genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1958683--1958724	21	2.0	21	86	9	59	38	2	0	59	1.10
1959604--1959657	15	3.3	15	74	18	54	44	0	1	53	1.11
1959690--1959726	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
1959740--1959782	22	2.0	22	90	9	70	41	0	0	58	0.98
1960509--1960541	17	2.0	16	94	5	57	69	0	0	30	0.88
1960605--1960639	18	1.9	18	88	0	52	45	0	5	48	1.26
1960617--1960667	24	2.1	24	100	0	102	39	0	9	50	1.35
1961118--1961345	126	1.8	126	85	0	321	35	17	19	27	1.94
1961784--1961810	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1961944--1961972	12	2.4	12	100	0	58	75	0	6	17	1.01
1962503--1962527	10	2.5	10	100	0	50	88	0	12	0	0.53
1963438--1964043	43	13.7	44	67	13	282	26	23	21	29	1.99
1963368--1964052	133	5.1	133	94	1	1176	26	22	21	29	1.99
1975905--1976052	73	2.0	73	81	5	174	30	14	18	35	1.92
1976033--1976060	13	2.2	13	100	0	56	14	14	7	64	1.48
1976195--1976223	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
1975905--1976460	163	3.4	163	90	3	836	27	17	20	34	1.95
1976209--1976460	88	3.2	76	82	11	253	25	18	21	35	1.96
1976358--1976386	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
1976305--1976508	88	2.3	86	93	4	347	23	19	22	34	1.96
1976704--1976967	73	3.6	73	85	6	361	30	18	21	30	1.97
1976228--1977426	464	2.5	466	90	5	1804	28	17	21	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1977165--1978156	73	13.2	73	85	6	1159	30	16	21	31	1.95
1977165--1978156	147	6.6	148	83	7	1189	30	16	21	31	1.95
1977169--1978825	220	7.0	222	76	14	1300	29	18	20	31	1.96
1978177--1978326	73	2.0	74	85	5	205	30	20	21	28	1.98
1978008--1978920	167	5.4	167	92	3	1302	28	19	20	31	1.97
1978343--1978484	73	1.9	73	82	7	178	31	18	21	28	1.97
1978488--1978666	77	2.3	77	86	3	232	27	20	18	33	1.96
1978569--1978756	94	2.0	91	86	3	259	26	19	18	36	1.94
1978682--1978825	76	1.9	76	88	0	216	29	18	21	29	1.97
1978740--1978935	90	2.2	89	85	6	270	24	17	18	39	1.92
1979581--1979674	40	2.6	35	79	19	113	74	15	6	3	1.15
1979589--1979665	40	1.9	41	94	5	140	71	18	7	2	1.22
1980443--1980482	3	13.3	3	100	0	80	35	0	0	65	0.93
1986227--1986345	3	39.7	3	100	0	238	0	33	0	66	0.92
1990419--1990629	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
1990385--1990671	137	2.1	137	98	0	547	31	25	18	24	1.98
1992448--1992555	26	4.2	26	94	3	175	36	25	4	34	1.77
1996710--1996763	26	2.1	27	82	6	67	24	14	24	37	1.93
1996727--1996802	26	2.8	27	82	4	82	27	13	22	36	1.91
1998249--1998358	26	4.2	26	95	2	177	36	24	4	34	1.76
1999050--1999114	23	2.9	23	68	19	55	41	0	4	53	1.21
1999737--1999793	26	2.2	26	83	0	69	8	5	7	78	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1999760--1999811	25	2.1	25	85	0	68	13	3	9	73	1.23
2009135--2009187	14	3.6	14	78	9	61	47	0	0	52	1.00
2009146--2009215	35	2.0	36	88	2	106	50	0	1	48	1.09
2009641--2009682	18	2.5	18	81	11	54	64	0	0	35	0.94
2011837--2011955	63	1.9	63	87	8	179	21	19	17	41	1.91
2016961--2017119	27	5.9	28	82	10	181	34	22	23	18	1.96
2016961--2017119	54	3.0	54	90	2	241	34	22	23	18	1.96
2019826--2020099	46	6.0	46	92	0	406	39	14	24	21	1.91
2021286--2021338	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
2022822--2022955	26	5.2	26	92	3	218	36	24	5	33	1.78
2022822--2022955	50	2.6	52	95	2	236	36	24	5	33	1.78
2023480--2023526	25	2.0	25	83	8	62	55	4	12	27	1.56
2025458--2025566	26	4.2	26	93	0	191	35	23	7	33	1.83
2026619--2026652	9	4.0	8	85	14	50	23	2	2	70	1.15
2026650--2026683	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
2028206--2028262	17	3.3	19	68	31	56	42	8	0	49	1.34
2028501--2028548	25	1.9	25	87	8	71	27	10	0	62	1.27
