genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6158728--6160728	619	3.2	621	96	2	3625	29	17	19	33	1.95
6160358--6160386	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
6161038--6161136	44	2.2	44	81	0	108	38	16	15	30	1.89
6161448--6161518	35	2.0	35	94	0	124	18	46	9	25	1.79
6161898--6161940	12	3.6	12	93	0	77	76	6	2	13	1.08
6162037--6162070	11	3.1	11	91	8	52	0	52	0	47	1.00
6162546--6162582	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
6162685--6162732	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
6162948--6163018	31	2.3	30	80	15	83	36	5	2	54	1.38
6168097--6168154	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
6171640--6171668	14	2.0	15	93	6	51	68	6	13	10	1.37
6185432--6185460	11	2.6	11	100	0	58	48	17	17	17	1.82
6187900--6187959	10	6.0	10	84	11	79	68	1	8	21	1.25
6199720--6199951	76	3.1	75	83	5	288	34	19	19	25	1.96
6199669--6199951	152	1.9	152	84	4	383	35	19	19	25	1.95
6203748--6204172	144	3.0	144	90	1	629	30	15	24	28	1.96
6207669--6207789	55	2.2	55	86	2	172	41	17	9	31	1.82
6208453--6208479	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
6213647--6213683	9	4.2	9	86	6	58	2	18	0	78	0.87
6213647--6213683	13	2.8	13	84	15	58	2	18	0	78	0.87
6214286--6214326	16	2.6	16	85	11	50	9	17	0	73	1.09
6215327--6215423	48	2.0	48	93	0	167	21	14	17	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6223671--6223706	19	1.9	19	94	5	65	63	5	19	11	1.46
6223663--6223706	19	2.4	19	88	3	63	65	4	20	9	1.38
6224667--6224695	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
6225123--6225170	25	2.0	24	84	12	62	60	2	2	35	1.20
6225865--6225929	3	22.0	3	81	12	73	30	0	4	64	1.14
6244871--6244910	18	2.2	18	86	0	53	77	2	0	20	0.88
6244919--6244947	13	2.2	13	100	0	58	58	0	0	41	0.98
6244922--6244951	7	4.4	7	91	8	53	63	0	0	36	0.95
6249078--6249133	13	4.3	13	93	0	85	55	21	12	10	1.67
6249292--6249347	28	2.0	28	96	0	103	42	8	14	33	1.77
6250533--6250563	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
6251007--6251068	3	20.7	3	74	12	56	38	1	0	59	1.07
6251010--6251068	18	3.3	17	81	9	73	38	1	0	59	1.08
6251147--6251273	12	10.7	12	67	23	65	33	3	4	59	1.34
6251141--6251203	26	2.5	24	78	16	65	34	0	6	58	1.23
6251151--6251263	20	5.6	21	71	25	66	34	3	4	57	1.36
6251245--6251284	21	1.9	21	85	10	55	27	5	2	65	1.27
6251332--6251393	30	2.1	30	84	0	79	32	3	3	61	1.28
6251355--6251405	14	3.4	15	76	15	52	33	1	1	62	1.17
6251400--6251462	24	2.7	23	73	14	65	34	6	3	55	1.41
6251499--6251557	20	2.7	22	79	7	68	35	5	3	55	1.38
6251513--6251559	22	2.0	22	84	8	58	34	2	4	59	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6255040--6255196	72	2.2	72	83	2	199	31	12	25	29	1.93
6256175--6256213	20	2.0	20	85	10	53	23	2	5	69	1.21
6256174--6256221	21	2.3	20	76	13	53	27	2	4	66	1.21
6266438--6266612	47	3.7	46	85	4	217	27	18	22	32	1.97
6266378--6266612	94	2.4	99	82	6	277	26	17	24	31	1.97
6266763--6266848	42	2.0	42	97	0	163	39	9	24	26	1.85
6267446--6267470	13	1.9	13	100	0	50	24	16	32	28	1.96
6274051--6274160	41	2.6	43	75	5	109	28	27	17	27	1.97
6275459--6275484	12	2.2	12	100	0	52	7	15	30	46	1.74
6276079--6276111	12	2.8	12	95	0	57	45	0	9	45	1.35
6280313--6281754	240	6.0	240	95	0	2591	34	17	14	33	1.90
6280321--6281763	482	3.0	480	95	0	2620	34	17	14	33	1.90
6280313--6281754	722	2.0	719	95	0	2609	34	17	14	33	1.90
6281965--6282108	39	4.0	39	78	20	195	45	22	0	31	1.53
6281954--6282125	66	2.6	66	90	3	274	46	22	0	30	1.56
6281965--6282024	21	3.0	21	83	7	72	46	23	0	30	1.52
6281948--6282126	9	19.2	9	77	8	171	46	22	0	30	1.56
