genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88175490--88175514	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
88181968--88182097	10	13.5	10	68	13	69	32	3	0	63	1.15
88181963--88182076	29	4.0	28	75	13	90	35	2	0	62	1.09
88181985--88182099	9	12.6	9	73	9	65	33	2	0	62	1.15
88181996--88182078	19	4.3	20	72	15	59	34	2	0	62	1.08
88182000--88182040	17	2.4	16	84	11	55	39	0	0	60	0.96
88182051--88182112	30	2.1	30	82	8	74	33	3	3	59	1.29
88196263--88196304	15	2.9	14	86	10	57	26	0	19	54	1.44
88199238--88199293	28	2.0	28	96	0	103	62	10	3	23	1.43
88207064--88207124	20	3.4	19	74	25	69	40	1	0	57	1.08
88207037--88207124	34	2.6	34	87	3	117	42	1	2	54	1.20
88207224--88207255	14	2.2	15	94	5	57	40	0	0	59	0.97
88207346--88207388	19	2.3	19	92	4	70	53	0	9	37	1.33
88209994--88210103	30	3.7	30	89	4	168	24	25	24	25	2.00
88209994--88210120	60	2.1	60	91	0	200	24	23	25	26	2.00
88212582--88212661	39	2.1	39	100	0	160	32	26	17	23	1.97
88213538--88213613	30	2.5	30	76	4	82	56	1	0	42	1.07
88213560--88213593	17	1.9	17	94	5	59	64	0	0	35	0.94
88213522--88213808	120	2.5	114	74	12	305	56	3	1	38	1.27
88213790--88213823	13	2.7	13	90	4	52	55	2	0	41	1.15
88213715--88214008	95	3.0	96	72	14	326	54	4	2	38	1.32
88213598--88213969	105	3.5	105	69	15	339	56	4	2	35	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88213990--88214060	21	3.5	20	77	11	81	53	1	1	43	1.18
88213977--88214056	21	3.9	21	70	9	65	50	1	1	47	1.17
88213910--88214056	80	1.9	78	81	16	178	51	2	2	44	1.27
88222504--88222609	52	2.0	53	96	3	196	51	9	9	29	1.65
88230094--88230162	30	2.3	31	82	2	86	52	11	0	36	1.38
88230695--88230752	28	2.0	30	83	9	77	55	6	5	32	1.49
88230806--88230849	22	2.1	21	88	12	65	59	4	0	36	1.18
88232369--88232420	7	6.9	7	81	14	59	30	0	1	67	1.02
88232369--88232420	14	3.4	15	85	12	70	30	0	1	67	1.02
88232496--88232556	28	2.1	29	81	3	70	34	0	3	62	1.12
88234420--88234530	41	2.7	41	97	0	204	18	22	27	31	1.97
88234871--88234921	22	2.3	23	77	16	63	27	1	25	45	1.64
88234938--88235018	34	2.4	34	85	6	101	23	1	33	41	1.62
88235170--88235211	16	2.5	17	92	7	68	54	0	0	45	0.99
88235404--88235444	21	1.9	22	90	5	66	24	0	36	39	1.56
88235670--88235716	23	2.0	23	92	8	78	65	4	0	29	1.11
88235719--88235803	39	2.2	39	85	4	109	37	18	22	21	1.94
88236594--88236675	38	2.2	38	86	4	112	20	15	8	54	1.67
88239393--88239577	43	4.3	43	90	0	273	23	20	31	24	1.98
88239332--88239577	86	2.9	85	84	3	264	22	19	28	28	1.98
88254437--88254484	12	3.8	12	79	15	60	22	0	14	62	1.32
88254433--88254489	27	2.1	27	100	0	114	28	0	14	57	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88256306--88256353	24	2.0	24	84	12	62	20	2	16	60	1.46
88265528--88265613	43	2.0	43	90	0	136	50	2	22	25	1.61
88267613--88267676	18	3.6	18	91	0	110	34	18	17	29	1.94
88267613--88267704	18	5.1	18	82	5	105	32	15	16	35	1.90
88267683--88267765	18	4.6	18	71	5	69	34	4	20	39	1.74
88276063--88276106	22	2.0	23	81	4	54	40	13	6	38	1.71
88279786--88279879	49	1.9	49	84	4	127	44	7	22	25	1.78
88280758--88280821	32	2.0	32	100	0	128	50	15	6	28	1.68
88288483--88288631	10	14.7	10	71	13	81	34	0	4	59	1.23
88288472--88288569	32	3.1	31	75	13	94	34	1	5	59	1.26
88288472--88288579	22	5.3	20	76	18	84	35	0	4	59	1.25
88288553--88288586	16	2.1	17	88	5	52	32	0	5	61	1.20
88288516--88288590	29	2.6	28	75	6	78	33	0	5	61	1.19
88288472--88288638	20	8.6	20	69	20	81	36	0	4	58	1.24
88288597--88288638	21	2.0	20	86	4	57	40	0	2	57	1.12
88292436--88292502	30	2.3	30	82	5	75	52	4	2	40	1.37
88293650--88293714	28	2.3	29	76	12	71	58	0	1	40	1.07
