genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83159547--83170786	512	22.2	513	91	3	17555	35	13	15	36	1.86
83162453--83162487	18	1.9	18	88	0	52	42	11	0	45	1.40
83163472--83163515	20	2.2	20	88	11	65	47	6	2	43	1.42
83163986--83164029	20	2.2	20	88	11	65	43	6	0	50	1.29
83166032--83166075	20	2.2	20	88	4	63	47	6	0	45	1.29
83167525--83167567	19	2.2	20	84	8	54	41	9	0	48	1.35
83170010--83170053	20	2.2	20	88	4	63	45	6	0	47	1.29
83171964--83172007	19	2.2	20	88	4	63	47	0	9	43	1.35
83172945--83172986	19	2.3	18	88	12	59	47	0	7	45	1.30
83172945--83172986	18	2.3	19	84	12	52	47	0	7	45	1.30
83173894--83173938	16	2.7	18	80	16	60	37	0	8	53	1.32
83174835--83174872	20	1.9	20	88	0	58	52	2	10	34	1.50
83170777--83184321	512	26.8	513	85	7	17628	35	14	13	35	1.85
83178002--83178045	20	2.2	20	88	4	63	45	0	6	47	1.29
83179527--83179569	19	2.3	19	88	8	61	48	0	4	46	1.22
83185914--83185987	37	2.0	37	94	0	130	51	6	6	35	1.55
83186096--83186203	50	2.2	50	94	0	189	21	25	16	37	1.94
83195738--83195845	7	14.6	7	69	21	69	62	0	5	31	1.18
83195732--83195867	15	9.1	14	67	18	62	61	2	4	31	1.27
83195732--83195867	29	4.5	29	70	18	91	61	2	4	31	1.27
83195731--83195845	10	11.1	10	68	22	60	61	0	5	32	1.24
83196038--83196098	27	2.2	28	85	2	79	57	0	3	39	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83197659--83198196	44	12.2	44	84	0	556	28	27	13	31	1.93
83210165--83210272	7	14.6	7	66	21	51	61	0	6	31	1.28
83210445--83210501	24	2.5	22	74	17	62	59	1	5	33	1.30
83212793--83212917	66	1.9	66	83	6	164	22	24	24	28	2.00
83212948--83213060	54	2.1	54	100	0	226	14	30	30	25	1.95
83214798--83214832	18	1.9	18	100	0	70	42	0	28	28	1.56
83214893--83215078	43	4.3	43	85	4	232	25	19	15	39	1.91
83214893--83215150	86	3.0	85	84	4	295	26	17	15	40	1.90
83214930--83215150	43	5.1	43	87	0	262	26	17	15	40	1.89
83215180--83215279	43	2.3	43	91	3	157	28	13	18	41	1.87
83215054--83215264	110	1.9	110	83	1	271	28	13	17	41	1.86
83219290--83219417	47	2.7	47	86	0	166	32	28	16	22	1.96
83230477--83230530	27	2.0	27	96	0	99	53	3	25	16	1.59
83230622--83230659	20	1.9	20	88	0	58	71	2	5	21	1.19
83231285--83231313	10	2.7	11	94	5	51	0	10	0	89	0.48
83232418--83232453	16	2.2	17	90	5	56	77	0	8	13	0.98
83247541--83247583	17	2.3	18	80	19	52	62	0	6	30	1.21
83248944--83248986	19	2.2	20	87	8	61	39	9	16	34	1.80
83254575--83254645	8	8.6	8	76	17	74	84	0	15	0	0.62
83254574--83254639	9	7.7	9	73	21	61	84	0	15	0	0.61
83254572--83254637	14	4.8	13	85	10	80	84	0	15	0	0.61
83254572--83254645	15	5.1	15	87	8	93	85	0	14	0	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83254572--83254629	6	9.8	6	80	12	59	86	0	13	0	0.58
83255631--83256025	41	9.5	42	67	20	172	29	23	22	25	1.99
83255587--83256113	84	6.3	84	86	6	741	29	22	22	24	1.99
83255930--83256066	41	3.3	41	67	14	120	32	22	21	24	1.98
83256819--83256880	19	3.2	19	88	4	88	37	9	17	35	1.83
83262217--83262705	76	6.5	75	73	7	310	39	17	14	28	1.89
83262217--83262726	226	2.2	226	79	4	535	38	18	14	28	1.90
83262353--83262724	151	2.5	151	79	5	344	39	17	13	29	1.88
83262799--83262973	75	2.4	74	78	7	192	38	16	14	29	1.89
83263175--83263241	30	2.2	30	84	5	82	43	14	20	20	1.88
83267557--83267621	34	1.9	34	90	0	103	29	18	20	32	1.96
83275110--83275150	21	2.0	21	90	0	64	21	26	21	29	1.99
83275111--83275156	21	2.2	21	84	0	56	23	28	21	26	1.99
83277022--83277077	26	2.1	28	86	6	80	42	3	14	39	1.63
83277755--83277800	12	3.9	12	79	20	53	23	2	6	67	1.25
83282795--83282966	43	4.0	43	71	13	138	27	16	23	32	1.96
83287140--83287500	89	4.0	88	75	11	316	34	14	19	30	1.92
83287084--83287547	185	2.5	185	83	1	556	35	15	19	29	1.93
