genome.fa.s9.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr09 85040211 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85040211

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   291   292   

This is table  84  of  292  ( 35004 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25821819--25821875	30	1.9	30	85	0	78	43	5	22	28	1.75
25822302--25822473	46	3.7	46	72	13	154	20	20	28	30	1.98
25822295--25822466	93	1.8	93	87	0	254	21	21	27	29	1.99
25827226--25827263	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
25832034--25832120	40	2.2	40	85	4	113	33	14	24	27	1.95
25833001--25833221	21	10.1	21	67	19	69	48	23	2	25	1.62
25833562--25833614	3	17.7	3	100	0	106	67	0	0	32	0.91
25837655--25837814	14	12.0	14	70	18	83	43	0	3	53	1.19
25837680--25837740	11	5.0	11	74	18	50	39	0	3	57	1.15
25837655--25837788	39	3.4	39	97	0	250	41	0	4	54	1.21
25837674--25837808	20	6.9	19	69	12	94	42	0	2	54	1.15
25837675--25837807	9	13.7	9	67	22	65	41	0	3	55	1.15
25837754--25837821	29	2.3	28	85	9	91	45	0	0	54	0.99
25838088--25838362	9	31.7	9	81	9	295	45	22	0	32	1.56
25838179--25838242	22	3.1	22	86	13	100	42	29	0	28	1.56
25843848--25843906	21	2.8	21	92	0	91	25	15	55	3	1.55
25844251--25844388	43	3.2	42	87	2	195	28	31	17	21	1.96
25845574--25845653	40	2.0	40	100	0	160	45	7	15	32	1.74
25845571--25845637	20	3.3	20	64	15	57	43	7	17	31	1.77
25848692--25848862	46	3.7	46	84	7	190	28	17	29	23	1.97
25861307--25861481	49	3.5	49	82	3	215	25	18	26	29	1.98
25861302--25861488	100	1.9	100	93	0	320	25	19	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25863186--25863218	13	2.5	13	100	0	66	18	24	39	18	1.92
25864407--25864501	39	2.4	40	94	1	165	29	25	15	29	1.96
25867360--25867435	26	3.0	25	79	11	84	23	21	18	36	1.95
25867365--25867444	26	3.2	24	79	12	81	22	22	17	37	1.94
25869343--25869547	47	4.3	47	90	2	293	28	31	8	31	1.86
25869393--25869471	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
25873655--25873924	40	6.8	40	92	1	418	25	27	21	26	1.99
25876046--25876356	47	6.3	47	85	10	397	29	31	8	30	1.86
25876096--25876174	25	3.3	25	66	16	67	31	30	5	32	1.79
25876096--25876356	106	2.6	99	89	7	402	31	29	7	31	1.85
25876060--25876356	153	1.9	152	92	1	486	29	31	8	29	1.87
25881150--25881316	40	4.2	40	81	2	176	24	26	22	26	2.00
25886346--25886374	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
25888667--25888966	47	6.4	47	94	0	465	33	8	30	28	1.86
25890233--25890268	19	1.9	18	88	5	54	22	0	27	50	1.50
25890572--25890619	22	2.2	22	84	0	60	25	14	20	39	1.91
25892061--25892196	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
25893981--25894267	137	2.1	137	96	0	529	24	19	24	31	1.98
25896380--25896617	48	4.9	48	80	6	248	26	27	18	28	1.98
25896380--25896609	96	2.4	98	86	7	317	26	26	18	28	1.98
25902036--25902132	40	2.4	40	85	0	104	20	15	29	34	1.94
25902117--25902217	28	3.6	28	85	5	141	25	12	32	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25905569--25905715	38	3.8	38	82	3	161	34	27	18	19	1.95
25905569--25905715	78	1.9	78	80	5	174	34	27	18	19	1.95
25907574--25907747	45	3.8	45	80	9	199	28	29	20	21	1.98
25907581--25907752	93	1.9	92	93	1	299	27	30	20	21	1.98
25910133--25910197	15	4.4	15	90	1	96	60	12	16	10	1.59
25913129--25913299	93	1.9	91	92	2	288	26	30	21	21	1.98
25913130--25913314	46	4.0	47	74	14	154	28	29	20	21	1.98
25914803--25914838	2	18.5	2	94	5	65	52	0	0	47	1.00
25917640--25917806	58	2.9	58	94	0	291	29	29	17	22	1.97
25917648--25917803	29	5.4	29	69	12	115	30	28	18	21	1.97
25919569--25919731	42	4.1	38	80	9	146	31	26	20	21	1.98
25919577--25919731	82	1.9	82	81	7	190	30	27	21	21	1.98
25922870--25923048	96	1.8	96	84	8	245	24	29	20	26	1.99
25922869--25923135	96	2.8	96	76	14	234	23	28	19	27	1.99
25922867--25923187	46	6.8	46	75	12	185	23	28	19	28	1.99
25924450--25924604	39	3.9	39	92	0	256	23	32	20	22	1.98
