genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13154508--13154541	17	1.9	18	94	5	61	58	5	8	26	1.51
13155258--13155297	20	2.0	20	90	9	64	70	2	5	22	1.19
13159828--13159867	22	1.9	22	85	10	57	60	0	7	32	1.25
13160322--13160365	3	14.7	3	88	9	63	65	2	0	31	1.05
13163133--13163176	18	2.4	18	96	0	79	25	20	27	27	1.99
13167924--13168285	45	8.1	45	88	3	509	28	28	19	23	1.98
13177530--13177568	22	1.9	21	85	15	55	58	0	7	33	1.26
13178015--13178055	3	13.7	3	87	10	57	65	2	0	31	1.05
13179182--13179213	17	2.0	17	88	11	50	25	0	6	68	1.12
13185794--13185834	18	2.4	17	84	8	55	51	2	12	34	1.52
13196796--13196852	30	1.9	30	85	0	78	28	19	17	35	1.94
13196796--13196860	30	2.2	30	82	0	76	26	20	16	36	1.93
13200043--13200070	14	2.0	14	100	0	56	64	0	7	28	1.20
13201944--13201974	15	2.1	15	100	0	62	38	25	6	29	1.81
13210339--13210395	28	1.9	31	86	10	84	47	7	3	42	1.47
13217499--13218036	2	264.5	2	75	11	470	42	5	4	46	1.48
13223135--13223202	34	2.0	34	97	0	127	33	25	20	20	1.97
13224550--13224605	27	2.2	25	81	12	60	64	3	5	26	1.32
13224725--13224782	25	2.3	25	82	5	73	63	1	3	31	1.21
13224807--13224887	25	3.4	24	76	20	80	55	2	6	35	1.38
13224843--13224891	21	2.3	21	86	13	66	57	4	2	36	1.30
13224970--13225039	25	2.8	24	76	6	77	58	5	4	31	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13225122--13225186	28	2.3	29	76	10	73	64	4	6	24	1.36
13225423--13225467	19	2.4	19	100	0	90	40	20	17	22	1.92
13231354--13231398	23	2.0	22	82	4	54	28	2	20	48	1.61
13231667--13231724	26	2.2	26	87	0	80	17	18	24	39	1.92
13233763--13233794	3	10.7	3	93	0	55	31	3	0	65	1.08
13233845--13233901	19	3.1	18	71	16	53	19	5	1	73	1.11
13236531--13236606	39	1.9	39	97	0	143	25	31	18	25	1.97
13240825--13240961	44	2.9	48	70	12	129	29	18	18	33	1.95
13240803--13241069	50	5.6	48	68	21	159	29	16	21	32	1.96
13240841--13241193	94	3.8	95	86	4	441	28	18	20	32	1.96
13240841--13241185	188	1.8	188	85	2	487	28	18	20	32	1.96
13240843--13241840	44	21.7	44	71	13	454	30	17	21	30	1.96
13241122--13241287	45	3.7	45	81	4	165	29	16	25	28	1.97
13241122--13241290	89	1.9	90	85	1	232	29	15	25	28	1.96
13241128--13241327	89	2.3	87	81	5	213	30	17	23	29	1.96
13241450--13241707	139	1.9	132	85	7	356	28	17	24	29	1.97
13241125--13241841	324	2.2	319	86	2	945	30	17	22	29	1.97
13241765--13241857	44	2.1	44	81	0	105	30	18	24	26	1.98
13243454--13243479	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
13247072--13247113	20	2.1	20	82	8	50	9	26	11	52	1.68
13250583--13250766	40	4.6	39	81	9	194	23	21	28	26	1.99
13250634--13250799	79	2.1	79	80	6	185	25	19	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13252895--13252987	24	3.9	24	90	1	134	38	18	19	23	1.93
13259098--13259143	17	2.9	17	78	12	53	39	21	2	36	1.66
13260388--13260463	24	3.1	24	79	5	73	38	18	23	19	1.93
13277225--13277504	49	5.6	50	83	3	359	29	23	19	28	1.98
13277212--13277504	100	2.9	100	92	0	469	29	22	19	28	1.98
13277225--13277499	149	1.8	149	86	3	401	29	23	18	28	1.98
13308051--13308273	40	5.6	40	85	7	292	25	26	23	24	2.00
13308051--13308273	83	2.8	80	86	4	299	25	26	23	24	2.00
13316261--13316481	40	5.6	40	86	7	299	25	26	23	24	2.00
13318480--13318656	37	4.6	39	79	14	174	24	27	22	24	2.00
13318482--13318656	78	2.3	75	80	8	174	24	27	22	25	2.00
13321629--13321654	13	2.0	13	100	0	52	23	38	23	15	1.92
13392808--13392869	30	2.0	32	87	6	92	25	22	12	38	1.90
13393083--13393185	24	4.5	24	79	15	112	27	24	20	28	1.99
13393073--13393229	66	2.4	64	78	15	162	28	21	20	29	1.98
13393073--13393224	21	7.0	21	70	16	89	29	21	21	27	1.98
13393143--13393227	42	2.0	43	86	9	120	30	22	23	23	1.99
13393276--13393346	20	3.5	20	88	5	108	30	21	12	35	1.91
