genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  72  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21856652--21856789	24	5.9	24	81	10	119	33	17	20	28	1.95
21856733--21856797	23	2.8	24	76	4	71	33	21	16	27	1.95
21857131--21857164	18	1.9	18	88	5	52	32	17	11	38	1.86
21860098--21860162	33	2.0	33	100	0	130	32	12	18	36	1.88
21869793--21870005	40	5.3	40	84	7	254	30	23	16	28	1.97
21869752--21870005	80	3.1	80	85	5	298	31	24	16	27	1.96
21876047--21876096	17	3.2	17	67	21	54	32	20	8	40	1.81
21876045--21876104	30	2.0	30	96	0	111	31	23	8	36	1.84
21877607--21877639	17	1.9	17	93	0	57	21	12	6	60	1.53
21882860--21882924	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
21890869--21890933	29	2.2	29	97	0	121	29	16	27	26	1.97
21892143--21892720	291	2.0	291	98	0	1111	28	19	24	28	1.98
21893626--21893726	32	3.2	32	98	0	193	47	17	17	16	1.83
21894024--21894171	43	3.5	42	73	9	122	29	26	17	26	1.98
21894016--21894172	85	1.8	85	83	5	210	29	27	17	25	1.98
21896616--21896833	47	4.7	45	79	9	226	27	20	29	22	1.99
21896616--21896833	94	2.4	91	83	6	262	27	20	29	22	1.99
21901255--21901436	40	4.6	40	79	8	158	24	24	28	23	2.00
21901255--21901436	78	2.3	80	81	6	201	24	24	28	23	2.00
21904453--21904637	40	4.6	39	84	4	208	28	22	24	23	1.99
21904452--21904658	80	2.6	80	83	4	238	27	22	25	25	2.00
21904451--21904658	40	5.2	40	83	4	204	27	22	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21907543--21907715	46	3.8	45	75	13	172	21	20	27	30	1.98
21907540--21907710	93	1.8	93	91	0	279	21	20	28	29	1.98
21909603--21909642	19	2.1	19	90	0	62	42	12	7	37	1.71
21917279--21917318	19	2.1	19	90	0	62	42	12	7	37	1.71
21918789--21918956	40	4.2	40	83	4	187	25	27	21	25	1.99
21918789--21918956	80	2.1	80	84	2	212	25	27	21	25	1.99
21926111--21926278	40	4.2	40	83	4	187	25	27	21	25	1.99
21926097--21926278	80	2.3	80	82	2	215	25	26	21	26	1.99
21930499--21930541	14	3.0	13	83	16	50	0	23	2	74	0.93
21931527--21931689	87	1.9	86	86	6	231	34	23	15	26	1.94
21933088--21933168	26	3.1	26	90	0	117	33	37	12	17	1.87
21942034--21942163	59	2.2	59	95	0	233	26	5	12	56	1.57
21945270--21945436	46	3.6	46	91	1	244	34	7	28	29	1.85
21945409--21945519	47	2.4	47	87	0	159	36	8	27	27	1.85
21947552--21947591	20	2.0	20	90	0	62	37	25	0	37	1.56
21947823--21948019	108	1.8	110	84	4	274	24	24	16	34	1.95
21951138--21951173	19	1.9	18	88	5	54	19	11	8	61	1.54
21955150--21955191	17	2.5	17	100	0	84	19	21	40	19	1.92
21955547--21955618	35	2.1	35	97	0	135	19	4	40	36	1.71
21955552--21955640	35	2.5	35	87	7	117	16	7	41	33	1.78
21965176--21965348	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
21965173--21965343	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21969181--21969405	40	5.7	40	86	7	282	25	27	21	25	1.99
21969181--21969405	79	2.8	79	84	7	294	25	27	21	25	1.99
21969181--21969404	119	1.9	120	83	8	296	25	27	21	25	1.99
21977377--21977601	79	2.8	79	84	9	287	25	27	22	25	2.00
21977377--21977600	119	1.9	120	83	10	298	25	27	22	25	2.00
21977359--21977601	40	6.1	40	85	6	282	25	26	22	25	2.00
21979343--21979529	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
21979366--21979529	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
21979366--21979563	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
21986911--21987097	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
21986934--21987097	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
21986934--21987131	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
21988766--21988793	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
21993400--21993689	41	7.1	41	84	8	358	37	23	22	16	1.94
21993429--21993689	122	2.1	121	86	6	357	37	23	22	16	1.94
21993978--21994106	7	18.1	7	67	13	50	21	0	39	37	1.59
21994023--21994066	21	2.1	21	86	0	61	22	2	36	38	1.67
