genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.289.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92438560--92438604	13	2.9	16	75	21	51	13	42	24	20	1.87
92438560--92438616	30	1.9	30	85	0	78	12	40	24	22	1.88
92441055--92441105	25	2.0	25	100	0	102	43	27	9	19	1.82
92444684--92444711	13	2.2	13	100	0	56	50	7	7	35	1.57
92445437--92445487	20	2.5	20	93	0	84	35	13	1	49	1.54
92448110--92448285	46	3.8	46	79	12	207	19	21	30	28	1.98
92448107--92448278	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
92475048--92475108	20	3.2	19	80	11	72	39	8	8	44	1.64
92475057--92475108	19	2.8	19	80	11	63	42	7	9	40	1.66
92475199--92475245	23	2.1	23	84	4	60	40	8	2	48	1.45
92477935--92477993	31	1.9	31	93	6	102	33	16	8	40	1.79
92481406--92481445	21	1.9	21	84	0	53	22	32	32	12	1.91
92482546--92482604	31	1.9	31	89	0	91	18	27	5	49	1.68
92484135--92484312	92	1.9	93	93	1	304	18	10	14	56	1.66
92484750--92484797	25	1.9	25	100	0	96	25	29	6	39	1.80
92485716--92485755	20	2.0	20	95	0	71	47	2	0	50	1.14
92485836--92485881	19	2.3	20	96	3	85	47	17	10	23	1.79
92485865--92485894	14	2.2	13	94	5	51	40	20	6	33	1.78
92488861--92488971	47	2.4	47	80	6	127	36	21	15	27	1.93
92489717--92489806	4	22.5	4	71	13	69	3	25	4	66	1.26
92489720--92489838	53	2.2	54	86	8	181	5	25	5	63	1.40
92489831--92489861	14	2.2	14	94	0	53	22	16	0	61	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92493991--92494162	59	2.9	58	81	6	195	43	0	2	53	1.20
92494102--92494168	22	2.9	23	79	16	75	44	0	0	55	0.99
92497654--92497688	16	2.2	16	90	5	54	2	25	2	68	1.17
92497651--92497683	16	2.1	16	100	0	66	6	24	6	63	1.40
92504901--92504989	32	2.8	32	81	5	101	35	12	4	47	1.62
92514066--92514262	28	7.0	28	86	4	272	29	17	21	31	1.96
92514081--92514262	56	3.2	56	95	1	312	30	17	21	30	1.96
92534653--92534732	32	2.5	32	84	11	101	41	6	10	42	1.63
92538448--92538495	8	6.5	8	81	13	59	50	35	0	14	1.44
92545499--92545538	6	6.7	6	82	0	53	2	32	17	47	1.61
92552605--92552642	20	1.9	20	84	10	51	44	10	5	39	1.61
92561121--92561159	16	2.4	17	91	8	64	48	0	0	51	1.00
92569113--92569250	60	2.3	60	82	7	165	28	20	24	26	1.99
92571881--92571915	6	5.8	6	96	0	52	42	17	22	17	1.88
92571872--92571915	12	3.7	12	87	0	61	40	15	25	18	1.90
92571895--92571999	45	2.3	45	86	3	149	42	19	17	20	1.89
92573185--92573210	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
92574100--92574129	15	2.0	15	93	0	51	10	6	10	73	1.25
92576581--92576627	5	9.2	5	92	2	67	38	0	23	38	1.55
92577036--92577275	45	5.3	45	92	0	372	18	19	21	40	1.92
92577255--92577279	6	4.2	6	100	0	50	16	16	16	52	1.76
92577267--92577362	47	2.1	44	86	5	129	14	20	27	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92577443--92577633	18	10.6	18	74	12	142	35	11	15	37	1.84
92577432--92577529	36	2.7	36	79	6	117	36	10	15	37	1.81
92577443--92577633	54	3.6	51	77	9	168	35	11	15	37	1.84
92577431--92577621	72	2.7	72	81	6	201	36	11	14	37	1.83
92577651--92577726	18	4.3	18	79	1	73	36	9	14	39	1.78
92580426--92580574	74	2.0	74	96	0	271	29	8	10	51	1.67
92582859--92582898	9	4.6	9	90	3	64	40	2	0	57	1.12
92582859--92582938	18	4.5	17	72	17	65	42	1	1	55	1.16
92582881--92582948	35	1.9	36	85	14	97	41	1	1	55	1.18
92582872--92582955	43	1.9	43	83	11	109	40	1	1	57	1.14
92582860--92582954	9	10.6	9	72	13	54	38	1	1	58	1.12
92582920--92582980	27	2.2	28	82	2	70	26	0	1	72	0.94
92582931--92582969	16	2.3	16	86	8	51	23	0	0	76	0.78
92582949--92582981	11	3.1	11	86	4	50	15	0	0	84	0.61
92582929--92582970	17	2.4	17	84	4	57	23	0	0	76	0.79
92582939--92582981	21	2.0	22	90	9	70	18	0	0	81	0.69
