genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76832996--76833231	90	2.6	91	82	4	289	37	17	13	30	1.89
76833153--76833378	74	3.0	72	83	8	292	32	20	16	30	1.95
76835142--76835256	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
76835142--76835275	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
76840773--76840887	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
76840773--76840906	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
76853205--76853259	25	2.3	23	78	12	58	43	3	16	36	1.65
76853662--76853698	9	4.1	9	85	0	56	62	0	0	37	0.96
76853659--76853696	18	2.1	18	95	0	67	63	0	0	36	0.95
76853769--76853805	19	1.9	19	94	0	65	51	2	13	32	1.55
76853862--76853917	24	2.3	24	82	14	62	57	8	3	30	1.47
76853889--76853963	30	2.5	30	81	10	82	56	6	2	34	1.40
76854001--76854044	23	2.0	22	90	4	70	61	6	0	31	1.22
76854000--76854069	29	2.3	30	83	9	81	61	7	0	31	1.23
76857851--76857876	11	2.4	11	100	0	52	34	0	19	46	1.50
76860588--76860648	3	20.0	3	89	3	95	62	0	0	37	0.96
76861143--76861205	25	2.4	25	77	12	65	58	1	1	38	1.17
76861156--76861203	25	2.0	24	91	4	78	58	2	0	39	1.10
76863765--76863907	71	2.0	71	100	0	286	22	16	19	41	1.90
76865991--76866042	20	2.7	20	78	3	61	55	3	0	40	1.18
76866338--76866382	22	2.0	22	100	0	90	51	8	17	22	1.73
76867037--76867095	23	2.6	23	79	15	61	42	13	6	37	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76883967--76883999	14	2.4	14	95	5	59	57	15	6	21	1.59
76892128--76892191	29	2.2	29	86	5	94	31	51	1	15	1.53
76892322--76892364	11	3.8	11	87	3	59	27	0	25	46	1.53
76892593--76892709	60	1.9	60	84	10	157	29	3	4	63	1.30
76892684--76892720	19	2.0	18	94	5	65	32	0	0	67	0.91
76892692--76892746	14	3.9	14	80	4	58	38	0	1	60	1.08
76893188--76893424	127	1.9	126	95	0	429	29	16	16	37	1.90
76896455--76896498	20	2.2	20	87	4	61	50	25	2	22	1.61
76896558--76896590	14	2.4	14	85	5	50	45	9	6	39	1.61
76899355--76899432	18	4.1	18	72	15	66	48	19	1	30	1.57
76899375--76899442	23	3.2	23	68	20	74	48	17	2	30	1.62
76899357--76899442	41	2.1	41	100	0	172	48	17	2	31	1.60
76899917--76899957	14	3.1	14	79	10	50	56	7	0	36	1.27
76900412--76900446	15	2.4	14	86	9	52	74	0	2	22	0.95
76900566--76900611	22	2.1	22	84	8	58	47	28	2	21	1.62
76902462--76902505	22	2.0	22	100	0	88	31	18	13	36	1.90
76904293--76904323	15	2.1	15	100	0	62	45	6	6	41	1.55
76904779--76904811	16	2.0	17	88	5	50	69	3	0	27	1.03
76907581--76908260	342	2.0	337	92	3	1117	27	13	18	41	1.87
76919134--76919168	18	1.9	18	88	0	52	42	0	0	57	0.99
76919127--76919219	13	6.9	13	71	12	55	34	1	0	64	1.01
76919149--76919220	31	2.3	31	79	9	76	34	1	0	63	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76919166--76919217	26	2.0	27	84	3	70	34	1	0	63	1.06
76920359--76920428	31	2.3	30	83	11	90	38	7	1	52	1.38
76920748--76920795	18	2.8	17	81	6	60	60	4	2	33	1.27
76924427--76924460	17	2.0	17	94	0	59	32	0	8	58	1.29
76926319--76926439	61	2.0	61	91	3	199	29	14	14	42	1.84
76930942--76930966	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
76931701--76931758	23	2.5	23	94	0	107	36	17	10	36	1.84
76941074--76941110	18	2.1	18	90	10	58	43	0	5	51	1.24
76946277--76946452	50	3.5	49	77	7	176	25	17	27	29	1.97
76946952--76947007	26	2.2	26	96	0	103	32	7	25	35	1.83
76948497--76948551	26	2.1	26	86	6	76	38	23	14	23	1.92
76951842--76951940	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
76953682--76953747	28	2.3	28	82	7	71	33	0	6	60	1.21
76954695--76954744	15	3.3	15	82	0	73	36	2	12	50	1.51
76955390--76955430	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
76956499--76956562	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
76956777--76956872	23	4.1	23	89	1	138	29	18	22	29	1.98