25932420--25932579	39	4.1	39	91	2	259	23	32	20	23	1.98
25932428--25932579	77	2.0	78	93	1	261	22	32	21	24	1.98
25948564--25948737	40	4.4	40	89	3	246	23	24	27	24	2.00
25950911--25951038	47	2.7	47	85	0	166	21	17	27	32	1.96
25952940--25952971	15	2.1	15	94	0	55	21	0	25	53	1.46
25953600--25953710	41	2.6	43	83	9	140	26	19	26	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25953562--25953718	43	3.7	43	76	10	160	26	19	26	28	1.99
25955291--25955322	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
25955837--25955992	43	3.6	42	77	10	131	30	25	19	25	1.98
25963743--25963871	47	2.8	48	84	8	160	22	27	19	30	1.98
25966151--25966305	42	3.7	42	77	7	136	29	24	20	25	1.99
25969733--25969900	46	3.6	47	75	10	143	27	19	30	23	1.98
25973862--25973937	40	1.9	40	91	0	125	30	14	15	39	1.88
25974650--25974706	27	2.1	27	83	3	80	31	21	15	31	1.94
25978142--25978288	43	3.4	42	76	1	123	31	25	15	27	1.96
25980501--25980599	42	2.4	42	77	0	108	35	15	18	31	1.91
25983358--25983443	43	2.0	43	100	0	172	27	20	9	41	1.83
25989386--25989499	39	2.9	39	90	1	165	23	20	31	24	1.98
25989393--25989528	39	3.5	40	85	2	125	23	22	30	22	1.99
25997436--25997549	39	2.9	39	92	1	174	23	21	31	23	1.98
25997443--25997579	39	3.5	40	86	1	134	23	23	31	21	1.98
26000704--26000790	45	1.9	45	90	4	140	24	10	28	36	1.88
26005614--26005706	45	2.1	45	95	0	168	20	26	30	22	1.98
26008161--26008320	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
26016193--26016352	29	5.5	29	82	4	180	25	31	16	26	1.97
26030056--26030142	45	1.9	45	92	0	147	25	12	24	37	1.90
26033200--26033409	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
26041331--26041539	40	5.2	40	87	2	296	25	24	28	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26044785--26044827	20	2.2	20	100	0	86	27	27	23	20	1.99
26044883--26044938	19	2.8	20	89	5	96	32	19	10	37	1.86
26044978--26045025	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
26050485--26050532	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
26050576--26050634	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
26050685--26050779	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
26050686--26050779	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
26050971--26051133	38	4.4	38	84	11	232	38	17	22	22	1.93
26050995--26051110	31	3.5	31	80	15	142	41	14	20	23	1.89
26050971--26051110	69	2.0	69	98	0	271	39	15	21	23	1.92
26058841--26058888	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
26058932--26058990	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
26059041--26059135	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
26059042--26059135	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
26059327--26059488	38	4.4	38	84	13	225	37	17	22	22	1.94
26059351--26059465	31	3.5	31	80	15	140	40	14	20	23	1.90
26059327--26059465	69	2.0	69	98	0	269	38	15	21	23	1.92
26061306--26061366	30	2.0	30	90	0	95	29	22	9	37	1.87
26064792--26065051	48	5.7	48	75	10	220	31	14	21	32	1.93
26064790--26065079	133	2.2	134	89	1	458	31	14	22	31	1.94
26065020--26065093	38	1.9	38	88	0	112	32	16	24	27	1.96
26066924--26066977	20	2.6	21	75	11	58	35	5	18	40	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26067823--26067864	15	2.8	15	85	0	57	16	14	16	52	1.75
26070433--26070658	48	4.8	48	86	1	312	31	13	22	32	1.93
26070433--26070645	95	2.2	95	93	0	372	31	13	22	32	1.92
26070626--26070698	38	1.9	38	88	0	110	26	13	30	30	1.94
26075565--26075732	47	3.6	47	81	7	184	22	27	20	29	1.98
26075562--26075779	47	4.6	48	76	10	168	23	28	19	28	1.98
26075561--26075779	93	2.3	94	83	9	277	23	28	19	28	1.98
26075564--26075829	94	2.8	92	79	9	238	22	28	19	28	1.98
26077086--26077158	31	2.4	31	93	4	121	26	28	16	28	1.97
26077182--26077273	42	2.2	42	88	0	130	34	21	14	29	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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