genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
424488--424565	15	5.0	15	68	25	54	12	1	60	25	1.40
424535--424561	3	9.0	3	100	0	54	0	0	66	33	0.92
424494--424656	42	3.8	42	76	6	139	19	4	57	18	1.58
424493--424609	45	2.6	45	80	2	110	17	3	57	22	1.54
424584--424645	27	2.3	26	72	8	61	19	8	59	12	1.58
438855--438933	31	2.5	31	81	4	88	27	8	18	44	1.80
441977--442021	19	2.3	20	81	11	58	62	6	0	31	1.21
442293--442329	18	2.0	19	89	5	58	37	5	5	51	1.48
443117--443162	16	2.9	16	80	0	56	43	8	0	47	1.34
448225--448620	132	3.0	131	79	7	433	22	20	26	30	1.99
449617--449897	102	2.8	102	95	0	510	29	16	19	33	1.94
453595--453648	27	2.0	27	100	0	108	40	7	11	40	1.69
456157--456212	9	6.2	9	81	8	60	32	10	35	21	1.88
465374--465408	18	1.9	18	88	11	54	60	17	0	22	1.37
465552--465608	30	1.9	30	82	7	71	40	14	5	40	1.68
474420--475352	220	4.2	219	83	5	981	29	26	16	27	1.97
474429--475352	352	2.6	353	89	3	1310	29	26	16	27	1.97
474420--475352	132	7.1	133	90	1	1121	29	26	16	27	1.97
474420--475412	88	11.3	87	80	3	930	29	25	16	28	1.97
475527--475715	95	2.0	95	90	2	299	30	22	18	29	1.97
475622--475988	134	2.7	134	93	0	617	29	22	19	28	1.98
475729--475918	46	4.2	46	64	15	117	32	23	18	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
475422--475849	229	1.9	229	91	1	696	30	21	19	28	1.98
475756--476049	45	6.4	45	63	17	129	29	23	18	27	1.98
475888--476083	97	2.0	95	95	1	347	29	22	17	29	1.97
486441--486481	20	2.0	20	100	0	82	60	19	4	14	1.51
488100--488165	26	2.4	29	82	7	84	50	1	1	46	1.20
488823--488870	22	2.1	23	88	7	71	45	0	0	54	0.99
490616--490677	27	2.2	29	80	5	74	70	0	6	22	1.09
491752--491801	22	2.3	22	78	0	55	24	8	10	58	1.57
491836--491892	30	1.9	30	96	0	105	26	3	14	56	1.54
494086--494227	70	2.0	71	83	6	182	27	16	11	45	1.81
499327--499353	12	2.2	12	100	0	54	0	40	7	51	1.30
508257--508285	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
509171--509229	28	2.1	28	84	6	75	27	6	3	62	1.36
511767--511814	16	3.1	15	80	19	62	27	0	2	70	0.98
512706--512745	19	2.1	19	100	0	80	15	10	0	75	1.05
516962--517009	16	3.1	15	80	19	62	27	0	2	70	0.98
517895--517939	19	2.3	19	96	3	81	15	11	0	73	1.10
519801--519843	19	2.4	17	80	7	50	32	4	2	60	1.30
525684--525708	12	2.1	12	100	0	50	52	8	8	32	1.60
525929--525958	3	10.0	3	100	0	60	33	33	0	33	1.58
526946--526972	12	2.2	12	100	0	54	29	29	0	40	1.57
529146--529742	149	4.0	149	91	1	948	34	17	20	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
534680--534746	23	3.0	22	73	6	62	53	2	1	41	1.25
536388--536422	11	3.1	11	91	4	52	40	0	2	57	1.14
539702--540016	47	6.6	47	89	4	477	32	8	30	28	1.87
539702--540016	98	3.3	96	92	2	508	32	8	30	28	1.87
539714--540005	145	2.0	146	91	1	478	31	9	30	29	1.88
540135--540213	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
541964--542212	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
541963--542212	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
542306--542337	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
542549--542606	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
543313--543407	40	2.3	40	90	3	145	0	28	8	63	1.24
543425--543473	3	18.0	3	76	19	54	61	0	0	38	0.96
543417--543476	5	12.2	5	78	21	65	60	0	0	40	0.97
543428--543473	8	5.8	8	76	19	51	60	0	0	39	0.97
543417--543476	24	2.5	24	89	8	86	60	0	0	40	0.97
543417--543485	24	2.8	24	80	10	79	60	1	0	37	1.06