88301044--88301088	22	2.1	22	84	8	58	62	0	2	35	1.08
88306482--88306513	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
88316994--88317191	100	2.0	100	93	0	342	23	22	19	35	1.96
88317296--88317352	29	1.9	30	85	3	80	31	1	12	54	1.48
88317491--88317547	29	1.9	30	92	3	98	43	8	8	38	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88317746--88317806	20	2.8	22	82	12	72	52	3	1	42	1.27
88317752--88317828	23	3.5	22	79	13	70	48	1	1	49	1.17
88332085--88332128	22	2.0	22	90	0	70	54	0	0	45	0.99
88332152--88332188	16	2.3	16	86	13	58	62	2	0	35	1.10
88332456--88332518	29	2.2	29	97	0	117	47	7	9	34	1.65
88332922--88332963	18	2.3	18	88	8	59	47	4	0	47	1.23
88341827--88341863	16	2.3	16	90	0	56	56	16	8	18	1.64
88344859--88344940	19	4.3	19	79	0	83	20	24	21	32	1.98
88350883--88350963	10	8.8	9	70	17	51	41	4	0	53	1.22
88350876--88350952	28	2.8	27	71	13	66	38	6	0	54	1.26
88351429--88351468	19	2.1	19	85	0	53	25	17	5	52	1.64
88356375--88356412	19	2.0	19	100	0	76	31	10	10	47	1.72
88357525--88357560	18	2.0	18	89	10	56	33	33	0	33	1.58
88364226--88364267	20	2.1	20	100	0	84	30	14	23	30	1.94
88368059--88368122	32	2.0	32	100	0	128	31	25	9	34	1.87
88368534--88368567	17	1.9	18	88	5	52	5	20	8	64	1.43
88371648--88371687	16	2.4	17	83	12	55	80	7	10	2	1.00
88371801--88371844	9	4.7	9	79	20	54	56	11	0	31	1.35
88372681--88372734	23	2.3	23	96	0	99	46	16	3	33	1.65
88372681--88372744	23	2.8	23	90	4	85	46	15	3	34	1.62
88373491--88373541	15	3.3	15	79	12	50	49	13	0	37	1.43
88380607--88380650	13	3.4	13	83	0	61	38	22	0	38	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88380609--88380655	13	3.4	14	77	14	53	36	21	2	40	1.65
88380733--88381083	46	7.9	46	79	11	340	20	23	14	41	1.88
88383142--88383210	31	2.3	29	82	9	77	53	2	1	42	1.24
88385948--88385982	11	3.0	11	91	8	52	71	2	0	25	1.00
88395947--88395998	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
88397957--88397996	8	4.6	8	82	17	53	70	2	15	12	1.28
88402598--88402835	66	3.5	66	91	3	361	41	10	13	35	1.77
88403986--88404058	31	2.4	31	88	0	101	34	19	27	19	1.96
88403998--88404066	31	2.2	31	86	0	102	39	14	26	20	1.91
88412954--88412978	12	2.1	12	100	0	50	40	36	8	16	1.77
88413025--88413111	37	2.3	38	92	4	149	18	49	11	20	1.78
88413808--88413909	52	2.0	52	82	3	125	27	8	2	60	1.41
88414086--88414129	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
88414191--88414232	22	1.9	22	90	0	66	23	7	2	66	1.28
88425371--88425465	43	2.2	44	86	1	129	28	22	25	24	1.99
88425827--88425945	44	2.8	44	79	6	145	35	21	22	21	1.96
88427310--88427357	12	3.8	12	76	10	51	27	4	4	64	1.30
88427525--88427566	22	1.9	22	90	0	66	23	7	2	66	1.28
88439521--88439558	20	1.9	20	89	10	60	52	5	21	21	1.66
88439507--88439564	20	2.9	19	76	19	55	53	5	20	20	1.64
88442843--88442888	21	2.2	21	84	7	58	30	17	6	45	1.73
88447016--88447045	15	2.0	15	100	0	60	20	0	40	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88450530--88450565	15	2.4	15	90	9	56	25	66	8	0	1.19
88452934--88452970	19	1.9	19	88	0	56	27	5	5	62	1.39
88453331--88453401	36	2.0	36	100	0	142	45	11	12	30	1.77
88458567--88458695	9	14.1	9	70	13	86	65	1	2	31	1.15
88458627--88458695	19	3.7	19	78	7	88	68	2	2	26	1.18
88458608--88458706	18	5.4	18	73	13	69	66	4	3	26	1.24
88458608--88458696	36	2.5	35	80	7	106	67	2	2	28	1.14
88458902--88459052	9	15.6	10	68	13	68	32	3	1	62	1.23
88458880--88459004	19	6.5	19	71	14	87	28	5	3	62	1.33
88458880--88459004	40	3.2	37	75	16	112	28	5	3	62	1.33

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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