92586407--92586433	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
92588482--92588531	26	1.9	26	100	0	100	24	18	18	40	1.91
92590681--92590732	14	3.6	14	76	7	50	46	28	0	25	1.53
92590679--92590732	15	3.7	15	76	14	58	46	27	0	25	1.53
92591319--92591366	21	2.4	19	76	13	51	54	0	0	45	0.99
92591434--92591458	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92591851--92591895	14	2.9	17	81	15	53	55	0	0	44	0.99
92605242--92605292	20	2.5	20	83	3	57	21	21	15	41	1.90
92605323--92605423	39	2.6	39	93	0	175	13	24	23	37	1.92
92605323--92605425	18	5.4	18	68	13	71	14	24	24	36	1.93
92607201--92607265	3	21.7	3	73	6	51	61	3	3	32	1.27
92607197--92607252	21	2.7	21	74	0	67	60	1	3	33	1.24
92607432--92607506	3	25.7	3	72	5	64	58	1	6	33	1.32
92607432--92607497	12	5.6	12	83	7	82	57	1	7	33	1.36
92609073--92609349	89	3.1	87	69	12	220	31	17	20	31	1.96
92609000--92609352	178	2.0	178	86	0	499	30	17	19	32	1.95
92609338--92609606	143	1.9	143	84	4	364	28	19	18	33	1.96
92609337--92609640	143	2.1	144	80	6	341	29	19	18	31	1.96
92609624--92609731	44	2.5	44	81	3	119	30	15	18	35	1.92
92610608--92610764	53	3.0	53	90	0	224	56	5	14	24	1.60
92615408--92615432	5	5.0	5	100	0	50	80	20	0	0	0.72
92616675--92616739	3	21.7	3	75	6	51	61	3	4	30	1.31
92616671--92616726	21	2.7	21	74	0	67	60	1	5	32	1.29
92616902--92616979	3	26.7	3	71	5	61	57	1	7	33	1.35
92616949--92617000	28	1.9	26	84	7	68	59	1	1	36	1.19
92621238--92621285	12	3.8	13	78	13	55	29	0	0	70	0.87
92634626--92634720	24	4.0	24	83	4	102	25	13	27	33	1.93
92649824--92649856	3	11.0	3	100	0	66	0	33	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92655241--92655295	27	2.0	27	100	0	110	29	0	25	45	1.54
92658723--92658774	25	2.1	25	92	0	86	59	1	0	38	1.08
92660047--92660106	10	6.0	10	84	11	70	23	8	1	66	1.28
92667556--92667608	25	2.1	26	86	6	74	62	1	3	32	1.24
92667604--92667678	18	4.3	18	66	19	50	58	5	1	34	1.29
92667571--92667680	54	2.1	54	86	6	154	60	3	1	34	1.25
92672806--92672869	33	1.9	33	93	0	110	35	15	18	29	1.92
92678275--92678314	21	2.0	20	85	5	53	42	20	2	35	1.65
92685233--92685274	20	2.0	20	86	13	59	42	0	19	38	1.51
92685920--92686029	32	3.4	32	86	6	116	40	11	19	29	1.87
92685949--92686064	32	3.6	32	84	4	117	39	12	19	28	1.88
92686525--92686550	5	5.2	5	100	0	52	42	0	19	38	1.51
92687932--92688091	52	3.1	53	82	8	193	25	15	26	32	1.95
92689633--92689667	18	1.9	18	94	0	61	17	28	37	17	1.92
92690473--92690514	13	3.0	14	83	13	59	21	0	33	45	1.52
92690479--92690522	15	3.1	14	83	12	54	22	2	29	45	1.65
92690841--92690879	13	2.7	15	80	11	55	17	0	25	56	1.41
92690841--92690900	28	2.1	28	90	0	93	20	1	25	53	1.55
92695436--92695486	25	2.0	25	88	7	77	45	9	1	43	1.48
92700090--92700136	13	3.5	13	77	13	51	38	0	8	53	1.32
92701627--92701698	24	2.6	30	72	25	93	26	4	16	52	1.62
92715550--92715590	22	1.9	22	90	5	66	34	4	19	41	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92718074--92718101	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
92722583--92722627	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
92726227--92726257	12	2.6	12	100	0	62	16	32	25	25	1.96
92727227--92727330	20	5.3	20	71	13	90	12	24	29	33	1.92
92727279--92727399	20	6.0	20	72	12	86	16	22	20	40	1.91
92727280--92727357	39	2.0	39	80	9	88	17	23	20	38	1.93
92727312--92727448	20	6.5	21	67	12	75	18	20	18	42	1.90
92727410--92727462	20	2.6	21	84	3	63	15	16	18	49	1.80
92727543--92727710	8	22.6	8	74	12	92	15	0	39	45	1.46
92727547--92727710	14	11.1	15	80	8	133	15	0	38	45	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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