2032383--2032442	6	9.8	6	90	1	84	43	16	21	18	1.88
2032422--2032532	45	2.5	45	86	2	161	41	18	18	21	1.90
2032510--2032534	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
2034014--2034149	26	5.2	26	97	0	236	33	5	24	36	1.78
2035928--2036213	137	2.1	136	96	0	518	24	18	25	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2037486--2037534	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
2037792--2037844	22	2.4	22	75	9	54	66	3	1	28	1.20
2038221--2038286	23	3.0	21	78	12	71	51	3	6	39	1.42
2039629--2039799	46	3.8	46	74	17	187	20	22	29	28	1.98
2042712--2042780	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
2042703--2042790	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
2045176--2045351	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
2045172--2045343	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
2050481--2050851	70	5.2	70	92	5	627	33	15	19	30	1.94
2050674--2050829	77	2.0	77	97	0	294	31	15	19	33	1.93
2050481--2050952	140	3.3	140	87	8	557	30	17	20	31	1.96
2050902--2051056	54	3.0	52	81	11	194	29	16	18	34	1.93
2051763--2051868	35	3.0	35	95	0	194	16	49	12	22	1.78
2052267--2052340	33	2.3	32	86	9	98	63	18	5	12	1.47
2052304--2052336	13	2.4	14	95	5	59	60	15	6	18	1.54
2052600--2052649	11	4.5	11	82	9	57	0	56	0	44	0.99
2053168--2053217	22	2.3	21	90	6	82	38	0	8	54	1.30
2054931--2054996	34	2.0	34	81	3	80	31	25	15	27	1.95
2056811--2056920	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
2056916--2056947	10	3.2	10	100	0	64	31	9	9	50	1.66
2059707--2059781	26	2.9	26	93	0	123	33	4	25	37	1.75
2061268--2061317	26	1.9	26	84	8	66	38	22	16	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2062446--2062555	40	2.7	41	94	4	197	40	10	15	33	1.80
2062559--2062593	18	1.9	18	94	0	61	31	14	20	34	1.92
2063319--2063411	44	2.1	44	88	8	134	35	24	5	34	1.79
2063393--2063431	16	2.4	16	95	0	69	28	30	7	33	1.85
2066017--2066084	35	1.9	35	82	11	86	51	1	7	39	1.39
2066023--2066120	39	2.6	37	77	4	99	54	4	6	35	1.45
2069834--2069869	12	3.0	12	87	0	54	41	5	27	25	1.77
2069830--2069861	16	1.9	17	93	6	57	40	6	28	25	1.79
2071835--2071941	39	2.7	39	76	2	108	55	3	5	35	1.41
2072431--2072484	26	2.1	25	93	3	90	3	1	31	62	1.23
2085103--2085152	24	2.1	25	85	7	68	44	2	2	52	1.24
2087481--2087532	26	2.1	26	89	7	81	25	0	11	63	1.28
2087614--2087652	20	1.9	20	89	5	60	35	2	0	61	1.10
2087812--2087838	11	2.5	11	100	0	54	29	7	0	62	1.22
2097487--2097512	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
2098539--2098572	8	4.0	8	85	14	50	0	11	0	88	0.52
2098544--2098568	10	2.5	10	100	0	50	0	8	0	92	0.40
2105484--2105510	12	2.2	12	100	0	54	48	29	0	22	1.51
2112926--2112984	25	2.4	25	80	5	66	55	15	18	10	1.67
2113974--2114045	35	2.1	35	97	0	135	25	15	18	41	1.89
2116546--2116575	15	2.0	15	93	0	51	13	13	10	63	1.52
2121746--2121812	32	2.1	32	97	0	125	67	7	10	14	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2126156--2126282	3	42.7	3	78	7	116	59	1	7	31	1.33
2126129--2126266	6	23.5	6	76	15	65	57	0	10	31	1.37
2126447--2126591	3	47.3	3	69	13	64	59	3	8	28	1.44
2126440--2126494	20	2.8	20	81	10	69	63	3	7	25	1.37
2126522--2126592	24	2.8	25	85	10	92	56	4	11	28	1.53
2133669--2133783	32	3.6	32	80	14	105	31	1	21	45	1.62
2134830--2134920	17	5.4	17	68	7	60	28	12	18	40	1.86
2136268--2136399	68	1.9	69	82	1	167	39	6	6	48	1.53
2138432--2138551	51	2.3	50	87	5	168	26	22	13	37	1.91
2144235--2144275	17	2.5	16	80	4	55	46	39	0	14	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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