83287185--83287449	140	1.9	140	83	1	343	33	15	20	30	1.93
83287321--83287693	44	8.1	44	75	8	269	32	15	20	31	1.94
83287137--83287638	235	2.2	233	80	5	552	34	14	20	31	1.92
83287459--83287586	51	2.5	51	85	0	175	32	14	19	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83288962--83289007	22	2.0	23	84	12	60	21	21	13	43	1.86
83292269--83292307	12	3.3	11	86	13	51	25	2	5	66	1.25
83292275--83292312	18	2.1	18	85	9	51	23	2	5	68	1.23
83293738--83293794	25	2.3	25	84	6	71	29	1	3	64	1.20
83298087--83298113	12	2.2	12	100	0	54	44	7	7	40	1.60
83298320--83298358	10	4.0	10	93	6	71	41	0	0	58	0.98
83298320--83298358	19	2.0	20	95	5	71	41	0	0	58	0.98
83322253--83322285	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
83322253--83322286	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
83322517--83322592	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
83322553--83322640	19	4.8	19	91	8	155	36	14	11	37	1.83
83322546--83322640	35	2.6	37	87	12	144	35	15	10	37	1.82
83322567--83322622	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
83322762--83322800	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
83331536--83331704	81	2.1	81	83	7	209	23	20	29	26	1.99
83331523--83331694	41	4.2	41	77	10	181	21	20	29	27	1.98
83333463--83333502	18	2.2	19	86	4	55	62	0	22	15	1.32
83333582--83333625	6	7.3	6	89	0	61	54	0	27	18	1.44
83333577--83333626	18	2.7	18	84	3	64	58	0	26	16	1.38
83333701--83333762	26	2.4	26	83	0	70	40	14	11	33	1.82
83346270--83346334	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
83355678--83355801	16	7.5	16	68	22	62	30	1	1	66	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83355733--83355988	3	84.0	3	65	24	78	33	3	0	61	1.20
83355687--83355873	46	3.9	49	69	24	130	31	3	1	63	1.19
83355822--83355980	63	2.5	63	81	11	157	32	4	1	61	1.24
83355903--83355987	21	4.0	22	77	18	90	32	4	1	61	1.24
83355920--83355980	20	2.9	22	79	18	58	31	4	1	62	1.26
83356123--83356174	23	2.4	21	81	15	61	36	5	0	57	1.23
83356242--83356299	17	3.6	16	77	17	66	34	1	0	63	1.04
83356235--83356300	17	3.9	17	69	25	50	36	1	0	62	1.05
83362968--83363043	35	2.2	35	82	0	89	23	18	23	34	1.96
83372894--83372945	22	2.4	22	86	0	77	26	9	28	34	1.88
83375984--83376154	93	1.8	93	91	0	279	26	28	22	22	1.99
83375976--83376156	46	3.9	46	81	4	220	27	28	21	22	1.99
83385526--83385652	41	3.1	40	76	4	119	18	15	23	41	1.89
83390847--83390908	31	2.0	31	100	0	124	35	19	19	25	1.95
83398995--83399047	16	3.3	16	75	0	52	20	7	9	62	1.50
83410607--83410644	19	2.0	19	89	0	58	44	0	10	44	1.38
83411476--83411535	25	2.7	21	74	20	59	35	1	5	58	1.30
83411569--83411638	21	3.3	21	76	7	70	41	1	2	54	1.24
83411582--83411637	15	3.9	15	73	19	57	46	1	1	50	1.22
83415426--83415476	16	3.0	17	78	18	61	50	0	0	49	1.00
83417362--83417481	60	2.0	60	98	0	231	45	13	9	32	1.75
83417952--83418003	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83419921--83419972	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
83427034--83427157	6	20.0	6	73	15	101	47	15	17	19	1.83
83427031--83427133	37	2.8	37	89	0	152	46	15	18	19	1.84
83427077--83427157	31	2.6	31	94	2	135	49	16	14	19	1.80
83427294--83427395	27	3.8	27	81	5	98	37	19	22	20	1.95
83427554--83427618	22	3.0	22	76	13	62	33	23	23	20	1.97
83428046--83428320	27	10.2	27	88	1	320	25	20	19	34	1.96
83428073--83428311	81	3.0	81	91	0	370	25	21	20	33	1.97
83428302--83428374	27	2.8	26	70	12	67	31	8	21	38	1.83
83428355--83428752	27	14.8	26	79	7	341	32	8	19	38	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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