genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  172  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51198671--51198706	19	1.9	18	88	5	54	0	16	0	83	0.65
51198691--51198731	19	2.1	20	86	4	57	19	24	0	56	1.42
51206689--51206716	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
51207487--51207522	18	2.0	18	88	0	54	47	5	19	27	1.72
51213979--51214044	28	2.4	27	90	9	107	19	10	27	42	1.84
51213989--51214047	28	2.1	28	100	0	118	16	11	25	45	1.82
51215673--51215710	20	1.9	20	94	0	67	55	10	0	34	1.34
51217197--51217293	28	3.5	28	91	4	153	20	8	25	45	1.79
51217914--51217975	27	2.3	27	94	0	106	27	14	16	41	1.87
51217958--51218081	54	2.3	54	88	0	185	31	7	19	41	1.78
51217929--51218081	81	1.9	81	84	8	204	31	9	18	40	1.82
51217958--51218081	27	4.6	27	82	4	153	31	7	19	41	1.78
51218065--51218135	27	2.6	27	80	4	81	29	5	26	38	1.79
51222900--51222970	37	1.9	37	100	0	142	12	5	12	69	1.36
51228093--51228276	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
51228133--51228321	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
51236213--51236396	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
51236253--51236441	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
51241730--51241913	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
51241770--51241958	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
51249837--51249876	20	2.2	20	86	13	59	50	22	0	27	1.50
51250147--51250525	48	7.9	48	79	6	340	25	29	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51250152--51250525	143	2.6	144	84	4	479	25	29	19	26	1.99
51254049--51254100	27	1.9	27	92	0	86	44	11	19	25	1.84
51265499--51265523	13	1.9	13	100	0	50	48	0	4	48	1.20
51275056--51275166	52	2.1	51	90	3	168	17	18	16	48	1.81
51275548--51275572	13	1.9	13	100	0	50	32	4	8	56	1.47
51276369--51276414	23	2.0	23	86	0	65	34	6	0	58	1.24
51278823--51278864	18	2.3	18	100	0	84	40	16	9	33	1.81
51280843--51280954	27	4.2	26	84	5	102	22	23	18	35	1.96
51280841--51280954	54	2.1	53	84	9	151	21	22	19	35	1.96
51284948--51285040	29	3.2	29	98	0	177	25	27	16	30	1.96
51284911--51285040	58	2.2	58	84	2	163	25	31	16	26	1.96
51292102--51292126	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
51292227--51292349	29	4.2	29	98	0	237	26	27	15	30	1.96
51292190--51292349	58	2.8	58	90	1	196	26	31	15	26	1.96
51292190--51292349	87	1.8	87	86	2	232	26	31	15	26	1.96
51294252--51294285	17	2.0	17	88	0	50	58	0	11	29	1.33
51298903--51299017	31	3.8	31	87	4	164	28	25	15	30	1.96
51299040--51299173	42	3.2	42	96	0	250	34	20	14	31	1.92
51299314--51299364	25	2.1	25	92	3	86	31	23	17	27	1.97
51299321--51299390	25	2.8	25	89	4	97	28	24	21	25	1.99
51300318--51300547	27	8.4	27	78	7	151	31	7	20	40	1.80
51300295--51300533	54	4.4	54	76	8	223	30	8	20	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51300526--51300709	27	6.8	27	92	0	269	40	6	22	30	1.79
51300526--51300733	27	7.7	27	90	0	236	38	6	22	32	1.80
51300535--51300733	81	2.5	81	88	0	263	39	7	22	31	1.80
51307763--51307800	20	1.9	20	88	0	58	68	10	18	2	1.30
51315337--51315382	23	2.0	23	100	0	92	39	8	4	47	1.54
51316708--51316872	43	3.9	42	78	7	154	33	26	15	24	1.95
51319495--51319620	46	2.7	44	80	9	135	26	19	30	23	1.98
51323794--51324018	124	1.8	124	85	3	319	30	10	24	34	1.89
51324025--51324141	40	2.9	40	83	5	139	23	26	28	21	1.99
51331886--51332110	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
51332105--51332233	40	3.2	40	82	5	156	22	24	29	23	1.99
51340714--51340806	40	2.3	40	98	0	177	22	29	22	25	1.99
51348734--51348943	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
51354219--51354288	29	2.4	29	85	0	86	18	31	12	37	1.89
51354219--51354303	29	2.9	28	77	6	80	21	29	14	35	1.92
51358178--51358218	14	3.1	14	79	10	50	43	26	17	12	1.84
51358204--51358398	43	4.6	43	82	5	225	32	26	15	25	1.96
51358210--51358461	86	3.0	85	80	7	264	31	26	15	26	1.96
