genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.151.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  151  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44794424--44794448	6	4.2	6	100	0	50	16	16	0	68	1.22
44812808--44812906	40	2.3	43	83	8	123	25	17	27	30	1.97
44812808--44812928	44	2.9	41	78	10	120	25	18	25	30	1.98
44814678--44814803	46	2.7	46	92	2	191	30	26	19	22	1.98
44814680--44814822	46	3.1	46	75	15	136	30	27	19	22	1.98
44815231--44815290	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
44831038--44831091	18	3.0	18	81	8	65	37	11	12	38	1.79
44835049--44835073	13	1.9	13	100	0	50	20	16	8	56	1.65
44835108--44835146	13	3.1	13	85	3	53	5	7	17	69	1.32
44836100--44836161	30	2.1	30	84	0	79	37	6	24	32	1.81
44836823--44837074	68	3.8	64	78	10	217	30	16	28	24	1.97
44841168--44841317	67	2.2	66	81	8	169	32	17	29	21	1.96
44841192--44841375	67	2.8	64	78	8	203	29	17	30	22	1.97
44847566--44847832	40	6.7	40	83	0	291	27	22	24	25	2.00
44847567--44847834	80	3.3	80	86	1	358	26	22	25	25	2.00
44849244--44849307	33	2.0	32	87	3	92	34	20	25	20	1.96
44854847--44854978	40	3.4	39	92	6	223	30	28	20	21	1.98
44867528--44867734	40	5.2	40	82	1	182	21	26	24	28	1.99
44867553--44867734	80	2.3	80	83	0	220	21	26	23	28	1.99
44867875--44868012	36	3.6	40	86	8	160	22	28	22	26	1.99
44867563--44868131	280	2.0	283	94	2	1011	28	24	16	30	1.96
44875853--44876011	40	4.0	40	80	3	149	19	27	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44875902--44876015	40	2.8	40	86	0	156	21	28	23	27	1.99
44881438--44881592	42	3.7	42	84	3	204	29	25	16	29	1.96
44887035--44887298	43	6.1	43	94	0	420	22	17	33	25	1.96
44887699--44887744	21	2.2	21	84	0	56	2	50	19	28	1.60
44889767--44890135	183	2.0	183	96	0	675	42	14	15	27	1.86
44890206--44890235	14	2.2	13	94	5	51	36	13	0	50	1.42
44893052--44893116	26	2.5	27	94	2	107	30	0	46	23	1.53
44893072--44893119	11	4.0	11	75	19	51	29	0	47	22	1.51
44893060--44893116	26	2.2	26	100	0	114	29	0	52	17	1.45
44893060--44893105	15	3.3	15	74	20	55	30	0	54	15	1.41
44893397--44893454	28	2.1	28	83	6	73	36	29	1	32	1.68
44893431--44893474	21	2.1	21	91	0	70	34	34	2	29	1.70
44893402--44893506	49	2.1	50	81	8	117	41	30	0	26	1.62
44893696--44893722	7	3.9	7	100	0	54	29	55	0	14	1.40
44893711--44893754	21	2.0	22	91	4	72	43	38	0	18	1.50
44893828--44894088	41	6.4	41	88	2	391	20	24	20	34	1.96
44893970--44894119	41	3.7	39	77	7	122	20	22	20	36	1.95
44897675--44897736	31	2.0	31	96	0	115	25	17	25	30	1.97
44904596--44904727	29	4.6	29	86	0	156	30	15	30	24	1.95
44909375--44909515	31	4.5	31	94	0	237	28	25	17	29	1.97
44909537--44909630	42	2.2	42	90	3	145	35	21	14	28	1.93
44909776--44909923	25	5.8	26	93	0	230	26	22	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44909776--44909923	52	2.9	51	94	2	253	26	22	24	26	2.00
44909973--44910043	20	3.5	20	96	0	124	30	18	9	40	1.83
44909973--44910059	20	4.4	19	90	8	113	32	17	9	41	1.81
44910767--44910867	27	3.7	26	73	12	78	22	19	18	38	1.93
44910862--44911013	27	5.7	27	80	3	155	28	5	21	43	1.76
44910864--44911013	54	2.8	53	85	1	174	28	6	22	44	1.76
44910892--44911043	80	1.9	81	80	4	182	26	8	20	44	1.80
44911033--44911135	26	3.9	27	83	6	122	39	8	21	30	1.83
44911034--44911299	27	9.9	27	79	6	164	36	7	21	34	1.81
44910918--44911245	27	12.2	26	76	10	130	32	8	21	38	1.84
44911086--44911245	55	2.9	54	78	7	153	33	7	21	37	1.81
44911213--44911342	54	2.4	53	74	5	127	33	6	24	35	1.80
44911224--44911319	27	3.5	28	87	2	117	38	7	20	33	1.81
44913225--44913334	31	3.5	31	92	0	184	27	25	18	29	1.98
44913192--44913334	62	2.4	61	85	8	186	25	24	18	30	1.98
44913356--44913448	42	2.2	42	92	0	150	35	21	13	29	1.92