6287646--6287689	21	2.1	21	91	0	70	25	20	54	0	1.45
6287985--6288425	42	10.4	42	88	4	602	25	22	21	30	1.99
6287985--6288425	85	5.2	83	91	3	609	25	22	21	30	1.99
6290390--6290451	18	3.4	18	76	12	65	64	3	3	29	1.25
6290382--6290451	36	2.0	34	83	10	88	64	2	2	30	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6294254--6294422	72	2.3	71	78	7	180	31	11	24	31	1.91
6295872--6295896	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
6295949--6295987	17	2.2	18	86	13	55	64	12	2	20	1.40
6296762--6296820	31	2.0	30	83	6	75	50	10	1	37	1.46
6297055--6297100	22	2.1	22	100	0	92	56	0	4	39	1.19
6304024--6304056	17	1.9	17	88	11	50	30	0	0	69	0.88
6304171--6304207	19	1.9	19	100	0	74	32	8	27	32	1.86
6306895--6306919	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
6313501--6313584	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
6318974--6319025	25	2.0	25	81	3	59	26	13	21	38	1.90
6320506--6320589	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
6322309--6322413	53	2.0	53	81	5	124	21	14	10	53	1.71
6322786--6322977	64	3.0	64	92	0	339	30	17	15	36	1.91
6323041--6323347	131	2.3	131	88	2	447	28	21	24	25	1.99
6323316--6323429	44	2.6	44	81	0	138	26	19	25	28	1.98
6323310--6323510	89	2.3	87	80	7	210	28	18	21	31	1.97
6323365--6323802	228	1.9	226	85	4	594	33	18	20	28	1.96
6323668--6323892	94	2.4	94	79	3	220	33	18	18	29	1.95
6324619--6324668	19	2.7	18	87	9	73	36	2	14	48	1.55
6324688--6324772	43	2.0	43	90	4	136	29	7	12	50	1.67
6328300--6328475	46	3.8	45	78	12	196	19	21	30	28	1.98
6328296--6328468	93	1.9	93	93	2	303	20	21	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6331387--6331485	28	3.5	27	83	6	101	29	23	16	31	1.96
6332317--6332344	13	2.2	13	100	0	56	64	7	21	7	1.43
6334953--6335000	19	2.6	19	83	3	62	33	2	16	47	1.58
6336524--6336578	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
6340167--6340222	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
6345896--6345992	31	3.1	30	88	5	140	38	6	14	41	1.71
6346015--6346079	34	1.9	34	96	0	121	53	18	4	23	1.62
6346924--6346961	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
6349520--6349546	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
6356708--6356757	10	5.0	10	86	13	68	70	2	8	20	1.23
6359711--6359765	27	2.0	27	92	0	92	14	10	21	52	1.72
6360113--6360162	15	3.5	15	69	20	52	60	20	4	16	1.52
6360113--6360172	28	2.1	28	100	0	120	58	20	3	18	1.53
6361780--6361828	19	2.5	20	87	9	66	55	6	0	38	1.25
6361797--6361893	18	5.2	18	71	11	70	58	2	1	38	1.16
6361839--6361886	20	2.4	20	79	6	53	66	0	2	31	1.03
6370854--6370913	30	2.0	30	100	0	120	33	13	10	43	1.77
6373567--6373660	47	2.0	48	95	2	172	37	19	10	32	1.86
6390904--6390971	15	4.5	15	94	0	109	10	13	16	60	1.59
6391499--6391589	41	2.2	41	98	0	173	29	8	32	28	1.87
6391765--6391844	29	2.8	29	80	3	99	40	5	25	30	1.77
6406619--6406680	25	2.5	25	94	0	106	19	22	14	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6406971--6406999	6	4.8	6	100	0	58	68	0	0	31	0.89
6415787--6415894	26	4.2	26	91	0	180	37	24	6	32	1.81
6419208--6419273	32	2.1	32	100	0	132	37	15	0	46	1.46
6422044--6422120	13	5.8	14	76	8	63	42	0	19	37	1.51
6422044--6422122	40	2.0	40	92	0	131	41	0	21	36	1.53
6427394--6427426	8	4.2	8	96	3	59	21	0	0	78	0.75
6427394--6427434	16	2.8	15	86	13	59	21	0	0	78	0.76
6434341--6434381	8	4.9	8	93	6	64	36	0	0	63	0.95
6438287--6438362	29	2.6	29	87	4	100	36	26	1	35	1.65
6439108--6439181	15	4.9	15	93	0	121	59	14	13	12	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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