genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   

This is table  35  of  290  ( 34756 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11269512--11269552	19	2.2	18	91	4	64	75	0	2	21	0.92
11273705--11273840	43	3.2	43	92	0	218	25	17	29	27	1.98
11274140--11274202	26	2.5	26	84	5	76	36	3	6	53	1.42
11274174--11274225	21	2.4	22	83	3	61	32	3	7	55	1.46
11274279--11274304	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
11281803--11281849	19	2.4	19	96	3	85	21	27	6	44	1.76
11283893--11283957	31	2.1	30	82	2	76	32	7	15	44	1.75
11284586--11284628	20	2.2	20	95	4	79	58	13	0	27	1.37
11285801--11285834	17	2.0	17	88	0	50	67	2	14	14	1.34
11289811--11289857	19	2.4	20	85	3	60	19	17	17	46	1.84
11291227--11291257	15	2.1	15	93	0	53	32	25	3	38	1.72
11292577--11292636	27	2.3	27	85	5	79	65	3	3	28	1.25
11292809--11292863	28	2.0	28	85	7	76	60	1	5	32	1.30
11293319--11293392	3	25.7	3	84	5	64	63	6	2	27	1.33
11293316--11293392	20	3.8	20	70	5	66	63	6	2	27	1.32
11293471--11293710	3	80.3	3	68	13	95	62	4	7	25	1.40
11293503--11293558	23	2.4	23	84	0	67	60	3	5	30	1.36
11293483--11293588	17	6.9	14	72	17	68	64	1	6	27	1.29
11293700--11293739	17	2.2	18	86	8	55	62	7	2	27	1.35
11293683--11293753	18	3.7	19	78	17	60	61	4	2	30	1.29
11300038--11300123	12	7.8	12	67	23	64	41	1	0	56	1.06
11300375--11300423	22	2.2	23	82	10	57	34	6	4	55	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11313037--11313156	41	2.9	42	89	2	197	30	20	20	28	1.98
11314327--11314413	44	2.0	44	97	0	165	14	28	8	48	1.73
11315069--11315122	21	2.6	21	77	16	58	31	7	5	55	1.51
11316439--11316469	1	31.0	1	100	0	62	0	0	0	100	0.00
11318707--11318731	3	8.3	3	100	0	50	68	0	32	0	0.90
11325599--11325701	42	2.4	43	82	6	120	27	19	23	30	1.98
11325549--11325719	43	4.0	43	72	8	141	27	16	23	31	1.97
11330567--11330619	27	2.0	27	92	0	88	32	9	28	30	1.88
11334007--11334107	38	2.7	37	78	7	114	33	16	12	36	1.87
11337372--11337424	23	2.3	23	78	18	56	66	1	0	32	1.03
11337401--11337443	17	2.4	18	80	3	52	58	2	2	37	1.24
11340751--11340782	12	2.7	12	95	0	55	31	9	0	59	1.29
11343876--11343933	29	2.0	29	93	0	98	27	12	15	44	1.82
11343884--11343942	29	2.0	29	86	0	82	35	10	10	44	1.72
11346054--11346097	22	2.0	22	86	8	63	29	4	2	63	1.26
11346837--11346867	13	2.4	13	100	0	62	77	0	0	22	0.77
11346827--11346864	18	2.1	18	85	9	51	73	0	0	26	0.83
11348305--11348362	30	1.9	30	96	0	107	25	5	15	53	1.63
11351062--11351176	21	5.5	21	80	3	106	18	20	17	43	1.88
11351080--11351214	21	6.6	20	75	8	94	17	21	17	43	1.88
11351062--11351297	42	5.7	41	77	9	149	16	20	17	45	1.86
11351191--11351271	41	2.0	41	90	2	126	13	20	18	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11358837--11358876	17	2.3	18	86	4	55	42	17	7	32	1.77
11360295--11360328	6	5.8	6	89	6	52	17	0	8	73	1.08
11360292--11360328	17	2.2	17	95	0	65	16	0	8	75	1.02
11360295--11360328	11	2.9	12	86	8	52	17	0	8	73	1.08
11362191--11362228	20	1.9	20	88	0	58	10	28	15	44	1.80
11368658--11368702	22	2.0	22	87	8	65	24	20	42	13	1.87
11370417--11370480	27	2.4	27	89	0	92	34	18	20	26	1.96
11373287--11373325	20	2.0	20	89	0	60	41	23	23	12	1.88
11380921--11380970	22	2.3	23	77	22	54	50	12	6	32	1.64
11383901--11383937	19	1.9	19	88	0	56	27	18	8	45	1.77
11385040--11385095	16	3.4	16	76	16	53	28	0	3	67	1.07
11389138--11389185	17	2.9	17	81	3	53	45	35	2	16	1.59
11389528--11389569	22	1.9	22	85	0	57	19	54	11	14	1.70
11392333--11392387	16	3.4	16	76	16	51	29	0	3	67	1.08
11401771--11401973	106	1.9	106	93	2	354	36	17	20	25	1.94
11401944--11402335	44	8.8	44	71	11	253	32	16	22	27	1.96
