genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.153.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49027133--49027351	39	5.6	39	75	13	164	26	21	27	25	1.99
49031594--49031816	40	5.6	39	80	7	216	25	21	27	25	1.99
49031674--49031851	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
49034197--49034371	46	3.8	46	78	13	196	29	30	20	20	1.97
49034204--49034373	93	1.8	93	93	0	295	28	30	20	21	1.98
49038746--49038791	22	2.0	23	91	4	76	32	0	2	65	1.05
49039788--49040021	96	2.4	97	84	7	289	41	2	16	39	1.60
49040072--49040735	126	5.3	126	93	1	1071	33	18	21	26	1.96
49040064--49040735	251	2.7	252	91	0	1087	33	18	21	26	1.96
49043742--49044122	116	3.3	116	91	0	618	48	8	3	40	1.49
49044608--49044671	30	2.1	30	85	0	83	6	18	45	29	1.74
49046347--49046397	20	2.5	20	84	12	59	41	0	29	29	1.57
49046347--49046404	11	5.5	10	80	15	64	41	0	27	31	1.56
49046347--49046410	31	2.1	31	85	5	85	42	0	26	31	1.56
49046596--49046628	16	2.1	16	100	0	66	18	18	30	33	1.94
49053079--49053131	19	2.8	18	80	11	61	35	3	0	60	1.15
49053079--49053139	9	6.4	9	73	17	52	36	3	0	60	1.13
49057796--49057820	13	1.9	13	100	0	50	48	8	8	36	1.62
49062297--49062380	3	28.0	3	95	0	150	66	0	30	2	1.04
49063960--49065638	549	3.1	542	84	5	2020	37	11	14	36	1.83
49067410--49067825	48	8.7	47	76	7	247	25	26	19	28	1.99
49075537--49075916	160	2.4	160	87	0	553	31	24	27	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49076014--49076062	18	2.7	18	78	6	55	22	6	0	71	1.08
49078012--49078036	13	1.9	13	100	0	50	12	32	40	16	1.84
49085757--49085925	47	3.6	47	77	10	202	27	30	20	21	1.98
49085804--49085971	46	3.6	46	77	10	207	29	29	19	21	1.98
49085749--49085975	93	2.4	93	97	0	418	28	29	19	22	1.98
49089056--49089225	93	1.8	93	94	0	304	28	30	20	21	1.98
49089047--49089222	46	3.8	46	79	15	209	28	29	20	21	1.98
49091581--49091644	15	4.4	15	84	11	89	60	12	15	10	1.58
49094579--49094750	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
49094571--49094746	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
49099593--49099754	85	1.9	84	98	1	315	27	30	18	23	1.98
49116483--49119242	545	5.2	549	78	8	2489	37	11	15	36	1.83
49119287--49119352	33	2.0	33	93	0	114	27	4	10	57	1.52
49122290--49122358	32	2.2	32	83	0	84	17	39	24	18	1.92
49129347--49129388	22	1.9	22	85	9	59	40	21	0	38	1.53
49133440--49133589	43	3.6	42	81	6	169	30	15	23	30	1.95
49145209--49145251	18	2.4	18	84	3	52	67	2	16	13	1.33
49147717--49147892	46	3.8	44	78	10	183	21	19	29	30	1.97
49147714--49147884	93	1.8	93	91	0	279	21	19	29	29	1.98
49150821--49150908	30	3.0	30	80	11	92	10	14	15	59	1.61
49150830--49150909	15	5.4	15	78	12	85	10	15	13	61	1.57
49153142--49153317	46	3.8	45	78	10	185	21	19	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49153139--49153309	93	1.8	93	89	2	272	21	19	29	29	1.98
49157554--49157579	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
49157922--49158039	40	3.0	40	76	5	132	29	20	21	28	1.98
49158093--49158224	40	3.3	40	76	0	138	27	21	21	30	1.98
49158279--49158319	21	2.0	21	85	9	57	43	4	2	48	1.37
49158475--49158524	14	3.6	14	81	2	66	22	0	28	50	1.49
49158583--49158615	14	2.3	15	89	5	50	15	0	45	39	1.46
49158576--49158615	21	1.9	21	89	0	62	15	0	42	42	1.46
49159042--49159086	21	2.1	21	87	0	63	20	2	31	46	1.62
49164038--49164152	43	2.7	43	84	0	131	24	12	26	36	1.91
49164397--49165377	490	2.0	490	86	3	1382	37	11	16	34	1.85
49164886--49166346	548	2.7	547	80	6	1685	38	10	15	35	1.82
49170282--49170326	23	2.0	23	86	0	63	42	17	11	28	1.84
49170709--49170765	30	1.9	30	85	0	78	22	35	28	14	1.93
49171578--49171640	32	2.0	32	100	0	126	46	3	9	41	1.52
49174414--49174488	30	2.5	31	83	14	104	28	14	29	28	1.95
