genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.159.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51307859--51307883	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
51309629--51309653	13	1.9	13	100	0	50	16	12	0	72	1.13
51312139--51312184	20	2.2	20	96	3	83	23	15	43	17	1.87
51317750--51317889	39	3.6	39	91	1	210	24	21	26	27	1.99
51324488--51324757	47	5.7	47	91	0	407	31	8	31	27	1.87
51324535--51324613	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
51324876--51324954	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
51327563--51327645	40	2.2	36	78	17	98	22	27	27	21	1.99
51327572--51327651	40	2.0	40	95	0	142	26	26	23	23	2.00
51335400--51335459	28	2.1	29	87	3	86	30	11	30	28	1.92
51338419--51338454	4	9.0	4	100	0	72	25	0	0	75	0.81
51339576--51339644	28	2.4	29	90	2	104	23	15	33	27	1.95
51340495--51340580	40	2.2	39	82	2	100	23	18	29	29	1.98
51343845--51344303	49	9.6	48	93	1	696	33	8	29	28	1.86
51343845--51344303	145	3.2	145	93	2	748	33	8	29	28	1.86
51346888--51346980	42	2.2	42	82	5	107	29	25	17	27	1.97
51348114--51348140	13	2.1	13	100	0	54	48	22	0	29	1.51
51349561--51349601	16	2.4	18	84	15	61	34	0	2	63	1.08
51351421--51351515	43	2.2	43	82	0	118	36	21	14	27	1.92
51355553--51355737	40	4.6	39	83	6	212	23	22	28	25	1.99
51355553--51355735	79	2.3	81	84	5	239	24	22	27	25	2.00
51355583--51355770	79	2.4	78	81	7	218	26	20	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51361242--51361314	27	2.7	27	85	6	87	39	17	19	23	1.92
51365288--51365327	17	2.3	19	79	16	50	22	42	22	12	1.87
51373979--51374203	40	5.6	40	78	8	208	24	24	26	24	2.00
51373979--51374239	80	3.3	80	78	3	258	25	24	25	24	2.00
51373979--51374203	120	1.9	121	81	6	278	24	24	26	24	2.00
51382185--51382409	40	5.6	40	85	2	290	25	24	27	23	2.00
51382185--51382445	80	3.3	80	83	3	303	25	24	26	23	2.00
51395621--51395685	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
51395791--51395880	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
51395802--51395891	27	3.2	28	82	4	83	23	26	20	30	1.98
51395791--51395905	55	2.1	56	82	8	137	20	24	21	33	1.97
51396345--51396383	19	2.1	19	90	0	60	15	5	5	74	1.17
51397412--51397562	43	3.5	43	76	12	141	33	22	14	29	1.94
51400852--51400975	42	2.9	42	80	7	160	30	25	14	29	1.95
51404430--51404461	13	2.5	13	100	0	64	12	43	18	25	1.85
51404441--51405021	310	1.8	314	88	5	884	25	25	21	27	1.99
51419951--51419994	18	2.4	18	92	0	70	61	2	4	31	1.28
51420862--51420975	29	4.0	29	82	10	128	28	29	15	26	1.96
51425687--51426168	47	10.1	47	92	3	784	31	8	30	29	1.87
51425687--51426168	96	5.0	95	94	2	797	31	8	30	29	1.87
51425687--51426168	143	3.4	143	95	1	833	31	8	30	29	1.87
51426287--51426365	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51429312--51429419	29	3.8	29	81	6	121	27	28	15	27	1.96
51429309--51429419	58	1.9	57	85	1	150	27	29	15	27	1.96
51429643--51429677	8	4.4	8	85	0	52	2	20	22	54	1.58
51432082--51432326	40	6.2	39	90	5	325	25	27	22	24	2.00
51434476--51434528	8	6.6	8	73	0	52	16	1	28	52	1.54
51434476--51434531	16	3.5	15	87	4	67	16	1	30	51	1.54
51437840--51437888	23	2.1	23	96	0	89	30	10	24	34	1.89
51438526--51438985	148	3.1	148	94	1	805	25	21	25	27	2.00
51451049--51451073	9	2.8	9	100	0	50	12	8	12	68	1.40
51459504--51459768	39	6.8	39	94	0	458	23	29	24	21	1.99
51464898--51465013	57	2.0	57	81	6	137	26	17	28	27	1.97
51464908--51465015	29	3.8	29	81	8	107	25	17	28	27	1.98
51467856--51468013	27	5.9	27	84	1	147	31	20	8	39	1.82
51467856--51467986	27	4.9	27	87	1	156	29	20	8	41	1.82
51467856--51467986	53	2.4	54	84	1	165	29	20	8	41	1.82
51468006--51468282	27	10.3	27	86	0	329	37	18	18	25	1.94
