333	105	4.4	105	93	2	760	35	5	4	55	1.42
76583865--76584333	209	2.2	212	91	3	766	35	5	4	55	1.42
76584226--76584256	14	2.3	14	94	5	55	35	0	0	64	0.94
76584598--76584737	9	16.0	9	73	11	69	47	15	0	36	1.50
76584634--76584737	43	2.4	43	95	0	181	48	14	0	37	1.44
76584643--76584718	34	2.1	37	88	9	113	50	13	0	36	1.42
76592287--76592434	73	2.0	73	98	0	287	23	15	26	34	1.95
76592755--76592820	31	2.1	31	86	5	89	18	9	19	53	1.71
76599833--76599859	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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