genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.220.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          289   290   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71667629--71667737	27	4.0	27	81	2	119	37	22	17	22	1.94
71676042--71676079	18	2.1	18	100	0	76	34	10	21	34	1.87
71676674--71676858	40	4.7	40	84	6	234	24	22	28	25	1.99
71676675--71676856	79	2.3	81	83	7	230	24	22	28	24	2.00
71676727--71676881	79	2.0	79	82	7	190	25	20	27	26	1.99
71681081--71681396	47	6.7	47	89	4	442	33	8	29	29	1.86
71681268--71681346	25	3.3	25	66	16	76	34	5	29	31	1.79
71681081--71681402	91	3.4	93	87	4	434	33	8	29	28	1.87
71681102--71681394	138	2.1	142	88	3	432	33	8	29	29	1.86
71681614--71681691	36	2.1	37	85	4	113	24	17	32	25	1.97
71687534--71687687	28	5.5	28	90	1	220	27	12	26	33	1.92
71690089--71690261	27	6.4	27	81	1	186	35	16	21	26	1.95
71690915--71690966	27	2.0	26	84	3	68	17	28	19	34	1.94
71704171--71704282	27	4.2	26	85	7	143	36	24	23	16	1.94
71704171--71704282	54	2.1	54	88	3	163	36	24	23	16	1.94
71704388--71704450	26	2.3	26	83	5	72	31	11	23	33	1.90
71710915--71710952	19	2.0	19	100	0	76	26	10	21	42	1.85
71721436--71721564	46	2.8	46	80	1	132	31	23	22	22	1.98
71725337--71725379	17	2.5	17	92	0	68	23	0	34	41	1.55
71729972--71730038	33	2.0	33	85	5	91	26	25	20	26	1.99
71732212--71732332	43	2.8	43	86	6	138	25	18	28	27	1.98
71732238--71732366	43	3.0	43	86	1	161	26	19	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71732301--71732393	41	2.2	43	85	11	122	30	19	26	23	1.98
71732404--71732487	40	2.1	40	97	0	141	30	16	26	26	1.97
71734417--71734532	27	4.4	27	83	7	141	25	21	16	36	1.94
71734417--71734532	53	2.2	53	86	6	155	25	21	16	36	1.94
71743095--71743142	23	2.1	23	100	0	96	41	12	20	25	1.87
71745884--71745920	18	2.1	19	85	10	51	10	29	43	16	1.82
71746188--71746228	21	2.0	21	90	0	64	26	26	17	29	1.97
71756895--71757103	38	5.0	38	72	18	157	30	24	16	29	1.96
71756935--71757073	48	2.9	48	86	1	190	30	22	16	30	1.96
71756861--71757103	133	1.8	131	84	1	333	30	24	16	29	1.96
71764779--71764861	27	3.1	26	81	6	94	31	19	20	28	1.97
71764843--71764955	27	4.2	27	89	2	156	40	20	7	31	1.79
71764867--71765024	54	2.9	54	78	5	142	40	22	8	28	1.83
71764843--71765028	81	2.3	80	78	7	187	39	22	8	30	1.82
71764950--71765065	27	4.3	27	78	7	101	37	21	8	31	1.84
71764976--71765091	54	2.1	55	77	4	128	37	20	6	35	1.80
71764962--71765287	81	4.1	81	85	5	218	31	22	7	38	1.81
71765016--71765340	27	12.2	27	83	4	358	30	22	6	40	1.79
71764989--71765340	54	6.6	54	83	3	399	30	22	6	39	1.80
71765576--71765627	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
71765666--71765725	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
71765844--71765898	6	9.0	6	76	11	58	16	18	16	49	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71765838--71765928	37	2.5	37	81	3	103	16	20	13	49	1.79
71767798--71767878	27	3.0	27	83	0	99	32	19	20	27	1.97
71767863--71768058	27	7.3	27	82	4	189	39	19	9	31	1.84
71768036--71768418	27	14.2	27	84	5	445	31	22	5	40	1.77
71768009--71768418	54	7.6	54	89	0	523	31	22	5	39	1.78
71768036--71768418	81	4.7	82	89	1	533	31	22	5	40	1.77
71768923--71769026	31	3.4	31	87	0	154	19	19	13	48	1.81
71768923--71769047	6	20.3	6	69	16	78	19	18	13	48	1.80
71768923--71769038	31	3.5	34	76	13	100	18	18	12	49	1.80
71779763--71779888	28	4.5	28	88	2	173	26	12	27	32	1.93
71779763--71779888	55	2.2	57	87	2	175	26	12	27	32	1.93
71779791--71779901	28	4.0	27	88	3	89	29	11	25	33	1.91
71784187--71784359	46	3.7	46	73	13	174	22	20	26	30	1.98
71784184--71784354	93	1.8	93	91	0	279	22	20	27	29	1.98
71786633--71786865	27	8.7	27	85	3	256	37	19	17	25	1.93
71786628--71786865	81	3.0	79	84	7	286	37	19	16	25	1.93
