genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21190361--21190419	22	2.7	22	70	15	59	50	1	6	40	1.39
21196517--21196570	15	3.5	15	78	14	56	38	1	0	59	1.08
21200464--21200518	10	5.5	10	80	6	67	29	3	1	65	1.20
21200488--21200518	14	2.2	14	94	0	53	32	0	3	64	1.09
21215328--21215410	7	12.3	7	76	19	70	24	2	1	72	1.04
21215347--21215410	23	3.1	21	70	22	55	28	1	0	70	0.97
21215337--21215412	27	2.9	27	86	7	93	25	2	0	72	0.98
21215338--21215402	20	3.5	19	80	18	66	26	1	0	72	0.94
21217968--21218151	99	1.9	99	90	0	296	25	14	27	32	1.95
21218174--21218234	1	61.0	1	73	0	50	86	0	11	1	0.63
21218174--21218235	8	7.8	8	85	7	90	85	0	12	1	0.67
21218174--21218223	7	6.7	7	91	8	73	86	0	12	2	0.67
21218868--21218916	10	4.9	10	80	9	64	22	8	2	67	1.28
21224567--21224618	27	1.9	27	84	7	70	44	7	3	44	1.51
21249264--21249299	13	2.8	13	91	0	63	36	36	19	8	1.82
21268458--21268501	16	2.7	17	82	10	56	43	2	0	54	1.12
21269630--21269741	56	2.0	56	100	0	224	37	16	10	35	1.83
21274616--21274696	34	2.4	34	93	2	137	32	17	18	32	1.94
21274713--21274925	15	14.3	15	71	5	128	27	22	19	30	1.98
21277099--21277138	17	2.4	17	82	0	53	55	0	2	42	1.13
21278019--21278047	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
21281507--21281546	20	2.0	20	85	4	55	30	0	7	62	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21282854--21282900	7	6.9	7	87	2	69	57	2	0	40	1.11
21282894--21282937	14	2.8	17	80	16	58	36	0	2	61	1.09
21287469--21287503	18	1.9	18	100	0	70	28	20	11	40	1.87
21290285--21290400	45	2.6	45	81	0	115	36	14	18	31	1.91
21290329--21290480	79	1.9	79	82	5	191	34	19	17	28	1.94
21291882--21291938	30	1.9	30	88	0	87	22	33	29	14	1.93
21305542--21305620	25	3.2	25	87	5	108	30	12	26	30	1.93
21310801--21310857	23	2.4	23	85	8	71	49	3	0	47	1.18
21310815--21310857	22	1.9	22	90	4	68	51	2	0	46	1.13
21310921--21311263	171	2.0	171	97	0	641	30	12	9	48	1.72
21312232--21312275	20	2.3	19	84	4	52	11	20	4	63	1.44
21313980--21314036	21	2.6	22	81	10	73	38	17	1	42	1.60
21313975--21314036	11	5.7	11	75	3	63	43	16	1	38	1.57
21314173--21314280	48	2.3	47	84	10	139	38	10	3	47	1.55
21315282--21315307	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
21315515--21315567	25	2.1	25	96	0	97	16	20	24	37	1.93
21315927--21315969	18	2.4	18	92	0	68	20	27	9	41	1.83
21319455--21319959	126	4.0	126	89	3	711	26	20	19	34	1.96
21320266--21320338	20	3.8	20	69	20	73	45	24	0	30	1.54
21325649--21325692	15	2.9	15	86	0	61	43	4	0	52	1.22
21328299--21328349	22	2.2	24	77	22	65	52	13	1	31	1.51
21329266--21329305	6	6.5	6	94	5	71	35	0	30	35	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21329264--21329309	13	3.6	13	91	5	76	32	0	32	34	1.58
21329266--21329305	19	2.2	19	95	4	73	35	0	30	35	1.58
21334345--21334459	43	2.7	44	82	5	128	26	17	22	33	1.96
21337417--21337449	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
21342805--21342893	12	7.9	11	75	13	76	19	3	1	76	0.99
21342805--21342861	16	3.6	15	80	17	62	17	1	1	78	0.91
21342801--21342873	6	11.8	6	78	11	76	17	2	1	78	0.95
21342806--21342893	5	16.8	5	74	23	67	19	3	1	76	1.00
21342805--21342867	26	2.3	28	89	8	103	17	1	1	79	0.89
21345745--21345777	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
21348845--21348933	30	3.0	30	81	4	101	21	22	34	21	1.97
21355224--21355291	33	2.1	33	91	0	109	45	10	20	23	1.81
21355566--21355851	48	5.9	48	80	1	277	26	26	17	29	1.98
21355568--21355851	96	2.9	96	88	1	399	26	27	17	28	1.98
21355570--21355841	144	1.9	144	82	5	343	26	26	17	29	1.97
21358097--21358177	42	1.9	43	85	5	112	29	12	24	33	1.92
21360627--21360668	20	2.1	20	100	0	84	35	14	9	40	1.78
