genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8466905--8467487	160	3.5	163	79	11	624	28	16	20	33	1.95
8467263--8467476	80	2.6	80	85	5	248	31	18	20	29	1.96
8467055--8467424	184	2.1	176	82	6	429	27	17	19	35	1.94
8468924--8469039	3	38.7	3	73	8	85	30	2	3	63	1.24
8469024--8469327	130	2.3	130	83	4	362	31	3	7	56	1.45
8469288--8469352	21	3.0	21	78	14	71	32	1	9	56	1.40
8469300--8469353	22	2.5	20	77	13	63	33	1	9	55	1.42
8469738--8469771	14	2.4	14	90	0	50	41	2	5	50	1.42
8472299--8472359	30	2.0	30	93	0	104	24	4	14	55	1.59
8472477--8472511	11	3.2	11	91	0	61	65	0	0	34	0.93
8477195--8477237	2	21.5	2	100	0	86	51	0	48	0	1.00
8480876--8480914	17	2.4	17	83	8	55	35	0	0	64	0.94
8483722--8483777	17	3.3	17	89	0	94	26	23	14	35	1.93
8485591--8485642	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
8487561--8487612	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
8490644--8490699	17	3.3	17	87	0	85	26	21	14	37	1.92
8503470--8503537	29	2.3	29	85	7	84	45	11	1	41	1.50
8503786--8503821	8	4.5	8	92	0	54	13	11	2	72	1.23
8503832--8503870	18	2.1	19	95	4	71	23	0	0	76	0.78
8503832--8503870	14	2.9	14	88	11	55	23	0	0	76	0.78
8503878--8503951	22	3.2	22	75	20	80	41	0	4	54	1.19
8503880--8503961	22	3.4	25	74	16	75	40	1	3	54	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8503939--8503995	22	2.6	23	83	10	75	40	1	1	56	1.20
8503956--8504001	17	2.9	17	72	21	55	43	0	0	56	0.99
8504302--8504339	20	1.9	20	88	0	58	21	2	2	73	1.07
8504475--8504508	12	2.8	13	91	8	54	38	0	0	61	0.96
8504494--8504563	23	3.1	23	80	13	67	45	0	1	52	1.09
8504808--8504870	30	2.1	31	84	3	83	41	0	4	53	1.22
8504869--8504906	19	2.1	19	95	5	69	63	0	0	36	0.95
8504885--8504918	12	2.8	13	91	8	54	61	0	0	38	0.96
8504869--8504928	31	2.0	30	90	3	93	61	1	0	36	1.06
8504970--8505106	22	6.6	21	69	20	58	75	2	4	17	1.10
8504982--8505093	18	6.2	17	71	15	64	75	3	3	16	1.08
8505421--8505475	21	2.5	22	88	8	78	58	1	1	38	1.20
8505465--8505537	24	3.2	21	78	16	74	53	4	0	42	1.20
8507825--8507864	20	2.0	20	95	0	71	62	5	7	25	1.42
8508489--8508535	18	2.8	16	81	12	58	63	0	0	36	0.94
8508489--8508535	8	5.6	8	80	16	51	63	0	0	36	0.94
8512121--8512359	72	3.3	72	89	1	365	24	7	14	54	1.65
8515177--8515203	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
8530435--8530506	36	2.0	36	94	0	126	25	0	45	29	1.53
8535739--8535804	31	2.1	31	97	0	123	24	15	4	56	1.58
8547247--8547298	5	10.2	5	76	12	52	0	28	19	51	1.47
8547244--8547285	13	3.2	13	75	24	52	0	28	21	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8548250--8548304	26	2.0	28	89	10	87	50	9	14	25	1.72
8548496--8548534	3	13.0	3	100	0	78	66	0	33	0	0.92
8550243--8550326	42	2.0	42	88	0	123	48	13	10	27	1.75
8550357--8550396	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
8553313--8553436	33	3.8	33	92	0	212	29	41	9	19	1.83
8555214--8555241	13	2.2	13	100	0	56	46	14	25	14	1.82
8565470--8565537	33	2.1	33	82	0	82	66	7	8	17	1.42
8567952--8568190	42	5.6	43	80	4	261	30	27	15	25	1.96
8567952--8568190	85	2.8	85	81	7	272	30	27	15	25	1.96
8572014--8572054	21	2.0	21	90	0	64	53	24	2	19	1.57
8572076--8572153	14	5.5	14	70	19	54	43	30	1	24	1.62
8572597--8572683	38	2.2	39	84	13	117	25	22	22	28	1.99
8572730--8573111	40	9.7	40	71	7	226	29	22	17	29	1.97
8572462--8572865	192	2.1	193	84	3	519	29	22	18	29	1.97
8572774--8573161	194	2.0	195	85	1	519	29	21	17	31	1.96
8572582--8573111	234	2.3	231	83	3	670	29	22	18	30	1.97