21994726--21994774	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
21996927--21996966	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
22001062--22001090	15	1.9	15	100	0	58	27	3	20	48	1.66
22001826--22001872	16	3.0	16	81	12	53	42	0	0	57	0.98
22005673--22005725	21	2.5	21	85	11	65	16	30	30	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22007821--22008070	50	5.0	50	75	9	222	30	24	17	28	1.97
22010400--22010499	42	2.4	42	96	0	182	28	17	35	20	1.94
22010514--22010583	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
22015439--22015481	21	2.0	21	86	0	59	16	25	16	41	1.88
22016562--22016600	20	2.0	20	89	0	60	33	12	2	51	1.54
22021092--22021259	40	4.2	40	79	3	187	25	21	27	26	1.99
22024801--22024859	31	1.9	31	96	0	109	45	3	6	44	1.47
22026856--22026933	40	2.0	40	94	0	138	19	28	14	38	1.90
22030476--22030515	19	2.1	19	90	0	62	77	0	15	7	0.98
22033130--22033159	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
22034049--22034082	18	1.9	18	88	5	52	41	2	0	55	1.15
22035417--22035539	47	2.6	45	78	13	126	27	18	30	23	1.98
22038667--22038865	39	5.1	39	90	0	308	22	22	28	26	1.99
22050402--22050670	46	5.8	44	77	13	161	28	18	28	23	1.98
22054622--22054826	40	5.2	40	92	2	335	28	26	21	23	1.99
22056989--22057072	43	2.0	43	83	4	107	25	34	23	16	1.95
22058405--22058570	39	4.2	39	87	6	203	24	28	21	25	1.99
22061557--22061685	46	2.8	46	91	0	213	30	27	20	20	1.98
22068697--22068861	40	4.2	40	93	1	271	27	26	23	23	2.00
22075988--22076045	13	4.6	12	79	10	53	29	3	12	55	1.53
22076461--22076577	58	2.0	59	94	1	209	39	16	11	33	1.84
22078125--22078341	40	5.5	40	87	6	284	25	28	23	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22078125--22078338	79	2.7	78	87	7	274	25	28	22	22	1.99
22084933--22085060	37	3.4	37	93	1	211	25	32	17	23	1.97
22085100--22085325	48	4.7	48	91	1	335	32	26	7	34	1.83
22085301--22085421	49	2.5	49	98	0	233	30	28	9	31	1.88
22091561--22091702	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
22091600--22091728	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
22099719--22099860	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
22099758--22099886	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
22102813--22102954	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
22102852--22102980	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
22110936--22111102	40	4.2	40	80	5	169	25	22	26	24	2.00
22112673--22112744	37	1.9	37	88	0	108	27	30	19	22	1.98
22112907--22113091	47	4.0	47	87	2	221	27	27	10	34	1.90
22113013--22113092	25	3.3	25	66	16	69	32	26	6	35	1.81
22119380--22119488	43	2.6	42	79	5	121	26	24	15	33	1.95
22119804--22119835	16	2.0	16	93	0	55	40	0	12	46	1.42
22121649--22121690	19	2.0	22	86	13	63	69	2	4	23	1.20
22121643--22121697	25	2.2	26	81	15	62	67	1	5	25	1.22
22125575--22125619	23	2.0	23	100	0	90	28	26	13	31	1.94
22131604--22133814	723	3.1	721	90	1	3443	31	23	13	31	1.93
22133811--22137137	721	4.6	722	89	1	4756	32	22	12	32	1.92
22137378--22137433	21	2.7	21	91	0	94	28	28	30	12	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22138619--22138794	47	3.8	46	76	15	157	23	28	19	28	1.98
22138619--22138795	94	1.9	94	84	6	243	23	28	19	28	1.98
22142871--22142927	23	2.4	24	88	8	82	35	19	26	19	1.95
22149759--22149966	40	5.2	40	81	3	186	26	22	25	25	2.00
22149760--22149966	80	2.6	80	82	4	229	26	22	25	25	2.00
22153641--22153673	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
22155262--22156233	476	2.0	476	98	0	1883	31	22	14	31	1.94
22160802--22161058	49	5.4	49	82	8	257	23	28	20	27	1.99
22160837--22161060	94	2.4	94	79	10	228	23	29	19	27	1.98
22160930--22161060	46	2.8	45	83	8	147	23	30	18	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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