genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60342680--60342784	30	3.6	30	77	7	110	29	15	30	24	1.95
60342651--60342772	59	2.1	56	83	4	145	28	16	30	24	1.96
60342651--60342784	29	4.7	27	75	8	106	29	15	30	24	1.96
60347867--60347963	42	2.3	42	91	1	151	29	16	24	28	1.97
60348194--60348223	15	1.9	16	93	6	53	33	0	26	40	1.57
60351188--60351241	28	1.9	28	85	7	74	37	18	25	18	1.94
60372070--60372107	8	4.8	8	81	12	51	15	2	0	81	0.80
60372068--60372104	15	2.5	15	91	8	58	16	2	0	81	0.81
60380692--60380739	20	2.4	20	96	0	87	50	10	0	39	1.37
60389694--60389860	75	2.2	75	80	3	185	37	17	13	31	1.89
60399271--60399467	75	2.6	74	83	3	225	31	20	15	31	1.94
60402826--60402863	20	1.9	20	100	0	76	26	18	18	36	1.94
60407280--60407323	19	2.3	19	84	4	52	59	2	2	36	1.23
60408472--60408522	25	2.0	25	96	0	93	33	21	3	41	1.72
60421518--60421813	148	2.0	148	87	0	430	36	19	13	30	1.91
60423783--60423935	43	3.5	44	83	3	177	26	16	24	32	1.96
60433825--60434008	40	4.6	40	82	2	235	25	22	26	25	2.00
60436751--60436829	25	3.3	25	63	22	69	31	5	31	31	1.79
60436706--60436899	47	4.1	47	95	1	325	33	7	30	27	1.85
60438688--60438805	40	3.0	39	88	3	166	16	22	29	31	1.96
60442724--60442801	18	4.3	18	80	6	86	42	5	38	14	1.67
60442706--60442788	36	2.3	36	83	4	105	42	7	34	15	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60442706--60442801	36	2.7	36	80	3	104	42	6	36	14	1.71
60444616--60445036	48	8.8	48	78	2	432	28	27	16	27	1.97
60444618--60445036	96	4.4	96	87	1	588	28	27	16	27	1.97
60448821--60448937	56	2.1	55	87	1	162	47	17	11	23	1.80
60461409--60461450	20	2.1	20	86	8	59	57	4	0	38	1.20
60465050--60465102	19	2.8	19	80	11	63	13	7	5	73	1.23
60465047--60465112	30	2.2	30	86	5	89	13	9	4	72	1.24
60465437--60465467	16	1.9	16	100	0	62	32	35	19	12	1.90
60467268--60467308	18	2.2	20	79	16	52	48	2	0	48	1.14
60467509--60467559	19	2.9	17	75	13	50	60	1	11	25	1.41
60467624--60467661	19	2.0	19	90	10	60	42	2	0	55	1.14
60469609--60469643	7	4.9	7	86	6	52	31	0	8	60	1.27
60469568--60469650	15	5.3	15	72	15	62	31	0	7	61	1.23
60469569--60469643	23	3.2	22	78	16	80	30	0	8	61	1.25
60469922--60469965	20	2.3	20	88	7	65	40	0	0	59	0.98
60470545--60470595	19	2.6	19	84	9	59	64	3	5	25	1.33
60473262--60473296	8	4.4	8	89	10	54	34	0	0	65	0.93
60473263--60473296	17	2.1	16	94	5	59	32	0	0	67	0.91
60489046--60489097	19	2.7	19	78	0	59	32	30	19	17	1.95
60491576--60491632	24	2.4	25	77	14	66	45	7	7	40	1.58
60491904--60491975	36	1.9	36	86	8	99	31	8	6	52	1.58
60493051--60493084	8	4.5	8	85	14	54	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60510662--60510780	58	2.1	58	96	3	222	31	10	8	50	1.66
60510590--60510935	131	2.5	134	87	6	482	32	11	7	49	1.66
60510720--60510935	73	3.0	73	93	0	369	31	12	6	49	1.67
60516863--60517008	43	3.4	42	77	8	134	32	23	17	27	1.96
60516844--60517002	42	3.7	44	74	13	152	31	24	17	26	1.97
60521431--60521615	79	2.3	81	83	7	227	25	22	27	24	2.00
60521432--60521615	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
60521484--60521648	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
60527602--60527700	42	2.3	42	82	1	117	31	20	20	28	1.97
60528976--60529130	42	3.7	42	85	3	204	29	25	15	29	1.96
60537714--60537774	30	2.0	30	83	0	77	39	9	9	40	1.72
60550635--60550754	42	2.9	41	77	14	120	25	17	27	29	1.98
60559581--60559607	12	2.2	12	100	0	54	7	22	44	25	1.79
60561742--60561862	39	3.1	39	97	0	224	23	31	24	20	1.98
60564845--60565029	40	4.7	40	82	5	207	24	21	27	27	1.99
60564898--60565062	79	2.1	79	82	6	192	25	19	27	27	1.99
60568716--60568831	37	3.1	37	94	0	196	25	32	18	22	1.97
60568950--60569507	47	11.7	47	95	1	927	29	29	8	32	1.87
