genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59396990--59397034	21	2.1	21	100	0	90	46	4	22	26	1.70
59401480--59401672	100	1.9	101	88	1	289	29	24	14	31	1.95
59401610--59401690	35	2.3	35	79	8	92	25	30	14	28	1.95
59409734--59409806	25	2.9	24	83	4	83	24	20	20	34	1.97
59411873--59412027	40	3.9	40	87	0	195	24	26	25	23	2.00
59411889--59412027	40	3.5	40	89	1	199	25	24	25	24	2.00
59429992--59430097	40	2.7	40	86	1	151	24	26	24	24	2.00
59435994--59436036	22	1.9	23	90	4	70	25	53	0	20	1.46
59438214--59438525	49	6.6	47	73	14	182	29	18	26	25	1.98
59440912--59441048	38	3.6	38	91	2	204	21	19	24	35	1.96
59447407--59447545	38	3.7	38	90	1	199	20	20	24	34	1.96
59452655--59452710	21	2.7	21	91	0	94	23	28	35	12	1.91
59453888--59453997	49	2.2	50	85	4	143	21	27	22	28	1.99
59454076--59454199	46	2.7	46	83	2	160	23	30	17	28	1.97
59461405--59461531	46	2.7	47	92	1	220	24	14	27	33	1.94
59467154--59467329	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
59467151--59467322	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
59474721--59474895	45	3.8	46	79	13	216	20	20	29	29	1.98
59480308--59480529	40	5.6	40	94	1	376	27	26	23	23	2.00
59490429--59490485	27	2.1	27	86	0	78	24	22	22	29	1.99
59490630--59490733	27	3.9	27	82	5	104	30	8	18	42	1.80
59490646--59490864	27	8.2	26	76	7	154	31	8	19	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59490543--59490760	27	8.1	25	73	11	103	33	10	16	39	1.82
59490554--59490841	54	5.3	54	76	3	206	31	8	18	41	1.80
59490661--59490856	107	1.8	108	85	7	283	30	8	20	40	1.82
59490646--59490856	54	3.9	54	78	2	219	31	8	19	40	1.81
59490854--59490930	27	2.9	26	84	5	100	35	23	14	27	1.93
59502376--59502409	17	2.0	17	94	0	59	20	11	8	58	1.59
59505899--59505932	17	2.0	17	94	0	59	20	11	8	58	1.59
59509423--59509456	17	2.0	17	94	0	59	20	11	8	58	1.59
59512947--59512980	17	2.0	17	94	0	59	20	11	8	58	1.59
59518211--59518249	20	2.0	20	84	0	51	23	28	28	20	1.99
59520144--59520204	30	2.1	29	96	3	113	24	16	22	36	1.94
59525894--59525919	9	2.9	9	100	0	52	46	0	0	53	1.00
59527855--59527892	19	2.0	19	89	0	58	34	23	7	34	1.84
59528868--59529230	40	9.3	39	69	11	188	30	19	20	29	1.97
59528889--59529251	193	1.9	192	86	2	514	31	20	19	28	1.97
59529790--59529850	14	4.3	14	70	4	50	13	0	31	55	1.38
59529837--59529892	23	2.6	21	83	13	69	19	0	37	42	1.52
59529819--59529892	22	3.4	22	80	12	64	18	0	35	45	1.50
59530282--59530315	17	2.0	17	100	0	68	64	11	5	17	1.45
59534983--59535076	49	1.9	49	97	0	179	31	13	27	26	1.94
59535798--59535927	27	4.8	27	87	0	125	30	23	9	36	1.86
59535798--59535992	54	3.6	54	78	1	167	34	24	8	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59535825--59535928	27	3.9	27	90	0	145	28	22	8	40	1.83
59535906--59536153	27	9.2	27	75	9	159	41	21	8	29	1.82
59535920--59536151	80	2.9	80	81	5	238	42	20	8	28	1.81
59535908--59536152	54	4.5	54	78	5	228	41	22	8	28	1.82
59535947--59536153	81	2.6	81	80	9	219	42	21	8	28	1.81
59537152--59537232	25	3.3	25	83	8	112	23	25	20	29	1.99
59537450--59537590	31	4.5	31	90	0	228	29	17	24	29	1.97
59537451--59537624	93	1.9	93	84	5	212	29	18	23	28	1.98
59539902--59540033	27	4.9	27	87	0	174	32	21	6	40	1.78
59539936--59540060	54	2.3	54	83	0	151	36	19	6	38	1.77
59540051--59540253	27	7.7	27	83	4	220	43	20	7	28	1.79
59540019--59540336	54	5.9	53	77	6	257	41	19	8	30	1.81
59539992--59540316	27	12.1	27	78	8	173	40	19	7	32	1.79
59541242--59541331	25	3.6	25	84	1	110	26	25	22	25	2.00
59541292--59541348	24	2.4	24	79	5	62	31	21	21	26	1.98
59541554--59541694	31	4.5	31	90	0	219	28	17	24	30	1.97
59543972--59544101	54	2.4	54	85	0	161	30	22	10	37	1.87
59543999--59544129	27	4.9	27	93	0	199	28	21	9	41	1.83