11401877--11402206	181	1.8	181	91	0	543	34	16	22	26	1.95
11402086--11402287	89	2.3	84	81	6	208	31	19	22	26	1.98
11404253--11404325	22	3.2	24	71	26	68	28	8	4	58	1.45
11404408--11404458	3	16.7	3	84	11	68	29	5	0	64	1.17
11409150--11409423	46	6.0	46	91	0	388	40	14	24	20	1.90
11409704--11409736	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11412318--11412544	90	2.5	90	84	2	287	37	20	9	32	1.85
11412659--11412757	48	2.1	47	84	5	128	59	3	5	32	1.34
11412960--11412995	19	2.0	19	89	10	58	44	2	0	52	1.15
11413040--11413206	85	2.0	86	83	5	214	31	8	20	40	1.82
11413055--11413251	85	2.3	84	80	5	198	34	8	17	39	1.81
11414070--11414099	11	2.7	11	100	0	60	46	6	0	46	1.29
11415095--11415129	16	2.3	16	90	9	56	34	0	2	62	1.10
11415792--11415934	74	1.9	75	85	4	198	47	11	11	30	1.74
11416172--11416261	30	3.1	29	79	7	85	34	8	8	47	1.66
11416188--11416261	29	2.5	30	80	10	80	33	9	8	48	1.65
11419448--11419596	76	2.0	77	87	2	221	46	12	10	30	1.74
11422961--11423130	62	2.7	63	81	9	204	28	22	25	23	1.99
11422979--11423178	63	3.2	60	80	10	188	28	24	24	23	2.00
11427451--11427503	24	2.4	22	79	14	63	32	13	18	35	1.90
11427461--11427506	24	1.9	24	90	0	74	32	10	17	39	1.84
11427825--11427910	9	9.2	9	70	16	50	55	5	3	34	1.41
11427849--11427895	21	2.2	21	88	0	67	61	4	2	31	1.27
11427780--11427908	57	2.3	57	81	10	149	55	5	4	34	1.44
11429761--11429908	43	3.4	43	70	5	145	19	22	20	36	1.95
11429706--11429911	87	2.4	87	91	0	331	19	23	22	34	1.97
11429991--11430118	64	2.0	64	93	0	220	36	13	17	32	1.89
11438003--11438042	19	2.2	18	86	13	55	32	12	27	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11442368--11442410	23	2.0	21	86	9	59	60	6	2	30	1.35
11447348--11447380	14	2.3	15	89	5	50	42	0	0	57	0.98
11447460--11447546	29	2.9	30	77	14	99	60	3	1	34	1.21
11447488--11447533	14	3.2	14	78	3	56	65	4	0	30	1.12
11447471--11447513	22	2.0	22	90	9	70	65	2	0	32	1.06
11457843--11457894	28	1.9	26	84	7	68	34	5	5	53	1.49
11457951--11457992	21	2.0	21	86	13	59	40	0	2	57	1.12
11460449--11460551	42	2.4	42	82	6	109	25	16	25	33	1.96
11460412--11460570	43	3.7	42	76	10	153	24	18	25	31	1.97
11465889--11466081	96	2.0	97	87	1	280	31	24	13	30	1.93
11470111--11470167	23	2.6	22	86	5	80	33	1	0	64	1.04
11470106--11470171	26	2.4	28	92	5	109	31	3	0	65	1.08
11478698--11478766	29	2.5	26	78	17	77	75	0	4	20	0.97
11478698--11478761	21	3.2	21	80	6	71	75	0	4	20	0.99
11486224--11486369	73	2.0	73	98	0	283	17	26	26	30	1.97
11486674--11486702	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
11493454--11493482	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
11496349--11496377	15	2.0	15	93	6	51	65	6	0	27	1.18
11503871--11503920	24	2.1	24	88	0	73	22	18	26	34	1.96
11510474--11510544	29	2.4	29	81	11	83	28	11	7	53	1.62
11514162--11514219	26	2.3	25	85	5	80	36	3	0	60	1.14
11514153--11514219	26	2.6	24	80	13	71	32	4	1	61	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11519345--11519403	30	2.0	30	86	0	82	20	38	27	13	1.90
11524377--11524410	13	2.6	13	90	0	50	20	2	2	73	1.09
11526186--11526258	35	2.1	35	100	0	146	35	8	23	32	1.84
11529659--11529736	34	2.3	35	86	4	106	44	12	10	32	1.76
11530285--11530437	49	3.1	49	76	2	137	24	34	14	26	1.94
11531559--11531752	91	2.1	90	89	0	289	27	23	17	31	1.96
11533990--11534093	55	1.9	54	86	3	147	31	18	21	28	1.96
11534407--11534648	46	4.7	52	71	16	191	28	19	17	34	1.95
11535386--11535411	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
11536134--11536292	77	2.0	79	89	2	241	21	18	21	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290