genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59990829--59991002	46	3.8	44	75	11	161	31	28	18	21	1.97
60002674--60002721	19	2.6	19	83	3	62	37	2	12	47	1.53
60009667--60009697	6	5.2	6	96	0	53	35	0	64	0	0.94
60009789--60009823	6	5.7	6	96	3	61	17	17	31	34	1.93
60020564--60020609	22	2.0	23	83	4	58	39	10	4	45	1.59
60023049--60023218	48	3.6	47	79	3	196	27	15	29	27	1.96
60023038--60023218	96	1.9	96	91	0	299	28	15	28	27	1.96
60025416--60025468	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
60027958--60028066	48	2.3	48	95	0	191	24	22	28	24	1.99
60030403--60030575	93	1.9	93	90	2	276	27	28	21	22	1.99
60030396--60030571	46	3.8	46	80	14	200	28	27	21	22	1.99
60030447--60030590	46	3.1	46	75	14	152	29	28	20	22	1.98
60033388--60033438	25	2.0	25	100	0	102	60	11	7	19	1.55
60035690--60035769	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
60038662--60038802	45	3.1	45	73	16	139	29	28	20	21	1.98
60041174--60041251	15	5.2	15	72	6	59	56	14	16	12	1.68
60044181--60044352	93	1.8	93	92	0	290	27	29	22	21	1.99
60044174--60044348	46	3.8	46	78	13	196	28	28	21	21	1.99
60045915--60045954	21	1.9	21	89	0	62	10	42	27	20	1.83
60047193--60047243	25	2.0	25	100	0	102	60	11	7	19	1.55
60050040--60050115	38	2.0	38	97	0	143	43	28	3	23	1.72
60056257--60056640	198	2.0	194	91	2	615	28	29	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60057009--60057112	54	1.9	54	90	3	165	55	2	0	41	1.14
60060707--60060736	14	2.1	14	93	0	51	46	13	0	40	1.43
60063461--60063531	16	4.1	18	72	15	60	77	4	2	15	1.04
60063482--60063554	5	13.8	5	76	11	58	73	2	2	20	1.08
60063600--60063740	15	9.4	14	71	21	92	75	1	2	19	1.00
60063588--60063650	23	2.6	24	82	12	76	77	0	3	19	0.90
60063623--60063732	44	2.6	41	79	14	109	73	1	2	21	1.05
60063608--60063740	63	2.2	60	83	14	173	75	1	3	20	1.02
60063597--60063741	60	2.5	57	76	19	142	74	1	3	20	1.04
60066648--60066695	25	1.9	25	86	0	69	37	25	14	22	1.92
60066734--60066810	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
60066732--60066822	20	4.6	20	94	0	155	34	12	19	34	1.89
60066743--60066801	11	5.7	11	73	15	63	35	11	20	32	1.89
60066867--60066959	24	3.9	24	92	7	154	29	21	21	27	1.99
60066868--60066959	47	1.9	47	93	6	159	28	21	21	28	1.99
60066867--60066998	24	5.1	26	83	16	152	31	21	19	28	1.97
60066928--60066991	32	2.0	32	100	0	128	28	25	18	28	1.98
60067211--60067274	31	2.1	31	87	0	92	34	15	25	25	1.95
60068513--60068631	42	2.8	41	75	17	111	27	24	16	31	1.97
60078807--60078844	19	2.0	19	85	10	51	21	2	0	76	0.91
60078809--60078859	6	8.2	6	75	16	50	19	3	0	76	0.94
60080456--60080482	14	1.9	14	100	0	54	59	11	7	22	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60087312--60087341	14	2.1	14	93	0	51	46	13	0	40	1.43
60098633--60098779	59	2.5	60	92	2	233	32	22	14	30	1.93
60098684--60098853	57	2.9	57	80	5	155	31	22	15	30	1.95
60103708--60103811	27	3.9	26	80	8	104	29	27	6	35	1.83
60103906--60104006	27	3.7	27	77	6	98	29	27	13	28	1.95
60112151--60112276	46	2.7	46	97	0	234	30	27	21	20	1.98
60118932--60118969	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
60119194--60119361	42	3.8	43	82	13	205	28	27	20	23	1.99
60125689--60125761	33	2.2	32	82	2	83	35	12	23	28	1.91
60125697--60125789	28	3.2	27	77	16	87	32	12	21	33	1.91
60131747--60131839	28	3.2	27	77	16	87	33	10	21	34	1.88
60131747--60131872	60	2.1	61	81	1	146	34	12	22	30	1.91
60134314--60134358	23	2.0	22	87	12	65	33	8	4	53	1.52
60137451--60137780	48	6.9	48	78	6	294	29	17	28	25	1.97
60137453--60137780	96	3.4	97	77	7	337	29	17	28	25	1.98
60137455--60137780	144	2.3	144	82	4	381	29	17	28	25	1.97
60145624--60145745	50	2.5	48	80	10	142	27	23	13	35	1.92
60147995--60148248	47	5.4	47	90	0	373	32	9	29	27	1.89
