genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5224275--5224305	16	1.9	16	93	0	53	9	41	3	45	1.53
5239099--5239132	6	5.7	6	85	0	50	64	11	0	23	1.26
5241323--5241532	103	2.0	103	97	0	393	23	18	17	41	1.90
5241891--5241959	21	3.3	21	66	22	63	59	7	5	27	1.47
5241881--5241965	42	2.0	42	100	0	170	57	9	4	28	1.50
5242710--5242753	22	2.0	22	81	0	52	43	0	2	54	1.12
5247633--5247698	22	3.0	22	81	0	69	33	18	15	33	1.92
5248463--5248510	11	4.4	11	75	0	51	18	12	10	58	1.62
5249595--5249650	22	2.6	21	80	2	58	50	3	14	32	1.60
5251607--5251655	26	2.0	24	84	8	62	63	8	0	28	1.23
5251748--5251794	24	2.0	23	88	8	69	65	0	2	31	1.04
5264987--5265064	19	4.0	20	71	17	65	65	3	1	29	1.18
5264999--5265076	19	4.2	18	77	18	72	65	5	1	28	1.22
5265277--5265450	9	18.6	9	66	20	54	32	2	1	63	1.16
5265281--5265413	10	13.8	10	70	17	77	28	3	1	66	1.18
5265255--5265415	39	4.2	39	73	10	127	28	3	1	65	1.20
5265323--5265444	19	6.5	18	74	13	86	32	1	0	64	1.09
5265325--5265377	9	5.4	10	73	13	56	20	3	0	75	0.96
5265316--5265452	19	7.2	19	70	16	79	33	1	0	64	1.08
5265374--5265435	27	2.3	28	86	5	83	37	0	1	61	1.06
5265418--5265455	17	2.2	17	86	9	51	47	0	0	52	1.00
5265373--5265455	28	2.9	29	78	10	82	38	0	1	60	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5265355--5265452	38	2.6	38	81	10	112	35	0	1	63	1.02
5265355--5265455	9	11.1	9	74	16	66	36	0	0	62	1.02
5269105--5269148	23	1.9	23	81	9	54	34	0	2	63	1.07
5274715--5274770	11	5.1	11	74	8	51	10	10	8	69	1.37
5274716--5274779	33	1.9	33	87	0	92	12	12	7	67	1.42
5277733--5277758	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
5288087--5288173	44	2.0	44	82	10	110	54	1	2	42	1.20
5288191--5288271	33	2.6	31	76	16	80	50	1	1	46	1.17
5293254--5293285	16	2.0	16	93	0	55	28	25	21	25	1.99
5312533--5312637	9	11.2	9	67	17	54	42	1	1	53	1.23
5312525--5312583	31	1.9	31	89	6	93	33	3	3	59	1.31
5314574--5314655	39	2.1	40	86	6	114	36	1	8	53	1.39
5320196--5320234	9	4.3	9	83	0	51	38	0	0	61	0.96
5331527--5331579	3	17.7	3	80	7	63	30	5	1	62	1.29
5331708--5331787	36	2.2	36	80	8	92	36	8	2	52	1.46
5342993--5343017	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
5344225--5344553	44	7.6	44	73	13	222	31	21	20	26	1.98
5344225--5344593	44	8.5	43	72	10	191	31	20	20	27	1.98
5344395--5344594	87	2.3	88	82	6	226	31	21	20	27	1.98
5346137--5346189	3	17.7	3	80	7	63	30	5	1	62	1.29
5346318--5346397	36	2.2	36	80	8	92	36	8	2	52	1.46
5355682--5355706	12	2.1	12	100	0	50	64	8	0	28	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5367117--5367185	35	2.0	35	94	0	120	42	0	11	46	1.40
5375253--5375286	11	3.0	11	87	8	50	35	2	61	0	1.11
5378888--5379375	130	3.8	124	85	4	559	33	18	18	29	1.95
5378888--5379375	253	1.9	252	84	1	645	33	18	18	29	1.95
5388744--5388770	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
5397206--5397324	60	2.0	59	98	1	229	27	18	16	36	1.93
5400448--5400499	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
5402415--5402466	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
5408424--5408640	46	4.7	46	88	1	283	39	15	23	21	1.91
5408378--5408640	138	2.0	130	84	7	339	39	15	23	22	1.92
5413190--5413303	42	2.7	41	90	2	165	28	26	14	30	1.95
5413233--5413393	47	3.6	47	82	12	160	29	26	15	29	1.96
5413272--5413398	47	2.7	47	85	8	170	29	25	15	28	1.96
5413415--5413532	31	3.8	31	85	0	164	27	26	17	28	1.98
5419968--5420011	17	2.5	18	82	13	56	43	0	6	50	1.29
5420024--5420060	18	2.1	18	90	5	58	8	0	18	72	1.08
5420556--5420599	24	1.9	24	86	9	65	29	2	0	68	1.02
