genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3311656--3312009	176	2.0	176	98	0	690	44	9	7	38	1.65
3311832--3312199	203	1.8	203	96	0	691	43	9	7	39	1.65
3312380--3312418	14	2.7	14	80	4	51	25	2	2	69	1.14
3317196--3317351	41	3.8	41	89	6	226	28	21	22	27	1.99
3317570--3317667	33	2.9	33	84	7	108	30	10	22	36	1.87
3324823--3324978	41	3.8	41	89	6	226	28	21	22	27	1.99
3325193--3325290	33	2.9	33	84	7	108	30	10	22	36	1.87
3551422--3551859	44	10.0	44	69	11	211	30	19	22	27	1.98
3551654--3551815	87	1.9	87	84	2	218	29	20	24	25	1.99
3553354--3553400	20	2.3	20	86	13	62	34	2	4	59	1.29
3557057--3557091	17	2.0	18	88	5	54	54	20	17	8	1.68
3560153--3560247	50	1.9	50	86	0	136	44	11	15	28	1.82
3560461--3560495	10	3.5	10	92	0	61	28	2	0	68	1.04
3560697--3560740	22	2.1	22	87	8	65	40	2	0	56	1.11
3564958--3564982	10	2.5	10	100	0	50	60	8	0	32	1.26
3565402--3565491	45	2.0	45	100	0	180	37	33	2	26	1.69
3567821--3567892	35	2.1	35	100	0	144	30	8	13	47	1.73
3571717--3571768	19	2.8	19	79	2	61	51	9	5	32	1.58
3571848--3572043	47	4.0	51	82	10	128	37	26	21	14	1.92
3571890--3572049	47	3.4	47	91	2	250	40	24	20	15	1.90
3575199--3575324	46	2.7	46	90	2	182	40	15	23	21	1.90
3580872--3580981	39	2.8	39	91	2	175	27	30	24	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3580984--3581094	39	2.8	39	90	0	177	27	25	18	28	1.98
3583441--3583470	8	3.8	8	90	0	51	36	26	13	23	1.92
3592759--3592783	13	1.9	13	100	0	50	80	0	8	12	0.92
3610192--3610260	34	2.0	34	97	0	129	30	8	18	42	1.81
3623724--3623987	46	5.7	47	88	4	326	20	23	15	40	1.90
3626148--3626184	20	1.9	20	88	5	58	51	8	0	40	1.32
3637786--3638141	99	3.7	95	84	11	383	26	17	19	37	1.93
3638078--3638649	73	7.9	72	83	9	695	30	16	20	32	1.95
3638078--3638655	145	4.0	142	88	6	733	30	16	20	32	1.95
3638624--3639125	88	5.8	88	77	12	405	26	16	18	38	1.91
3638562--3639087	174	3.0	171	80	10	534	26	16	18	38	1.92
3658220--3658291	13	5.4	13	85	6	99	15	12	5	66	1.41
3658221--3658294	27	2.7	27	97	0	139	17	13	5	63	1.47
3658248--3658455	99	2.1	99	89	3	312	23	16	17	42	1.89
3658592--3659062	76	6.3	76	84	4	631	30	15	19	33	1.93
3658481--3659062	147	4.0	142	84	7	633	31	15	19	33	1.94
3658481--3659062	222	2.7	222	88	4	814	31	15	19	33	1.94
3659133--3659165	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
3659031--3659508	91	5.3	91	78	7	424	26	17	17	38	1.92
3660210--3660275	15	4.4	15	71	21	66	21	48	7	22	1.75
3660188--3660275	45	2.0	45	95	0	158	23	50	6	19	1.72
3660776--3660888	23	4.8	23	72	8	84	36	6	4	53	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3660833--3660890	25	2.3	26	76	8	66	37	6	1	53	1.38
3660905--3660946	22	1.9	22	90	0	66	28	2	7	61	1.35
3660911--3660975	26	2.5	25	85	5	76	29	4	6	60	1.41
3668423--3668466	17	2.6	17	82	10	56	54	20	4	20	1.62
3677123--3677164	21	2.0	21	90	4	68	4	14	16	64	1.45
3679698--3679796	33	3.0	33	90	0	153	33	41	8	17	1.78
3684970--3685010	18	2.2	18	87	12	57	24	2	7	65	1.30
3691783--3691837	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
3691975--3692069	45	2.1	45	86	1	129	32	26	5	35	1.79
3692048--3692085	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
3693633--3693700	30	2.3	30	80	10	77	47	5	7	39	1.56
3693673--3693733	22	2.7	23	76	14	65	44	3	3	49	1.35
3704575--3704866	134	2.2	133	85	1	370	32	18	17	31	1.94
3707390--3707419	15	2.0	15	93	0	51	30	0	6	63	1.20
3716045--3716131	43	2.0	43	97	0	165	31	14	16	37	1.89
3723514--3723556	21	2.0	21	95	0	77	34	25	2	37	1.69
3723943--3724006	31	2.1	31	91	5	103	43	7	3	45	1.48