60148367--60148445	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
60154119--60154294	46	3.8	46	78	12	198	29	28	20	21	1.98
60154126--60154297	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
60158840--60159006	46	3.6	45	77	7	140	24	28	17	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60169278--60169311	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
60174379--60174431	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
60176737--60176796	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
60176746--60176779	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
60178994--60179018	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
60179043--60179083	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
60179046--60179084	20	2.0	20	89	0	60	76	5	0	17	0.96
60179103--60179179	18	4.3	18	80	3	84	27	9	20	42	1.82
60179103--60179179	9	8.6	9	81	5	75	27	9	20	42	1.82
60180937--60180999	9	6.8	9	80	10	56	23	39	1	34	1.65
60183392--60183623	49	4.7	49	85	2	293	25	18	27	28	1.98
60190650--60190679	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
60191903--60192177	137	2.0	138	86	2	383	32	27	17	21	1.96
60198236--60198745	48	10.6	48	95	0	894	34	8	27	29	1.86
60198918--60199020	37	2.8	37	95	0	179	23	19	32	25	1.98
60209483--60209534	19	2.8	18	77	13	52	73	1	19	5	1.14
60211796--60211877	40	2.0	40	88	0	119	24	14	20	40	1.90
60213116--60213329	47	4.6	46	75	13	197	24	29	18	28	1.98
60213116--60213329	94	2.3	94	95	0	374	24	29	18	28	1.98
60219628--60219686	26	2.3	26	100	0	118	15	15	22	47	1.82
60243232--60243484	47	5.4	47	92	0	407	34	7	29	28	1.85
60255393--60255426	17	2.0	17	88	11	52	5	5	29	58	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60262827--60263002	68	2.6	68	79	13	177	21	28	16	34	1.95
60267309--60267443	42	3.2	42	84	5	157	32	26	14	26	1.94
60268112--60268189	39	2.0	39	97	0	147	44	15	17	21	1.86
60269540--60269599	23	2.6	23	91	0	102	20	35	31	13	1.91
60269693--60269782	40	2.2	40	88	0	126	12	42	22	23	1.87
60272350--60272374	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
60275012--60275058	20	2.3	21	85	3	60	31	21	25	21	1.98
60277362--60277401	19	2.0	20	95	4	73	0	17	5	77	0.94
60279756--60279902	67	2.3	63	79	11	154	21	29	17	30	1.96
60280583--60280643	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
60281777--60281819	18	2.4	18	92	0	68	16	2	4	76	1.05
60284317--60284414	27	3.5	28	87	2	126	27	13	27	31	1.94
60284345--60284427	27	3.0	27	85	5	87	31	12	24	32	1.91
60284317--60284428	28	4.0	27	81	6	89	29	12	25	33	1.92
60286625--60286673	20	2.4	21	86	3	64	30	22	26	20	1.98
60291456--60291618	42	3.9	42	77	3	148	30	22	15	30	1.95
60298573--60298609	16	2.3	16	100	0	74	27	16	21	35	1.94
60299162--60299206	23	2.0	23	87	12	67	26	6	0	66	1.16
60304311--60304356	5	9.2	5	88	7	67	43	0	0	56	0.99
60304312--60304357	2	26.0	2	76	24	50	45	0	0	54	0.99
60305460--60305484	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
60306321--60306371	17	2.9	17	82	2	57	82	0	17	0	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60316934--60317036	31	3.3	31	81	0	107	25	28	31	15	1.96
60324578--60324716	75	1.9	75	81	3	172	45	10	12	32	1.75
60328391--60328429	20	2.0	19	85	14	53	41	10	23	25	1.86
60329040--60329137	18	5.4	18	87	4	119	19	27	31	21	1.97
60333033--60333085	25	2.2	25	80	9	67	18	7	11	62	1.52
60334833--60334983	42	3.6	42	82	3	187	30	18	23	27	1.98
60338123--60338183	29	2.1	29	90	3	97	31	11	29	27	1.92
60338164--60338268	30	3.6	29	87	7	126	28	16	31	23	1.96
60342386--60342428	16	2.7	16	96	0	77	48	13	23	13	1.79
60342643--60342760	29	4.1	29	83	3	112	30	15	29	24	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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