genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77229622--77230065	47	9.4	47	94	1	744	32	8	29	29	1.87
77229622--77230065	190	2.4	188	93	1	753	32	8	29	29	1.87
77230184--77230262	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
77246010--77246042	17	1.9	17	93	0	57	33	0	3	63	1.10
77249014--77249063	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
77249762--77249795	17	1.9	18	88	5	52	29	11	0	58	1.33
77252752--77252817	21	3.0	23	80	12	77	18	6	0	75	1.00
77252784--77252832	21	2.3	21	92	0	80	28	2	2	67	1.13
77254572--77254611	20	2.0	20	85	9	55	25	5	2	67	1.23
77255330--77255363	17	1.9	18	88	5	52	29	11	0	58	1.33
77259153--77259440	48	6.0	48	93	1	499	35	5	27	31	1.81
77259581--77259682	36	2.8	37	93	1	170	23	19	31	25	1.98
77262247--77262286	20	2.0	20	95	0	71	37	10	10	42	1.72
77273475--77273509	17	2.1	17	94	0	61	74	0	25	0	0.82
77273471--77273509	21	2.0	20	90	10	62	74	0	25	0	0.82
77275635--77275685	25	2.0	25	100	0	102	35	7	27	29	1.85
77275589--77275731	71	2.0	71	98	0	277	37	12	24	25	1.91
77275660--77275972	46	7.0	46	86	5	399	40	15	22	22	1.90
77275811--77275972	84	1.9	84	96	0	297	42	16	20	19	1.89
77275674--77275988	130	2.4	134	87	5	424	41	15	21	21	1.89
77275895--77276025	46	2.7	48	86	6	160	42	14	22	19	1.88
77278960--77279135	46	3.8	45	75	14	162	22	19	27	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77278956--77279127	93	1.8	93	87	4	258	22	19	28	29	1.98
77280670--77281803	177	6.5	177	84	3	1292	30	18	22	28	1.97
77280670--77281803	350	3.2	349	86	3	1431	30	18	22	28	1.97
77284929--77285006	21	3.7	21	78	14	63	46	2	2	48	1.29
77298297--77298579	48	5.9	48	81	4	288	27	18	27	25	1.98
77298297--77298579	96	2.9	96	84	4	320	27	18	27	25	1.98
77298312--77298579	144	1.9	144	82	6	346	28	18	27	25	1.98
77301996--77302282	101	2.8	102	79	3	283	25	18	27	28	1.98
77301945--77302325	153	2.5	152	91	4	592	25	16	28	29	1.97
77301945--77302334	51	7.7	51	78	3	367	25	16	28	30	1.96
77306403--77306441	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
77306667--77306764	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
77306669--77306757	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
77313766--77313804	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
77314030--77314127	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
77314032--77314120	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
77319021--77319053	17	1.9	17	100	0	66	33	24	6	36	1.80
77323932--77323990	20	3.0	20	92	0	100	33	13	20	32	1.91
77324042--77324090	23	2.1	23	100	0	98	30	20	20	28	1.98
77324042--77324111	23	3.0	23	89	8	88	28	21	22	27	1.99
77324302--77324364	31	2.0	31	90	0	99	38	15	22	23	1.93
77335855--77335921	23	2.9	24	76	12	61	50	0	10	38	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77345442--77345488	7	7.1	7	85	4	55	23	4	0	72	1.02
77345440--77345488	14	3.8	13	81	10	64	22	4	0	73	1.00
77350655--77350731	22	3.3	23	82	8	86	29	16	24	28	1.97
77352900--77352971	36	2.0	36	91	5	119	20	34	6	37	1.80
77359271--77359325	9	5.7	9	76	16	56	56	1	1	40	1.21
77359269--77359330	31	2.0	31	96	0	115	53	3	3	40	1.33
77377697--77377860	47	3.5	47	78	10	158	25	28	17	29	1.98
77388695--77388777	37	2.2	37	93	0	139	36	18	7	38	1.78
77391484--77391614	72	1.9	71	85	7	187	20	32	16	31	1.94
77395119--77395420	40	7.6	40	89	3	396	24	20	27	26	1.99
77403059--77403354	40	7.4	40	90	2	391	25	19	27	27	1.99
77410086--77410244	72	2.3	71	82	4	180	21	29	15	33	1.94
77422044--77422135	42	2.2	42	84	5	114	33	25	16	25	1.96
77422037--77422179	44	3.3	43	77	10	123	32	22	18	25	1.97
77424689--77424729	12	3.5	12	93	3	66	29	39	24	7	1.82
77433877--77433951	29	2.6	29	95	0	132	24	9	16	50	1.73