545372--545425	18	2.8	20	81	16	69	14	3	11	70	1.29
545391--545434	21	2.1	21	82	0	52	11	6	13	68	1.39
553768--553792	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
557894--557992	48	2.1	48	96	0	180	34	5	9	51	1.55
562596--562620	7	3.6	7	100	0	50	24	12	16	48	1.79
563024--563070	17	2.8	17	77	3	51	25	12	19	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
563019--563071	16	3.2	17	73	5	56	24	11	18	45	1.82
565491--565538	7	6.9	7	87	0	60	43	29	14	12	1.82
565490--565550	21	2.9	21	80	4	70	42	31	14	11	1.81
565490--565550	7	8.7	7	85	0	59	42	31	14	11	1.81
572547--572580	10	3.4	10	91	0	50	41	32	0	26	1.56
572547--572580	15	2.3	15	89	0	50	41	32	0	26	1.56
572811--572933	29	4.1	28	72	11	75	36	13	5	44	1.67
579432--580061	44	14.3	44	74	7	528	30	26	16	26	1.97
579450--580066	132	4.7	132	93	0	984	29	26	16	26	1.97
593593--593660	33	2.1	33	94	0	118	13	27	41	17	1.87
597738--597790	27	2.0	27	100	0	106	54	7	7	30	1.56
600319--600370	27	2.0	26	85	11	70	63	1	1	32	1.16
601736--601852	45	2.5	48	88	4	150	28	52	10	9	1.66
602571--602621	25	2.0	25	100	0	102	23	11	25	39	1.89
605979--606025	18	2.7	18	77	9	53	29	2	4	63	1.25
605979--606033	17	3.2	16	75	14	56	32	1	3	61	1.24
607653--607714	29	2.1	31	81	6	74	30	8	20	40	1.82
613856--613904	23	2.2	22	86	13	66	61	10	4	24	1.45
626552--627114	198	2.8	198	82	6	697	28	23	9	38	1.87
635258--635295	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
647141--647179	20	1.9	21	84	5	53	28	2	7	61	1.37
648549--648624	30	2.6	30	79	10	86	59	3	1	35	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
652790--653046	130	2.0	125	84	5	327	30	14	12	42	1.82
660477--660525	16	3.1	16	84	0	62	53	22	6	18	1.66
664555--664618	29	2.2	30	88	2	94	32	7	20	39	1.81
669708--669750	18	2.4	17	77	11	50	16	34	6	41	1.75
671441--671491	23	2.2	24	85	3	68	54	5	1	37	1.36
678988--679136	74	2.0	74	92	0	244	38	17	18	24	1.92
683500--683645	37	4.0	37	91	1	233	24	22	15	36	1.93
683609--683713	46	2.3	46	94	0	183	27	21	13	37	1.91
683698--683753	7	7.7	7	77	20	53	23	30	5	41	1.76
683699--683753	22	2.5	22	94	5	94	23	30	5	40	1.77
683698--683753	29	1.9	29	86	13	80	23	30	5	41	1.76
683652--683799	74	2.0	76	89	5	230	26	24	12	37	1.90
683727--683847	46	2.7	46	92	3	192	28	22	14	34	1.93
684541--684923	180	2.1	180	98	0	730	31	20	8	39	1.83
687142--687287	49	3.0	49	90	1	229	32	29	14	23	1.94
688544--688689	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
688653--688757	46	2.3	46	94	0	183	27	21	13	37	1.91
688742--688844	7	14.7	7	80	18	108	24	29	3	42	1.72
688742--688844	13	7.4	14	78	19	108	24	29	3	42	1.72
688744--688844	20	4.9	19	79	14	87	23	29	3	42	1.72
688757--688832	29	2.7	27	86	9	100	23	30	2	43	1.67
688819--688936	45	2.6	45	92	4	186	31	22	12	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
692044--692189	50	2.9	49	88	3	220	32	28	15	23	1.95
693442--693587	37	4.0	37	91	1	224	24	23	15	36	1.93
693551--693655	46	2.3	46	93	0	174	28	21	12	37	1.90
693640--693749	7	15.7	7	75	23	99	23	31	3	40	1.72
693640--693749	22	5.6	21	76	23	98	23	31	3	40	1.72
693649--693707	18	3.1	18	85	14	66	23	33	1	40	1.65
693640--693743	54	1.9	54	98	0	199	23	32	2	41	1.69
693723--693839	46	2.6	46	91	4	184	28	22	13	35	1.92
694533--694907	177	2.1	177	94	3	661	31	20	9	39	1.83
699168--699192	10	2.5	10	100	0	50	64	0	0	36	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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