genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18476455--18476493	11	3.6	11	82	6	53	82	0	17	0	0.68
18476455--18476510	10	5.9	9	78	17	60	82	1	16	0	0.76
18476458--18476499	21	2.0	22	90	4	68	83	0	16	0	0.65
18476455--18476509	16	3.4	16	78	9	51	81	1	16	0	0.77
18476861--18476902	21	2.0	20	90	4	66	35	14	9	40	1.78
18476861--18476902	20	2.1	19	86	8	57	35	14	9	40	1.78
18477008--18477095	38	2.4	38	85	10	121	30	11	6	51	1.64
18477007--18477352	35	9.7	35	71	14	201	32	12	7	47	1.69
18477059--18477351	161	1.8	160	80	5	358	33	12	7	47	1.69
18477273--18477331	16	3.5	16	76	15	57	33	15	8	42	1.77
18477007--18477368	17	20.2	18	68	14	151	32	12	7	47	1.70
18477098--18477404	53	5.8	52	75	11	180	31	13	7	47	1.70
18477435--18477482	18	2.7	18	87	6	62	39	14	6	39	1.71
18477198--18477479	17	15.9	17	68	20	118	31	15	8	43	1.77
18477548--18477622	19	3.8	19	84	7	96	40	8	10	41	1.69
18477600--18477723	17	7.1	17	64	20	60	31	10	12	45	1.77
18477496--18477621	20	5.9	19	69	27	60	38	10	9	41	1.72
18477602--18477723	16	7.1	16	65	17	57	30	10	13	45	1.77
18486735--18486773	20	2.0	20	100	0	78	41	20	23	15	1.90
18489460--18489686	122	1.9	122	83	3	296	30	13	21	34	1.92
18489390--18490194	191	4.2	194	95	2	1412	30	13	20	35	1.91
18489390--18490194	385	2.1	382	95	2	1427	30	13	20	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18490214--18490246	15	2.1	16	88	5	50	18	12	6	63	1.48
18490152--18490410	91	2.9	88	81	11	300	27	18	17	36	1.93
18490429--18490572	53	2.7	54	86	11	194	31	13	20	34	1.92
18490845--18490946	30	3.4	31	81	5	113	30	22	2	44	1.68
18490845--18490961	60	2.0	59	84	5	155	30	22	2	44	1.66
18491335--18491393	14	4.1	14	76	23	68	81	0	18	0	0.69
18491499--18491552	23	2.3	24	93	6	101	64	9	25	0	1.23
18491672--18491705	10	3.5	10	88	8	52	82	0	17	0	0.67
18491671--18491722	17	3.1	17	81	10	63	82	1	15	0	0.75
18491669--18491721	16	3.4	16	80	12	58	81	1	16	0	0.79
18491669--18491723	18	3.1	17	80	14	67	80	1	18	0	0.81
18492083--18492123	20	2.1	20	90	4	66	34	14	9	41	1.79
18492228--18492720	17	27.3	18	68	13	226	32	13	7	46	1.71
18492242--18492334	38	2.5	37	85	11	120	31	11	6	50	1.64
18492320--18492485	57	3.0	55	80	8	160	33	10	7	49	1.64
18492513--18492571	16	3.5	16	76	15	57	33	15	8	42	1.77
18492228--18492723	18	27.4	18	66	18	144	32	13	7	46	1.71
18492791--18492863	19	3.6	21	85	12	91	42	8	10	38	1.70
18492795--18492863	21	3.4	20	82	11	70	44	8	8	37	1.66
18492842--18492966	17	7.1	17	63	21	53	32	10	12	44	1.76
18492737--18492863	20	5.9	19	68	26	60	39	11	9	40	1.73
18492844--18492874	16	1.9	16	93	0	53	25	12	12	48	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18492780--18492903	39	3.2	37	74	16	101	37	8	9	44	1.67
18492795--18492901	19	5.5	19	68	24	55	40	8	9	42	1.67
18498337--18498398	20	3.0	20	77	17	74	67	1	8	22	1.25
18498339--18498398	10	6.0	10	79	14	63	68	1	8	21	1.25
18498339--18498396	30	1.9	30	83	13	75	68	1	8	20	1.25
18499046--18499233	96	1.9	97	90	1	297	29	25	16	28	1.97
18502907--18502995	29	3.1	28	80	12	92	62	2	5	29	1.30
18514993--18515084	45	2.0	45	93	0	157	33	13	29	23	1.92
18520699--18520767	27	2.5	28	80	15	74	46	1	2	49	1.25
18521160--18521198	15	2.4	16	87	8	53	35	0	0	64	0.94
18522276--18522330	20	2.8	20	73	15	53	29	3	5	61	1.35
18522343--18522380	16	2.4	16	100	0	76	39	0	5	55	1.23
18523956--18524175	23	9.3	23	78	8	151	30	16	23	29	1.96
18523972--18524177	24	8.7	24	84	6	215	30	16	24	29	1.96
18523956--18524177	71	3.1	69	82	5	250	30	16	24	28	1.96
18524180--18524303	43	2.8	43	86	2	167	24	15	21	38	1.92
18524180--18524329	43	3.5	42	80	5	156	23	15	22	39	1.91
18524180--18524365	86	2.1	87	80	3	196	23	15	21	39	1.91
