genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.132.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  132  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39288059--39288126	36	1.9	35	84	3	91	35	4	2	57	1.34
39288030--39288140	58	1.9	58	82	14	140	35	5	2	56	1.36
39288115--39288173	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
39288131--39288179	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
39288334--39288381	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
39288334--39288385	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
39289904--39289939	12	3.0	12	91	0	54	27	22	5	44	1.75
39297270--39297757	73	6.5	73	84	8	613	28	16	22	32	1.96
39297399--39297428	13	2.3	13	100	0	60	13	13	6	66	1.43
39297413--39297796	146	2.6	146	91	4	598	27	17	21	33	1.96
39297778--39297805	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
39297814--39298037	74	3.0	72	88	3	313	26	17	22	33	1.96
39297648--39297956	166	1.9	165	89	2	485	27	17	22	32	1.96
39298019--39298046	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
39298053--39298476	72	5.6	72	73	15	343	28	15	22	33	1.95
39297574--39298518	238	4.0	239	96	1	1727	27	16	21	34	1.95
39298257--39298284	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
39298126--39298433	164	1.9	164	89	2	476	28	16	21	33	1.95
39298292--39298513	74	3.0	70	85	7	273	26	16	22	34	1.95
39298493--39298542	14	3.6	14	81	7	57	22	12	2	64	1.37
39298507--39298539	15	2.2	15	94	0	57	21	9	0	69	1.15
39299289--39299522	30	7.8	30	89	1	321	27	47	3	21	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39299316--39299398	18	5.3	18	61	31	55	25	48	3	22	1.67
39299289--39299508	119	1.8	120	92	0	370	27	46	3	21	1.68
39300060--39300222	25	6.0	29	71	16	93	34	6	4	55	1.44
39300029--39300234	54	3.9	54	74	15	155	34	5	4	55	1.42
39300180--39300228	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
39300390--39300429	8	5.3	7	90	6	53	32	0	2	65	1.06
39300383--39300427	16	2.9	15	90	6	63	31	2	2	64	1.18
39301227--39301311	27	3.1	27	73	9	75	21	20	18	40	1.92
39304605--39304662	6	9.3	6	94	5	98	67	1	31	0	1.01
39304604--39304662	19	3.1	19	92	7	102	67	1	30	0	1.00
39313364--39313431	24	2.7	24	84	6	73	36	14	7	41	1.74
39315406--39315474	24	2.9	23	77	14	59	44	2	20	31	1.66
39315390--39315474	25	3.5	23	75	13	64	47	4	17	30	1.68
39323423--39323464	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
39328976--39329151	27	6.5	27	85	2	219	39	19	9	31	1.83
39328993--39329194	81	2.5	81	78	4	192	39	18	8	33	1.82
39330939--39330979	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
39337164--39337189	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
39337592--39337677	33	2.5	34	96	3	156	44	19	12	23	1.85
39343185--39343343	85	1.9	85	81	5	196	27	21	24	27	1.99
39348794--39348863	28	2.5	28	90	0	113	37	10	24	28	1.88
39354807--39354848	22	2.0	22	86	13	63	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39354810--39354843	16	2.2	15	89	5	50	55	0	0	44	0.99
39357177--39357243	10	6.6	10	83	6	82	37	10	19	32	1.86
39357177--39357243	21	3.3	21	89	4	93	37	10	19	32	1.86
39357183--39357255	32	2.3	31	83	2	83	36	12	17	32	1.87
39357289--39357367	25	3.2	24	78	7	77	34	16	21	27	1.95
39362526--39362582	26	2.1	27	96	3	107	31	8	14	45	1.75
39371243--39371350	41	2.7	40	84	5	146	22	14	27	35	1.93
39371243--39371391	81	1.8	81	83	0	199	23	14	28	33	1.94
39375402--39375905	49	10.4	49	93	1	845	32	8	29	29	1.86
39379871--39380078	40	5.2	40	88	1	285	23	21	28	26	1.99
39379867--39380078	80	2.7	80	90	2	329	23	21	28	26	1.99
39383804--39383857	15	3.5	15	71	14	56	3	20	0	75	0.95
39383787--39383860	31	2.4	31	95	2	132	5	25	0	68	1.10
39383843--39383942	42	2.3	43	83	10	123	8	31	5	56	1.50