21363403--21363514	42	2.6	42	78	1	116	16	25	18	39	1.92
21364903--21364993	27	3.4	27	78	0	101	36	23	23	17	1.95
21367575--21367631	30	1.9	30	85	0	78	14	22	35	28	1.93
21371317--21371365	25	2.0	25	100	0	98	26	16	8	48	1.73
21372713--21372752	21	1.9	21	84	0	53	37	2	22	37	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21374415--21374445	7	4.3	7	92	8	53	12	0	41	45	1.42
21377222--21377398	39	4.5	39	92	1	291	28	28	23	19	1.98
21378806--21378839	3	11.0	3	93	6	59	32	2	0	64	1.08
21378950--21378991	21	2.0	21	86	9	59	73	0	11	14	1.09
21387119--21387233	57	2.0	57	98	0	221	30	20	14	33	1.93
21399055--21399747	348	2.0	348	93	0	1181	31	20	17	30	1.96
21401430--21401517	43	2.0	43	95	0	158	34	12	17	36	1.87
21401520--21401584	1	65.0	1	84	0	85	0	7	0	92	0.39
21402714--21402779	33	2.0	33	88	5	98	39	24	24	12	1.89
21408465--21408522	25	2.3	23	78	16	62	27	8	12	51	1.68
21411497--21411529	17	1.9	17	100	0	66	54	21	6	18	1.64
21417946--21417983	3	12.7	3	100	0	76	0	34	0	65	0.93
21421446--21421474	15	1.9	15	100	0	58	27	13	17	41	1.87
21421986--21422074	22	4.0	22	75	15	92	28	5	21	44	1.74
21421989--21422137	68	2.2	68	89	2	210	28	6	20	44	1.75
21422531--21422597	14	4.7	14	83	3	80	40	16	2	40	1.64
21422531--21422597	29	2.3	29	84	2	91	40	16	2	40	1.64
21425143--21425322	94	1.9	93	90	3	290	17	11	14	56	1.68
21426716--21426762	20	2.6	17	76	20	51	51	0	0	48	1.00
21426723--21426762	20	2.0	20	100	0	80	50	0	0	50	1.00
21426727--21426770	20	2.2	20	91	0	70	52	0	2	45	1.13
21441214--21441268	22	2.5	22	90	0	83	10	23	29	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21442045--21442078	18	1.9	18	88	5	52	29	17	11	41	1.85
21445747--21445776	14	2.1	14	93	0	51	30	6	16	46	1.73
21448130--21448195	27	2.4	27	78	9	80	34	19	19	25	1.96
21448439--21448497	22	2.7	22	86	0	82	20	27	20	32	1.97
21449686--21449769	33	2.6	32	77	5	87	27	23	16	32	1.96
21469955--21469994	6	6.7	6	88	0	62	47	37	15	0	1.45
21471618--21471649	16	2.0	16	100	0	64	56	6	6	31	1.49
21482404--21482558	41	3.8	41	80	7	138	31	27	15	25	1.96
21482462--21482592	40	3.2	40	87	5	167	30	25	17	25	1.97
21488261--21488307	23	2.0	24	83	4	60	51	14	6	27	1.67
21492503--21492591	39	2.3	39	94	0	151	25	30	22	21	1.99
21495127--21495179	25	2.1	27	82	10	67	50	22	5	20	1.69
21495135--21495186	26	2.0	25	82	10	61	50	25	7	17	1.72
21495692--21495951	40	6.4	40	79	7	231	31	23	15	29	1.96
21506272--21506349	40	2.0	40	89	0	120	19	12	32	35	1.89
21507178--21507332	58	2.7	57	82	3	195	18	10	25	45	1.81
21514059--21514313	55	4.8	54	80	9	260	33	18	26	21	1.96
21514066--21514274	108	1.9	109	88	4	316	32	18	26	22	1.97
21517083--21517120	12	3.2	12	92	0	58	78	7	0	13	0.94
21517082--21517120	18	2.2	18	86	4	53	76	7	0	15	0.99
21520898--21520945	21	2.2	22	82	14	64	47	0	16	35	1.47
21521629--21521838	33	6.4	33	79	4	174	36	12	20	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21521788--21521872	34	2.5	34	78	1	91	36	14	24	24	1.93
21528446--21528493	21	2.2	22	82	14	64	45	0	18	35	1.50
21529176--21529425	33	7.6	33	79	5	191	36	12	22	28	1.91
21529200--21529296	35	2.9	35	88	10	148	36	10	24	28	1.88
21533174--21533231	22	2.6	22	76	10	64	20	13	5	60	1.53
21533260--21533322	30	2.1	30	93	0	108	28	3	11	57	1.49
21533431--21533464	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
21534298--21534378	20	4.2	19	80	10	92	39	0	3	56	1.17
21535325--21536085	379	2.0	379	99	0	1513	21	21	16	40	1.91
21538002--21538055	23	2.4	23	84	9	67	42	3	0	53	1.18

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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