genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.178.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  178  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53113765--53113954	20	8.8	22	66	22	57	36	2	2	59	1.21
53113772--53113833	29	2.1	28	88	8	88	37	0	0	62	0.95
53113802--53113839	19	2.0	19	94	0	67	34	0	0	65	0.93
53113896--53113958	9	6.2	10	74	17	58	33	1	1	63	1.13
53114129--53114193	18	3.5	18	76	12	69	38	4	4	52	1.43
53118098--53118183	28	3.0	28	86	3	127	30	29	12	27	1.93
53118241--53118275	17	2.1	17	88	0	52	20	37	22	20	1.95
53118391--53118445	24	2.3	23	78	9	65	12	21	14	50	1.76
53119540--53119576	16	2.2	17	90	4	58	8	2	35	54	1.44
53122431--53122540	57	1.9	57	83	3	141	28	28	16	27	1.97
53122442--53122553	28	4.0	29	79	4	104	29	28	15	26	1.96
53122763--53122815	16	3.4	15	82	5	61	9	18	18	52	1.72
53122762--53122815	24	2.3	23	84	6	72	11	18	18	51	1.74
53128783--53128830	25	1.9	25	84	16	64	62	4	0	33	1.14
53139292--53139333	21	2.0	21	100	0	84	42	14	14	28	1.84
53142702--53142748	21	2.2	21	78	14	53	34	6	4	55	1.45
53142633--53142739	40	2.6	43	77	15	109	35	3	1	58	1.26
53144525--53144591	20	3.3	20	87	0	98	31	13	22	32	1.92
53144640--53144760	24	5.0	24	90	7	183	28	20	22	28	1.99
53144640--53144769	49	2.6	48	86	9	183	30	19	22	27	1.98
53144954--53145012	30	2.0	30	93	0	100	35	16	22	25	1.95
53150705--53150893	24	8.0	24	88	4	260	28	21	21	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53150726--53150893	47	3.6	47	89	3	257	28	20	20	29	1.98
53150726--53150892	23	7.1	23	91	2	244	28	20	20	29	1.98
53150951--53151006	9	5.9	9	76	12	58	35	21	7	35	1.81
53150939--53151008	20	3.5	20	86	3	106	32	21	10	35	1.87
53152807--53152908	29	3.6	29	80	7	118	29	31	16	22	1.96
53152780--53152937	57	2.8	57	89	0	217	29	29	19	21	1.98
53152780--53152936	28	5.6	27	75	8	125	29	28	19	21	1.98
53152968--53153142	40	4.4	40	94	1	298	27	25	20	26	1.99
53154625--53154807	46	4.0	46	90	0	276	25	31	8	34	1.85
53154824--53154899	22	3.3	22	66	28	59	25	28	11	34	1.91
53154781--53154924	47	3.1	46	85	4	198	27	29	9	33	1.88
53158253--53158326	39	1.9	38	83	2	94	45	20	13	20	1.84
53158293--53158625	41	8.2	41	80	2	330	34	24	15	25	1.95
53159148--53159227	38	2.1	39	88	4	117	28	2	25	43	1.67
53159600--53159624	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
53160097--53160143	15	3.3	15	82	8	53	48	2	0	48	1.13
53164018--53164070	15	3.4	15	85	10	70	16	9	13	60	1.58
53164018--53164070	16	3.4	16	89	2	81	16	9	13	60	1.58
53164275--53164381	46	2.3	47	93	3	189	44	14	0	41	1.44
53164283--53164398	9	13.0	9	71	13	62	44	15	0	39	1.47
53169440--53169468	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
53181415--53181475	24	2.5	24	83	0	77	31	29	14	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53187197--53187257	24	2.5	24	83	0	77	31	29	14	24	1.95
53189277--53189326	22	2.3	21	80	12	57	64	4	10	22	1.41
53200700--53200758	29	2.0	29	96	0	109	35	11	16	35	1.86
53203069--53203196	43	3.0	43	89	2	186	50	2	22	24	1.60
53205034--53205216	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
53212463--53212645	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
53214358--53214445	44	2.0	44	100	0	176	40	15	15	27	1.88
53226533--53226600	28	2.5	27	92	4	111	42	27	10	19	1.83
53230645--53230713	28	2.5	28	92	2	113	42	27	10	20	1.84
53234935--53235003	28	2.5	28	92	2	113	42	27	10	20	1.84
53236432--53236468	18	2.1	18	100	0	74	45	10	16	27	1.80
53247452--53247978	177	3.0	178	86	2	751	31	18	22	28	1.97
53247810--53248112	134	2.3	134	84	3	396	30	18	22	29	1.97
53247899--53248328	132	3.2	132	84	5	512	30	20	21	27	1.98
53247544--53248499	309	3.1	307	77	6	969	30	19	22	27	1.98
53248165--53248660	177	2.8	177	82	4	590	30	19	21	28	1.98
53266210--53266253	22	2.0	22	100	0	88	59	4	9	27	1.48
