genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18200500--18200608	24	4.5	23	90	6	155	21	36	4	37	1.74
18204095--18204182	27	3.3	27	76	12	83	63	0	35	1	1.02
18204103--18204183	11	7.4	11	72	17	53	64	0	34	1	1.02
18204106--18204198	30	3.0	30	71	20	73	64	0	33	2	1.06
18204103--18204207	54	1.9	54	83	7	133	64	0	32	2	1.08
18217977--18218125	81	1.8	81	89	0	235	30	21	8	40	1.82
18217971--18218125	27	5.7	27	90	0	211	29	23	8	39	1.84
18217976--18218153	54	3.3	54	81	0	140	32	20	8	39	1.82
18217993--18218152	81	2.0	81	79	0	176	31	20	8	40	1.82
18218145--18218322	27	6.7	26	86	5	221	44	20	6	28	1.77
18218118--18218322	80	2.5	81	84	2	252	44	19	6	29	1.76
18218111--18218405	27	10.9	27	74	9	156	44	17	7	30	1.77
18218140--18218350	81	2.6	79	80	8	219	44	19	7	29	1.77
18218467--18218557	27	3.4	27	87	3	121	35	19	25	19	1.96
18219263--18219329	20	3.3	21	87	8	104	35	10	17	35	1.85
18219274--18219329	11	5.5	11	73	16	57	35	10	17	35	1.85
18219273--18219322	9	5.0	10	72	18	50	34	10	18	38	1.84
18219379--18219515	26	5.3	26	88	4	192	28	18	23	29	1.98
18221851--18221895	23	2.0	22	83	16	56	22	6	26	44	1.77
18223867--18223900	10	3.3	10	92	8	59	0	20	20	58	1.39
18224631--18224657	14	1.9	14	100	0	54	14	0	0	85	0.61
18242645--18242764	42	2.9	41	79	8	125	28	28	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18245290--18245513	33	6.7	33	70	8	134	27	25	15	32	1.95
18245386--18245545	35	4.7	33	74	12	128	30	25	13	31	1.93
18245290--18245545	101	2.5	100	83	6	295	28	25	14	31	1.95
18252117--18252289	38	4.5	38	88	1	247	21	20	24	32	1.97
18259901--18259939	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
18260378--18260465	28	3.1	29	79	10	94	35	21	22	20	1.96
18264997--18265086	40	2.3	38	82	3	99	20	16	26	36	1.93
18266336--18266437	38	2.7	38	96	0	186	22	20	25	31	1.98
18269980--18270123	25	5.8	25	72	8	114	25	22	23	28	1.99
18269980--18270123	50	2.9	50	85	0	171	25	22	23	28	1.99
18274053--18274099	24	2.0	23	87	4	67	21	2	8	68	1.27
18274326--18275128	177	4.5	177	87	2	1076	28	25	17	28	1.98
18274326--18275109	353	2.2	354	86	2	1108	27	26	17	28	1.98
18275380--18275507	64	2.0	64	87	0	184	36	14	17	31	1.90
18275538--18275573	16	2.2	16	90	9	56	27	5	8	58	1.50
18276612--18276665	6	8.7	6	80	15	65	14	3	0	81	0.82
18276611--18276665	19	2.9	18	81	8	65	14	3	0	81	0.82
18276609--18276676	31	2.2	30	87	5	100	13	7	1	77	1.03
18289222--18289247	13	2.0	13	100	0	52	15	38	30	15	1.88
18294504--18294637	56	2.4	56	88	0	214	32	23	16	27	1.96
18299443--18299591	27	5.5	27	86	0	199	30	20	8	40	1.81
18299443--18299591	54	2.8	54	89	0	226	30	20	8	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18299412--18299618	81	2.6	81	79	0	243	32	20	7	39	1.81
18299412--18299727	54	5.9	54	79	3	186	35	21	7	35	1.82
18299571--18299792	54	4.1	54	79	7	209	41	20	7	30	1.79
18299580--18299823	27	9.0	27	77	8	174	40	19	8	31	1.82
18300726--18300802	25	3.1	25	86	1	102	31	20	20	27	1.98
18300726--18300820	50	1.9	50	80	8	113	28	22	23	26	1.99
18302269--18302380	27	4.1	27	85	7	138	37	22	24	16	1.93
18302269--18302380	54	2.1	54	86	3	154	37	22	24	16	1.93
18310134--18310245	27	4.2	26	85	7	143	37	23	24	15	1.93
18310134--18310245	54	2.1	54	88	3	163	37	23	24	15	1.93
18317066--18317099	14	2.4	14	90	9	52	17	0	0	82	0.67
18320780--18320840	30	2.1	29	93	3	104	37	24	11	26	1.89
18327375--18327450	7	9.6	8	71	22	54	50	1	2	46	1.24
18327849--18327892	23	1.9	23	85	0	61	29	13	29	27	1.94
18332132--18332275	60	2.4	62	76	8	152	28	24	19	27	1.98
18334762--18334888	43	2.9	43	86	5	150	25	18	30	25	1.98
18334789--18334890	43	2.4	43	91	0	168	24	18	30	26	1.98
