genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  8  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2146100--2146140	17	2.3	18	83	4	57	29	7	9	53	1.60
2148864--2148945	23	3.6	23	80	3	94	15	23	24	36	1.94
2153630--2153667	17	2.2	19	86	13	55	44	0	13	42	1.43
2153658--2153698	9	4.7	9	90	3	66	43	0	2	53	1.13
2157788--2157813	12	2.2	12	100	0	52	0	42	23	34	1.54
2183152--2183234	26	3.3	26	88	3	89	24	26	22	26	2.00
2183166--2183234	26	2.7	26	93	2	113	20	27	24	27	1.99
2185914--2186083	43	4.0	43	77	6	175	27	14	25	32	1.95
2187562--2187666	53	2.0	53	88	0	156	25	20	26	26	1.99
2189824--2189959	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
2193975--2194046	35	2.1	35	100	0	144	37	19	11	31	1.87
2219624--2219668	21	2.1	22	83	4	56	57	0	4	37	1.19
2221020--2221064	23	1.9	24	90	4	74	51	2	4	42	1.34
2222887--2223072	87	2.1	91	85	6	254	43	20	6	29	1.77
2223114--2223193	39	2.1	39	81	13	94	60	1	2	36	1.18
2223488--2223577	19	4.6	20	75	13	73	32	4	1	62	1.22
2223523--2223648	47	2.7	47	72	14	118	31	2	2	63	1.20
2223655--2223826	92	1.9	91	85	6	240	41	7	13	37	1.74
2224443--2224476	13	2.6	13	80	0	50	47	8	0	44	1.34
2231188--2231212	13	1.9	13	100	0	50	48	20	8	24	1.76
2231907--2231990	31	2.7	31	78	7	80	44	2	5	47	1.40
2233649--2233686	18	2.0	20	90	10	62	23	13	10	52	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2233841--2234055	112	1.9	112	94	0	376	33	17	6	41	1.76
2234217--2234261	15	2.9	15	83	6	54	40	0	6	53	1.27
2234910--2234935	13	2.0	13	100	0	52	30	23	0	46	1.53
2241073--2241101	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
2242161--2242306	45	3.0	45	67	16	121	41	4	33	21	1.72
2242150--2242333	99	1.9	99	86	6	266	41	4	33	21	1.73
2245705--2245737	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2249939--2249972	16	2.1	16	100	0	68	52	11	5	29	1.61
2252982--2253019	17	2.3	16	90	4	58	42	0	2	55	1.14
2260593--2260814	69	3.2	69	85	1	302	24	14	26	34	1.94
2266940--2267047	47	2.3	49	80	8	123	30	1	9	58	1.40
2268519--2268605	44	2.0	44	97	0	165	41	24	11	22	1.87
2269174--2269306	45	3.0	44	79	7	139	32	27	17	22	1.96
2270431--2270573	47	3.3	47	69	23	157	41	9	2	46	1.48
2270420--2270584	83	2.0	83	100	0	330	41	9	3	46	1.52
2274408--2274602	49	4.3	42	87	6	162	30	26	13	30	1.94
2274460--2274694	49	4.8	49	91	2	332	31	26	12	29	1.93
2274435--2274741	98	3.3	96	82	7	287	30	26	13	29	1.94
2274763--2274880	31	3.8	31	89	0	173	25	26	20	27	1.99
2274856--2274984	50	2.5	51	91	2	215	25	21	17	35	1.95
2277888--2278007	43	2.8	43	87	0	168	38	23	20	18	1.93
2281272--2281329	21	2.5	23	83	16	84	34	10	3	51	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2282402--2282443	22	2.0	21	86	13	61	69	0	2	28	1.01
2283822--2283860	19	2.0	20	85	5	53	48	0	2	48	1.15
2290697--2290771	37	2.0	37	100	0	150	26	13	21	38	1.90
2291917--2292044	69	1.9	69	93	1	222	42	1	3	51	1.29
2301235--2301325	45	2.0	44	81	8	103	29	21	7	40	1.81
2305649--2305678	14	2.1	14	93	0	51	16	0	36	46	1.47
2306641--2306668	14	2.0	14	100	0	56	42	7	21	28	1.79
2308481--2308563	43	2.0	43	85	4	116	50	2	22	24	1.61
2314420--2314527	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
2321805--2321912	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
2325390--2325529	57	2.4	58	80	7	142	34	15	19	30	1.93
2327347--2327442	48	2.0	48	97	0	183	34	6	26	33	1.81
2328295--2328361	25	2.7	25	85	0	89	23	20	19	35	1.95
2335332--2335422	25	3.6	25	83	2	103	20	18	20	39	1.93
2335275--2335430	25	6.3	25	74	10	90	25	21	18	34	1.96
2335291--2335430	50	2.8	49	75	10	149	25	21	17	35	1.95