8572786--8573203	194	2.2	186	78	7	478	28	22	17	31	1.96
8573065--8573261	106	1.9	106	91	0	322	26	21	18	33	1.96
8573264--8573411	40	3.7	40	85	0	188	28	23	19	28	1.98
8572871--8573468	300	2.0	300	86	0	829	28	22	18	31	1.97
8573460--8573564	40	2.6	40	81	3	122	26	23	20	29	1.99
8573168--8573566	195	2.1	194	85	1	548	28	22	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8573619--8573743	40	3.1	40	85	0	160	27	22	19	31	1.98
8573308--8573722	155	2.7	155	87	0	596	28	22	18	29	1.98
8582511--8582541	14	2.2	14	94	0	53	25	6	6	61	1.45
8582575--8582634	31	2.0	31	86	3	86	30	3	8	58	1.44
8583795--8583851	28	2.1	28	83	3	71	33	0	5	61	1.18
8584051--8584077	9	3.0	9	100	0	54	22	0	0	77	0.76
8584305--8584372	26	2.7	25	84	11	77	19	1	7	72	1.16
8594204--8594252	25	2.0	25	92	4	82	42	8	14	34	1.75
8598775--8598824	20	2.5	20	83	3	57	48	2	4	46	1.32
8615997--8616039	23	1.9	22	85	4	59	27	2	0	69	1.00
8616302--8616366	26	2.5	26	84	0	94	33	6	23	36	1.80
8616302--8616366	13	5.0	13	69	0	58	33	6	23	36	1.80
8616520--8616586	19	3.7	18	73	15	57	53	1	0	44	1.09
8620079--8620140	26	2.4	26	84	10	83	9	8	3	79	1.05
8622227--8622446	46	4.7	47	76	13	177	23	29	20	26	1.99
8642524--8642896	46	8.2	45	87	3	462	42	15	22	19	1.88
8642524--8642896	137	2.7	138	87	1	518	42	15	22	19	1.88
8645331--8645363	13	2.4	14	85	5	50	60	0	0	39	0.97
8648617--8648652	18	2.1	18	89	5	56	33	2	13	50	1.57
8657220--8657271	19	2.8	19	82	8	63	69	3	1	25	1.16
8657254--8657287	12	2.8	12	86	0	50	70	0	2	26	1.01
8659916--8659980	29	2.3	26	78	19	69	63	1	6	29	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8671366--8671404	20	2.0	19	85	5	51	28	2	0	69	1.02
8671708--8671753	23	2.0	23	86	0	65	56	8	13	21	1.63
8674319--8674402	41	2.1	40	84	6	107	54	3	2	39	1.31
8678878--8678923	24	1.9	24	95	0	83	45	41	0	13	1.43
8680319--8681868	389	4.0	389	95	0	2722	33	15	19	30	1.93
8684430--8684484	24	2.3	24	83	0	74	36	30	1	30	1.68
8684627--8684665	19	2.1	19	100	0	78	35	25	0	38	1.56
8689230--8689285	19	3.1	19	73	17	64	67	1	1	28	1.10
8689231--8689308	37	2.1	36	86	6	104	67	3	1	26	1.15
8689224--8689308	36	2.4	36	86	7	111	65	3	1	29	1.16
8704540--8704574	6	5.8	6	89	0	52	37	0	42	20	1.52
8704540--8704574	18	1.9	18	94	0	61	37	0	42	20	1.52
8704541--8704580	18	2.2	18	86	0	53	42	0	37	20	1.52
8704770--8704852	41	2.0	41	97	0	157	45	15	2	36	1.60
8709135--8709182	12	4.0	12	83	0	60	35	8	35	20	1.83
8710938--8710977	20	2.0	20	100	0	80	45	10	0	45	1.37
8712279--8712339	20	3.2	20	79	9	56	55	8	1	34	1.39
8712289--8712341	20	2.7	20	85	8	65	58	3	1	35	1.27
8712300--8712355	19	2.9	19	82	10	62	57	5	1	35	1.32
8712408--8712456	12	4.1	12	79	7	55	63	20	0	16	1.31
8714015--8714151	25	5.5	25	92	1	213	32	24	19	24	1.98
8717758--8717863	40	2.7	40	80	2	124	33	18	2	45	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8717841--8717871	14	2.2	14	94	0	53	25	9	0	64	1.24
8726533--8726603	24	2.9	25	87	2	108	28	22	18	30	1.97
8729030--8729067	19	2.0	20	84	5	51	28	2	18	50	1.61
8730531--8730579	19	2.4	19	86	10	62	46	2	0	51	1.12
8730549--8730632	36	2.5	32	79	14	80	47	4	0	47	1.23
8730738--8730781	14	3.0	14	80	9	52	6	11	2	79	1.01
8732482--8732528	22	2.1	23	84	11	62	34	2	0	63	1.06
8733822--8733881	28	2.0	30	84	12	79	38	1	30	30	1.67
8735070--8735478	132	3.1	132	79	8	422	34	19	19	26	1.95
8738330--8738674	45	7.8	45	67	7	184	27	26	18	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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