genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22737445--22738004	44	12.6	44	70	8	283	32	17	20	29	1.96
22737445--22737651	89	2.3	88	80	4	229	28	17	22	31	1.97
22737443--22737688	133	1.8	133	86	3	361	29	17	21	31	1.96
22737297--22737966	314	2.1	312	84	3	837	32	16	20	30	1.95
22737799--22738004	45	4.7	44	78	4	209	33	21	19	25	1.97
22739277--22739399	3	41.0	3	73	6	97	29	6	3	60	1.37
22739282--22739399	12	10.2	12	79	10	113	29	6	2	61	1.35
22739555--22739610	3	18.0	3	75	14	51	30	1	5	62	1.28
22739754--22739802	18	2.7	19	78	9	57	16	14	4	65	1.42
22743273--22743316	20	2.2	20	88	4	63	52	6	0	40	1.28
22745120--22745150	13	2.4	13	100	0	62	45	19	0	35	1.51
22754379--22754419	18	2.3	18	86	0	55	46	17	17	19	1.85
22754397--22754508	45	2.5	45	92	1	190	45	16	15	22	1.85
22754708--22754794	40	2.2	40	85	4	113	40	20	8	31	1.82
22755739--22755796	31	1.9	31	82	6	75	51	5	0	43	1.24
22764357--22764388	5	6.4	5	100	0	64	18	0	0	81	0.70
22765418--22765470	25	2.1	25	96	0	97	32	1	11	54	1.47
22767634--22767662	14	2.1	14	100	0	58	24	6	0	68	1.13
22772193--22772228	18	1.9	19	88	5	56	66	2	19	11	1.35
22784443--22784491	21	2.3	21	83	13	57	46	0	4	48	1.20
22786101--22786495	199	2.0	200	93	0	675	35	13	17	34	1.89
22787339--22787382	20	2.3	20	84	7	56	68	2	2	27	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22788077--22788263	90	2.1	90	87	4	270	38	10	18	32	1.85
22790404--22790437	13	2.6	13	90	0	50	85	14	0	0	0.60
22791887--22791930	3	14.7	3	95	0	52	22	0	9	68	1.18
22793171--22793206	13	2.8	13	91	0	54	2	36	44	16	1.63
22795039--22795076	15	2.6	15	87	4	60	36	7	0	55	1.29
22801835--22801864	15	2.0	15	100	0	60	13	13	40	33	1.83
22804151--22804205	23	2.4	24	82	11	62	63	0	1	34	1.05
22804461--22804485	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
22823476--22823538	20	3.0	20	81	6	72	34	0	4	60	1.18
22825355--22825412	20	2.8	20	84	5	71	27	17	31	24	1.97
22826192--22826272	42	1.9	42	87	0	117	24	29	23	22	1.99
22828073--22828134	29	2.2	29	97	2	117	32	17	16	33	1.92
22828844--22828970	57	2.3	57	94	4	224	25	11	22	40	1.87
22836182--22836244	28	2.2	28	91	0	99	31	6	30	31	1.83
22841618--22841677	28	2.1	28	87	0	84	33	6	28	31	1.83
22863338--22863368	16	2.0	15	93	6	53	64	3	6	25	1.33
22865170--22865209	21	2.0	21	85	5	55	20	25	40	15	1.90
22865606--22865692	43	2.0	43	90	0	138	35	31	14	18	1.91
22866553--22866857	48	6.5	48	77	12	248	25	30	16	27	1.97
22866553--22866996	46	9.5	44	76	14	299	24	30	17	27	1.97
22866458--22866909	188	2.4	187	87	3	634	25	29	17	28	1.97
22869673--22869735	27	2.4	27	89	5	94	50	1	3	44	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22870131--22870179	25	2.0	25	92	7	84	69	0	0	30	0.89
22888802--22888839	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
22897201--22897590	207	1.9	207	95	0	699	32	15	17	34	1.91
22897486--22897678	103	1.9	103	89	4	300	36	16	16	31	1.91
22901113--22901139	9	3.0	9	100	0	54	33	22	33	11	1.89
22903112--22903203	47	2.0	47	93	0	157	59	13	11	15	1.61
22903727--22903751	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
22906529--22906589	21	2.8	22	75	12	63	49	0	0	50	1.00
22912107--22912158	21	2.5	21	78	3	52	48	0	9	42	1.36
22912112--22912152	16	2.7	15	85	10	57	46	0	9	43	1.36
22914399--22914458	30	2.0	30	100	0	120	26	20	36	16	1.93
22915676--22915722	22	2.1	22	100	0	94	36	12	8	42	1.74
22915750--22915792	11	3.7	11	82	11	59	23	4	0	72	1.04
22915760--22915803	13	3.5	13	78	12	56	15	11	0	72	1.11
22915750--22915803	24	2.2	24	96	0	99	18	9	0	72	1.11
22924784--22924809	10	2.6	10	100	0	52	84	0	7	7	0.77
22927301--22927334	10	3.4	10	91	0	59	29	11	20	38	1.88