44913594--44913741	25	5.8	26	93	0	230	26	22	24	26	2.00
44913594--44913741	52	2.9	51	94	2	253	26	22	24	26	2.00
44913791--44913861	20	3.5	20	96	0	124	30	18	9	40	1.83
44913791--44913877	20	4.4	19	90	8	113	32	17	9	41	1.81
44914582--44914682	27	3.7	26	73	12	78	22	19	18	38	1.93
44914677--44914828	27	5.7	27	80	3	155	28	5	21	43	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44914679--44914828	54	2.8	53	85	1	174	28	6	22	44	1.76
44914707--44914858	80	1.9	81	80	4	182	26	8	20	44	1.80
44914850--44915142	27	10.8	27	79	6	146	35	7	22	34	1.83
44914848--44915142	54	5.4	54	73	8	161	35	8	22	33	1.83
44914902--44915061	55	2.9	54	78	7	153	33	7	21	37	1.81
44916416--44916528	45	2.5	45	88	0	154	21	26	13	38	1.90
44916416--44916571	45	3.4	44	81	4	134	19	25	15	39	1.91
44921162--44921513	49	7.5	47	70	7	146	28	20	26	24	1.99
44921250--44921465	46	4.6	46	69	6	130	28	19	28	24	1.98
44921392--44921568	49	3.6	49	76	5	146	28	19	27	24	1.98
44926991--44927023	16	1.9	18	88	11	52	30	12	15	42	1.83
44941609--44941833	124	1.8	124	86	1	326	30	10	24	35	1.88
44941828--44941957	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
44950212--44950348	40	3.5	40	88	3	206	22	24	30	22	1.99
44955838--44955912	22	3.4	22	73	0	87	33	20	24	22	1.97
44955822--44955920	44	2.2	44	100	0	198	37	21	19	22	1.94
44956271--44956431	27	6.1	26	75	2	142	31	9	20	38	1.85
44956276--44956430	53	2.9	53	75	11	156	30	9	20	40	1.83
44959323--44959489	90	1.9	90	85	0	235	28	26	20	24	1.99
44974476--44974524	21	2.3	21	100	0	80	61	0	4	34	1.15
44977142--44977310	40	4.2	40	86	6	202	26	21	26	25	2.00
44983038--44983381	166	2.0	168	94	5	602	32	15	18	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44993742--44993766	7	3.6	7	100	0	50	56	0	16	28	1.41
44994366--44994404	17	2.2	18	86	4	53	43	0	0	56	0.99
44994396--44994476	25	3.2	26	86	8	98	32	0	1	66	0.99
44994414--44994476	25	2.5	25	92	2	108	31	0	0	68	0.90
44994423--44994457	17	2.1	17	89	5	54	31	0	0	68	0.90
44994497--44994572	26	2.8	28	75	13	79	28	1	2	67	1.12
44994499--44994582	28	3.1	28	78	16	86	30	1	2	65	1.13
44994505--44994595	9	10.5	8	71	19	51	30	1	2	65	1.11
44994507--44994596	16	5.8	16	71	17	66	32	1	2	64	1.13
44994497--44994595	26	3.8	25	73	21	71	30	1	2	66	1.09
44994497--44994596	10	11.4	9	73	18	61	31	1	2	66	1.10
44997324--44997448	49	2.6	49	82	5	137	30	21	26	21	1.98
44998667--44998948	50	5.7	50	82	4	302	25	18	26	29	1.98
44998668--44998969	100	3.0	100	78	3	356	24	18	26	29	1.98
45000245--45000492	49	5.1	48	73	14	174	30	17	27	24	1.97
45000245--45000500	96	2.6	96	88	1	359	30	17	27	24	1.97
45000678--45000806	62	2.1	62	95	0	231	32	9	23	34	1.87
45001234--45001306	37	2.0	37	88	0	110	20	5	23	50	1.69
45006604--45006780	47	3.9	44	75	12	142	22	30	19	27	1.98
45006697--45006818	47	2.6	46	84	7	156	22	29	19	27	1.98
45006659--45006818	47	3.4	46	82	9	146	23	30	18	28	1.98
45008217--45008370	39	3.9	39	86	0	191	23	31	22	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45008247--45008370	39	3.2	39	90	1	194	25	32	20	22	1.98
45010309--45010367	30	2.0	30	93	0	100	28	25	13	32	1.94
45011330--45011415	44	2.0	44	90	0	136	31	27	19	20	1.97
45012144--45012182	20	2.0	20	85	10	53	35	20	0	43	1.52
45012924--45012955	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
45014123--45014176	24	2.2	24	100	0	108	55	3	3	37	1.35
45014658--45014775	63	1.9	59	86	6	164	41	2	4	51	1.35
45017986--45018013	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
45018720--45018864	40	3.6	40	86	4	202	25	25	26	22	2.00
45026541--45026685	40	3.6	40	85	4	193	26	25	25	22	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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