genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  37  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9995019--9995074	21	2.4	24	85	11	73	58	0	0	41	0.98
9995870--9995908	21	1.9	21	89	5	62	30	2	0	66	1.05
9996137--9996196	25	2.5	23	86	7	84	31	1	3	63	1.20
9999857--9999904	20	2.4	20	96	0	87	35	27	14	22	1.93
10001354--10001461	42	2.6	42	82	7	114	28	12	25	34	1.91
10008959--10009112	42	3.7	42	79	6	150	28	16	25	29	1.97
10008959--10009112	84	1.8	83	80	4	184	28	16	25	29	1.97
10020451--10020557	42	2.5	42	98	0	205	29	14	33	22	1.93
10020566--10020635	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
10028472--10028578	42	2.5	42	96	0	196	30	14	32	22	1.93
10028587--10028656	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
10030692--10030717	13	2.0	13	100	0	52	38	15	7	38	1.76
10031567--10031642	31	2.4	32	91	2	127	15	36	26	21	1.93
10035211--10035239	11	2.5	12	94	5	51	58	0	3	37	1.15
10039139--10039319	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
10039141--10039311	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
10042270--10042348	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
10042261--10042347	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
10044717--10044897	46	3.9	46	81	9	233	20	21	29	27	1.98
10044719--10044889	93	1.8	93	96	0	315	20	22	29	27	1.98
10051819--10051877	29	2.0	31	80	12	70	38	0	20	40	1.53
10053710--10053779	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10061617--10061686	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
10069907--10069965	29	2.0	31	80	12	70	38	0	20	40	1.53
10073515--10073628	57	2.0	58	87	1	167	42	10	21	26	1.85
10076949--10077001	26	2.0	26	100	0	106	47	11	15	26	1.79
10111480--10111781	157	1.9	157	99	0	595	34	23	9	32	1.88
10118499--10118542	19	2.3	19	81	11	54	31	0	0	68	0.90
10118501--10118543	20	2.2	19	87	4	59	30	0	0	69	0.88
10120352--10120417	29	2.2	32	82	17	79	65	6	6	22	1.38
10125720--10125818	43	2.3	43	91	0	153	30	29	16	24	1.96
10126141--10126174	17	1.9	18	94	5	61	23	29	11	35	1.90
10128409--10128465	23	2.6	21	71	10	60	26	24	15	33	1.95
10130370--10130413	18	2.4	18	85	7	54	36	0	40	22	1.54
10130599--10130745	76	2.0	76	89	5	228	25	9	9	55	1.62
10131015--10131062	21	2.3	21	85	0	60	41	33	0	25	1.55
10131027--10131085	27	2.2	27	88	11	86	47	32	0	20	1.50
10131071--10131099	14	2.1	14	100	0	58	48	31	0	20	1.50
10131128--10131189	22	2.9	21	90	4	97	25	45	1	27	1.63
10131307--10131378	21	3.5	20	76	12	67	38	37	0	23	1.55
10131426--10131518	46	2.0	45	95	2	168	41	25	2	30	1.67
10131364--10131495	25	5.4	25	67	16	82	43	26	1	28	1.64
10131752--10131874	35	3.2	39	79	12	137	19	22	23	34	1.97
10131691--10131869	75	2.3	78	83	7	215	19	24	24	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10131685--10131876	40	4.9	40	77	13	204	19	23	23	33	1.97
10133392--10133445	18	2.9	19	89	10	94	37	11	16	35	1.84
10133392--10133454	18	3.2	22	84	15	70	38	9	17	34	1.82
10133729--10133759	16	2.0	16	93	6	55	32	0	0	67	0.91
10136494--10136549	21	2.7	21	85	0	76	28	32	7	32	1.84
10141281--10141448	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
10149232--10149399	40	4.2	40	81	4	178	23	27	23	24	2.00
10154596--10154635	17	2.4	17	82	0	53	27	10	12	50	1.72
10183042--10183094	24	2.2	24	96	0	97	41	18	0	39	1.51
10185830--10185868	6	6.2	6	88	11	60	76	2	2	17	1.01
10186763--10186982	111	2.0	111	92	1	370	26	19	12	41	1.87
10186953--10187005	22	2.7	18	74	23	52	24	3	7	64	1.37
10186992--10187050	25	2.3	25	79	2	64	42	1	1	54	1.20
10190802--10190843	19	2.2	20	95	4	77	23	4	11	59	1.51
10198688--10198824	45	3.0	45	80	4	134	40	16	17	25	1.90
10198756--10198879	45	2.8	45	85	6	155	43	16	13	26	1.85