60568950--60569507	237	2.3	235	93	1	927	29	29	8	32	1.87
60580169--60580523	43	8.3	43	77	6	310	26	16	25	31	1.96
60580154--60580514	86	4.2	86	80	6	344	26	16	25	31	1.96
60581817--60581921	50	2.1	51	92	1	176	32	11	17	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60583674--60583877	40	5.1	39	82	5	214	24	21	27	26	1.99
60583674--60583891	79	2.7	80	81	7	248	25	20	27	26	1.99
60592092--60592149	30	1.9	30	82	6	73	31	13	8	46	1.74
60594578--60594703	48	2.6	49	82	2	139	27	13	26	32	1.94
60602889--60602936	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
60602946--60603039	42	2.3	42	79	1	100	32	6	12	47	1.67
60602959--60603042	42	2.0	42	85	0	114	30	10	13	45	1.77
60614593--60614642	10	5.0	10	86	13	68	20	8	2	70	1.23
60616671--60616704	18	1.9	18	94	5	61	26	11	5	55	1.58
60617679--60617737	30	2.0	30	82	0	73	40	6	27	25	1.80
60618352--60618696	50	6.9	50	79	3	379	26	17	25	29	1.98
60618353--60618635	101	2.8	101	93	0	476	27	18	24	30	1.98
60618896--60618927	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
60622281--60622458	40	4.5	40	81	8	186	24	28	23	24	2.00
60622281--60622458	78	2.2	81	81	9	206	24	28	23	24	2.00
60630133--60630314	39	4.6	39	78	11	185	25	27	22	24	2.00
60630100--60630314	78	2.7	77	81	9	222	25	26	21	26	2.00
60633043--60633090	20	2.3	21	89	3	71	33	10	18	37	1.85
60634658--60634840	40	4.6	40	91	2	280	26	27	21	24	1.99
60636726--60636807	29	2.7	30	83	9	105	31	19	23	25	1.98
60657213--60657263	23	2.2	23	82	6	59	23	3	7	64	1.37
60660675--60660706	15	2.1	15	94	0	55	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60663201--60663258	20	2.9	20	78	0	62	32	36	12	18	1.88
60664923--60664961	11	3.6	11	86	6	62	69	5	7	17	1.32
60664924--60664960	10	3.6	10	88	3	56	67	5	8	18	1.36
60669758--60669811	26	2.1	26	92	0	90	24	7	29	38	1.82
60670151--60670208	20	2.9	20	78	0	71	34	34	12	18	1.88
60672796--60672873	36	2.2	36	95	0	138	37	11	8	42	1.73
60673203--60673250	20	2.4	20	75	0	51	14	10	6	68	1.37
60673249--60673280	13	2.5	13	94	0	55	28	3	0	68	1.04
60675816--60675894	37	2.1	37	88	0	113	25	30	18	25	1.98
60676013--60676423	47	8.7	47	94	0	680	28	30	9	32	1.88
60679091--60679275	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
60679072--60679275	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
60687049--60687233	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
60687030--60687233	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
60690342--60690402	30	2.0	30	90	0	95	29	24	8	37	1.84
60695311--60695339	12	2.4	12	100	0	58	58	17	6	17	1.59
60695308--60695342	18	1.9	18	94	0	61	57	17	8	17	1.64
60696779--60696818	19	2.1	19	100	0	80	30	12	37	20	1.89
60698914--60698993	32	2.5	32	85	0	106	16	46	21	16	1.84
60705584--60705705	43	2.9	41	81	7	145	30	16	25	27	1.97
60708728--60708762	18	1.9	18	88	0	52	14	42	25	17	1.86
60719743--60719802	29	2.1	29	100	0	120	36	13	10	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60725707--60725811	42	2.5	42	83	7	140	24	19	25	30	1.98
60727004--60727052	7	7.4	7	76	19	52	55	0	0	44	0.99
60727004--60727052	13	3.8	13	78	15	57	55	0	0	44	0.99
60731481--60731588	40	2.7	40	94	0	198	23	19	29	27	1.98
60733551--60733589	16	2.6	15	84	11	53	51	0	0	48	1.00
60733578--60733660	10	8.2	11	80	15	99	54	0	0	45	0.99
60733558--60733653	19	5.1	19	86	9	110	52	0	0	47	1.00
60734988--60735094	31	3.4	33	80	8	116	49	4	0	45	1.22
60735085--60735142	11	5.5	11	70	25	54	62	6	3	27	1.37
60735158--60735255	3	30.0	3	72	25	67	62	1	5	31	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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