genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5976863--5977166	85	3.8	80	76	13	306	31	20	17	30	1.96
5976792--5977156	155	2.4	155	88	5	535	31	21	18	29	1.96
5989465--5989507	21	2.0	23	86	9	63	55	2	6	34	1.39
5989540--5989599	11	5.2	11	75	16	50	60	3	3	33	1.30
5989533--5989609	25	3.0	25	75	11	75	58	3	2	35	1.30
5989779--5989827	26	1.9	25	84	12	64	55	2	6	36	1.37
5990288--5990315	14	2.0	14	100	0	56	42	0	57	0	0.99
5996592--5996621	12	2.5	12	94	0	51	30	0	13	56	1.37
5998212--5998370	54	2.9	54	80	0	192	25	26	16	31	1.96
6019621--6019670	24	2.1	24	100	0	100	30	8	12	50	1.68
6020550--6020586	18	2.1	18	100	0	74	40	21	10	27	1.86
6022347--6022389	8	5.0	8	78	15	50	37	0	4	58	1.19
6027503--6027554	12	4.1	12	76	13	50	34	5	3	55	1.42
6030838--6031433	144	4.1	144	94	0	953	32	15	23	28	1.95
6033877--6033911	18	1.9	18	88	0	52	28	0	2	68	1.04
6035002--6035031	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
6034998--6035060	27	2.3	26	76	10	63	38	0	11	50	1.38
6035810--6035843	17	1.9	18	88	5	52	26	8	5	58	1.51
6037239--6037281	21	2.0	22	86	4	61	72	0	13	13	1.13
6040272--6040308	16	2.2	18	90	9	60	56	32	5	5	1.45
6044399--6044508	26	4.2	26	94	0	184	33	5	24	36	1.79
6048710--6048777	19	3.7	19	90	7	113	36	13	11	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6048719--6048774	17	3.2	17	90	9	94	35	12	10	41	1.78
6049094--6049130	18	2.1	17	90	5	56	70	2	0	27	1.01
6049093--6049130	17	2.3	16	86	13	51	71	2	0	26	1.00
6049167--6049239	21	3.4	21	73	17	60	56	0	4	39	1.19
6049183--6049241	22	2.7	22	82	14	70	55	0	5	38	1.22
6049386--6049422	20	1.9	18	89	10	56	62	0	5	32	1.18
6049492--6049563	33	2.3	33	78	21	84	61	2	5	30	1.33
6049492--6049563	30	2.3	31	80	20	80	61	2	5	30	1.33
6049588--6049693	3	36.3	3	69	19	55	65	0	1	32	1.10
6049576--6049646	7	9.7	7	76	14	63	63	1	0	35	1.03
6049588--6049693	23	4.3	25	72	17	87	65	0	1	32	1.10
6052253--6052536	137	2.1	134	96	2	514	31	25	18	24	1.98
6054312--6054446	26	5.2	26	94	1	227	36	25	5	33	1.78
6054312--6054446	51	2.6	52	96	1	245	36	25	5	33	1.78
6058114--6058398	137	2.1	136	96	1	527	31	25	18	24	1.98
6060177--6060315	26	5.2	26	87	5	206	36	25	5	32	1.78
6060177--6060315	55	2.6	52	93	3	224	36	25	5	32	1.78
6064730--6064773	22	2.0	23	86	4	63	65	2	0	31	1.05
6064724--6064778	22	2.6	21	77	11	58	65	3	0	30	1.10
6068620--6068733	27	4.2	27	87	4	176	41	11	21	25	1.87
6068612--6068723	54	2.1	54	94	3	199	41	10	20	26	1.85
6069355--6069402	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6069401--6069459	3	19.3	3	92	3	100	30	1	0	67	1.00
6070002--6070085	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
6071574--6071622	25	2.0	25	84	8	64	38	20	16	24	1.92
6075758--6075867	26	4.2	26	97	0	184	33	5	24	36	1.79
6079705--6079790	24	3.6	22	74	18	66	33	5	0	60	1.21
6079883--6079959	30	2.6	29	74	13	77	32	5	1	61	1.26
6079904--6079952	15	3.0	17	74	14	50	28	4	2	65	1.22
6081274--6081361	3	30.0	3	85	4	99	34	6	0	59	1.24
6082838--6082865	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
6082835--6082872	18	2.2	17	90	4	58	42	0	0	57	0.98
6083575--6083674	41	2.4	41	90	3	148	35	23	22	20	1.96
6083606--6083683	41	1.9	41	89	0	120	32	25	21	20	1.98
6083670--6083983	41	7.6	41	89	2	423	22	20	29	26	1.99
6083670--6083983	165	1.9	165	86	1	441	22	20	29	26	1.99
6084293--6084342	18	2.7	18	84	3	64	44	4	2	50	1.32
6084763--6084796	15	2.3	15	89	0	50	52	0	11	35	1.38
6085756--6085786	10	3.1	10	90	0	53	38	6	9	45	1.63
6088231--6088515	136	2.1	136	94	1	500	32	24	18	24	1.97