51358249--51358461	82	2.5	82	78	10	225	31	26	15	25	1.96
51359147--51359485	23	14.7	23	75	3	135	36	23	5	35	1.77
51359147--51359528	46	8.3	46	81	4	412	36	23	4	35	1.77
51359135--51359505	69	5.4	69	77	6	378	36	23	5	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51361226--51361357	29	4.6	29	83	1	149	25	32	16	25	1.96
51368719--51368851	29	4.6	29	78	5	126	27	32	15	25	1.95
51370857--51370946	2	45.0	2	97	0	171	50	48	0	1	1.08
51372946--51373169	47	4.8	47	77	10	178	25	28	16	29	1.97
51372945--51373169	94	2.4	93	80	7	240	25	28	16	29	1.97
51376173--51376380	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
51376173--51376378	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
51384314--51384521	40	5.2	39	85	1	236	25	26	22	25	2.00
51384314--51384521	80	2.6	80	85	1	265	25	26	22	25	2.00
51388619--51388650	16	2.0	16	100	0	64	37	37	0	25	1.56
51392236--51392443	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
51392236--51392441	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
51399846--51399972	63	2.0	63	93	0	218	31	29	11	27	1.91
51400022--51400292	47	5.8	47	80	6	250	25	27	17	29	1.98
51401489--51401576	43	2.0	43	82	4	106	30	28	15	25	1.96
51417218--51417265	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
51417312--51417367	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
51417301--51417367	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
51417301--51417375	40	1.9	39	89	5	116	34	12	20	33	1.89
51417415--51417533	45	2.6	47	94	4	215	28	20	21	30	1.98
51417416--51417533	23	5.1	23	94	4	211	27	20	21	30	1.98
51417748--51417811	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51422078--51422140	31	2.0	31	100	0	126	15	15	30	38	1.89
51425413--51425469	20	3.0	20	92	5	91	35	12	21	31	1.90
51425406--51425470	20	3.4	19	89	4	87	33	12	21	32	1.90
51425520--51425613	23	4.0	24	86	9	131	27	21	22	28	1.99
51425807--51425870	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
51428226--51428273	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
51428317--51428375	20	3.0	20	94	0	100	35	11	22	30	1.90
51428426--51428568	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
51428426--51428568	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
51428426--51428569	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
51428760--51428854	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92
51429514--51429617	54	1.9	54	94	0	181	19	20	32	27	1.96
51431584--51431608	13	1.9	13	100	0	50	52	32	0	16	1.44
51433529--51433598	22	3.2	22	65	15	63	21	24	11	42	1.85
51433524--51433611	44	2.0	44	100	0	176	20	22	11	45	1.83
51443198--51443235	18	2.1	18	95	0	67	13	15	26	44	1.83
51450726--51450757	15	2.2	15	94	5	57	59	0	0	40	0.97
51455645--51455734	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
51455645--51455759	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
51462492--51462664	46	3.7	46	76	13	192	28	30	20	20	1.98
51462499--51462670	93	1.8	93	92	0	290	28	29	20	20	1.98
51462541--51462679	47	3.0	46	69	16	108	30	28	18	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51465405--51465522	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
51465373--51465536	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
51472982--51473099	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
51472950--51473113	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
51484152--51484256	27	3.8	28	82	6	108	20	25	19	34	1.96
51484152--51484242	27	3.2	28	82	4	112	23	27	18	30	1.98
51484142--51484256	55	2.1	56	85	8	155	20	25	20	33	1.97
51501677--51502088	27	15.3	27	85	4	454	40	9	21	27	1.84
51501678--51502088	81	5.1	81	84	4	515	40	9	21	27	1.84
51502124--51502186	27	2.3	27	86	5	83	41	11	19	28	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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