genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  87  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26776941--26777041	43	2.3	43	86	5	150	32	16	14	35	1.90
26780679--26780850	46	3.7	46	79	12	183	30	19	27	23	1.98
26780725--26780989	94	2.8	89	79	12	248	26	18	28	26	1.98
26786382--26786511	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
26786398--26786549	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
26786398--26786547	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
26789957--26789981	6	4.2	6	100	0	50	32	16	0	52	1.44
26790319--26790361	13	3.3	13	78	12	52	30	20	0	48	1.50
26793228--26793400	46	3.8	46	76	15	187	27	30	21	20	1.98
26798712--26798883	92	1.9	93	93	1	301	27	29	22	20	1.98
26798705--26798879	46	3.8	46	77	14	198	28	29	21	20	1.98
26801977--26802018	2	21.0	2	85	0	57	42	4	2	50	1.36
26806440--26806598	43	3.7	43	77	10	155	20	20	28	29	1.98
26811935--26812457	48	10.9	48	78	1	555	28	19	26	25	1.98
26811935--26812457	96	5.4	96	92	0	848	28	19	26	25	1.98
26812906--26812931	9	2.9	9	100	0	52	19	0	11	69	1.18
26812994--26813110	50	2.3	53	89	5	179	35	14	13	36	1.86
26814239--26814368	40	3.3	39	83	4	163	23	25	28	23	1.99
26821469--26821579	39	2.8	40	86	9	140	24	26	28	20	1.99
26821466--26821594	40	3.3	38	83	4	159	23	24	28	23	1.99
26825882--26826044	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
26833806--26833968	39	4.2	39	91	0	263	23	33	20	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26836304--26836362	6	9.3	6	75	17	57	76	1	18	3	1.02
26836313--26836383	27	2.6	28	86	8	101	73	2	19	4	1.13
26836356--26836401	21	2.2	21	84	0	56	65	4	23	6	1.35
26836704--26836731	13	2.2	13	100	0	56	21	7	32	39	1.80
26838046--26838164	52	2.3	52	86	2	161	34	15	11	37	1.85
26838033--26838164	50	2.6	51	82	3	167	35	15	11	37	1.83
26838046--26838191	52	2.9	50	80	8	134	33	15	10	40	1.82
26838790--26838818	12	2.4	12	100	0	58	37	6	24	31	1.82
26842402--26842689	50	5.8	50	78	10	279	29	26	18	25	1.98
26843863--26843926	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
26844118--26844284	24	7.0	24	91	3	248	26	21	22	29	1.99
26844117--26844284	71	2.3	71	89	4	248	26	21	22	29	1.99
26844334--26844394	20	3.0	20	85	0	86	31	19	13	36	1.90
26844334--26844366	11	3.2	11	83	16	52	30	18	12	39	1.87
26844437--26844484	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
26845723--26846062	27	12.6	27	87	2	432	39	9	23	28	1.85
26850407--26850566	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
26850407--26850566	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
26858326--26858485	29	5.5	30	88	8	222	33	13	25	27	1.94
26858326--26858485	59	2.8	57	89	4	223	33	13	25	27	1.94
26858935--26859127	27	7.1	27	86	0	215	39	8	23	27	1.84
26858942--26859129	81	2.3	81	87	0	268	39	9	23	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26861845--26861974	40	3.2	40	81	4	156	23	27	24	23	2.00
26869915--26870043	40	3.2	40	81	5	156	24	27	24	23	2.00
26874821--26874921	28	3.5	30	83	6	127	30	13	26	28	1.94
26874821--26874921	29	3.5	29	81	9	116	30	13	26	28	1.94
26882989--26883237	50	5.0	49	77	4	223	32	26	16	24	1.96
26883046--26883227	101	1.8	101	86	2	267	31	26	17	24	1.97
26882992--26883272	50	5.5	53	74	9	160	33	26	15	24	1.95
26895223--26895268	24	1.9	24	86	0	65	47	0	4	47	1.21
26898938--26899010	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
26903382--26903445	33	1.9	34	87	3	94	26	26	21	25	2.00
26903411--26903474	27	2.3	29	76	17	73	26	26	23	23	2.00
26903641--26903711	27	2.6	27	86	4	90	33	22	22	21	1.97
26903848--26904010	27	6.1	27	77	4	125	25	20	19	34	1.96
26909912--26910093	39	4.6	39	86	1	238	24	21	30	23	1.99
26917632--26917718	43	2.0	43	93	0	147	28	11	24	35	1.90
26917632--26917735	43	2.4	43	87	6	131	29	10	23	36	1.88