5420766--5420809	23	1.9	23	85	0	61	70	0	0	29	0.88
5422888--5422932	18	2.4	18	85	7	54	44	2	0	53	1.13
5424776--5424829	3	18.0	3	100	0	108	0	33	0	66	0.92
5426925--5426977	27	2.0	27	85	7	72	32	1	1	64	1.15
5430015--5430082	31	2.3	30	85	10	86	30	1	2	64	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5434349--5434374	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
5434625--5434649	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
5434827--5434863	19	2.0	19	89	5	58	51	2	0	45	1.15
5445890--5445958	27	2.4	29	88	9	99	49	4	4	42	1.42
5464313--5464342	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
5466873--5466898	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
5469360--5469412	19	2.8	19	81	16	65	60	1	0	37	1.08
5469357--5469408	18	2.8	18	80	13	61	61	1	0	36	1.07
5469360--5469419	19	3.2	19	77	13	61	60	1	0	38	1.07
5469786--5470254	205	2.2	209	90	4	732	43	6	10	39	1.66
5470675--5470763	31	2.9	31	83	6	92	40	3	1	55	1.24
5474185--5474231	22	2.1	24	88	11	73	38	0	0	61	0.96
5474249--5474319	28	2.6	28	75	2	90	35	4	7	53	1.48
5474344--5474374	14	2.2	14	94	0	53	32	0	3	64	1.09
5474348--5474374	14	1.9	14	100	0	54	29	0	3	66	1.09
5477129--5477259	30	4.4	30	79	7	142	25	25	23	25	2.00
5481357--5481532	46	3.8	46	78	4	183	21	21	27	28	1.99
5481353--5481525	93	1.9	93	90	2	276	21	21	28	27	1.99
5493462--5493530	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
5493453--5493540	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
5499034--5499209	46	3.8	45	79	10	194	20	20	30	28	1.98
5499030--5499202	93	1.9	93	93	0	301	20	20	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5501570--5501622	21	2.6	21	94	5	92	58	0	0	41	0.98
5501628--5501677	24	2.1	25	85	14	70	72	4	4	20	1.18
5502341--5502663	152	2.1	150	92	3	540	56	5	7	29	1.51
5503079--5503140	25	2.5	25	94	0	106	3	30	17	48	1.63
5503220--5503264	17	2.6	17	89	3	63	17	6	0	75	1.01
5509247--5509284	20	1.9	20	88	0	58	36	15	10	36	1.82
5527665--5527733	34	2.1	33	91	2	111	59	14	11	14	1.61
5529060--5529091	14	2.2	15	94	5	57	43	0	6	50	1.27
5535604--5535635	10	3.1	11	91	8	50	0	0	53	46	1.00
5540479--5540527	24	2.0	24	96	0	89	46	4	24	24	1.69
5543599--5543638	19	2.1	19	90	0	62	22	22	7	47	1.76
5549301--5549361	26	2.3	28	75	16	67	55	1	0	42	1.09
5553954--5554025	28	2.5	29	74	12	78	41	8	2	47	1.48
5554143--5554184	20	2.0	22	86	9	61	26	30	0	42	1.55
5555357--5555389	7	4.7	7	92	0	57	30	0	12	57	1.35
5556478--5556691	106	2.0	107	93	2	367	34	3	5	56	1.40
5556479--5556658	54	3.3	55	75	12	192	33	3	6	56	1.40
5556520--5556691	54	3.2	52	75	14	188	33	3	5	58	1.37
5556763--5556847	39	2.2	38	79	6	91	42	4	5	47	1.48
5556586--5556837	127	2.0	127	83	6	323	37	3	5	53	1.42
5556789--5557088	149	2.0	149	98	0	573	41	7	8	44	1.61
5563272--5563297	12	2.2	12	100	0	52	19	15	15	50	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5567027--5567093	29	2.2	30	86	5	91	55	8	10	25	1.63
5567951--5567987	17	2.2	17	95	0	65	45	16	10	27	1.80
5568925--5569121	104	1.9	106	80	4	238	37	14	11	37	1.81
5571209--5571269	29	2.1	30	87	3	88	54	4	3	37	1.39
5576022--5576062	20	2.0	21	85	4	57	51	2	0	46	1.14
5577605--5577641	6	6.2	6	93	0	65	0	13	16	70	1.17
5581856--5581925	27	2.6	27	80	8	79	25	2	21	50	1.63
5581894--5581961	35	2.0	33	86	13	95	27	2	19	50	1.62
5583127--5583193	34	1.9	35	90	3	109	43	11	10	34	1.76
5584653--5584690	20	1.9	20	88	0	58	42	2	2	52	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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