13394577--13394634	25	2.3	26	88	5	84	20	29	22	27	1.99
13394736--13394929	53	3.6	52	77	8	144	31	7	19	40	1.80
13394773--13394933	27	6.0	27	83	6	184	32	8	19	39	1.81
13394777--13394933	53	2.9	53	86	3	199	31	8	19	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13395101--13395147	24	2.0	24	87	4	69	38	12	12	36	1.82
13397891--13397952	32	1.9	32	90	0	97	25	25	14	33	1.94
13398147--13398338	24	8.0	24	81	12	173	26	22	21	29	1.99
13398146--13398338	49	4.0	50	80	12	181	26	22	21	29	1.99
13398395--13398451	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
13398384--13398453	20	3.5	20	94	1	124	32	20	11	35	1.88
13398388--13398442	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
13398490--13398539	25	2.0	25	84	0	64	28	18	22	32	1.97
13399692--13399753	27	2.4	26	84	7	74	22	27	17	32	1.97
13399712--13399789	27	2.9	28	83	11	92	20	24	20	34	1.96
13399712--13399768	27	2.1	27	93	0	96	21	28	19	31	1.97
13399834--13399885	27	1.9	27	84	7	70	36	11	11	40	1.78
13399813--13400102	54	5.4	53	76	9	226	31	9	18	40	1.82
13399924--13400102	81	2.2	80	89	3	261	30	8	18	41	1.80
13399924--13400102	27	6.7	26	84	6	216	30	8	18	41	1.80
13400095--13400224	27	4.8	27	84	0	161	36	8	26	29	1.86
13400230--13400307	27	2.9	26	81	7	75	38	10	12	38	1.78
13401459--13401605	43	3.5	43	77	9	149	25	16	26	31	1.96
13413597--13413763	43	3.8	43	74	4	147	26	25	19	28	1.99
13413597--13413867	88	3.1	88	82	5	277	27	24	18	29	1.98
13413729--13414672	44	21.8	44	69	9	391	27	23	19	29	1.98
13413733--13413937	86	2.4	86	88	1	295	31	21	19	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13413820--13414694	130	6.7	130	88	1	1216	27	23	19	29	1.98
13413733--13414499	86	8.9	85	70	8	269	28	23	19	29	1.98
13414590--13414765	45	4.0	44	72	14	121	22	26	19	31	1.98
13424821--13425007	37	5.1	37	96	0	320	27	30	19	22	1.98
13425212--13425490	47	5.9	47	93	1	461	26	27	12	33	1.92
13429351--13429400	25	2.0	25	84	7	66	26	34	12	28	1.92
13429576--13429956	40	9.5	40	92	1	584	24	28	23	23	1.99
13429981--13430006	8	3.2	8	100	0	52	50	11	0	38	1.39
13431242--13431427	37	5.1	37	95	0	311	26	30	18	23	1.98
13431631--13431908	47	5.9	47	93	2	461	25	28	12	33	1.92
13445431--13445476	6	7.7	6	90	0	56	13	6	0	80	0.89
13445429--13445489	17	3.3	18	79	9	70	13	8	0	78	0.95
13445429--13445476	24	2.0	24	87	0	69	12	8	0	79	0.94
13449272--13449369	27	3.5	28	87	5	110	26	12	28	32	1.92
13449300--13449369	27	2.5	28	95	2	124	27	12	28	31	1.93
13449300--13449384	27	3.0	27	87	5	98	30	11	24	32	1.91
13458272--13458355	33	2.5	33	92	1	132	29	27	16	26	1.97
13466570--13466667	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
13466598--13466680	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
13466570--13466681	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
13468357--13468470	27	4.3	27	84	5	133	20	21	23	35	1.96
13469193--13469239	22	2.1	22	100	0	94	8	42	8	40	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13477758--13477877	50	2.6	47	84	10	140	25	32	16	25	1.96
13479266--13479450	40	4.7	40	89	1	255	25	27	23	23	2.00
13479266--13479450	79	2.3	80	86	2	257	25	27	23	23	2.00
13479243--13479489	40	6.2	39	82	6	232	25	28	22	23	1.99
13481202--13481325	47	2.7	46	83	12	146	21	30	20	26	1.98
13489854--13489903	20	2.5	20	80	6	57	14	4	2	80	0.95
13494349--13494571	119	1.9	120	84	6	301	25	27	22	24	2.00
13494347--13494571	40	5.7	40	85	6	287	25	28	22	24	2.00
13506592--13506624	13	2.6	13	95	4	59	30	0	15	54	1.41
13511935--13511959	4	6.2	4	100	0	50	76	24	0	0	0.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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