18524348--18524460	43	2.6	43	80	1	127	25	12	17	44	1.84
18536447--18536480	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
18553383--18553414	6	5.2	6	96	3	55	50	0	15	34	1.45
18556511--18556557	24	2.0	24	88	12	71	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18556512--18556554	15	2.9	15	83	10	61	55	0	0	44	0.99
18558919--18558977	31	1.9	31	86	10	86	35	1	1	61	1.16
18561222--18561255	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
18564507--18564558	27	1.9	27	85	14	72	51	1	11	34	1.49
18566467--18566513	24	2.0	24	84	16	62	25	2	6	65	1.27
18573851--18573902	24	2.2	24	82	0	59	51	11	3	32	1.56
18574620--18574648	8	3.6	8	100	0	58	27	0	0	72	0.85
18575309--18575386	30	2.7	29	80	4	84	55	2	0	42	1.13
18589153--18589178	12	2.2	12	100	0	52	76	7	0	15	0.99
18589445--18589474	15	2.0	15	93	0	51	23	13	16	46	1.82
18591185--18591245	13	4.9	13	72	11	56	60	1	1	36	1.16
18591169--18591245	36	2.1	36	100	0	154	61	2	2	33	1.24
18591387--18591441	28	2.0	28	82	7	67	52	7	7	32	1.56
18591629--18591668	18	2.3	17	91	4	62	20	2	7	70	1.24
18594034--18594072	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
18594171--18594208	3	12.3	3	88	5	58	65	0	0	34	0.93
18595052--18595120	35	2.0	35	97	0	129	21	11	49	17	1.78
18595335--18595393	19	3.1	19	87	2	82	57	5	0	37	1.21
18595337--18595407	10	7.0	10	75	12	65	60	2	0	36	1.11
18596959--18597023	22	3.0	22	83	0	76	16	27	16	38	1.91
18598462--18598519	13	4.5	13	82	0	71	36	6	20	36	1.80
18599830--18599937	27	4.1	27	74	16	93	38	22	21	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18600328--18600357	8	3.8	8	90	0	51	3	26	26	43	1.70
18604655--18604745	44	2.1	44	100	0	182	27	6	24	41	1.79
18614674--18614713	20	2.0	20	100	0	80	15	25	35	25	1.94
18624216--18624240	13	1.9	13	100	0	50	48	4	8	40	1.51
18637558--18637587	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
18646815--18646888	36	2.0	37	84	2	96	48	12	17	21	1.79
18653019--18653086	32	2.1	32	81	10	77	39	13	10	36	1.78
18654990--18655076	21	4.0	23	75	10	83	37	21	21	18	1.94
18658258--18658307	22	2.2	22	86	10	66	38	20	24	18	1.93
18663004--18663162	79	2.0	79	92	0	264	36	23	11	28	1.90
18669451--18669641	95	2.0	95	100	0	382	37	19	6	36	1.78
18669721--18669753	17	1.9	17	100	0	66	24	15	18	42	1.88
18669970--18670009	20	2.0	20	90	0	62	22	27	5	45	1.73
18673699--18673738	20	2.0	20	100	0	80	45	20	5	30	1.72
18680254--18680284	15	2.1	15	93	0	53	67	0	0	32	0.91
18686308--18686350	14	3.1	14	90	3	70	34	2	11	51	1.51
18687066--18687218	43	3.6	43	85	0	207	21	18	27	32	1.97
18691370--18691402	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
18697531--18697568	16	2.4	16	91	4	60	78	0	13	7	0.94
18698373--18698433	30	2.0	30	84	6	79	24	34	27	13	1.93
18701586--18701610	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
18709443--18709488	16	2.9	16	87	9	60	36	10	13	39	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18711146--18711324	33	5.5	33	76	7	168	32	24	10	32	1.89
18711146--18711306	65	2.5	65	93	1	286	32	23	10	32	1.89
18712485--18712509	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
18717910--18717937	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
18722003--18722069	34	1.9	35	93	3	118	32	8	11	46	1.72
18737126--18737177	25	2.1	25	100	0	104	36	17	7	38	1.78
18737544--18737639	25	3.9	24	74	9	61	37	18	19	23	1.94
18745448--18745561	33	3.5	33	80	7	124	33	22	10	33	1.88
18746739--18746763	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
18748583--18748646	29	2.1	31	83	11	80	35	0	3	60	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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