genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7835019--7835086	30	2.3	30	84	5	84	27	19	5	47	1.72
7837784--7838057	46	6.0	46	95	0	460	22	24	14	38	1.92
7855348--7855389	18	2.4	18	92	4	68	14	21	47	16	1.82
7857025--7857058	15	2.3	15	100	0	68	41	5	0	52	1.25
7857263--7857304	18	2.3	18	100	0	84	42	0	21	35	1.53
7858651--7858701	23	2.2	24	86	10	70	41	1	0	56	1.10
7859891--7859964	34	2.2	34	85	4	96	47	4	1	47	1.29
7865342--7865383	21	2.0	21	85	0	57	21	16	42	19	1.89
7866801--7866848	23	2.1	23	84	0	60	39	20	8	31	1.82
7867607--7867639	11	3.1	11	86	4	50	39	0	0	60	0.97
7867630--7867654	7	3.6	7	100	0	50	52	0	0	48	1.00
7867584--7867668	36	2.3	37	82	13	104	48	0	0	51	1.00
7868288--7868329	19	2.3	19	87	4	59	9	9	2	78	1.05
7868288--7868355	17	4.0	16	74	14	57	11	5	4	77	1.08
7868556--7868588	14	2.3	15	94	5	59	57	0	0	42	0.98
7868662--7868729	22	3.1	22	83	12	70	54	1	0	44	1.09
7868674--7868803	21	5.9	21	70	20	70	56	0	0	43	1.04
7868679--7868737	22	2.7	22	87	7	77	61	1	0	37	1.07
7868691--7868787	13	8.1	13	70	24	79	58	1	0	40	1.05
7868674--7868785	34	3.3	32	75	12	107	57	0	0	41	1.05
7868679--7868809	22	5.7	22	72	16	65	58	0	0	40	1.03
7868691--7868803	35	3.2	35	85	9	142	57	0	0	41	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7868679--7868809	56	2.3	57	82	5	149	58	0	0	40	1.03
7868679--7868842	23	7.2	23	71	18	87	55	2	0	42	1.13
7868765--7868825	25	2.7	23	85	10	72	55	3	0	40	1.16
7868837--7868891	9	6.0	9	81	12	51	76	5	0	18	0.97
7868837--7868895	19	3.2	18	83	9	66	76	5	0	18	0.97
7868852--7868902	9	5.4	9	82	13	59	78	5	1	13	1.02
7870307--7870386	40	2.0	40	87	0	115	45	20	3	31	1.68
7877561--7877585	12	2.1	12	100	0	50	28	16	16	40	1.89
7877730--7877787	27	2.1	27	83	6	71	48	1	1	48	1.22
7877903--7877960	26	2.2	27	82	14	77	55	1	1	41	1.20
7878692--7878723	3	10.7	3	93	0	55	34	31	34	0	1.58
7878723--7878756	9	4.0	8	85	14	50	73	0	26	0	0.83
7882648--7882713	22	3.1	20	81	14	78	36	1	4	57	1.28
7882662--7882727	11	5.5	11	72	13	51	34	1	1	62	1.14
7882689--7882758	25	2.8	25	80	10	79	34	1	0	64	1.03
7883379--7883455	36	2.1	36	95	0	136	48	2	12	36	1.56
7884407--7884449	5	8.4	5	89	5	68	81	0	2	16	0.79
7888871--7888908	5	7.4	5	88	5	58	81	0	2	15	0.80
7890125--7890196	23	3.2	22	69	9	56	34	15	25	25	1.94
7890232--7890306	23	3.2	23	72	10	80	26	13	29	30	1.94
7900701--7900761	13	4.7	13	83	0	86	22	9	24	42	1.84
7900703--7900761	26	2.3	26	93	0	100	23	10	23	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7904477--7904667	95	2.0	94	92	1	319	48	10	4	36	1.58
7909120--7909213	43	2.2	43	98	0	179	36	25	12	25	1.92
7913371--7913405	17	2.1	16	89	5	52	5	5	11	77	1.12
7917749--7917795	23	2.0	24	91	4	78	34	14	12	38	1.85
7926243--7926288	16	2.8	17	75	24	53	26	4	2	67	1.21
7926296--7926332	18	2.0	19	89	5	58	29	13	2	54	1.53
7926333--7926391	30	2.1	27	81	9	64	15	10	5	69	1.33
7934262--7934395	23	5.7	23	77	2	124	20	18	20	39	1.93
7934262--7934395	47	2.9	47	80	6	130	20	18	20	39	1.93
7937335--7937376	17	2.3	18	84	15	52	47	33	0	19	1.49
7938618--7938670	26	2.1	26	89	10	83	28	5	1	64	1.27
7938615--7938679	26	2.5	27	82	7	82	30	4	3	61	1.31
7947218--7947674	45	10.1	45	71	7	250	34	17	19	29	1.94
7966059--7966095	9	3.9	10	86	6	51	10	0	5	83	0.79
7967660--7967692	9	3.9	9	88	11	52	12	6	0	81	0.85
7969260--7969289	15	2.0	15	100	0	60	13	0	13	73	1.10
7973711--7973750	21	1.9	21	85	10	55	30	22	17	30	1.97
7973819--7973888	30	2.3	29	83	13	81	58	2	5	32	1.36