77447137--77447181	23	2.0	23	81	0	54	40	6	11	42	1.67
77452013--77452063	21	2.6	19	79	11	59	33	21	9	35	1.86
77457591--77457634	18	2.4	19	77	11	56	52	0	0	47	1.00
77458789--77458854	33	2.0	33	93	0	114	48	18	9	24	1.76
77460322--77460351	14	2.1	15	93	6	53	63	0	0	36	0.95
77463789--77463869	39	2.1	39	100	0	162	33	24	2	39	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77467065--77467118	27	2.0	27	85	0	72	31	22	24	22	1.98
77482282--77482311	15	2.0	15	100	0	60	33	20	6	40	1.78
77486502--77486536	11	3.1	11	87	4	52	65	0	0	34	0.93
77490096--77490230	68	2.0	69	83	1	173	51	4	5	38	1.44
77493266--77493448	79	2.3	81	83	7	223	25	27	22	23	2.00
77493264--77493448	40	4.7	40	83	6	225	25	28	22	23	1.99
77499140--77499322	40	4.6	39	84	6	219	25	27	22	24	2.00
77499142--77499322	77	2.3	81	85	5	246	25	27	22	24	2.00
77513542--77513615	29	2.6	29	86	4	96	27	16	31	25	1.96
77518216--77518267	10	5.1	10	82	11	52	61	3	0	34	1.14
77532421--77532478	23	2.7	20	73	17	53	55	1	0	43	1.10
77533465--77533501	18	2.1	19	85	10	51	35	8	2	54	1.44
77537987--77538026	20	2.0	20	85	9	55	42	5	2	50	1.37
77546291--77546361	28	2.5	28	79	4	81	28	4	18	49	1.66
77546789--77546843	25	2.2	25	83	6	67	58	1	0	40	1.09
77546806--77546856	16	3.1	16	73	15	59	52	1	0	45	1.12
77546792--77546831	21	1.9	21	90	10	64	55	0	0	45	0.99
77546807--77546877	33	2.2	33	89	0	106	53	1	2	42	1.24
77548443--77548515	36	2.0	36	100	0	146	38	13	16	31	1.88
77549037--77549203	45	3.6	46	78	7	169	28	20	29	21	1.98
77555551--77555722	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
77555575--77555758	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77558865--77558916	26	2.0	26	92	0	86	26	34	25	13	1.93
77558731--77559016	102	2.8	103	92	4	458	29	30	20	18	1.97
77559345--77559408	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
77559352--77559408	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
77566232--77566489	100	2.6	102	93	3	436	30	29	20	19	1.97
77566817--77566880	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
77566824--77566880	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
77567927--77567976	25	2.0	25	88	7	75	38	10	10	42	1.72
77568148--77568223	37	2.1	36	83	11	93	53	2	1	42	1.23
77575267--77575337	25	2.8	25	78	0	79	21	26	19	32	1.97
77576293--77576605	162	1.9	162	85	2	432	23	24	26	24	2.00
77582699--77582724	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
77583472--77583571	32	3.2	32	63	27	77	31	8	20	41	1.81
77583468--77583593	63	2.0	63	98	0	243	32	7	19	39	1.81
77588177--77588233	20	2.8	20	89	0	78	24	28	0	47	1.52
77588191--77588223	15	2.1	16	88	5	50	21	27	0	51	1.48
77589125--77589152	5	5.6	5	100	0	56	39	0	0	60	0.97
77589192--77589252	30	2.0	30	81	9	70	59	4	34	1	1.29
77590716--77590830	38	2.9	40	76	7	128	23	19	26	30	1.98
77595288--77595356	20	3.5	20	71	26	67	47	7	1	43	1.39
77597974--77598032	21	2.8	21	86	0	82	28	5	32	33	1.79
77598136--77598178	17	2.4	18	81	14	54	60	2	0	37	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77598873--77598928	16	3.3	17	73	16	53	69	1	0	28	0.98
77598874--77598933	17	3.6	16	77	6	66	66	1	0	31	1.01
77605540--77605598	17	3.6	17	80	15	70	66	0	1	32	1.02
77605557--77605604	15	3.1	15	82	14	53	68	0	4	27	1.07
77605552--77605629	10	9.0	8	71	21	52	66	1	2	29	1.13
77605541--77605607	17	4.1	16	81	11	64	64	0	2	32	1.09
77608413--77608661	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
77608412--77608661	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
77608756--77608787	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
77608999--77609056	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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