18334810--18334902	43	2.2	43	90	0	141	26	17	31	24	1.97
18339277--18339417	60	2.3	62	73	8	137	31	23	17	28	1.97
18346841--18346878	19	2.0	19	89	0	58	28	7	13	50	1.69
18347460--18347545	42	2.1	41	89	6	129	27	10	10	51	1.69
18351807--18351839	16	2.1	16	88	11	50	75	0	12	12	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18352027--18352066	16	2.5	16	100	0	80	55	0	12	32	1.38
18356079--18356600	265	2.0	264	94	0	918	35	14	17	32	1.90
18358537--18358583	24	2.0	23	87	4	67	51	21	12	14	1.76
18358727--18358771	23	2.0	23	81	0	54	48	17	15	17	1.81
18360630--18360801	43	4.0	43	70	17	135	25	18	26	30	1.98
18370390--18370506	53	2.2	53	86	3	164	18	20	18	41	1.90
18370635--18370704	18	3.8	18	75	9	61	32	11	11	44	1.76
18370724--18370784	18	3.4	18	76	0	68	40	8	11	39	1.71
18370711--18370784	36	2.1	36	89	0	112	40	8	12	39	1.72
18370716--18370793	36	2.2	36	85	0	102	39	7	11	41	1.70
18376438--18376473	17	2.1	17	100	0	72	16	5	30	47	1.70
18376763--18376809	4	11.8	4	86	0	67	48	23	2	25	1.62
18378276--18378354	37	2.1	37	100	0	158	34	16	16	32	1.91
18381357--18381450	48	2.0	48	85	8	129	20	13	25	40	1.89
18383873--18383966	48	2.0	48	85	8	129	20	13	25	40	1.89
18391463--18391529	34	2.0	34	100	0	134	16	35	5	41	1.73
18392750--18392782	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
18392989--18393035	6	8.3	6	86	13	73	17	0	0	82	0.66
18392990--18393038	21	2.3	22	96	3	91	18	0	0	81	0.69
18392986--18393035	11	4.5	11	90	9	84	18	0	0	82	0.68
18393584--18393646	29	2.2	28	78	13	65	30	7	0	61	1.24
18393595--18393655	15	3.9	16	81	14	65	29	8	0	62	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18393587--18393655	32	2.2	32	82	10	79	30	8	0	60	1.26
18393613--18393658	15	2.9	15	93	6	74	26	8	0	65	1.21
18393798--18393934	3	46.7	3	76	16	119	31	3	2	62	1.24
18393802--18393921	26	4.7	26	76	14	99	31	4	2	61	1.28
18397787--18397814	11	2.5	11	100	0	56	35	7	28	28	1.84
18405235--18405321	21	4.0	23	80	10	92	14	21	25	37	1.92
18417321--18417709	132	2.9	131	85	4	487	32	17	20	29	1.96
18421625--18421650	5	5.2	5	100	0	52	23	19	38	19	1.93
18422377--18422414	17	2.2	16	86	13	58	31	0	10	57	1.32
18422380--18422414	18	2.0	17	94	5	61	34	0	11	54	1.37
18428071--18428114	15	3.0	14	83	9	52	11	15	2	70	1.26
18430581--18430640	30	2.0	30	93	0	102	26	0	13	60	1.34
18430728--18430752	11	2.3	11	100	0	50	20	0	8	72	1.10
18436649--18436702	26	2.1	26	100	0	108	33	38	5	22	1.77
18447757--18447813	28	2.1	27	93	3	96	40	7	17	35	1.77
18450952--18451031	29	2.7	29	86	1	106	61	5	8	25	1.46
18451781--18451830	20	2.5	20	90	0	73	6	22	0	72	1.07
18451795--18451831	11	3.5	11	85	14	60	0	21	0	78	0.75
18451794--18451831	20	1.9	20	100	0	76	0	21	0	78	0.74
18452385--18452428	22	2.0	22	86	0	61	40	2	4	52	1.34
18452573--18452614	21	2.0	21	86	9	59	40	2	0	57	1.12
18460156--18460202	22	2.3	19	85	14	58	44	2	0	53	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18460158--18460199	16	2.7	15	79	20	50	45	2	0	52	1.13
18460834--18460893	25	2.4	24	80	8	66	33	1	3	61	1.22
18460854--18460907	25	2.2	25	80	12	58	38	1	1	57	1.20
18463713--18463756	22	2.0	22	86	0	61	38	0	6	54	1.27
18463893--18463937	22	2.0	22	87	8	65	42	2	0	55	1.12
18474441--18474492	25	2.1	25	100	0	104	38	7	11	42	1.70
18475612--18475642	16	1.9	16	100	0	62	77	0	0	22	0.77
18475638--18475739	30	3.4	30	83	5	127	30	22	3	43	1.71
18476121--18476180	12	4.8	12	76	15	59	78	0	20	1	0.84
18476285--18476338	23	2.3	24	93	6	101	64	9	25	0	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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