6090293--6090376	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
6094135--6094416	134	2.1	135	94	4	498	31	25	18	24	1.97
6096190--6096273	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
6098295--6098350	15	3.8	15	80	20	73	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6098455--6098689	9	25.6	9	75	8	152	47	13	1	37	1.51
6098455--6098689	27	8.5	27	73	9	170	47	13	1	37	1.51
6098483--6098713	114	2.0	114	85	3	313	47	12	0	38	1.48
6104329--6104379	21	2.4	21	80	0	66	29	19	49	1	1.60
6104634--6104700	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
6104752--6104889	43	3.2	42	84	5	170	26	28	21	23	1.99
6104775--6104889	42	2.7	43	91	1	187	25	32	20	21	1.98
6105736--6105774	20	2.0	20	85	10	53	66	5	2	25	1.25
6108953--6109260	144	2.1	144	91	0	499	33	15	24	27	1.95
6110436--6110503	18	3.9	18	72	16	54	33	2	0	63	1.10
6116507--6116538	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
6116508--6116538	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
6120873--6120948	36	2.1	36	90	0	116	28	27	17	26	1.97
6130224--6130306	41	2.0	41	97	0	157	56	8	14	20	1.64
6133975--6134041	32	2.1	32	97	0	125	40	13	11	34	1.81
6134432--6134486	28	1.9	29	82	10	69	34	1	5	58	1.32
6134801--6134898	7	13.3	7	70	10	61	26	0	38	34	1.57
6134803--6134881	22	3.6	22	75	9	81	27	0	36	35	1.57
6134786--6134843	29	2.0	28	87	9	82	27	0	37	34	1.57
6134832--6134912	38	2.2	37	88	4	119	27	1	40	30	1.64
6134869--6134899	16	1.9	16	93	0	53	25	0	41	32	1.56
6134912--6135044	7	17.9	7	69	14	61	21	0	30	48	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6135009--6135057	23	2.1	23	85	7	64	22	2	34	40	1.66
6135098--6135165	23	3.0	23	71	12	61	23	2	42	30	1.69
6135279--6135346	26	2.6	27	93	4	113	42	7	4	45	1.52
6135461--6135490	15	2.0	15	100	0	60	26	0	0	73	0.84
6136635--6136735	31	2.9	35	81	17	129	22	22	14	39	1.91
6136658--6136739	31	2.6	31	98	0	155	24	20	13	41	1.88
6136927--6137093	24	7.0	24	91	3	248	26	21	22	29	1.99
6136926--6137093	71	2.3	71	89	4	248	26	21	22	29	1.99
6137144--6137203	20	3.0	20	90	0	102	33	20	11	35	1.88
6137246--6137293	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
6138532--6138878	27	12.9	27	86	6	364	41	7	21	29	1.81
6138802--6139054	27	9.4	27	87	1	208	32	8	21	37	1.84
6138532--6138878	81	4.3	81	83	5	407	41	7	21	29	1.81
6138534--6138919	54	7.1	54	83	4	287	39	8	21	30	1.82
6138928--6139059	27	4.9	27	93	0	210	31	7	20	40	1.80
6140116--6140152	13	2.8	13	87	0	56	27	32	0	40	1.57
6142179--6142345	9	19.1	9	73	8	105	46	17	0	35	1.53
6142189--6142256	33	2.1	33	91	0	109	52	13	1	32	1.49
6142163--6142327	85	1.9	88	87	3	246	46	16	0	36	1.52
6147173--6147243	35	2.0	35	94	0	124	18	46	9	25	1.79
6147622--6147675	12	4.6	12	90	4	92	75	7	1	14	1.09
6147615--6147674	23	2.7	23	89	2	95	75	8	1	15	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6148275--6148314	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
6148416--6148468	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
6148684--6148754	31	2.3	30	80	15	83	36	5	2	54	1.38
6158787--6158815	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
6158953--6158981	14	2.0	15	93	6	51	13	13	6	65	1.45
6159116--6159144	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
6158728--6160683	163	12.5	162	86	8	2509	29	17	19	33	1.95
6159149--6160723	72	20.5	72	79	14	1481	29	16	19	33	1.95
6159576--6159604	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
6159739--6159767	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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