genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A07
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  92880876

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33186925--33186981	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
33189727--33189894	27	6.2	27	82	8	191	35	22	23	19	1.96
33189727--33189894	54	3.1	54	82	3	214	35	22	23	19	1.96
33189748--33189897	81	1.9	81	92	2	257	36	22	23	18	1.95
33204304--33204433	27	4.8	27	87	3	172	29	24	6	40	1.79
33204446--33204533	27	3.3	27	90	3	106	40	22	10	26	1.86
33204446--33204587	54	2.6	54	82	4	135	40	20	10	28	1.85
33204465--33204674	27	7.7	27	80	2	177	39	19	10	31	1.85
33204465--33204674	83	2.6	82	82	1	242	39	19	10	31	1.85
33205580--33205649	25	2.8	24	82	4	86	25	25	22	25	2.00
33205579--33205662	25	3.4	24	77	8	80	28	22	22	26	1.99
33205869--33205977	31	3.5	31	96	1	202	28	16	26	28	1.97
33209436--33209607	40	4.3	40	88	5	208	25	27	21	25	1.99
33209436--33209660	80	2.8	80	85	5	287	25	27	22	25	2.00
33209438--33209653	119	1.8	120	83	7	287	25	26	21	26	2.00
33210794--33210966	56	3.1	56	99	0	337	23	23	8	44	1.81
33211324--33211467	27	5.3	27	86	3	182	29	25	7	38	1.83
33211466--33211621	54	2.9	54	84	3	172	39	20	10	28	1.86
33211499--33211648	81	1.9	81	87	5	223	42	21	8	28	1.81
33211499--33211735	27	8.7	27	80	6	187	39	20	9	30	1.84
33211753--33211830	27	2.9	27	77	7	79	38	19	19	23	1.93
33212630--33212713	25	3.4	24	83	8	98	27	20	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33212920--33213002	31	2.7	31	94	3	143	30	16	25	27	1.97
33227169--33227256	44	2.0	44	97	0	167	28	13	28	29	1.94
33228418--33228511	47	2.0	47	95	0	170	32	12	18	36	1.88
33245077--33245309	27	8.6	27	87	2	297	30	27	15	27	1.96
33247874--33248098	122	1.9	122	85	2	319	42	9	19	29	1.82
33248534--33248644	55	2.0	55	80	0	123	19	26	27	27	1.99
33260044--33260076	13	2.6	13	90	4	50	30	3	15	51	1.58
33271974--33272396	208	2.0	208	93	0	729	26	12	14	46	1.80
33277277--33277324	25	1.9	25	86	0	69	16	16	10	56	1.67
33278370--33278423	23	2.3	23	90	0	90	31	25	24	18	1.97
33278964--33279099	45	3.0	45	100	0	272	26	31	22	19	1.98
33279209--33279249	20	2.0	20	95	0	73	51	19	2	26	1.59
33280647--33280912	138	1.9	137	83	2	336	33	22	21	21	1.97
33292513--33292876	46	8.0	46	86	4	477	42	14	22	21	1.89
33298732--33298766	17	2.1	17	88	0	52	37	25	2	34	1.71
33300837--33300907	16	4.4	16	90	0	97	35	4	28	32	1.76
33300889--33300981	44	2.1	44	85	4	123	33	6	25	34	1.82
33301129--33301211	26	3.1	25	71	11	67	48	4	0	46	1.23
33301094--33301211	54	2.1	53	83	12	139	50	3	1	44	1.28
33301157--33301188	16	2.0	16	100	0	64	62	0	0	37	0.95
33304856--33304956	26	4.0	26	73	14	86	53	3	0	41	1.26
33304875--33305012	63	2.2	61	83	7	172	52	4	1	41	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33305106--33305140	16	2.2	16	90	5	54	37	14	2	45	1.59
33305249--33305275	12	2.2	12	100	0	54	29	0	0	70	0.88
33305294--33305336	18	2.3	18	80	4	50	53	2	6	37	1.41
33306007--33306045	5	7.8	5	83	11	53	61	20	0	17	1.34
33306681--33306707	12	2.2	12	100	0	54	29	29	7	33	1.85
33310724--33310852	64	2.0	64	100	0	258	26	15	14	43	1.85
33327016--33327158	46	3.1	46	83	2	189	22	25	16	34	1.95
33328093--33328125	10	3.2	10	95	4	57	51	0	12	36	1.39
33334786--33334969	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
33334786--33334966	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
33334867--33335016	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
33338742--33338782	12	3.7	11	81	15	50	34	0	2	63	1.08
33349149--33349186	19	2.0	19	94	0	67	31	13	7	47	1.71
33355909--33355965	28	2.0	28	100	0	114	36	7	3	52	1.46
33359668--33359705	13	2.9	13	100	0	76	47	7	0	44	1.32
33365341--33365381	4	10.5	4	85	15	59	78	0	21	0	0.76
