genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.256.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82955609--82955678	25	2.8	25	84	0	95	28	25	22	22	1.99
82955659--82955705	25	2.0	24	83	8	60	29	21	23	25	1.99
82955823--82955914	42	2.2	42	90	3	141	29	13	21	35	1.91
82955938--82956047	31	3.5	31	97	0	202	27	18	25	29	1.98
82958003--82958044	18	2.4	18	92	4	68	23	0	9	66	1.21
82956803--82960799	512	7.8	512	90	3	6288	36	14	13	36	1.85
82962402--82962475	37	2.0	37	100	0	148	51	8	5	35	1.55
82962585--82962692	50	2.2	50	89	0	162	23	24	14	37	1.92
82965299--82965336	20	1.9	19	85	15	51	7	18	2	71	1.23
82971487--82971584	19	5.2	19	91	7	155	37	9	16	36	1.80
82971477--82971562	36	2.4	35	85	14	115	38	10	15	36	1.81
82971493--82971564	36	2.0	36	100	0	144	38	11	13	36	1.81
82971487--82971601	19	5.9	21	89	7	97	35	9	17	37	1.82
82977234--82977286	1	53.0	1	80	0	52	88	0	9	1	0.58
82977237--82977286	14	3.4	14	84	15	66	88	0	10	2	0.61
82978234--82978856	84	7.4	84	88	4	911	30	21	21	25	1.99
82980947--82981025	19	4.2	19	88	9	117	39	10	16	34	1.82
82980966--82981003	17	2.5	15	80	19	51	39	10	15	34	1.82
82994932--83001392	513	12.8	508	91	2	10375	34	13	15	36	1.86
83001254--83001297	20	2.2	20	88	11	65	47	6	2	43	1.42
83004221--83004259	13	2.9	13	84	3	51	28	2	10	58	1.44
83005690--83005855	40	4.2	40	92	3	257	23	22	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83011881--83011912	8	4.0	8	91	0	55	46	25	25	3	1.67
83012152--83012241	28	3.2	28	90	0	135	33	23	8	34	1.86
83012351--83012440	28	3.2	26	81	10	99	20	23	23	33	1.97
83012351--83012440	27	3.2	28	82	7	112	20	23	23	33	1.97
83019221--83019876	47	13.9	47	96	0	1188	31	8	30	29	1.87
83019994--83020072	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
83021285--83021630	40	8.6	40	90	1	514	23	21	28	26	1.99
83022155--83022190	9	3.9	9	96	3	63	33	0	22	44	1.53
83022155--83022207	18	2.8	19	85	8	72	32	0	22	45	1.53
83025280--83025375	28	3.4	28	86	0	138	32	26	9	32	1.88
83025481--83025570	28	3.2	27	78	7	83	21	22	22	34	1.97
83025481--83025570	27	3.2	28	78	7	94	21	22	22	34	1.97
83030774--83030881	26	4.2	26	96	0	198	36	25	6	31	1.82
83037861--83037964	25	4.2	25	93	6	176	35	25	6	31	1.82
83037861--83037964	51	2.1	49	92	7	174	35	25	6	31	1.82
83039623--83039664	19	2.3	19	87	4	59	47	2	0	50	1.14
83039623--83039656	17	1.9	18	88	5	52	47	2	0	50	1.16
83040122--83040162	17	2.3	19	91	8	68	43	2	0	53	1.13
83039342--83041630	508	4.5	509	91	4	3684	36	12	15	35	1.85
83041836--83041890	18	3.4	15	81	15	58	40	10	12	36	1.79
83041814--83041904	19	4.9	19	88	8	143	39	10	13	36	1.80
83041883--83041927	23	2.0	22	82	4	54	40	4	17	37	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83042194--83042228	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
83050292--83050453	89	1.8	87	81	5	200	30	18	24	26	1.98
83050486--83050780	78	3.8	78	90	1	475	30	18	24	25	1.98
83050550--83050986	45	10.3	41	66	17	130	30	16	27	25	1.97
83050720--83050987	45	5.9	46	76	10	250	29	15	28	26	1.96
83050811--83050979	89	1.9	89	88	2	259	28	14	30	26	1.95
83050720--83050987	134	2.0	135	82	6	328	29	15	28	26	1.96
83051341--83051396	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
83051339--83051417	35	2.2	37	86	13	121	37	10	16	35	1.82
83051339--83051410	19	3.9	19	89	10	123	37	11	15	36	1.83
83051339--83051433	17	4.8	22	84	12	79	36	10	14	37	1.81
83051700--83051733	17	2.0	17	88	11	52	32	0	0	67	0.91
83052380--83053450	513	2.1	513	95	0	1899	35	13	13	36	1.85
83054384--83054416	16	2.1	16	88	5	50	66	6	0	27	1.15
83054340--83054416	15	5.0	15	69	13	50	68	7	2	20	1.27
83054660--83054733	19	3.8	19	74	16	64	63	2	2	31	1.22