26920361--26920511	43	3.5	43	78	10	157	29	13	23	33	1.93
26929627--26929730	43	2.4	43	90	3	147	35	24	12	27	1.91
26929568--26929725	86	1.8	85	82	9	205	32	25	13	27	1.94
26931274--26931475	53	3.8	53	85	0	233	33	14	24	27	1.94
26931632--26931728	29	3.4	28	76	11	99	31	17	23	26	1.97
26931757--26931820	29	2.3	27	76	10	74	34	20	20	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26937762--26937885	27	4.5	28	82	6	128	29	25	12	32	1.93
26942138--26942170	17	2.1	17	88	11	52	48	18	21	12	1.80
26959073--26959176	52	2.0	52	87	7	149	21	18	30	29	1.97
26962355--26962431	27	2.9	27	92	0	118	31	18	23	27	1.97
26962420--26962766	27	12.8	27	76	7	155	40	18	9	31	1.83
26962420--26962570	27	5.6	27	80	6	162	39	21	9	30	1.84
26962471--26962668	27	7.3	27	79	4	173	41	19	8	30	1.81
26962420--26962651	55	4.3	54	80	4	198	39	21	9	30	1.84
26962420--26962668	82	3.1	81	81	4	243	39	19	9	31	1.83
26962498--26962733	55	4.3	54	77	6	149	42	19	7	30	1.79
26963028--26963148	41	3.0	41	87	0	179	23	20	28	27	1.99
26963296--26963439	25	5.8	25	82	0	180	18	17	26	37	1.93
26963302--26963439	50	2.8	50	93	0	240	18	17	27	36	1.93
26966201--26966274	26	2.8	27	85	4	105	36	18	12	32	1.88
26966249--26966540	81	3.6	80	80	6	277	41	20	9	28	1.84
26966203--26966545	54	6.4	54	77	3	269	39	19	10	30	1.86
26966203--26966545	27	12.7	27	80	4	244	39	19	10	30	1.86
26966810--26966929	41	2.9	41	83	0	150	22	19	28	30	1.98
26967077--26967220	25	5.8	25	74	0	126	21	15	24	38	1.93
26967095--26967217	50	2.5	50	90	0	201	21	15	25	37	1.93
26973006--26973104	43	2.3	43	84	8	123	29	20	25	25	1.99
26974809--26974959	40	3.8	40	79	4	144	27	22	27	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26976430--26976476	20	2.3	20	88	0	76	31	2	29	36	1.70
26987193--26987273	43	1.9	42	87	7	119	32	25	16	25	1.96
26992878--26993060	49	3.7	48	82	7	208	28	26	18	25	1.98
26992878--26993060	100	1.8	100	92	0	312	28	26	18	25	1.98
26993289--26993342	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
27009664--27009710	26	2.0	25	84	16	64	51	12	2	34	1.52
27012160--27012279	41	2.8	41	81	8	125	30	25	19	25	1.98
27013375--27013403	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
27026374--27026402	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
27031560--27031729	40	4.2	40	98	0	322	28	29	20	21	1.98
27036041--27036210	93	1.8	93	91	2	279	29	27	21	22	1.99
27036036--27036204	46	3.7	46	74	15	168	30	26	20	23	1.98
27036630--27036690	30	2.0	30	90	0	95	31	24	8	36	1.85
27045575--27045644	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
27045575--27045656	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
27050708--27050820	43	2.7	42	76	5	129	32	16	23	26	1.96
27050903--27050949	20	2.3	20	81	0	58	36	2	25	36	1.68
27054494--27054571	39	2.0	39	97	0	147	32	15	14	38	1.87
27057708--27057770	27	2.3	27	81	5	74	26	20	17	34	1.95
27059592--27059699	40	2.7	40	88	0	171	23	26	25	25	2.00
27068576--27068742	40	4.2	40	89	0	244	22	20	29	26	1.99
27070867--27070925	16	3.1	19	76	23	61	49	3	0	47	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27070876--27070933	16	3.6	16	86	4	82	46	3	0	50	1.18
27089802--27089869	29	2.3	29	94	0	118	25	25	14	35	1.94
27089945--27089983	9	4.2	9	83	6	51	15	38	17	28	1.91
27090090--27090136	8	5.9	8	79	0	58	6	14	23	55	1.63
27090090--27090136	24	2.0	24	91	0	76	6	14	23	55	1.63
27093638--27093811	46	3.8	46	80	13	221	28	29	20	21	1.98
27093646--27093816	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	21	1.98
27101220--27101391	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
27101213--27101388	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
27103802--27103897	29	3.3	29	91	1	149	25	14	31	29	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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