33365339--33365384	19	2.4	19	92	7	76	78	0	21	0	0.76
33365332--33365387	22	2.6	23	88	8	82	78	0	21	0	0.75
33365703--33365756	6	9.2	6	77	4	56	50	0	3	46	1.19
33369543--33369668	28	4.5	28	92	2	191	32	27	12	26	1.93
33370115--33370141	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
33371630--33371755	28	4.5	28	92	2	191	32	27	12	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33372202--33372228	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
33385037--33385162	28	4.5	28	92	2	191	32	27	12	26	1.93
33389266--33389359	33	2.9	33	74	18	99	27	27	21	23	1.99
33389297--33389351	29	1.9	28	88	3	83	25	29	23	21	1.99
33389631--33389682	25	2.1	25	85	3	70	26	19	21	32	1.97
33389887--33390082	27	7.3	27	85	0	239	25	20	18	35	1.96
33389886--33390112	54	4.2	54	86	3	280	25	18	18	36	1.94
33390038--33390354	27	11.7	27	83	4	345	29	9	21	39	1.85
33389919--33390107	81	2.3	81	83	3	220	24	19	19	36	1.95
33390010--33390352	108	3.2	108	82	8	421	29	11	20	37	1.88
33390337--33390406	27	2.6	27	75	4	70	27	8	27	37	1.86
33390064--33390368	108	2.8	108	89	3	488	30	9	21	38	1.85
33395096--33395157	29	2.1	30	90	3	99	58	12	4	24	1.54
33395187--33395229	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
33395194--33395234	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
33406519--33406557	17	2.2	18	95	4	71	10	20	48	20	1.78
33407086--33407129	18	2.4	18	82	10	54	38	13	13	34	1.84
33408461--33408505	8	5.6	8	81	7	56	71	2	2	24	1.09
33408461--33408495	15	2.2	16	95	5	63	74	0	2	22	0.95
33409100--33409160	24	2.5	24	86	5	77	73	1	4	19	1.10
33409100--33409163	23	2.6	24	83	11	76	73	1	4	20	1.09
33411990--33412056	29	2.2	30	82	10	75	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33424707--33424776	23	3.0	23	76	15	81	38	20	24	17	1.93
33424758--33424810	22	2.3	23	87	3	72	41	20	20	16	1.90
33424758--33424812	23	2.4	23	87	3	76	41	20	20	18	1.90
33432435--33432487	23	2.3	23	81	12	65	35	24	22	16	1.95
33432449--33432542	23	4.1	22	76	15	68	38	20	23	18	1.93
33432498--33432541	23	1.9	23	90	0	70	40	20	20	18	1.91
33439043--33439274	111	2.1	110	89	0	356	22	27	23	25	2.00
33440426--33440513	45	2.0	45	88	0	131	39	22	11	26	1.88
33453819--33453998	47	3.8	47	81	4	166	33	16	25	23	1.96
33454668--33454710	21	2.0	21	82	8	52	20	16	16	46	1.84
33457164--33457206	3	14.3	3	95	0	77	65	0	2	32	1.06
33478132--33478198	26	2.6	26	81	9	75	29	19	0	50	1.48
33479430--33479525	6	15.8	6	69	18	56	46	14	18	19	1.83
33479439--33479534	31	3.1	31	87	1	131	47	13	19	18	1.81
33479668--33479769	27	3.8	26	85	5	123	38	21	21	18	1.94
33479668--33479769	54	1.9	53	85	2	141	38	21	21	18	1.94
33479928--33479989	22	2.8	23	82	7	74	33	22	22	20	1.97
33480416--33481390	27	36.3	27	87	2	1327	23	22	20	32	1.98
33481385--33481485	27	3.7	27	89	0	130	36	8	24	29	1.86
33481375--33481498	54	2.3	55	75	5	128	34	9	23	32	1.87
33491773--33491830	18	3.2	18	79	11	55	31	3	15	50	1.61
33493677--33493723	10	4.7	10	92	5	69	38	12	19	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33493677--33493743	21	3.3	21	83	4	75	38	11	17	31	1.87
33497588--33497732	37	3.9	37	95	0	245	26	30	18	24	1.98
33497942--33498126	47	3.9	47	89	0	280	26	27	11	34	1.91
33498038--33498110	22	3.2	22	66	17	58	24	27	13	34	1.93
33499193--33499218	11	2.4	11	100	0	52	19	30	15	34	1.93
33506780--33506836	28	2.0	29	82	3	71	40	3	24	31	1.72
33506781--33506845	28	2.3	28	81	2	67	41	3	24	30	1.70
33508658--33508782	46	2.7	45	80	12	139	27	19	28	24	1.98
33529576--33529632	28	2.0	29	82	3	71	40	3	24	31	1.72
33530394--33530474	33	2.5	33	93	0	135	27	25	20	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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