59544026--59544156	54	2.4	54	80	0	127	32	19	8	39	1.82
59544121--59544353	27	8.7	26	80	6	216	43	19	7	29	1.78
59544121--59544353	53	4.4	53	81	3	234	43	19	7	29	1.78
59544364--59544415	27	1.9	27	88	7	79	40	13	11	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59545341--59545430	25	3.6	25	84	1	110	26	25	22	25	2.00
59545391--59545447	24	2.4	24	79	5	62	31	21	21	26	1.98
59545653--59545793	31	4.5	31	97	0	255	27	17	25	29	1.98
59545654--59545827	93	1.9	93	87	5	230	28	18	24	27	1.98
59548435--59548550	43	2.7	42	78	4	133	30	12	24	32	1.93
59556162--59556346	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
59556143--59556346	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
59560758--59560807	25	2.0	25	100	0	100	28	12	12	48	1.76
59562501--59562622	43	2.9	42	77	7	129	30	12	24	32	1.92
59565226--59565264	20	2.0	20	94	0	69	28	10	41	20	1.85
59582850--59583081	116	2.0	116	93	0	401	39	21	21	17	1.93
59587697--59587723	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
59589914--59590032	43	2.8	42	80	12	143	31	12	25	31	1.93
59591988--59592129	40	3.5	40	98	0	266	28	27	20	23	1.99
59599860--59600065	40	5.2	40	90	4	301	27	28	21	22	1.99
59603759--59603796	20	1.9	20	84	10	51	60	0	5	34	1.19
59607257--59607287	16	1.9	16	100	0	62	25	19	19	35	1.95
59610020--59610157	40	3.5	40	93	3	217	24	23	28	23	2.00
59617935--59618110	40	4.5	40	92	5	288	23	23	28	23	2.00
59617935--59618110	78	2.2	80	92	5	288	23	23	28	23	2.00
59620934--59621491	47	11.7	47	94	2	954	32	8	29	29	1.87
59620934--59621491	96	5.9	92	95	2	795	32	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59620934--59621491	143	3.9	141	94	2	954	32	8	29	29	1.87
59620934--59621491	190	2.9	190	95	1	985	32	8	29	29	1.87
59621610--59621688	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
59624144--59624195	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
59624849--59624939	27	3.4	27	84	0	101	26	20	16	36	1.94
59628673--59628854	40	4.6	40	89	2	260	26	26	21	24	1.99
59629454--59629638	79	2.3	81	84	7	236	24	22	27	25	2.00
59629455--59629638	40	4.6	40	83	9	216	24	22	27	25	2.00
59629507--59629671	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
59631005--59631189	79	2.3	81	83	7	227	23	22	27	25	2.00
59631005--59631189	40	4.7	40	83	6	225	23	22	27	25	2.00
59631058--59631222	79	2.1	79	83	6	201	25	21	27	26	1.99
59639732--59639913	40	4.6	40	93	2	296	26	26	23	24	2.00
59672131--59672315	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
59672112--59672315	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
59679984--59680168	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
59679965--59680168	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
59698981--59699087	6	17.8	6	76	18	107	50	13	14	21	1.77
59698981--59699083	30	3.4	30	97	2	190	50	13	14	21	1.77
59699205--59699270	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
59699205--59699278	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
59699229--59699286	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59699443--59699494	22	2.4	22	80	0	59	32	21	25	21	1.98
59699589--59699672	27	3.2	26	88	5	96	38	21	21	19	1.94
59699870--59700065	27	7.3	27	84	0	239	25	19	19	35	1.96
59700070--59700452	27	14.2	27	81	3	430	41	9	20	28	1.83
59705698--59705784	24	3.6	24	73	14	88	25	33	17	24	1.96
59708393--59708535	40	3.4	41	74	11	107	31	25	15	27	1.96
59713310--59713347	18	2.1	18	95	0	67	42	28	5	23	1.76
59714018--59714186	48	3.6	47	80	6	198	24	27	19	28	1.99
59717950--59718127	40	4.5	40	90	4	256	23	20	28	27	1.99
59726084--59726133	25	2.0	25	100	0	100	12	32	12	44	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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