76956923--76956969	20	2.3	20	92	0	76	36	21	10	31	1.88
76957006--76957053	25	1.9	25	86	0	69	29	16	20	33	1.95
76958065--76958103	21	1.9	21	89	5	62	48	0	33	17	1.48
76958110--76958142	12	2.6	13	85	4	50	57	0	36	6	1.23
76964502--76964576	28	2.5	30	89	8	109	18	24	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76964791--76964886	23	4.1	23	94	1	156	29	21	20	28	1.98
76964937--76965003	20	3.3	20	85	0	98	32	20	11	34	1.90
76965041--76965088	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
76966147--76966186	12	3.2	12	85	3	53	52	0	40	7	1.30
76969104--76969155	26	2.0	26	100	0	104	42	30	7	19	1.79
76969822--76969891	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
76977633--76977702	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
76980634--76980665	15	2.1	15	100	0	64	28	6	25	40	1.79
76981084--76981147	21	3.0	22	76	15	71	29	0	6	64	1.18
76982100--76982149	15	3.3	15	78	10	66	38	2	10	50	1.48
76982154--76982186	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
76982235--76982276	21	2.0	22	86	13	61	45	0	23	30	1.53
76982809--76982849	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
76984754--76984795	18	2.3	18	95	0	75	26	21	23	28	1.99
76984812--76985022	109	1.9	109	82	0	260	30	17	12	39	1.87
76985012--76985116	31	3.4	31	84	6	131	28	25	18	27	1.98
77003925--77003965	20	2.0	20	86	9	57	60	0	7	31	1.24
77006135--77006181	22	2.2	21	88	3	67	59	0	0	40	0.97
77009763--77009795	8	4.1	8	96	0	57	84	3	0	12	0.72
77013178--77013220	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
77016895--77016946	25	2.1	25	92	0	86	32	15	9	42	1.79
77028497--77028529	5	6.6	5	100	0	66	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77030038--77030089	20	2.7	20	79	11	54	65	0	0	34	0.93
77031591--77031673	41	2.0	41	92	0	139	48	2	36	13	1.55
77033814--77033869	22	2.6	23	83	11	73	42	3	0	53	1.18
77035745--77035906	47	3.4	47	83	1	200	28	14	26	30	1.95
77043090--77043161	30	2.4	29	82	13	76	51	1	9	37	1.44
77043567--77043606	18	2.2	19	86	8	57	22	0	7	70	1.12
77052854--77052901	18	2.8	17	84	12	62	70	4	2	22	1.15
77052876--77052923	18	2.4	21	76	13	57	66	8	2	22	1.29
77052854--77052893	16	2.4	16	87	8	53	70	5	2	22	1.19
77054985--77055023	19	2.0	19	85	5	51	48	0	5	46	1.24
77055990--77056038	22	2.2	23	85	3	64	59	4	8	28	1.45
77062312--77062356	20	2.1	22	84	8	58	44	0	11	44	1.39
77067519--77067564	24	1.9	24	90	0	74	17	10	32	39	1.84
77068062--77068108	20	2.5	19	83	13	53	57	4	2	36	1.30
77069755--77069818	32	2.0	32	100	0	128	21	18	12	46	1.82
77071919--77072054	25	5.6	25	88	5	188	19	28	19	32	1.96
77077853--77077933	34	2.4	34	89	4	119	7	24	8	59	1.53
77084200--77084332	47	2.8	47	94	2	223	40	22	12	24	1.88
77085113--77085193	42	1.9	42	92	0	135	6	27	8	58	1.52
77085113--77085209	42	2.3	42	87	3	133	8	25	7	58	1.53
77087090--77087135	17	2.8	17	78	18	53	26	4	2	67	1.21
77088603--77088645	10	4.2	10	85	14	61	32	0	2	65	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77088606--77088645	19	2.0	21	90	9	66	30	0	2	67	1.04
77095664--77095693	15	2.1	15	93	6	53	40	10	13	36	1.78
77101106--77101135	15	2.0	15	93	0	51	16	0	0	83	0.65
77101759--77101805	16	3.2	15	85	8	53	63	0	0	36	0.94
77102579--77102622	3	14.7	3	100	0	88	65	0	34	0	0.93
77104256--77104289	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
77108258--77108289	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
77108505--77108692	103	1.8	101	83	8	245	42	3	4	48	1.42
77109669--77109714	23	2.0	22	83	4	56	41	13	4	41	1.63
77110854--77110924	15	4.7	15	78	16	67	2	16	1	78	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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