49174446--49174774	174	1.9	174	91	3	536	30	14	24	31	1.94
49182585--49182662	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
49182615--49182941	173	1.9	174	92	0	557	30	14	24	30	1.94
49190579--49190666	43	2.0	43	100	0	176	35	9	11	44	1.72
49196427--49196477	6	8.5	6	80	8	59	19	3	0	76	0.94
49196444--49196496	17	2.9	17	84	15	63	22	3	0	73	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49196428--49196477	23	2.1	24	85	3	66	20	4	0	76	0.95
49196431--49196496	29	2.3	30	79	12	75	22	4	0	72	1.02
49201725--49201994	46	5.8	48	77	12	244	28	18	29	23	1.98
49203424--49203467	12	3.7	12	84	0	52	15	4	6	72	1.22
49203422--49203468	18	2.6	17	81	15	51	17	4	6	72	1.22
49206805--49206829	13	1.9	13	100	0	50	48	16	4	32	1.64
49208326--49208639	50	6.3	50	76	5	301	31	25	17	25	1.97
49208326--49208640	150	2.1	151	93	0	533	31	25	17	26	1.97
49209196--49209254	30	2.0	30	86	0	82	25	27	8	38	1.84
49211549--49211587	15	2.6	15	92	8	62	51	15	17	15	1.77
49231434--49231822	50	7.7	50	78	5	372	31	25	16	26	1.96
49231437--49231829	151	2.6	151	93	0	660	31	25	16	26	1.97
49231435--49231829	101	3.9	100	77	6	377	31	26	16	26	1.97
49232177--49232223	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
49236812--49236856	20	2.4	18	80	16	56	64	6	6	22	1.41
49241060--49241137	33	2.4	33	78	8	86	28	23	15	33	1.95
49243942--49244000	31	1.9	31	96	0	109	44	16	1	37	1.59
49249794--49249819	12	2.2	12	100	0	52	38	26	0	34	1.57
49258812--49258851	21	2.0	20	90	5	62	35	0	22	42	1.54
49258817--49258859	21	2.1	21	83	12	54	32	0	20	46	1.51
49262268--49262374	40	2.7	40	86	4	137	28	21	23	27	1.99
49262583--49263032	47	9.6	47	94	1	787	32	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49263150--49263228	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
49268882--49269053	46	3.8	44	77	14	172	29	29	20	20	1.98
49268889--49269057	90	1.8	93	91	3	281	28	29	20	21	1.98
49275938--49276109	93	1.8	93	93	2	301	28	29	20	21	1.98
49275931--49276106	46	3.8	44	79	14	187	29	28	19	21	1.98
49275939--49276125	46	4.0	46	73	15	156	28	28	20	22	1.98
49284843--49285070	114	2.0	114	98	0	438	40	18	10	30	1.84
49293198--49293256	13	4.5	13	72	16	50	35	10	10	44	1.72
49296667--49296743	26	3.0	25	76	16	77	37	25	20	15	1.92
49297169--49297209	21	2.0	21	85	0	55	39	19	2	39	1.65
49304654--49304875	46	4.7	45	75	12	162	25	29	18	27	1.98
49311061--49311245	40	4.6	40	91	0	307	21	21	28	28	1.98
49322804--49322850	23	2.0	23	100	0	94	40	17	0	42	1.49
49323021--49323235	46	4.6	45	77	9	184	24	30	19	26	1.98
49323027--49323243	94	2.3	92	80	8	237	24	30	18	25	1.98
49325927--49325989	32	2.0	31	84	3	81	39	12	23	23	1.89
49327605--49327645	20	1.9	20	85	14	55	53	0	4	41	1.22
49329407--49331681	143	16.0	142	82	5	2457	36	10	15	37	1.81
49329407--49331681	428	5.3	428	85	3	2683	36	10	15	37	1.81
49331722--49331984	142	1.9	143	81	3	325	36	9	12	41	1.75
49332771--49333299	142	3.7	143	85	2	638	36	9	16	38	1.80
49335968--49336694	143	5.1	141	80	3	767	35	8	15	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49335968--49336694	288	2.5	284	84	4	922	35	8	15	40	1.79
49337521--49338449	143	6.5	143	81	2	1023	38	10	14	36	1.80
49337481--49338449	284	3.4	280	82	4	1084	38	9	14	36	1.80
49338399--49338557	86	1.8	86	83	0	210	32	9	17	40	1.82
49338470--49339104	143	4.5	140	82	5	681	37	8	15	38	1.79
49338136--49338818	369	1.9	369	82	3	874	36	9	16	37	1.81
49337827--49339778	653	3.0	649	84	4	2410	36	10	15	37	1.81
49339038--49339198	86	1.9	86	84	5	218	35	9	18	36	1.84
49338905--49339332	229	1.9	229	87	1	624	35	10	17	37	1.83
49339123--49340635	142	10.6	143	76	6	1309	37	9	14	38	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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