83054660--83054738	9	8.2	9	73	21	56	63	2	2	31	1.21
83054654--83054733	28	2.8	28	70	22	67	61	2	5	31	1.31
83054666--83054799	24	5.5	26	69	19	60	61	1	2	33	1.20
83054693--83054799	12	8.8	12	71	22	73	61	0	3	33	1.20
83054755--83054811	26	2.2	26	84	6	71	66	1	1	29	1.12
83056333--83056604	44	6.2	44	91	0	438	28	27	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83056382--83056785	132	3.1	131	81	10	391	26	25	16	31	1.96
83060018--83060433	43	9.6	44	85	5	410	29	32	23	15	1.95
83060046--83060171	45	2.8	45	86	4	182	25	30	23	20	1.99
83060046--83060432	86	4.5	85	86	4	474	30	32	23	13	1.94
83060104--83060602	129	3.8	129	84	8	660	31	32	24	12	1.91
83060336--83060601	86	2.8	100	86	9	348	31	32	25	10	1.90
83060292--83060575	142	2.0	143	93	0	489	31	32	25	10	1.90
83060435--83060601	43	3.9	43	94	0	289	30	32	25	11	1.91
83060258--83060601	185	1.9	186	93	0	600	31	32	24	11	1.90
83064479--83064581	48	2.1	48	82	7	120	18	30	21	30	1.97
83065847--83065998	45	3.4	46	79	8	147	26	30	20	22	1.98
83065933--83066331	43	9.2	43	91	1	602	31	32	23	12	1.91
83070396--83070464	28	2.5	28	90	0	111	36	10	24	28	1.88
83072467--83072529	29	2.2	29	91	0	99	15	15	38	30	1.89
83078838--83078945	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
83080509--83080578	28	2.5	28	90	0	113	37	10	24	28	1.88
83083990--83084103	54	2.1	54	100	0	228	10	36	12	40	1.77
83091472--83091907	47	9.3	47	91	0	710	33	8	29	27	1.87
83091638--83091715	25	3.2	25	65	17	74	34	5	29	30	1.79
83098630--83098662	16	2.1	16	88	5	50	66	6	0	27	1.15
83098908--83098949	20	2.2	19	86	4	57	64	4	0	30	1.14
83098943--83099045	33	2.9	35	75	15	104	60	0	3	34	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83098974--83099043	26	2.7	26	84	0	86	61	0	2	35	1.11
83099002--83099057	26	2.2	26	80	6	60	66	1	1	30	1.12
83100387--83102195	512	3.5	513	94	0	3196	36	13	14	35	1.86
83108078--83108200	47	2.6	47	88	0	165	22	16	28	32	1.96
83109964--83109999	7	5.0	7	86	6	54	66	0	2	30	1.06
83109964--83109999	15	2.5	14	86	8	54	66	0	2	30	1.06
83110021--83110096	17	4.4	17	76	16	75	61	1	1	35	1.12
83110038--83110085	24	2.0	23	84	11	62	62	2	2	33	1.18
83111678--83112169	44	11.2	44	88	1	709	28	28	15	28	1.96
83124076--83124226	14	10.4	14	69	23	57	63	0	5	29	1.23
83124070--83124230	29	5.2	28	71	25	82	62	1	5	30	1.26
83124129--83124217	10	8.9	10	72	17	60	62	1	3	32	1.19
83124133--83124201	17	4.2	16	78	9	68	62	0	4	33	1.15
83124129--83124226	40	2.3	42	81	10	112	64	1	3	31	1.16
83124129--83124217	19	4.4	20	72	19	69	62	1	3	32	1.19
83124135--83124228	30	3.2	29	78	15	104	63	1	3	31	1.17
83124133--83124230	15	6.5	15	73	24	82	63	1	3	32	1.17
83128496--83128741	43	5.7	43	86	0	258	39	17	15	27	1.90
83128499--83128740	129	1.9	129	83	0	313	40	17	14	27	1.89
83128515--83128784	86	3.1	86	80	3	265	40	17	16	26	1.90
83128663--83128787	43	2.9	43	82	0	151	40	14	19	25	1.89
83134336--83134367	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83135933--83135984	25	2.1	25	82	7	61	26	5	0	67	1.13
83135946--83135984	19	2.1	19	85	0	51	28	7	0	64	1.21
83138327--83138385	22	2.7	23	73	21	63	57	8	10	23	1.59
83141180--83141212	17	1.9	17	93	0	57	36	6	0	57	1.23
83141152--83141277	13	8.6	13	73	23	60	31	6	0	61	1.21
83153551--83154180	44	14.4	44	87	1	843	30	13	25	30	1.94
83153561--83154180	175	3.5	176	91	1	994	30	13	25	30	1.94
83155921--83155964	20	2.2	20	80	4	54	45	6	0	47	1.29
83155864--83159507	513	7.1	513	92	1	5910	36	13	13	36	1.85
83160406--83160449	20	2.2	20	88	11	65	43	6	0	50	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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