2346553--2346627	37	2.0	38	84	2	98	24	25	28	22	2.00
2354529--2354571	21	2.0	21	86	8	61	16	13	18	51	1.77
2354550--2354649	40	2.5	40	81	1	130	14	18	26	42	1.87
2358363--2358411	22	2.3	21	83	10	64	65	4	4	26	1.29
2360991--2361047	8	7.1	8	76	21	57	49	0	0	50	1.00
2360991--2361049	30	1.9	32	89	6	95	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2362897--2363006	26	4.2	26	90	0	166	34	6	23	35	1.80
2362897--2363006	52	2.1	52	93	0	184	34	6	23	35	1.80
2364488--2364540	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
2366144--2366182	12	3.2	12	92	0	69	7	30	46	15	1.74
2370977--2371086	26	4.2	26	91	0	175	33	6	24	35	1.81
2374317--2374586	41	6.6	41	77	9	212	35	22	17	24	1.95
2374317--2374586	82	3.3	80	80	5	290	35	22	17	24	1.95
2374696--2374726	11	2.8	11	100	0	62	29	9	0	61	1.28
2376247--2376357	40	2.7	39	86	6	141	30	19	23	26	1.98
2386624--2386726	31	3.4	29	78	8	116	53	5	1	38	1.36
2388828--2389093	46	6.0	45	85	8	339	22	23	14	39	1.91
2389006--2389081	38	2.0	38	100	0	152	21	26	18	34	1.96
2391227--2391278	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
2391970--2392098	64	2.0	64	90	3	206	29	16	14	39	1.88
2392252--2392657	177	2.3	177	89	0	616	31	20	21	26	1.98
2394166--2394197	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2394197--2394236	16	2.5	16	84	8	55	35	2	2	60	1.24
2394539--2394569	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2394999--2395309	126	2.5	126	87	1	424	27	14	19	38	1.91
2397811--2397848	4	9.5	4	100	0	76	50	0	23	26	1.50
2404146--2404171	13	2.0	13	100	0	52	23	0	30	46	1.53
2415988--2416176	49	3.8	49	83	2	243	29	25	17	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2415994--2416181	100	1.9	100	94	0	331	29	26	19	25	1.98
2424079--2424197	58	2.1	58	100	0	238	39	17	15	27	1.90
2430752--2431304	288	1.9	287	95	1	1000	40	19	9	30	1.83
2432014--2432058	19	2.4	19	78	14	56	60	0	0	40	0.97
2432065--2432221	10	16.2	10	67	22	68	63	3	2	31	1.24
2432065--2432183	19	6.2	19	72	17	68	64	2	3	29	1.22
2432113--2432216	28	3.6	28	79	8	104	61	2	2	32	1.25
2432114--2432221	57	1.9	57	84	7	148	62	2	2	32	1.24
2432083--2432212	67	1.9	67	81	3	154	63	3	3	30	1.24
2432452--2432487	18	1.9	19	94	5	65	36	2	0	61	1.11
2432520--2432741	88	2.5	88	83	3	250	32	9	17	40	1.82
2435002--2435071	31	2.3	31	85	5	88	22	2	38	35	1.69
2435119--2435160	22	1.9	22	85	9	59	4	16	0	78	0.91
2445731--2445837	27	3.9	27	83	9	119	17	23	21	37	1.94
2445731--2445840	54	2.0	54	84	3	141	17	23	20	38	1.93
2461400--2461479	42	1.9	42	89	5	126	51	5	3	40	1.42
2461959--2462012	2	27.5	2	84	3	74	51	1	0	46	1.11
2462817--2462886	19	3.7	19	70	10	54	64	4	0	31	1.13
2465974--2466031	32	1.9	30	82	10	73	53	12	5	29	1.59
2466054--2466084	16	1.9	16	93	0	53	58	0	0	41	0.98
2468436--2468460	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2472972--2473013	22	1.9	22	95	0	75	35	14	19	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2474884--2474913	15	2.0	15	100	0	60	40	0	20	40	1.52
2476810--2476890	28	2.8	28	78	12	83	48	3	4	43	1.42
2478654--2478750	48	2.0	48	84	4	124	24	26	7	41	1.81
2481330--2481386	3	19.0	3	100	0	114	33	0	0	66	0.92
2494126--2494162	18	2.1	18	100	0	74	37	16	10	35	1.83
2498251--2498325	20	3.8	20	69	22	59	41	2	10	45	1.53
2502799--2502926	50	2.5	50	88	1	193	38	13	14	33	1.85
2504252--2504302	6	8.3	6	75	12	50	3	19	1	74	1.07
2506718--2507161	226	2.0	226	97	0	836	45	13	9	30	1.76
2507144--2507265	50	2.4	51	81	2	165	39	13	14	31	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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