53267851--53267920	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
53275768--53275837	27	2.5	28	97	2	133	28	12	27	31	1.93
53277743--53277780	2	19.0	2	94	0	67	52	0	0	47	1.00
53278859--53278960	50	2.0	50	82	0	123	41	19	8	30	1.82
53278947--53279066	35	3.4	35	78	4	134	41	19	10	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53280587--53280731	35	4.1	35	76	6	132	26	13	18	41	1.87
53280699--53280795	50	1.9	50	85	0	131	30	9	20	39	1.84
53282348--53282535	40	4.7	40	89	1	270	25	28	21	23	1.99
53287904--53287997	45	2.1	45	95	0	170	44	15	9	29	1.79
53293301--53293415	57	2.0	57	96	0	212	23	33	13	29	1.93
53301083--53301162	23	3.3	23	79	6	79	35	12	23	28	1.91
53306874--53306926	20	2.7	20	84	0	70	37	18	9	33	1.83
53310873--53310907	18	2.1	17	89	10	54	45	2	14	37	1.59
53312019--53312077	31	1.9	31	92	0	100	33	18	22	25	1.96
53312081--53312147	31	2.2	31	86	0	89	26	20	25	26	1.99
53313558--53313639	26	3.2	26	96	0	146	31	6	25	36	1.81
53315417--53315690	137	2.0	136	97	0	512	24	18	25	32	1.97
53320759--53320866	26	4.2	26	96	0	198	31	6	25	36	1.82
53322648--53322936	137	2.1	137	94	0	506	24	19	24	31	1.98
53325852--53326027	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
53325848--53326019	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
53328976--53329044	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
53328967--53329054	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
53331438--53331613	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
53331434--53331605	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
53334563--53334631	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
53334554--53334641	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53337020--53337195	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
53337016--53337187	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
53339591--53339632	19	2.2	20	86	4	59	26	19	7	47	1.74
53347614--53347921	86	3.6	86	90	2	420	35	21	23	19	1.96
53347720--53348027	130	2.4	128	74	10	300	34	22	21	22	1.97
53347642--53348027	43	8.9	42	71	11	217	34	21	22	22	1.97
53347614--53347964	86	4.0	86	89	2	418	35	21	22	20	1.96
53347978--53348323	134	2.6	134	92	0	568	30	21	23	24	1.99
53348333--53348467	51	2.9	46	76	16	150	32	19	19	28	1.96
53351610--53351652	23	2.0	23	86	9	63	44	9	6	39	1.64
53353947--53354079	34	3.9	34	80	11	146	18	22	24	34	1.96
53367379--53367409	16	1.9	16	93	0	53	35	0	16	48	1.46
53370163--53370382	39	5.6	39	91	1	314	30	27	20	21	1.98
53372691--53372756	21	3.1	21	82	0	87	10	21	34	33	1.88
53374735--53374912	40	4.5	40	85	6	211	24	27	24	23	2.00
53374735--53374912	80	2.2	80	86	4	236	24	27	24	23	2.00
53376171--53376207	6	6.5	6	81	12	51	0	16	0	83	0.64
53376171--53376207	17	2.2	17	90	0	56	0	16	0	83	0.64
53383401--53383459	2	30.0	2	96	3	111	49	0	0	50	1.00
53383550--53383606	27	2.1	27	81	12	64	36	5	0	57	1.21
53389958--53389984	11	2.5	11	100	0	54	18	0	0	81	0.69
53393498--53393555	30	1.9	30	89	0	89	41	6	22	29	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53394017--53394331	64	4.8	65	77	6	271	32	14	27	25	1.94
53398265--53398379	42	2.7	41	86	6	151	27	26	14	31	1.95
53398498--53398677	31	5.8	31	90	2	254	26	26	20	27	1.99
53398660--53398780	49	2.4	51	89	6	185	26	23	14	36	1.92
53401603--53401631	14	2.0	15	93	6	51	58	0	0	41	0.98
53402319--53402344	9	2.9	9	100	0	52	42	0	0	57	0.98
53404312--53404539	46	5.0	47	90	2	322	22	22	14	40	1.90
53406661--53406712	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
53407644--53407781	62	2.2	62	81	7	163	25	18	28	26	1.98
53410080--53410236	43	3.7	43	67	16	119	27	19	22	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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