genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  33  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8881678--8881924	40	6.2	40	81	7	270	31	14	19	34	1.92
8881675--8881924	80	3.1	79	85	2	306	32	14	19	34	1.92
8886370--8886409	18	2.2	19	86	4	55	32	2	2	62	1.22
8887540--8887592	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
8889074--8889157	26	3.2	26	93	0	141	36	26	4	32	1.77
8891930--8892351	136	3.1	136	97	0	781	32	24	18	24	1.97
8892598--8892650	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
8894133--8894242	26	4.2	26	92	0	175	37	23	5	33	1.78
8894650--8894680	3	10.3	3	92	0	53	29	0	3	67	1.06
8900904--8900937	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8901503--8901575	11	6.8	11	79	7	71	56	1	2	39	1.22
8904161--8904185	13	1.9	13	100	0	50	4	40	24	32	1.73
8908047--8908082	18	2.0	18	88	0	54	30	0	8	61	1.26
8908122--8908156	18	1.9	18	100	0	70	45	0	2	51	1.16
8908121--8908163	18	2.4	18	88	0	68	48	0	4	46	1.22
8908239--8908284	19	2.4	19	86	13	67	50	17	8	23	1.74
8908268--8908305	15	2.7	14	84	11	51	42	15	2	39	1.61
8908268--8908305	14	2.7	15	88	8	53	42	15	2	39	1.61
8908507--8908554	21	2.2	21	82	10	53	29	4	2	64	1.23
8909844--8910133	76	3.8	76	81	3	307	32	24	14	28	1.94
8910021--8910133	25	4.5	25	70	14	70	29	23	16	30	1.97
8913331--8913400	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8913331--8913412	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
8917182--8917334	33	4.6	33	87	0	198	15	9	34	40	1.79
8920755--8920807	15	3.5	15	75	10	54	15	26	26	32	1.95
8920746--8920815	30	2.3	30	95	0	122	20	30	24	25	1.99
8923966--8924169	102	2.0	102	98	0	390	42	15	10	31	1.81
8925225--8925300	23	3.3	23	75	0	71	47	18	17	17	1.83
8929551--8929763	76	2.8	76	83	0	246	34	24	14	26	1.94
8929654--8929766	25	4.5	25	66	14	70	32	26	13	27	1.93
8940175--8940244	31	2.3	31	87	0	95	38	8	10	42	1.69
8944068--8944097	16	1.9	16	93	6	53	40	0	3	56	1.16
8944197--8944241	22	2.0	22	84	16	58	42	0	8	48	1.34
8944437--8944470	9	3.8	9	88	0	50	44	14	11	29	1.81
8944519--8944603	30	2.8	30	94	0	152	21	41	0	37	1.53
8946965--8946995	16	1.9	16	93	0	53	48	6	19	25	1.72
8948687--8949004	46	6.9	46	91	1	433	22	22	13	41	1.89
8949042--8949173	54	2.4	54	81	10	142	31	24	16	27	1.96
8951130--8951177	11	4.2	11	79	10	60	64	0	0	35	0.94
8951124--8951179	24	2.3	24	87	3	76	60	1	0	37	1.07
8962909--8962958	26	1.9	26	100	0	100	30	12	20	38	1.88
8965892--8965934	20	2.1	20	82	4	50	41	4	6	46	1.51
8968479--8968523	23	1.9	24	86	4	65	35	33	0	31	1.58
8970433--8970465	6	5.5	6	100	0	66	15	0	0	84	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8973580--8973640	32	1.9	32	100	0	122	29	3	14	52	1.58
8973838--8973888	26	2.0	26	84	0	66	52	3	1	41	1.31
8976431--8976456	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
8984123--8984252	40	3.3	38	81	6	152	23	24	28	23	2.00
8984820--8984846	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8991083--8991173	48	1.9	46	84	4	119	37	13	8	40	1.75
8992314--8992345	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
9001118--9001165	22	2.2	20	85	10	60	33	0	14	52	1.42
9001118--9001175	22	2.6	23	81	10	59	32	3	13	50	1.59
9001137--9001180	18	2.4	18	76	0	52	38	4	11	45	1.61
9007777--9007832	25	2.3	24	81	6	67	35	5	3	55	1.40
9007757--9007957	59	3.4	58	72	11	169	35	4	5	54	1.45
9007910--9007977	26	2.5	27	81	15	79	33	7	2	55	1.42
9007717--9007947	116	2.0	117	89	1	358	35	4	5	54	1.44
9007935--9008024	41	2.3	39	84	9	112	33	5	3	57	1.38
9007777--9007957	24	7.7	23	68	22	78	35	4	5	53	1.46
