Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   

This is table  244  of  292  ( 35004 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
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114
1
57
1
39
1.15
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70898484--70898527
23
2.0
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2.6
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
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Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
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Percent
Indels
Score
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30
1.05
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
71035179--71035220
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2
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2
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25
16
1.95
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12
2.6
13
85
14
50
25
0
0
75
0.81
71079668--71079699
7
4.6
7
100
0
64
56
0
0
43
0.99
71081713--71081781
21
3.2
21
65
25
54
49
10
18
21
1.77
71081705--71081791
43
2.0
43
91
4
140
43
11
20
24
1.85
71081899--71081937
20
2.0
20
85
10
53
33
25
7
33
1.84
71087285--71087410
39
3.2
39
93
0
207
22
21
29
26
1.99
71087285--71087448
39
4.2
39
87
2
197
21
22
29
26
1.99
71088404--71088447
23
1.9
23
85
0
61
56
4
9
29
1.50
71088529--71088596
23
2.9
23
79
14
68
55
4
1
38
1.29
71089166--71089719
275
2.0
274
98
0
1081
44
14
23
18
1.86
71094994--71095035
20
2.1
20
86
0
57
50
2
2
45
1.27
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
71098367--71098392
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
71098585--71098641
30
1.9
30
82
7
71
43
5
3
47
1.43
71098761--71098812
21
2.4
21
83
3
59
42
1
7
48
1.43
71099335--71099370
16
2.2
17
95
5
65
58
0
0
41
0.98
71110039--71110094
26
2.2
26
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0
76
50
1
0
48
1.11
71111503--71111531
2
14.5
2
100
0
58
51
0
0
48
1.00
71113950--71114012
22
3.0
20
73
11
63
46
3
3
47
1.34
71126886--71126939
29
1.9
27
85
7
72
42
18
16
22
1.89
71128794--71128901
44
2.4
44
87
3
144
29
23
13
33
1.93
71133481--71134139
330
2.0
329
98
0
1275
31
20
11
36
1.88
71135066--71135173
44
2.4
44
87
3
144
29
23
13
33
1.93
71145165--71145278
49
2.3
49
81
3
122
28
24
15
30
1.96
71146106--71146136
14
2.2
14
94
0
53
29
6
6
58
1.48
71149380--71149424
22
2.0
22
91
0
72
48
15
2
33
1.57
71153980--71154024
22
2.0
22
91
0
72
48
15
2
33
1.57
71158096--71158140
24
1.9
23
86
4
63
51
11
8
28
1.68
71160404--71160463
30
2.1
28
81
12
68
40
0
6
53
1.27
71163467--71163516
11
4.7
11
82
9
68
30
32
0
38
1.58
71163459--71163516
20
2.7
21
84
10
73
31
29
0
39
1.57
71165172--71165237
30
2.2
30
83
5
80
28
45
19
6
1.74
71165721--71165899
58
3.1
58
70
20
183
39
3
9
47
1.53
71165699--71165965
116
2.3
116
96
1
491
40
4
8
47
1.52
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
71165748--71165929
54
3.2
53
71
19
170
42
2
7
46
1.46
71168998--71169521
126
4.2
126
90
1
798
26
20
17
34
1.95
71169804--71169845
16
2.6
17
85
11
61
54
23
0
21
1.44
71176714--71176762
25
1.9
26
91
4
82
26
6
26
40
1.79
71178827--71178868
18
2.3
18
88
8
59
45
0
0
54
0.99
71183289--71183418
29
4.5
30
84
10
162
31
13
26
28
1.94
71191068--71191198
30
4.5
30
86
8
171
32
13
25
28
1.94
71191068--71191198
58
2.2
58
86
4
174
32
13
25
28
1.94
71210013--71210084
18
3.8
18
73
21
58
62
1
6
29
1.30
71210024--71210087
30
2.1
30
83
11
78
65
0
6
28
1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292