22932237--22932288	27	1.9	27	88	0	77	34	19	23	23	1.96
22932458--22932548	27	3.4	27	82	0	101	27	21	17	32	1.96
22938521--22938646	44	2.9	43	88	3	173	26	25	15	32	1.96
22938905--22940240	205	6.5	205	93	1	2126	29	21	17	30	1.97
22951848--22951912	20	3.0	20	75	11	58	63	6	6	24	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22951878--22952049	3	59.7	3	66	16	51	56	2	8	32	1.41
22952073--22952104	16	2.0	16	93	0	55	50	6	21	21	1.71
22952207--22952249	16	2.8	15	86	6	59	62	0	6	30	1.21
22952344--22952370	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
22952939--22953018	27	3.2	25	86	8	117	43	21	3	31	1.70
22953458--22953583	44	2.9	43	88	3	173	26	25	15	32	1.96
22953474--22953701	44	5.2	43	75	12	157	25	26	16	32	1.96
22953841--22955174	205	6.5	205	95	1	2195	29	22	17	30	1.97
22953841--22955145	408	3.2	409	94	2	2194	29	22	17	30	1.97
22963077--22963107	15	2.1	15	100	0	62	6	38	0	54	1.26
22963151--22963200	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
22967066--22967265	3	66.3	3	66	15	56	56	3	8	32	1.45
22967021--22967081	22	2.8	22	80	2	61	68	6	6	18	1.33
22967265--22967296	16	2.0	16	93	0	55	50	6	21	21	1.71
22967399--22967441	16	2.8	15	86	6	59	62	0	6	30	1.21
22967536--22967568	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
22967664--22967694	3	10.7	3	93	6	55	64	0	0	35	0.94
22968164--22968235	25	2.7	26	89	10	103	50	16	4	29	1.64
22969257--22969333	13	5.9	13	80	6	75	29	7	28	33	1.85
22969500--22969621	30	4.0	29	69	23	83	46	1	1	50	1.21
22970811--22970850	20	2.1	19	95	4	71	62	0	0	37	0.95
22970825--22970854	12	2.5	12	94	0	51	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22974520--22974791	50	5.7	50	67	18	150	23	26	20	30	1.98
22974621--22974879	142	1.8	139	80	7	308	24	25	20	29	1.99
22975405--22975499	46	2.1	46	91	0	154	29	20	10	40	1.85
22979899--22979983	31	2.7	31	89	5	118	28	30	16	24	1.96
22980077--22980414	35	9.7	35	83	4	387	32	24	12	31	1.92
22980079--22980414	70	4.8	70	90	0	494	32	24	12	31	1.92
22980079--22980414	105	3.2	104	87	0	474	32	24	12	31	1.92
22985182--22985589	187	2.2	187	87	1	602	22	27	19	30	1.98
22991145--22991182	13	2.9	13	81	14	51	42	0	7	50	1.31
22994052--22994217	83	2.0	83	90	2	262	43	15	19	20	1.87
22995838--22996062	40	5.7	40	85	5	287	26	28	21	24	1.99
22995840--22996062	119	1.9	120	83	6	292	26	27	21	24	1.99
22998352--22998392	19	2.1	20	86	4	57	56	2	2	39	1.26
23002262--23002292	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
23010886--23010930	17	2.6	18	79	10	58	57	15	0	26	1.38
23012306--23012353	19	2.5	19	86	6	62	47	0	0	52	1.00
23013093--23013152	21	2.9	21	72	20	63	55	1	0	43	1.10
23013548--23013620	27	2.7	27	91	0	119	21	28	26	23	1.99
23019135--23019413	62	4.5	62	92	0	452	37	5	7	48	1.55
23020507--23020533	14	1.9	14	100	0	54	37	3	22	37	1.72
23020508--23020541	14	2.4	14	90	0	50	41	2	17	38	1.65
23022523--23022615	15	6.3	16	67	23	53	1	39	1	58	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23022579--23022638	6	10.0	6	86	12	54	0	48	0	51	1.00
23022605--23022648	3	15.0	3	80	4	54	0	38	0	61	0.96
23035821--23035942	38	3.2	37	88	6	165	34	15	23	26	1.95
23040348--23040381	6	5.3	6	86	13	50	64	5	0	29	1.17
23041340--23041377	20	1.9	20	94	0	67	15	31	31	21	1.94
23043487--23043518	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
23043485--23043529	6	6.9	7	92	7	53	66	0	2	31	1.04
23049221--23049256	13	2.7	13	91	4	54	52	19	0	27	1.46
23050852--23050880	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
23052818--23052894	26	3.0	26	80	0	82	20	19	22	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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