9008298--9008369	18	4.0	17	80	18	67	33	4	1	61	1.24
9008298--9008369	37	2.0	37	82	15	89	33	4	1	61	1.24
9008529--9008560	17	1.9	16	93	6	55	34	0	6	59	1.23
9008555--9008621	28	2.3	30	80	12	77	31	7	4	56	1.47
9008633--9008678	16	2.6	17	77	19	51	26	2	8	63	1.35
9010730--9010842	27	4.2	26	83	7	127	38	23	23	15	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9010730--9010842	54	2.1	54	85	3	147	38	23	23	15	1.92
9015314--9015639	160	2.0	160	96	0	607	24	32	15	27	1.96
9016336--9016361	6	4.3	6	100	0	52	15	53	15	15	1.73
9018755--9018835	27	3.0	27	80	12	103	39	23	20	16	1.92
9026413--9026463	21	2.4	21	83	0	66	33	33	5	27	1.81
9026688--9026734	24	1.9	24	86	4	67	72	6	4	17	1.22
9027171--9027205	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
9027234--9027268	17	2.0	18	88	5	54	37	0	2	60	1.12
9037728--9037766	19	2.1	19	100	0	78	25	0	38	35	1.56
9039011--9039058	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
9039095--9039141	20	2.3	20	96	0	85	34	10	21	34	1.88
9039192--9039355	47	3.5	45	87	8	222	28	21	21	28	1.99
9039191--9039354	23	7.0	24	88	7	239	28	21	21	28	1.99
9039544--9039607	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
9046417--9046463	25	1.9	25	86	4	69	36	23	14	25	1.93
9046509--9046546	11	3.6	11	79	13	53	36	13	18	31	1.89
9046596--9046745	69	2.1	71	90	3	232	29	18	22	30	1.97
9046596--9046745	23	6.4	23	88	8	205	29	18	22	30	1.97
9046950--9047010	31	2.0	31	90	0	95	34	16	24	24	1.95
9049069--9049156	43	2.0	43	100	0	176	48	22	4	23	1.69
9061403--9061432	14	2.1	14	100	0	60	43	0	13	43	1.43
9066207--9066589	48	8.0	47	72	8	236	25	27	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9066210--9066576	96	3.8	95	75	3	265	25	27	17	29	1.98
9069471--9069569	28	3.5	29	93	5	159	32	28	12	27	1.92
9070023--9070054	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
9071949--9072118	93	1.8	93	87	2	252	21	17	30	30	1.96
9071959--9072128	46	3.7	46	77	14	161	20	17	30	31	1.96
9078990--9079033	15	2.9	15	77	12	54	11	15	15	56	1.66
9081473--9081640	46	3.6	46	74	6	169	20	17	29	31	1.96
9081466--9081637	93	1.8	93	91	2	283	20	19	30	30	1.97
9087448--9087520	27	2.7	26	79	8	76	36	23	8	31	1.84
9087535--9087811	27	10.3	27	90	0	392	29	22	8	39	1.84
9087815--9087982	27	6.2	27	82	5	142	42	20	7	29	1.79
9087805--9087982	81	2.2	81	82	4	216	42	19	7	30	1.78
9087815--9087982	54	3.1	54	83	3	196	42	20	7	29	1.79
9087832--9088013	54	3.4	52	79	8	163	40	20	8	30	1.82
9088001--9088278	27	10.3	27	89	0	423	33	20	21	24	1.97
9088004--9088296	134	2.2	134	89	4	430	33	20	21	24	1.97
9088698--9088785	6	14.3	6	71	17	65	18	18	15	47	1.83
9088698--9088776	31	2.5	31	87	0	113	17	18	15	48	1.82
9102375--9102402	13	2.2	13	100	0	56	39	14	0	46	1.44
9103344--9103385	21	2.0	21	100	0	84	28	9	14	47	1.75
9112751--9112889	42	3.3	42	78	2	145	30	14	27	28	1.95
9112734--9112889	84	1.9	84	87	2	233	30	15	25	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9118932--9118990	26	2.3	26	87	0	82	42	15	11	30	1.83
9122442--9122517	11	6.9	11	76	15	68	64	1	0	34	1.02
9122478--9122532	17	2.8	20	74	25	64	65	1	0	32	1.03
9122442--9122577	9	14.7	9	74	11	55	58	1	0	39	1.13
9122499--9122577	19	4.3	19	75	16	69	54	1	1	43	1.16
9122465--9122577	19	6.3	18	71	18	67	57	0	0	40	1.11
9124643--9125133	36	13.4	36	80	4	425	30	15	19	34	1.93
9124641--9125133	73	6.7	73	78	5	433	30	15	19	34	1.93
9124643--9125092	109	4.1	109	82	3	508	30	15	20	34	1.93
9126755--9126797	22	2.0	22	90	0	68	48	13	13	23	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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