7973844--7973912	21	3.4	20	77	20	72	65	0	4	30	1.12
7973857--7973911	21	2.8	20	86	8	76	65	0	5	29	1.15
7973970--7974041	23	3.1	23	84	5	92	48	0	2	48	1.16
7974642--7974683	17	2.4	17	88	4	57	16	4	9	69	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7975231--7975286	15	3.5	15	71	19	51	50	1	0	48	1.11
7978589--7978613	5	5.0	5	100	0	50	40	20	40	0	1.52
7978609--7978708	46	2.2	46	87	3	139	35	16	25	24	1.95
7978619--7978726	46	2.3	46	84	3	137	33	16	22	27	1.95
8007402--8007454	23	2.3	23	77	3	63	41	3	0	54	1.18
8011186--8011237	25	2.1	25	100	0	104	48	3	0	48	1.20
8011802--8011873	28	2.5	29	84	4	92	43	4	19	33	1.70
8014389--8014600	65	3.2	65	74	4	185	31	22	11	34	1.90
8014389--8014600	33	6.5	32	80	5	129	31	22	11	34	1.90
8014389--8014595	98	2.1	98	80	1	227	31	22	11	34	1.90
8014455--8014559	33	3.2	33	87	4	133	28	22	10	38	1.87
8015743--8015768	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
8019264--8019311	20	2.4	20	92	0	78	8	29	33	29	1.86
8033751--8033846	33	3.0	32	83	7	115	33	19	9	37	1.84
8034185--8034226	18	2.3	18	80	8	50	9	23	7	59	1.53
8034385--8034433	25	2.0	25	91	0	80	32	18	6	42	1.75
8037421--8037454	2	17.0	2	100	0	68	50	50	0	0	1.00
8042924--8042959	15	2.4	15	95	0	63	36	19	11	33	1.87
8044854--8044941	23	3.8	22	80	7	95	35	19	21	23	1.96
8044817--8044968	50	3.1	49	77	11	152	34	18	21	25	1.96
8058592--8058638	22	2.1	22	100	0	94	46	0	21	31	1.51
8061421--8061482	26	2.4	26	81	13	74	48	0	1	50	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8063016--8063237	112	2.0	112	94	0	390	30	12	29	27	1.93
8087161--8087244	33	2.8	28	75	16	78	22	27	26	23	2.00
8087161--8087231	33	2.1	34	86	2	99	23	26	23	25	2.00
8087161--8087259	28	3.4	28	75	15	83	24	25	24	26	2.00
8087853--8087910	20	3.1	19	78	9	57	22	41	25	10	1.85
8092586--8092681	23	4.3	24	73	15	80	37	23	19	18	1.94
8093530--8093563	17	1.9	18	88	5	52	35	23	0	41	1.55
8094067--8094094	12	2.3	12	100	0	56	60	0	0	39	0.97
8094348--8094401	21	2.7	20	78	16	58	48	5	3	42	1.44
8098333--8098560	42	5.4	43	76	4	221	30	27	16	26	1.97
8098333--8098531	84	2.3	85	82	1	247	31	27	15	26	1.96
8098333--8098560	85	2.7	83	78	3	231	30	27	16	26	1.97
8103857--8103913	9	5.9	9	73	15	51	33	8	22	35	1.85
8103855--8103917	20	3.2	20	90	0	108	34	12	20	31	1.90
8103971--8104116	24	6.0	24	84	11	190	30	19	20	28	1.97
8104309--8104372	31	2.1	31	84	0	83	37	17	21	23	1.94
8106424--8106474	14	3.9	14	80	15	54	35	0	0	64	0.94
8106424--8106453	7	4.3	7	91	0	51	30	0	0	70	0.88
8106428--8106474	25	1.9	24	91	4	76	34	0	0	65	0.93
8107469--8107526	21	2.8	21	81	5	55	44	34	1	18	1.60
8107511--8107556	22	2.1	22	91	0	74	45	34	2	17	1.61
8107502--8107548	14	3.3	15	85	14	64	48	31	0	19	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8108067--8108249	41	4.5	41	81	6	178	28	20	20	31	1.97
8108067--8108250	82	2.3	82	83	3	230	28	20	20	30	1.97
8108446--8108499	10	5.6	10	72	14	51	64	1	1	31	1.14
8113447--8113481	19	1.9	19	88	11	56	68	0	0	31	0.90
8113736--8113810	22	3.7	21	79	12	75	41	17	6	34	1.76
8113771--8113861	19	4.9	19	92	8	161	36	15	10	37	1.83
8113762--8113861	35	2.7	36	89	10	148	37	16	10	37	1.82
8113980--8114018	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
8114211--8114392	45	4.1	45	86	1	240	26	29	12	31	1.93
8114211--8114392	89	2.0	90	88	1	267	26	29	12	31	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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