51468394--51468468	11	7.1	11	76	7	66	36	13	17	33	1.88
51468394--51468443	21	2.4	21	89	0	73	38	12	20	30	1.88
51468406--51468454	21	2.3	21	96	0	89	34	10	18	36	1.85
51468502--51468571	25	2.8	25	91	0	104	25	22	24	27	2.00
51468501--51468584	25	3.4	24	82	8	89	28	20	23	27	1.99
51471739--51471774	17	2.1	17	89	0	54	47	25	16	11	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51491265--51491491	46	4.8	48	77	9	195	23	28	18	29	1.97
51491263--51491533	46	5.8	46	75	10	185	23	28	18	29	1.98
51491265--51491528	140	1.9	141	81	7	322	24	28	18	29	1.98
51526296--51526357	26	2.3	27	83	10	83	35	27	8	29	1.85
51534298--51534378	27	3.0	27	87	1	108	19	23	19	37	1.95
51536423--51536500	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
51536453--51536780	174	1.9	174	97	0	620	30	14	23	31	1.95
51541474--51541509	17	2.1	17	89	5	54	13	33	30	22	1.93
51548736--51548815	38	2.1	38	85	0	106	22	20	22	35	1.96
51548812--51549022	43	4.9	43	94	0	350	11	22	34	31	1.90
51558678--51558740	28	2.2	29	88	2	92	31	25	11	31	1.91
51564724--51564799	11	7.5	11	71	16	74	36	11	18	32	1.87
51564723--51564799	20	3.8	20	92	0	136	36	11	18	33	1.87
51564849--51564959	52	2.2	49	91	6	177	27	22	23	26	1.99
51564849--51564946	26	3.8	26	91	1	162	25	24	23	26	2.00
51564849--51564959	26	4.4	25	84	5	134	27	22	23	26	1.99
51565562--51565599	18	2.1	18	90	0	58	34	26	7	31	1.85
51577647--51577720	24	3.1	24	76	3	78	24	13	29	32	1.93
51583451--51583622	46	3.7	45	79	10	195	22	20	29	28	1.98
51583443--51583614	93	1.8	93	92	0	290	22	21	29	27	1.99
51586886--51586950	24	2.7	25	83	9	82	23	15	29	32	1.95
51589232--51589266	18	1.9	18	100	0	70	22	17	14	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51601770--51602168	200	2.0	199	96	1	737	40	7	20	30	1.81
51604354--51604421	29	2.4	28	76	13	68	25	32	23	19	1.97
51613851--51613905	25	2.2	25	93	0	92	43	9	20	27	1.81
51621452--51621625	40	4.3	40	80	5	208	27	26	21	24	2.00
51621407--51621625	80	2.8	78	81	4	235	26	26	21	24	1.99
51628640--51628859	40	5.6	40	82	4	250	25	26	23	25	2.00
51645437--51645514	15	5.4	15	75	13	74	10	17	14	57	1.64
51645428--51645507	28	2.8	29	81	11	92	11	17	17	53	1.72
51651278--51651406	26	5.0	26	88	0	186	38	8	27	24	1.85
51656879--51657028	42	3.5	42	80	3	158	31	12	24	31	1.92
51659692--51659723	12	2.7	12	95	0	55	31	15	40	12	1.85
51662426--51662609	40	4.7	40	83	8	225	23	22	28	25	1.99
51662479--51662634	78	2.0	78	83	6	199	25	20	27	26	1.99
51670569--51670682	39	2.9	39	90	2	176	24	21	29	24	1.99
51670569--51670722	78	2.0	78	79	7	170	25	19	28	25	1.99
51679816--51679889	34	2.2	34	92	4	123	35	28	10	25	1.90
51679944--51680008	27	2.4	27	84	0	85	21	26	10	41	1.86
51680073--51680183	31	3.5	31	75	2	96	27	27	14	30	1.95
51680176--51680287	33	3.4	33	83	4	138	25	23	14	37	1.92
51684512--51684585	34	2.2	34	95	0	130	33	28	12	25	1.92
51684640--51684704	27	2.4	27	89	0	94	21	26	12	40	1.88
51684768--51684879	31	3.5	32	78	7	122	27	26	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51684872--51684983	33	3.4	33	85	4	147	25	23	13	37	1.91
51687802--51687851	27	1.9	26	84	8	66	48	18	2	32	1.59
51689825--51690009	79	2.3	81	83	7	227	25	27	22	24	2.00
51689825--51690009	40	4.7	40	82	7	225	25	27	22	24	2.00
51691930--51692003	34	2.2	34	87	0	103	33	29	12	24	1.91
51692058--51692122	27	2.4	27	89	0	94	21	26	12	40	1.88
51692179--51692359	31	5.8	31	80	7	188	27	25	17	29	1.97
51692212--51692359	62	2.4	62	87	4	210	27	26	18	27	1.98
51692352--51692463	33	3.4	32	81	14	122	25	25	13	36	1.92
51694145--51694197	11	4.7	11	75	13	54	64	3	0	32	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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