71790655--71790825	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
71790650--71790822	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
71793218--71793273	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
71795359--71795494	46	3.0	43	76	14	123	31	27	17	23	1.97
71797904--71798136	27	8.7	26	82	5	243	38	19	14	27	1.91
71797904--71798136	81	2.9	80	83	3	281	38	19	14	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71800311--71800416	27	3.9	28	85	2	128	34	17	25	21	1.96
71800308--71800414	55	2.0	54	87	5	153	35	17	24	22	1.95
71814505--71814535	15	2.1	15	100	0	62	32	0	0	67	0.91
71814791--71814921	42	3.0	43	77	12	126	26	17	21	34	1.95
71814841--71814943	43	2.4	42	80	4	109	27	20	24	28	1.99
71817407--71817472	34	1.9	34	81	6	80	27	21	19	31	1.97
71825390--71825548	43	3.7	43	75	4	133	27	19	23	30	1.98
71830504--71830591	23	3.8	23	73	13	81	36	15	26	21	1.94
71836121--71836265	40	3.6	40	83	10	206	24	24	28	22	2.00
71843819--71843971	40	3.8	40	83	6	202	24	21	29	24	1.99
71843819--71843972	80	1.9	80	88	2	229	25	21	29	24	1.99
71849365--71849493	42	3.0	42	77	6	143	29	26	20	24	1.99
71876879--71877018	73	1.9	73	97	0	262	28	21	6	43	1.77
71877330--71877362	16	2.1	16	94	0	57	54	30	0	15	1.41
71878591--71878635	16	2.8	16	82	0	54	55	17	15	11	1.68
71878854--71878962	28	3.9	28	77	7	96	26	15	31	26	1.96
71881281--71881485	43	4.9	43	92	1	296	24	20	28	25	1.99
71881290--71881511	43	5.4	40	91	3	295	24	21	28	24	1.99
71889290--71889552	79	3.2	80	84	5	334	25	22	26	25	2.00
71889290--71889552	43	6.5	40	89	3	334	25	22	26	25	2.00
71891286--71891391	47	2.2	48	88	1	151	28	29	8	33	1.87
71895604--71895839	40	5.9	39	85	3	301	25	29	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71895604--71895839	120	2.0	120	89	1	366	25	29	22	22	1.99
71895604--71895839	80	2.9	79	91	2	355	25	29	22	22	1.99
71897829--71897932	47	2.2	47	94	3	183	25	29	7	36	1.84
71906042--71906129	43	2.1	42	85	6	115	29	28	18	23	1.98
71907844--71907995	43	3.5	43	78	13	161	31	25	18	25	1.97
71915446--71915539	42	2.2	42	86	5	127	32	21	18	27	1.96
71915446--71915597	43	3.5	43	76	10	132	34	23	15	26	1.95
71915427--71915597	43	4.0	43	75	11	131	33	25	16	25	1.96
71921164--71921772	47	12.6	47	79	12	510	33	8	28	29	1.86
71921355--71921393	19	2.1	19	100	0	78	43	0	20	35	1.52
71921308--71921440	66	2.0	66	97	0	248	37	6	25	30	1.80
71921269--71921487	113	1.9	113	94	0	384	35	7	26	30	1.85
71921374--71921772	94	4.2	94	91	1	627	33	8	29	28	1.87
71921216--71921534	160	2.0	158	94	1	557	35	7	27	30	1.84
71921380--71921772	190	2.1	190	93	0	664	32	8	29	28	1.87
71923367--71923494	46	2.8	45	78	10	143	25	21	28	24	1.99
71923327--71923626	47	6.4	47	75	12	174	26	18	30	25	1.98
71923464--71923636	47	3.6	47	84	5	197	24	17	31	26	1.97
71928761--71928903	47	3.0	47	93	0	232	27	13	14	44	1.82
71929698--71930053	45	7.9	45	96	0	640	23	22	27	26	2.00
71941519--71941551	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
71947500--71947689	47	4.0	47	94	0	326	27	14	13	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71948488--71948620	45	3.0	45	93	0	221	23	21	27	27	1.99
71949105--71949137	16	1.9	18	88	11	52	24	15	12	48	1.78
71949387--71949497	23	4.7	23	82	7	100	34	16	21	27	1.95
71951394--71951519	27	4.7	27	86	1	166	33	15	15	36	1.88
71951416--71951518	54	1.9	54	95	0	188	32	13	15	38	1.86
71965909--71965980	34	2.1	34	89	0	108	31	20	20	26	1.98
71975865--71975900	18	2.0	18	100	0	72	27	5	11	55	1.57
71977469--71977595	47	2.8	44	77	11	130	29	19	28	22	1.98
71977469--71977741	46	5.8	44	72	13	140	28	19	29	22	1.98
71979761--71979798	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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