39385755--39385802	25	2.0	24	95	4	87	41	20	4	33	1.72
39386407--39386449	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
39386472--39386653	95	2.0	93	84	6	244	39	18	7	34	1.78
39386748--39386787	17	2.4	17	87	8	55	67	0	5	27	1.11
39386735--39386851	9	12.6	9	70	17	71	62	0	3	34	1.12
39386747--39386865	27	4.3	26	74	16	89	62	0	5	31	1.23
39386736--39386841	45	2.3	47	77	16	116	64	0	3	32	1.12
39386765--39386851	28	3.1	28	80	8	106	62	0	3	34	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39386729--39386841	46	2.5	44	79	12	122	63	0	3	32	1.11
39386801--39386867	29	2.4	27	80	14	73	61	1	4	32	1.25
39386838--39386882	21	2.1	21	84	8	56	60	4	8	26	1.46
39387146--39387188	7	5.4	8	91	8	54	20	4	0	74	1.00
39387146--39387204	25	2.3	26	82	8	68	22	5	0	72	1.03
39389989--39390024	18	2.1	18	89	5	56	25	30	33	11	1.90
39390291--39390315	13	1.9	13	100	0	50	20	16	8	56	1.65
39390586--39390653	27	2.5	27	87	0	82	22	19	17	41	1.91
39397323--39397412	37	2.4	37	96	0	162	25	33	17	23	1.96
39397452--39397603	48	3.2	48	98	0	286	32	28	5	33	1.81
39397595--39397977	49	7.9	49	93	2	648	28	27	9	34	1.88
39397595--39397981	96	4.0	96	95	1	684	28	27	9	34	1.88
39397595--39397981	145	2.7	145	92	3	688	28	27	9	34	1.88
39401443--39401595	80	1.9	80	86	0	216	28	26	18	26	1.98
39401445--39401627	40	4.6	41	83	8	191	28	27	19	25	1.98
39403624--39403714	37	2.4	37	96	1	164	25	32	18	23	1.97
39403754--39403905	48	3.2	48	98	0	286	32	28	5	33	1.81
39403897--39404278	49	7.9	49	92	2	639	29	27	9	34	1.88
39403897--39404282	96	4.0	96	94	2	675	28	27	9	34	1.88
39403897--39404280	193	2.0	192	94	1	680	28	27	9	34	1.88
39406685--39406869	40	4.7	40	82	7	209	23	22	27	25	2.00
39406685--39406867	79	2.3	81	82	7	223	24	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39406686--39406891	79	2.6	79	77	12	217	24	22	27	25	2.00
39417856--39417974	43	2.8	43	79	3	134	33	21	16	27	1.95
39418302--39418340	19	2.1	19	100	0	78	43	15	0	41	1.46
39431254--39431285	15	2.2	15	94	5	57	43	25	12	18	1.85
39433457--39433643	39	4.7	40	74	7	150	24	24	27	24	2.00
39438402--39438466	24	2.6	26	85	4	80	33	20	12	33	1.89
39438422--39438522	24	4.1	24	73	10	80	31	22	14	30	1.94
39448434--39448468	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
39448722--39448797	22	3.7	21	78	11	59	40	18	6	34	1.76
39448761--39448829	17	3.8	18	84	7	95	36	15	11	36	1.84
39449180--39449453	45	6.1	45	78	8	279	25	28	15	29	1.96
39449180--39449363	89	2.1	90	89	1	280	25	29	14	30	1.94
39449393--39450008	78	7.8	78	85	5	817	26	24	17	31	1.97
39449718--39450008	155	1.9	156	88	3	444	26	23	17	32	1.97
39449950--39450543	220	2.7	220	91	0	922	26	21	18	33	1.97
39461388--39461546	27	5.9	27	80	11	157	35	20	23	20	1.96
39461388--39461546	54	3.0	54	85	2	214	35	20	23	20	1.96
39461652--39461714	26	2.3	26	83	5	72	30	11	25	33	1.90
39463129--39463211	26	3.2	26	94	0	148	34	26	6	32	1.81
39468702--39468727	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
39470370--39470619	49	5.1	49	92	2	382	33	7	28	31	1.84
39470530--39470608	22	3.4	22	66	17	61	32	7	27	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39471273--39471298	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
39472314--39472472	27	5.9	27	82	10	191	34	22	23	18	1.96
39472314--39472472	54	3.0	54	89	2	241	34	22	23	18	1.96
39473876--39474047	93	1.8	93	94	0	308	28	29	20	20	1.98
39473869--39474044	46	3.8	46	78	12	207	29	29	20	20	1.98
39476854--39476961	26	4.2	26	91	0	180	37	25	7	30	1.83
39484489--39484824	169	2.0	169	95	0	609	29	5	25	39	1.79
39487476--39487597	37	3.3	37	97	0	226	21	33	19	25	1.97
39487699--39487864	49	3.4	49	96	0	305	29	33	9	28	1.88
39492567--39492596	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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