3732502--3732548	18	2.5	18	77	19	51	65	2	2	29	1.15
3732551--3732614	31	2.0	32	82	8	78	62	3	6	28	1.34
3736339--3736364	12	2.2	12	100	0	52	30	11	7	50	1.67
3739009--3739151	75	1.9	75	82	0	178	40	7	9	42	1.65
3740553--3740589	18	2.0	20	89	10	60	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3750176--3750248	37	2.0	37	86	5	103	50	0	9	39	1.35
3751745--3751798	27	2.0	26	82	3	63	35	1	7	55	1.39
3761520--3761569	21	2.5	20	84	15	68	70	2	0	28	0.99
3765640--3765680	9	4.6	9	87	0	64	2	43	0	53	1.13
3765835--3765874	21	1.9	21	90	10	64	15	35	10	40	1.80
3765824--3765882	21	2.6	24	71	20	63	15	40	6	37	1.74
3770481--3770510	13	2.3	13	94	0	51	43	3	6	46	1.46
3771314--3771376	28	2.2	28	100	0	126	55	12	25	6	1.60
3784101--3784144	18	2.4	19	81	14	56	38	0	2	59	1.10
3793850--3793880	15	2.1	14	94	5	53	35	12	22	29	1.91
3800499--3800539	19	2.2	19	87	12	59	60	12	0	26	1.31
3801528--3801575	23	2.1	23	100	0	96	35	20	25	18	1.95
3802082--3802289	72	2.8	73	82	7	201	37	12	24	25	1.91
3802110--3802371	75	3.5	75	80	4	264	38	10	25	25	1.88
3806707--3806756	19	2.7	19	76	20	61	38	8	0	54	1.30
3807399--3807464	18	3.6	18	74	8	62	46	0	1	51	1.10
3812312--3812363	17	3.0	17	78	13	61	25	7	7	59	1.51
3814068--3814099	9	3.6	9	100	0	64	18	37	21	21	1.94
3815160--3815203	21	2.1	21	100	0	88	36	25	0	38	1.56
3816271--3816327	30	1.9	30	82	7	71	38	5	7	49	1.53
3816542--3816606	31	2.2	30	86	5	87	53	12	1	32	1.47
3820733--3820758	12	2.2	12	100	0	52	15	7	26	50	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3822660--3822690	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
3828723--3828770	14	3.4	14	76	2	51	66	6	0	27	1.15
3829450--3830016	300	1.9	296	79	5	640	39	8	16	36	1.79
3847696--3847729	17	2.0	17	88	11	52	58	0	0	41	0.98
3848010--3848034	13	1.9	13	100	0	50	0	0	8	92	0.40
3872649--3872707	22	2.8	20	76	16	57	45	5	1	47	1.34
3874632--3874699	32	2.1	32	81	10	77	23	4	16	55	1.58
3874695--3874767	32	2.5	27	76	19	83	26	4	19	50	1.65
3874708--3874768	32	1.9	32	93	0	104	27	4	18	49	1.68
3875682--3875770	22	4.0	22	75	15	92	28	5	21	44	1.74
3875685--3875833	68	2.2	68	89	2	210	28	6	20	44	1.75
3875989--3876024	18	1.9	19	88	5	56	47	0	0	52	1.00
3876229--3876295	14	4.7	14	80	7	73	40	13	2	43	1.59
3876228--3876295	29	2.4	29	82	7	77	39	13	2	44	1.59
3878876--3878906	14	2.2	14	100	0	62	25	6	12	54	1.62
3881340--3881463	59	2.1	59	100	0	248	46	13	8	31	1.72
3891917--3891964	7	6.9	7	100	0	96	14	58	0	27	1.37
3892669--3892700	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
3896640--3896711	18	4.0	18	69	3	56	34	15	12	37	1.85
3896849--3896890	18	2.3	18	87	0	57	35	16	28	19	1.93
3898170--3898202	17	2.0	16	94	5	57	30	3	0	66	1.06
3904857--3904890	16	2.3	14	90	10	50	52	2	0	44	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3910206--3910260	23	2.4	22	79	11	58	61	3	0	34	1.13
3910202--3910254	27	2.0	27	82	14	65	62	3	0	33	1.13
3913229--3913461	117	2.0	117	96	0	430	28	9	33	28	1.88
3915337--3915413	40	1.9	40	97	0	145	33	10	16	38	1.83
3917152--3917181	16	1.9	15	93	6	51	90	0	3	6	0.56
3918165--3918197	16	2.0	17	88	5	50	63	0	3	33	1.10
3919154--3919187	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
3923784--3923817	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
3924384--3924424	13	2.9	14	85	7	57	68	0	0	31	0.90
3924378--3924416	20	1.9	21	89	5	62	69	0	0	30	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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