10198763--10198897	45	3.0	45	83	5	150	44	15	12	27	1.83
10199530--10199557	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
10204145--10204295	78	1.9	77	82	4	187	36	16	19	27	1.93
10216938--10216977	20	2.1	19	85	4	53	60	0	0	40	0.97
10217355--10217394	18	2.2	19	86	4	55	65	0	5	30	1.14
10218328--10218418	21	4.4	20	73	10	76	35	13	10	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10225797--10225839	20	2.3	20	84	11	56	32	0	11	55	1.36
10227127--10227159	12	2.8	12	95	0	57	48	36	6	9	1.60
10227205--10227259	25	2.2	25	96	0	101	18	49	10	21	1.78
10227687--10227770	3	27.3	3	75	17	68	29	3	1	65	1.17
10227687--10227770	21	4.7	18	75	17	77	29	3	1	65	1.17
10227705--10227812	42	2.6	42	80	11	109	30	9	1	58	1.40
10228145--10228192	2	24.0	2	95	0	87	50	2	0	47	1.12
10239253--10239293	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
10254498--10254536	20	1.9	19	85	10	51	58	2	2	35	1.25
10254602--10254638	10	3.7	10	96	0	65	64	0	0	35	0.94
10254612--10254673	24	2.6	25	73	19	69	69	0	1	29	0.98
10256228--10256560	171	1.9	171	89	2	508	38	23	12	25	1.89
10258692--10258717	13	2.0	13	100	0	52	23	7	23	46	1.78
10259466--10259528	19	3.4	18	73	18	67	63	1	0	34	1.04
10259485--10259517	16	2.1	17	88	11	52	60	3	0	36	1.12
10259726--10259753	8	3.5	8	100	0	56	35	0	0	64	0.94
10260244--10260282	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
10264486--10264518	17	2.0	17	88	5	50	60	0	0	39	0.97
10265663--10265697	18	1.9	18	94	0	61	60	0	0	40	0.97
10269120--10269203	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
10272123--10272304	44	4.2	43	83	6	224	31	28	17	23	1.97
10272123--10272304	86	2.1	87	85	3	242	31	28	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10277033--10277131	7	13.9	7	69	12	58	36	43	0	20	1.52
10277033--10277101	15	4.7	15	76	5	70	36	42	0	21	1.53
10277033--10277111	15	5.4	14	73	11	61	36	41	0	21	1.53
10277160--10277253	46	2.0	46	95	0	170	42	25	2	29	1.67
10277176--10277257	21	3.7	21	75	12	83	43	26	1	28	1.62
10277171--10277268	14	6.7	14	70	9	61	45	24	1	28	1.60
10277277--10277324	14	3.6	14	72	16	57	41	8	6	43	1.60
10277451--10277700	41	6.1	41	88	3	369	17	22	23	36	1.94
10277451--10277700	122	2.0	124	89	1	387	17	22	23	36	1.94
10278715--10278843	43	3.0	42	86	6	163	22	16	33	27	1.95
10278734--10278862	43	3.0	42	76	9	118	24	18	27	29	1.98
10279225--10279269	21	2.1	21	88	8	65	2	48	20	28	1.61
10279679--10279707	13	2.1	14	93	6	51	55	10	0	34	1.34
10284907--10284940	2	17.0	2	87	0	50	44	2	0	52	1.16
10286933--10286980	24	2.0	24	100	0	96	45	20	0	33	1.52
10288824--10288944	9	13.6	9	71	12	72	33	1	20	43	1.62
10288841--10288916	36	2.1	36	92	0	125	34	1	18	46	1.58
10288874--10289001	44	3.0	43	88	6	204	33	0	20	46	1.51
10288985--10289014	13	2.3	13	94	0	51	40	0	10	50	1.36
10288958--10289092	56	2.4	56	93	0	234	33	0	16	50	1.45
10289041--10289070	13	2.3	13	100	0	60	36	0	10	53	1.35
10289076--10289101	9	2.9	9	100	0	52	23	0	23	53	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10288985--10289116	65	2.0	69	85	5	182	34	0	13	51	1.41
10289197--10289282	46	1.9	44	88	6	129	39	8	15	37	1.77
10289501--10289591	36	2.5	37	75	22	104	51	1	9	37	1.42
10293517--10293569	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
10295042--10295117	26	2.9	26	98	0	143	36	26	5	31	1.79
10295608--10296201	114	5.2	114	80	7	498	35	22	15	26	1.94
10296594--10296646	22	2.4	23	82	17	69	47	32	0	20	1.51
10296600--10296709	7	15.4	7	66	14	55	48	27	0	23	1.57
10296923--10296954	15	2.1	15	94	0	55	31	3	6	59	1.38
10297015--10297062	7	6.9	7	86	9	71	45	41	0	12	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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